小陆刚升上初中，与爷爷相依为命，爷爷从小就教他一种手势，叫他平常一定要这样做，于是这种手势在不知不觉中，就变成小陆的一种习惯了，有一天被一位同年纪，名叫山濑的人看到，他对小陆这种手势很有兴趣，于是就和小陆做朋友，当小陆带山濑去爷爷看守的神社时，山濑才表明了他是地流的斗神士，但小陆完全不懂这是怎么回事，爷爷才叫小陆去操纵神操机将式神降神…

小陆将白虎之虎源太降神后，也不知道怎么操纵神操机，就用爷爷从小教的那个手势操纵，没想到第一次就使出必杀绝招，将对手打败，原来白虎之虎源太在式神当中是相当厉害的，由于小陆第一次使用，什么也不懂，虎源太便叫小陆要去寻印，就是作为战斗用的招术之用。内山来寻找被小陆打败的山濑，便又和小陆对上了，内山使用的是让对手看不到己方在哪里的招术，小陆该如何对付这个强敌…

山濑和内山相继被小陆打败，与他们同样是地流的佑磨便将这个消息告诉弥加土，弥加土便派佑磨去证实这件事是不是和天流有关，佑磨的岚月与小陆的虎源太同样都是白虎的式神，虽然两者势均力敌，但小陆毕竟是新手，于是躲在暗处的天流正臣便前来拔刀相助，正臣告诉小陆有关西海道虎铁之印的事情，这是虎源太的一个很重要的武器，于是他们便起身前往寻找…

正臣告诉小陆许多有关斗神士的事情，原来是一千年以前发生了一次大冲突，天流和地流两派的势力因而衰退，但后来，地流的人一直想要打开伏魔殿的鬼门，而天流为了不让鬼门打开，就用咒术一直持守到现在，而地流的斗神士要来讨伐伏魔殿的妖怪，是因为他们想要得到存在于伏魔殿中，足以摧毁世界的力量，所以天流才必须阻止地流的这种野心…

相马是佑磨的弟弟，因为父亲是被弥加土害死的，所以他不希望哥哥听弥加土的话，但佑磨是在弥加土手下做事，他认为父亲的死是因为在工作上出错，所以并不认同相马的想法，兄弟两道不同不相为谋，相马便离开哥哥，小陆很同情他，便让相马住在自己的家里。虎源太要小陆好好修练，便要他去找修行场，而里奈的兴趣正好是看这种妖魔鬼怪的书，于是他们便前往书上写的地方一探究竟…

小陆他们几个已经开学很久了，都还没有决定社团，而由美老师也一直还没决定要带哪个社团，于是最后由美老师决定要让他们几个还没决定社团的人全部参加划船社，并在假日时，大家一起去划船，而小陆和虎源太也趁这个时候去找印，但古地图上有印的地方，现在竟然变成湖了，他们想到要到高一点的地方，才能把印看清楚，因此遇上了一个村庄里的纷争…

桐一看到佑磨每天都努力的在和岚月修行，一点都没有要把他弟弟相马带回来的意思，便向弥加土自告奋勇，要去收拾脱离地流的叛逆相马，正当双方打得如火如荼时，小陆发现他们地流的自己人怎么会互相残杀，于是便将虎源太降神要来帮助相马，桐一称相马为叛徒中的叛徒，因为他父亲也是叛徒，相马相信自己的父亲，于是拒绝小陆的帮忙，要自己对付桐一…正臣告诉小陆有关西海道虎铁之印的事情，这是虎源太的一个很重要的武器，于是他们便起身前往寻找…

看到小陆愈来愈上轨道，虎源太觉得虽然他会的招术不多，但学得却很扎实，于是告诉小陆一个超级的必杀绝招，小陆很奇怪虎源太既然知道为什么不早说，原来这一招的力量太强，会耗尽他全部的力量，虽然不会死，但用过这招之后，会睡著一阵子，也就是说，如果这一招无法打倒敌人的话，接下来就要任敌人宰割了，但反过来说，只要击中对方，它的破坏力会大得令人无法想像…

小陆的爷爷要他去京都的太白神社，听说那里有些事情小陆不能不知道，小陆听从爷爷的话，起身前往京都，只是到了京都之后，问许多当地的人，都没人知道太白神社在哪里，可以说根本就没这个地方，靠著虎源太的感觉，他们终于到了神社，而地流被派在此守候的千早也在这里，于是双方展开激战，当虎源太面临千钧一发之际，守护神社的女巫小荠竟然也降神式神了…

由于千早的枫之红被打败，弥加土发现千早怎么一直都没有回音，于是派以藏带两个新人前往京都，看看是怎么回事，他们到了京都后，随即与小陆展开战斗，小辉和小荠看到他们三个对小陆一个，实在是气不过，于是也加入战斗，以藏发现苗头不对，想要落跑又不能自己落跑，于是乾脆一不做二不休，把自己的两个手下给打掉，带著富士再度逃跑…

佑磨受弥加土之命来到京都，助以藏一臂之力，但佑磨来京都只为了要找正臣决胜负，正臣却告诉佑磨小陆来到京都，于是佑磨便去找小陆。由于小荠的保林和小辉的五十六于前一战都消耗太多力气，小陆便独自向佑磨迎战，佑磨和岚月这一阵子不断的修行，功力变得更强，虎源太的怒涛斩魂剑对岚月一点用都没有，虎源太知道再这样下去一定不行，就叫小陆用虎源太刚教他的绝招百鬼灭衰击…

由于岚月的强烈攻势，虎源太实在抵挡不了，如果再不使出最后的绝招，恐怕就要完蛋了，虎源太就叫小陆用他新教的百鬼灭衰击，出了这招之后，虎源太发出了强大的力量，使岚月几乎不敌，但岚月还是没有被消灭，没想到之后虎源太突然大降神，这就是他之前所说，会用尽他的一切力量，岚月实在抵挡不住，在瑞希的劝退之下，佑磨带岚月退去了，而虎源太因为力量耗尽，随即开始呼呼大睡，在休息当中，小桃带著里奈来找小陆，为了不让她们妨碍虎源太休息，小陆只好带她们出去…

小陆在京都太白神社的御神树中发现的月牙勾，原来是可以前往伏魔殿的道具，小荠与小陆一同前往伏魔殿时，遇到了地流想要来此寻找斗神石的管娜和伯劳，双方便展开激战，地流发现拼不过天流的小陆和小荠时，便赶紧逃走了，虎源太一股气无处发洩，便将有斗神石的树木劈作两半，斗神石便从中跑出来了…

管娜和劳伯进入伏魔殿取斗神石的任务失败，回来后便拆伙。和管娜搭配的是弥加土的义女瑞希，而瑞希则是相马哥哥佑磨的未婚妻。相马想要争一口气给小荠看，便找小陆前往伏魔殿，没想到在那里还到瑞希，瑞希正想为小陆打败的佑磨报仇，双方人马于是展开激战，在争斗之中，斗神石出现了，而且竟被地流的管娜给拿走了，相马因此感到对小陆很抱歉…

看到原来的搭档管娜拿到斗神石，而得到特别奖励，伯劳的心里很不是滋味，心想下一次前往伏魔殿时，不拿到斗神石绝不罢休，于是便和新的搭档菊先前往伏魔殿，而以藏听说天流的白虎也进了伏魔殿，便和他们一同前往。一场激烈争斗之后，虎源太好不容易拿到了斗神石，却因为五十六一撞而被伯劳的式神籐兵卫拿走，而以藏的富士又把籐兵卫杀掉抢走斗神石…

学期结束要放暑假了，由美老师要划船社在暑假期间自由练习，但小桃担心这么一来，那么小荠就会整天跟小陆在一起，所以说什么也要在暑假里办集训，于是就紧跟著小陆，小荠认为反正除了斗神士之外的人，都进不去伏魔殿，也就不以为意，没想到小桃等人竟然都进得去。他们来到一座有山有水的伏魔殿，虎源太和地流的对手在水中展开战斗，但虎源太却动弹不得…

正臣需要借助小陆的力量，便找他一起进入伏魔殿，而当正臣摩托车爆胎时，帮他解决问题的疾风，也正好去了同一个伏魔殿。原来疾风是地流的斗神士，因为有2个地流斗神士失去消息，怀疑是被人打败了，于是弥加土便派疾风前往调查，有一面之缘的两人于是展开激斗。小陆受正臣之托，进入伏魔殿中寻找斗神石，但始终没找到，出来时却看到正臣正在和疾风战斗…

小辉人在北国的温泉区里，却寄了一封信来向小陆求救，原来在他所在的深山里，最近受到野生动物侵袭的情形非常严重，小辉怀疑那是妖怪在作孽，但妖怪都是晚上出来，而五十六于夜间的眼力并不好，小辉于是写信求助于小陆。那是一种叫朵蝇会飞的妖怪，它的头目会一直生，数量多到不可胜数，让虎源太和五十六几乎无法招架，只能把头目打倒，才能将它们一网打尽…

相马去看他的妈妈，可是妈妈一点也不记得他了，相马伤心之余，要和小陆一起进伏魔殿。以藏手里拿著斗神石前往伏魔殿，他一心一意要找小陆报仇，现在终于让他等到小陆了，但富士根本不是虎源太的对手，当富士已经不行的时候，以藏就把斗神石放入富士的身体，富士因此大降神了，但这种大降神会让式神十分痛苦，不过以藏一点也没为富士著想，只考虑到自己的利益，虎源太实在看不下去了，就叫小陆大降神，才能制止富士…

小陆和虎源太掉入伏魔殿的深渊里，不料醒来时遇到一个斗神士，不明究理的就向小陆攻击，但虎源太刚大降神结束睡著了，无法出来战斗，小陆只好没命的逃，幸亏遇到另一位斗神士解救，他也是天流的斗神士，名叫八云。另一方面，正臣受小桃之托，与小荠及相马前往伏魔殿救小陆，却遇到瑞希和管娜拦阻去路，正臣一个人对付她们二人，还把她们打得落花流水…

经历了几次大降神的经验后，小陆觉得这个绝招实在太危险，他不太想再用这一招了，于是自主动说要去找印，便单独前往伏魔殿，那是一个让小陆觉得似曾相识，却又想不起来的一个有美丽景色的地方，没想到地流的人又来破坏，小陆实在忍无可忍，但虎源太的绝招已经用尽，小陆不愿意再大降神，又不能让他们恣意的破坏，便努力的想起新的印来…

小陆自从爷爷叫他去了一趟京都回来之后，就开始不断的做梦，梦到许多从前的事，但小陆并不明白梦中的意思是什么。有一天小陆等人发现有好多妖怪跑出来，原来是地流建设中的大鬼门，不小心打开了一部分，让许多妖怪跑出来，因而造成弥加土大楼的周边，发生极强烈的阵风，使许多人们受伤，小陆等人好不容易将那些妖怪都赶走了，但佑磨却又找上门来了，他一定要和小陆拼个你死我活…

在佑磨使出大降神之后，小陆回想起更多痛苦的过去，让他几乎无法面对，于是便丢下神操机，使虎源太败给了大降神的岚月，小陆则因此失去了成为斗神士这段期间的记忆，让其他人不知该怎么办才好，但小陆却知道自己似乎忘记了什么十分重要的事情，他非常想要记起来，便求助于正臣，正臣便带他前往虎源太所在的名落宫，让他靠自己的意志，找回他所遗忘的事情…

小陆在正臣的帮助之下前往名落宫，终于顺利找到虎源太，也在此遇到同是天流的八云，原来八云去名落宫是为了取得零神操机。上次与八云对战神流的大信再次出现，要与八云再战，拿到零神操机的八云欣然接受挑战，原来大信也不是等闲之辈，在千钧一发之际大降神了，八云当然也不甘示弱，展现出零神操机的神奇力量，同时出现了5尊式神，与大降神对战…

小陆去找弥加土谈判，希望他不要再放妖怪出来，伤害一些无辜的百姓。小陆来到弥加土总公司的大楼，简直就是大开眼界，他从没到过这么气派的地方，而弥加土公司的人也对他相当礼遇，弥加土派佑磨出来与小陆见面，让双方再度展开激战，打斗之中，岚月大降神时，虎源太也大降神了，双方势均力敌，不相上下，此时正臣想要趁双方僵持不下之际突袭佑磨，却被瑞希制止了…

因为弥加土打开大鬼门，在这炎热的夏季气候里，竟然飘起雪来了，相马要去阻止弥加土，却被小陆制止了，因为以他们现在的力量，绝对是无能为力的，但就在打开大鬼门的同时，妖怪土蜘蛛跑出来，阻挡在公路上，造成交通大乱，小陆和相马合作，好不容易才将妖怪打败，不过在这8月的酷夏里，雪却仍然下个不停，气象预报甚至说这场雪暂时没有停止的迹象…

由于大鬼门的开放，炎热的夏天突然下起雪来，而且还下个不停。小陆因为突然听到太多的事情，脑子里一片混乱，便想在上学的时候，好好的理一理头绪，因为弥加土的说法，与八云的说法完全不同，小陆便决定要亲自去证实这一切事情的前因后果。在大鬼门打开的同时，佑磨与瑞希被拖到伏魔殿里去了，但当瑞希醒来的时候，却失去了她当斗神士之时的记忆，这又更加深了佑磨对天流的恨意…

地流开放大鬼门，对各方面都带来了极大的影响，不但气象大乱，各地也出现许多妖怪为害社会，小陆等人看到新闻报导之后，决定要去一个有许多妖怪加害人类的地方，赶走那些妖怪。他们在那里，遇到一个与地流订了契约的当地斗神士小昴，小昴是一个小孩子，小陆等人后来发现原来小昴连神操机都不会使用，于是相马便自告奋勇要教小昴如何使用神操机…

小陆和虎源太在打斗中，被泰山引到另一个地方去，起先看到这个地方有许多奇形怪状的果实，还以为是在伏魔殿里，没想到竟然跑到遥远的四国去了。原来是南海要泰山将小陆引过去，和他一较高下，南海以和自己的式神鲇棒30年的情谊为傲，不相信初出茅庐的小陆会有多大的能耐。而农作物会生长得这么奇怪，就是南海所负责建设的大鬼门和四鬼门所害的…

佑磨和瑞希在伏魔殿中遇到神流的尚觉和禅定，神流的人是不能让人发现他们的身份的，所以他们当然也不会放过佑磨，经过一番搏斗，岚月始终都没有办法好好的施展能力，那是因为佑磨的心中犹豫不定，他要佑磨好好的想一想，究竟什么才是他现在最想要的，等佑磨想通之后，岚月才能按照佑磨的心意，做出最适当的打斗，解决燃眉之急…

小辉在海水浴场打工，他的老板和老板娘被妖怪抓走了，所以紧急写信向小陆求援，妖怪是利用人类贪得无厌的心理，变出很多金银财宝的幻影，来引诱人上勾，进而将人抓走，小辉非常痛恨妖怪的这种恶行，又受到小荠的鼓励，就激起他战斗的潜力，非常激动的和妖怪大战，最后竟然还大降神，事后小辉连自己大降神的时候在做什么都不知道…

泰山叫村雨设下陷阱，要陷害小陆，村雨就骗小陆说他父母通过一千年前的大鬼门，跑到现代来找他们的孩子，由于小陆思念自己的父母心切，虽然知道那可能是个陷阱，却仍然想去看看，村雨在大魔殿内利用妖怪，变成小陆父母的形象欺骗他，小陆想见父母的小小心灵被玩弄，完全无法原谅村雨，使得虎源太大降神，不但立即打倒村雨，还破坏伏魔殿内的一切…

划船的秋季大赛即将进入紧锣密鼓的阶段，但是连日以来下雪的天气，让小陆他们的划船社都没办法练习，龙治因此想出了一个更新的特训方法，由美老师担心划船社如果得了冠军，进而参加全国性的大赛，她的休假就会泡汤了，于是开始想尽办法来阻挠划船社得到冠军…

费尽了千辛万苦，佑磨好不容易终于将瑞希带回地流总部了，弥加土原打算将大鬼门交给佑磨继承，但佑磨以瑞希为了掩护佑磨而，失去她的式神海月太夫为由婉拒弥加土，弥加土便要佑磨先打败他才行，经瑞希不断恳求，弥加土才放过佑磨，但弥加土除了惩罚佑磨之外，还把佑磨的直属上司泰山一起处罚，让泰山十分不满。秋季的划船大赛终于开始了，而小陆等人长期以来的练习终于有了成果，在男子组及女子组都分别得了第一名，但…

之前为了解救大降神不成功的地流斗神士，虎源太的虎铁使出了三连击，虽然救回了地流斗神士，却没想到虎铁竟然断了，经正臣的指引，一行人便前往琵琶湖修虎铁，虎源太很纳闷龙治和小荠还有其他人干嘛跟著一起来，而且还是正臣建议的。原来修理虎铁需要五行的配合，人愈多，五行当然就更齐全，于是大家便一起同心协力的合作，这全都是为了帮虎源太及小陆全力修好虎铁…

弥加土的4位核心大臣之中，南海和大隅相继被打败，而泰山又背叛了他，弥加土便再派所剩下的最后一位暮山去打开四鬼门。正臣引导小陆前往暮山所在的地方，自己则在一旁坐观其成，等小陆费尽千辛万苦，好不容易用百鬼灭衰击把暮山打败，虎源太正呼呼大睡之际，逼小陆交出月牙勾，并告诉小陆一千年前大降神攻击天流宗家的式神，并不是小陆所说的岚月…

泰山知道自己背叛地流的事情已经洩露，也知道原来佑磨才是真正的地流宗家，自己便引导佑磨来向他挑战，目的是要引诱佑磨这个地流宗家，来帮他解开自己所在的四鬼门，因为只有天流及地流的宗家，才能解开鬼门，让宇津保复活。正臣向小陆坦承了一切，小陆才知道原来正臣是神流的人，但正臣又告诉小陆当初大降神害他一家的，竟然是虎源太…

弥加土为了取得不应得的力量，和他的式神逸六结合，开始了逆天之式，这么做其实是犯了斗神士禁忌的做法，但弥加土却冥顽不灵，走火入魔。佑磨与小陆一同出现在弥加土面前，形成了天地宗家同时出现的局面，由于佑磨要阻止弥加土的逆天之式，而小陆则本来就要打倒弥加土，两人的目的竟破天荒的不谋而合…

虽然虎源太和岚月共同对付弥加土，但弥加土已经走火入魔，他们实在不是他的对手，眼看著虎源太和岚月就要消失了，但没想到他们却反而重生，变得更厉害，而小陆和佑磨的流派章不但也升级了，他们的神操机还变成终极神操机。经过一番搏斗之后，他们终于打败弥加土，取得最后的胜利。当大家以为一切都结束时，小陆心里却明白，虽然这场灾难结束了，但另一个更大的难关正迎面而来…

弥加土失败后，大鬼门关了，妖怪也不再出现，一切似乎都恢复了和平，但小陆对正臣的事情仍旧耿耿于怀，他不相信正臣是一个坏人。佑磨不肯听父亲的话，执意要去继承弥加土的事业，便被父亲逐出家门。佑磨跑去找小陆决斗，但两人都不知为了什么而决斗，所以虎源太和岚月也就只能你打我，我打你，只为了他们的斗神士而对打，没有任何目标…

四鬼门及大鬼门的封印都被解开，也就等于宇津保的封印解除，他放出了更多的妖怪来为害世界，比之前从伏魔殿所跑出来的妖怪为害更甚，甚至有许多人都变成石头了，小陆便决定要去查明并解决事情，于是照著升级过后的神操机指引，进入了伏魔殿，神流的人也发现小陆进入伏魔殿之事，便派遣2名以前曾经被打败的斗神士，前往讨伐小陆这个天流宗家…

因为世界又被妖魔鬼怪所侵犯，小荠必须照顾受伤的八云，小陆便独自前往伏魔殿去究明原因，小陆遇到了正臣，正臣的神操机也升级为终极神操机，所以牙千代也变得比以前更强了，而小陆不愿攻击正臣，致使佑磨也前来帮忙，此时宇津保出现在他们面前，并将他们打到别的地方去。八云醒来后，说有很重要的事情一定要告诉小陆，便执意负伤前往…

宇津保让正臣与他最尊敬的姊姊臼红相见，臼红与正臣设下了一个圈套，要让八云等人中计，而他们果然就简简单单的掉入了这个圈套，使得小荠和保林被臼红抓走。尚觉听从宇津保的指示，挡住了小陆的去路，对他说从前所发生过的事情，小陆听了之后怒不可遏，便降神要与尚觉对战，没想到虎源太不敌，竟自己大降神，彷佛从前小陆的舅舅雷峰操纵虎源太一样的发狂了…

臼红把保林和小荠抓走，小荠破碎自己的发饰沿路丢在地上做记号，由于八云负伤，便鼓励相马去找小荠，相即便沿著那些记号前往寻找小荠。正臣握了臼红的手，发现她冷冰冰的，心里觉得有异样，牙千代也告诉正臣，他找不到和臼红以前的感觉，并且提醒正臣，若她真的是臼红，那么牙千代就等于达成使命，早就该离开正臣了，可是他们仍然在一起，等于使命并未达成…

臼红骗正臣八云要欺负她，正臣怒火中烧，要攻击八云，但八云却提醒他，被骗的人是正臣自己，由于牙千代之前也提过，臼红可能有问题，正臣便心中动摇，一方面又担心她是真正的姊姊，于是陷入两难。在战斗中，臼红不断的做出斗神士所禁忌的事，也叫正臣做出要让牙千代落入名落宫的事，但正臣实在做不出来，最后只好违背臼红，做出她意料之外的事…

宇津保准备开始消灭这个世界，八云为了制止他的行动，便集合五尊式神的力量，来抵挡这一切。正臣知道真正的臼红并没有被解除封印，觉得心灰意冷，便决定将小陆的母亲交给自己的神操机，拿去还给小陆，小陆觉得一头雾水，于是要求正臣把一切都告诉他，小陆得知一切之后，觉得这个神操机里面是牙千代，便仍然将神操机交还给正臣…

尚觉受了宇津保的命令 成为四大天之一 去破坏八云的五行之柱 并且要打倒地流宗家。相马 小荠 小辉 及睦月等人联合便起来抵抗他。佑磨赶过来 只凭一股蛮劲就想要打倒他 但没想到却连岚月都叫不出来 岚月给了佑磨一些提示 佑磨就从和队员的谈话中 才醒悟到原来自己所缺少的 就是遗忘了当初所立定的最原始最基本的志向…

宇津保唤醒雷峰，要雷峰去打败小陆和虎源太，他们利用计谋，让小陆走进时空的梦境里，和自己的父母相遇，如此小陆就会沉迷在和父母相处的的美梦里，而舍不得离开，雷峰便可以趁机将虎源太打败。然而小陆度过与父母亲在一起的甜美时光后，知道自己真正需要的并不是重温以前的旧梦，而是要找回现在真实的生活，宇津保的计谋因此失败…

小陆和佑磨一同去找宇津保，其他人也都来了，大家便一起抵抗宇津保的力量。宇津保挑拨斗神士和式神们，说他们之间所订的契约，式神们根本就不是出于自愿的，还说服式神们脱离那个让他们受尽痛苦的契约，来和宇津保一起共创美好的新世界，然而每个式神们却都很珍惜他们和斗神士之间的情谊，而不愿听信宇津保的鬼话，宇津保便让式神们一一的消失…

正臣来与小陆及佑磨会合，他们三人尽释前嫌，同心合意对付宇津保，就在宇津保即将再度被封印时，他呐喊著不要再回到从前那个孤独的时候，小陆才警惕到，如果就此将他封印，那就和1200年前一样，只是重蹈当时的覆辙而已，于是小陆决定要救宇津保，不要让他再继续受被封印的痛苦了，但宇津保却用心理战术，把他们3人批评得无一是处，要他们失去对自己的信心…

宇津保让虎源太、岚月及牙千代 以及所有式神都消失不见 他认为如此一来小陆等人就束手无策了 但是他们却毫不畏惧 因为他们知道四季仍会不停的转动 气候仍会不断地改变 这代表著 即使式神外在的形象都不见了 但式神们仍然会继续守护著太极。宇津保这才意会到 原来从前他带给四大天的力量 并不是他自己的力量 只是藉助式神的力量而已。宇津保的心防终于被攻破 于是便放手让一切都回复原来的样子…