キノとエルメスは入国審査所から町の中まで人間がいない国に辿り着く。そこは全てのことを機械がやってくれる親切な国。そのために人々は1人で閉じこもって誰とも接することなく暮らしていた。3日目の朝を迎えたキノ達は1人の男と出会う。キノがこの国の人はどうしてみんな1人で閉じこもって暮らしているのか聞くと…。

雪に埋もれている一台のトラックとテントを発見するキノとエルメス。異様な匂いと食べ物の残骸が残るテントの中には、3人の男達がいた。冬の始まりからこの場所に足止めをさせられた男達は、食料も底をついてとても憔悴しきっていた。食べ物を要求する男達のためにウサギを狩ってきたキノは、調理を始める。

この国に大昔から伝わる予言の書を「明日の朝、世界が終わる」と解読した南の司祭。その予言に人々はうろたえず真摯な気持ちで受け止めていた。ここでは代々その日のために備えていたし、今まで予言と共に生きてきたのだ。そして迎える翌朝、世界は終わっていなかった。狼狽する人々を見つめているキノ達は何を思うのか？

キノが訪れた医学の発達した国ではイヤな顔せずみんな笑顔で働いていた。この国では12才になったら、イヤなことや間違っていることも絶対にやらなければならない大人にするため、頭を開けてその中の子供を取り出すのだ。そしてキノが出会ったこの国の少女は、明後日12才の誕生日を迎え手術を受けなければならず…。

がたがた揺れながらも列車のレールの間を進むキノとエルメスは、レールの道のまっすぐ先に人影を見つける。ゆっくり近づいていくと、黒いボロボロの制服を着た鉄道員らしき男が1人、しゃがんで何かをしている。キノがその男に尋ねると、彼は草取り、レール磨きなどの仕事を50年間、全部1人でやってきたと答える。

この国では、地上に住む一級市民と、地下のどぶ街をネズミみたいに暮らす人々、そして奴隷から成り立っていた。入国したキノは、自動的に一級市民になれるというトーナメント式の戦いの参加資格が与えられる。戦いへの選択の返事を迫られ、参加することを決めたキノは、この戦いで何を見るのだろうか!?

トーナメントに勝ち抜いたキノ達4人は王宮に呼ばれ、褒美にと人形劇を見ることになる。その人形劇はこの国と王の悲劇の歴史そのものであった。そこで「こんなことを続ければ俺もこの国もやがて破滅する」という王の告白を聞かされるキノ。そんな王に対してキノは「それなら、どうして続けるのですか？」と聞き返すが…。

山間の小さな国の倉庫のような家で少女ニーミャは遂にあるモノを完成させた。ニーミャは国長にある許可をもらおうと自分の夢をかけて最後の直談判に行くが、国長にはまるで相手にされなかった。落ち込むニーミャに旅人が話を聞くと、どうやら彼女は国の大広場にある偉大な建国の神様の銅像を無くして欲しいらしく…。

その国では世界中の本を集めていて、図書館で借りられるのは、持ち込んだ本と同じ冊数だけ、という本の国だ。その国に向かう途中、行き倒れの男を砂漠で助けるキノ。その男は、本の国から脱出してきたらしく「実はあの国では、本を書くことが禁止されているんだ。だけど僕は本を書く仕事がしたくてね」と語り出し…。

キノとエルメス（メーター故障中）が森の中を走り抜けると、突然茂みの中からおばあさんが飛び込んできた。ぶつかる直前で急停車するが、おばあさんは平気な顔をして微笑む。おばあさんに今目指している国の行方を尋ねるキノ。すると彼女はこの辺りに国はないと答え、自分がメイドとして仕えている家に泊まるよう勧める。

酒場のカウンターにいる男は、昔、悪人だったころに彼女のフィアンセを殺してしまい、その罪を償うため彼女の旅の護衛をするという。男は酒を飲みながらキノに、旅で一番気をつけなくてはいけないことは何かと尋ねる。「命をなくさないことです」と答えるキノ。翌日、森の中で突然銃声が鳴り響く。彼女が男を撃ったのだ。

真正面に巨大な大砲が口をこちらに向けて待ち受けている国に入国したキノとエルメス。市街地へと向かうために街路を走るキノ達は、これまで使われてきたバズーカ砲や装甲車などの過去の兵器が、その道の両脇にオブジェとして並べられているのを目撃する。しかし、それらとは対象的に町の人達は皆穏やかな様子で…。

旅人の評判が、かなり良くないらしい国へと向かうキノとエルメス。そこは旅人に対して酷い応対ばかりしているらしかった。「それでも行くの？」と聞くエルメスに対して、「だから行くんだ。そこまで言われるなんて、どんなところか興味がある」と言うキノ。やがて、グレイの城壁に囲まれた国がキノ達の前に見え始めて…。

A prequel to the series, showing Kino being trained by her teacher, learning to ride Hermes, and discovering her naturally excellent marksmanship before eventually deciding to return the original Kino's coat to his mother.

The inhabitants of the country are building a giant tower. A twelve-minute episode of Kino's Journey which was not included in the official TV series.

Kino and Hermes journey to a highly advanced country where the people live confined in a sealed environment. By request of her father, Kino tells about her travels to a sick girl who is hospitalized there.