아빠 스콧과 그의 동료 알과 함께 배를 타고 여행 중인 소녀 마리나. 그들이 들린 항구에서 상어가 재벌가의 딸 셰릴의 배를 습격하고, 셰릴은 상어 퇴치에 100만 달러의 상금을 건다. 사람들이 상금을 노리고 몰려드는 상황에 마리나의 친구인 범고래 티코가 위협을 받고, 이들은 위험을 피해 떠나려 한다. 하지만 상어에게 습격 받는 셰릴을 발견하고 그녀를 돕는데…

파나마 운하를 지나 카리브 해에 도착한 나나미 일행은 보물 절도범으로 몰려 해양 경찰의 조사를 받는다. 알고 보니 주변 바다를 전부 멜빌 재단에서 구입해 사유지가 됐다는 것. 경찰과 함께 나타난 셰릴은 페페론치노 호를 전부 뒤집어 놓은 후 배에 함께 타겠다고 선언한다. 셰릴을 떼어놓고 돈을 벌기 위해 육지에 상륙한 알과 나나미. 그곳에서 남자들에게 쫓기는 소년 토마스와 만나는데…

평온한 대서양 바다 위에서 사고를 당한 리처드를 건진 페페론치노 호. 사실 리처드는 범죄 조직이 밀수를 위해 바다표범을 남획하는 모습을 사진으로 찍어 쫓기고 있었다. 이 사실을 모르고 의사를 찾아 무선을 보내는 알. 그 무선을 듣고 범죄 조직이 찾아오는데…

페페론치노 호가 구조한 남자 ‘리처드’는 리우데자네이루의 범죄조직, 리우 커넥션이 무기 밀수를 위해 바다표범을 죽이는 장면을 촬영하고 그들에게 쫓기고 있었다. 페페론치노 호는 리우 커넥션을 피해 탈출구가 없는 육지 후미진 곳으로 들어가게 되는데…

범죄조직, 리우 커넥션은 리처드가 찍은 필름을 내놓으라며 마리나를 인질로 잡는다. 스콧은 필름을 내놔도 위험할 거라면서 마리나를 구하기 위해 따로 움직이는데…

평화롭게 대서양을 지나는 페페론치노 호는 우연히 지나던 흰수염고래를 만난다. 마리나는 고래에 꽂힌 이상한 작살을 발견하고 뽑아 버리는데, 이것은 GMC가 트론티움을 찾으려고 부착한 것이었다. 르콩트 박사는 고래에 다시 작살을 부착하려고 찾아왔다가 페페론치노 호와 마주치게 되는데…

몰래 페페론치노 호의 스퀴드 볼에 탔다가 쓰나미로 인해 바다 밑에 빠진 토마스. 너무 깊은 곳까지 떨어져 끌어올릴 방법도 없다. 게다가 토마스가 방법을 찾기 위해 이것저것 누르다가 공기까지 방출해 버리고 말았는데... 외부에선 방법이 없어 결국 토마스에게 스퀴드 볼을 조종하도록 시킨다.

콩고 호로 이동, 탐사 중에 침몰선을 찾은 알. 건져 올린 상자 안은 텅텅 비었지만, 항해일지를 하나 발견한다. 알은 정보를 얻으려 나섰다가 게일을 만나고, 함께 보물을 찾으려고 혼자 배를 나서는데…

알을 뒤쫓아 보물을 찾아 나선 토마스와 셰릴. 밀림의 침팬지들에게 공격당하던 중 게일의 도움을 받는다. 드디어 보물이 있는 곳에 도착해 문을 여는 순간 페페론치노 호가 뒤쫓아 오는데…

메탈클로를 피해 육로를 가로지르는 방법을 생각해낸 토마스. 하지만 무사히 티코를 이동시키기 위해선 시간 내에 이동해야 한다. 하지만 중간의 사고로 티코의 목숨이 경각에 달하는데…

페페론치노 호는 바다에서 우연히 호화 여객선과 마주친다. 그 배의 승객 태프트 부부는 마리나를 여객선으로 초대하고, 마리나는 처음 보는 것들에 눈을 빼앗긴다. 하지만 태프트 부부에게 뭔가 사연이 있는 듯한데…

갑자기 울음을 터트린 메그 아주머니. 알고 보니 태프트 가족은 2년 전 딸 매기를 바다에서 사고로 잃었다고 한다. 비슷하게 생긴 마리나를 보고 매기를 떠올린 것. 서로의 슬픔에 위기에 처한 가족. 과연 태프트 가족은 위기를 극복할 수 있을까?

마을에 들러 여러 가지 쇼핑을 한 페페론치노 호 일원들. 그런데 다시 출항하고 연달아 배에 사고가 터진다. 수도관에 문제가 생기고, 엔진이 고장 나고, 오븐도 이상하고. 그러던 중 토마스는 혼자서 문제 상황에 직면하고 고군분투를 하는데...

알의 고향 시칠리아 섬으로 향하는 페페론치노 호. 그곳엔 알의 할머니와 사촌 엔리코가 살고 있다. 다 같이 즐거운 시간을 보내던 중 갑자기 양복을 입은 남자들이 찾아온다. 알고 보니 섬에 리조트 호텔을 지으려고 한다는데...

쇠락해 가는 마을을 살리기 위해 조르디노에게 집의 권리서를 넘기는 엔리코. 하지만 직후 조르디노가 한 말이 거짓임을 알게 된다. 이를 알게 된 마을 사람들은 모두 모여 섬 개발을 막기 위한 작전을 짜는데...

오랜만에 해류를 따라 즐기는 페페론치노 호의 식구들. 하지만 뭔가 반응이 이상한 티코를 보고 마리나는 걱정한다. 스콧은 티코를 보고 아기를 가졌다는 것을 눈치 채고 출산에 적합한 장소를 찾는다. 한편 르콩트 박사와 베넥스는 황금 고래의 단서를 얻고 스콧을 찾으려 하는데...

출산을 앞두고 예민해진 티코. 갑자기 르콩트 박사의 배가 나타나 놀라 날뛰고 만다. 베넥스는 큰돈을 제시하며 연구 자료를 얻으려 하는데... 티코는 무사히 아기를 낳을 수 있을까?

스콜피오 호를 쫓아 북해로 향하는 페페론치노 호. 하지만 갑자기 나타난 범선이 대포를 쏘아대서 놀란다. 배의 주인은 셰릴의 아버지였고, 북해 유전의 담당자 필립을 결혼 상대로 내세워 강제로 약혼을 시키려 하는데...

북해 유전에 1주년 파티가 열리는 사이 해저사면이 무너져 파이프라인에서 원유가 유출되고 만다. 하지만 유전에서는 대처가 없고, 페페론치노 호는 원유 피해를 막으려 노력하지만 쉽지 않은데...

마리나와 일행을 위협했던 이누이트 할아버지는 오해를 풀고 황금 고래와 관련된 전설을 이야기해준다. 그리고 할아버지의 손녀와 함께 빛나는 빙산을 찾아 떠나는데...

마리나 일행은 빙산의 붕괴로 위험에 처했지만 스콜피오 호에 구출된다. 투피아는 부상으로 치료를 받으러 떠나고 마리나와 스콧은 빙산을 확인하러 스퀴드 볼을 타고 바다 속으로 들어가는데...

빙산 속에서 발견한 고래 뼈를 차지하려고 무리하게 빙산을 폭파시키는 고르와. 하지만 배를 빙산 틈새로 밀어 넣었다가 그 사이에 갇히고 만다. 그들을 구하러 알이 나섰지만, 반대로 알이 빙산 사이에 갇히는데...

티코의 죽음으로 슬픔에 빠진 마리나. 모두들 위로하려고 노력하지만 마리나는 도통 기운을 찾지 못한다. 그러나 주니어와 나간 바다에서 흰수염고래와 마주치게 되는데...

엄마가 살던 섬을 가려 일본을 방문한 페페론치노 호. 관광을 하려는 일행과 헤어져 스콧과 마리나는 섬으로 향한다.

엄마가 살던 섬에서 나기사 이모를 만난 마리나와 스콧. 나기사는 엄마를 기억하지 못하는 마리나를 위해 예전에 녹화한 영상을 찾아 보여준다. 마리나는 영상을 보다가 엄마 기억을 떠올리고 감격하는데...

일본을 떠나 다시 바다로 나온 페페론치노 호. 낡은 배 여기저기를 수리하다 치명적인 손상으로 바다 한가운데서 배가 멈추게 된다. 열심히 수리를 하던 중 이상한 안개가 몰려오고 사람이 없는 배가 등장하는데...

세계에서 제일 깊은 바다, 마리아나 해구로 향한 페페론치노 호. 깊은 바다를 탐사하기 위해 새로 스퀴드 볼 2호를 개발해 시운전을 한다. 한편 제임스는 문어를 잡아 멜빌 가문의 ‘에드워드 경의 날’을 준비하고, 셰릴은 문어 귀걸이를 하기 싫어 바다에 빠뜨리는데...

물품을 보충하러 뉴브리튼 섬에 정박한 페페론치노 호. 마리나는 물품을 사러 나갔다가 다니엘에게 맞는 벤을 발견한다. 벤은 곤충을 좋아하는 소년으로, 다니엘이 다른 나비로 아이들을 속인다고 하는데...

스콧의 학회 참석을 위해 호주에 방문한 페페론치노 호. 마리나와 토마스, 알은 캥거루를 보러 시드니 외각에 나갔다가 오리너구리 알을 훔치는 밀렵꾼들을 마주친다.

황금 고래의 단서를 바탕으로 코모로 제도로 향하는 페페론치노 호. 가는 도중 셰릴은 수중 바이크를 맘대로 탈 수 없자 화가 나 비행기를 몰고 나선다. 하지만 제대로 조종하지 못 하는 것을 보고 스콧이 도우려다 무인도에 불시착하게 되는데...

황금 고래의 단서를 쫓아 코모로 제도에 간 페페론치노 호. 술집 주인 앙주앙에게 빛나는 괴물에 대한 전설을 듣는다. 스콧과 일행은 빛나는 괴물을 확인하러 나서는데....

황금 고래의 단서를 듣고 깊은 해구로 향한 페페론치노 호. 밤에 나타난 빛나는 존재를 발견하고 확인하기 위해 대기한다. 한편 앙주앙은 술집에서 ‘빛나는 괴물’에 대한 새로운 정보를 알게 되는데...

드디어 황금 고래를 발견한 스콧. 바로 그 뒤를 쫓지만 쫓아가기가 버겁다. 배의 엔진 음에 고래들이 놀라 공격하기도 하자 대책으로 돛을 펼치게 되는데...

식량이 떨어져 가는 페페론치노 호. 하지만 스콧은 자신의 건강도 도외시하고 황금 고래를 찾는 일에 몰두한다. 알이 더 이상 남극에 머물 수 없다고 하자 스콧은 혼자 남겠다고 하는데...

드디어 황금 고래와 만난 페페론치노 호. 하지만 기쁜 것도 잠시, 최신 군사기술을 갖춘 국제남극재단의 배가 나타나면서 황금 고래가 위험에 빠진다.

베넥스가 황금 고래를 잡아가자 스콧은 그들을 막기 위해 그들의 기지 안에 잠입한다. 그곳에서 황금 고래로 생물병기를 만들려 한다는 사실을 알고 분노하는데...

마리나와 토마스는 페페론치노 호가 불타는 모습을 보고 경악하지만 배의 일행들이 무사한 것을 보고 안심한다. 황금 고래를 구출하기 위해 나서려던 참에 사방에서 동물들이 몰려들어 기지를 공격하는데...

황금 고래를 구출한 일행들. 그 과정에 베넥스는 사고로 사망한다. 바다로 돌아온 황금 고래는 마리나를 부르는데...