Alors qu'elles visitent tranquillement la Tour de Tokyo avec leurs écoles respectives, Shidô Hikaru, Ryûzaki Umi et Hôôji Fû sont téléportées sur Cefiro par la princesse Emeraude. Accueillies par le mage Clef, elles apprennent que pour sauver ce monde du chaos, elles doivent devenir des Magic Knights et délivrer la princesse qui a été enlevée par le grand prêtre Zagato…

Les Magic Knights, après un combat éprouvant contre Zagato, doivent affronter un dernier ennemi, infiniment plus puissant que le Grand Prêtre et qu'elles seules peuvent vaincre…