光、海、風の三人は社会見学で東京タワーを訪れていた。しかし、突如現れた金色の光が辺りを包んだ。呆気にとられる3人に光の中から少女が訴えかけてきた。「どうか、この世界を助けて。伝説の魔法騎士たちよ……」やがて光が収まると3人の前には、空に島が浮かぶ信じられない光景、異世界セフィーロが広がっていた。

魔法の武器を受け取るため、創師プレセアの元へと向かった光達。魔物が跋扈する沈黙の森をなんとか抜け、プレセアの館にたどり着く。事情を聞いたプレセアは、伝説の魔法騎士達の来訪を喜ぶが、その時、魔物が襲撃をかけてきた! しかし、今は武器を持たない光達。プレセアは心で武器を呼び寄せろと言う。

魔法の武器に必要な鉱物エスクードを求め、旅を続ける光達。森の中で魔物に襲われた時、フェリオと名乗る剣士に助けられた。光達は感謝するが、風だけは彼を怪しむ。フェリオを交え進む一行の前に、生き物を魔物に変えてしまう岩が出現。フェリオが岩に吸い寄せられてしまった! 岩を砕けと言うフェリオに風は……。

伝説の泉エテルナまであと少しに迫ったところで、光達はアルシオーネの待ち伏せにあってしまう。海は負傷し、一人で挑んだ光も追い詰められていく。魔法さえ使えれば……風にかばわれるだけの自分の無力さに悔しさを滲ませる海。光を助けたいと願う海に、クレフの思念が語りかけてきた。海は、新たな力に目覚める!

遂にエテルナに到着した光達はエスクードを求め、不思議な泉に飛び込んだ。だが3人は途中ではぐれてしまい、しかも光には愛犬の閃光、海には両親、そして風には自分自身が襲いかかってきた。愛する者からの攻撃に戸惑い、徐々に傷ついていく光達。しかし、その時、エメロード姫の幻が現れ、ある問いを投げかけてきた。

ようやくエスクードを得た光達はプレセアの元に持ち帰り、武器の完成を待っていた。そこをアスコットの放った魔獣が館を襲う。光達は立ち向かうものの、3人の魔法や武器では全く歯が立たない。過酷な状況の中で、伝説の武器を創り続けるプレセアのため、3人は必死に抵抗するが、とうとうプレセアの部屋も崩れ落ちる!

エメロード姫救出のため、アスコットに近づいたフェリオだが逆に囚われてしまった。フェリオを想う風だが、彼の救出は危険だと一人反対する。しかし翌朝、風は罠を覚悟で単身、フェリオの元へ向かっていた。魔獣に挑む風は次第に追い詰められていく。絶体絶命の中、風が大切な人を守りたいと強く想った、その時……。

魔物に襲われている子犬を助けた光。その子犬に愛犬の姿を重ねた光は、閃光(ヒカリ)と名づけ飼うことにした。しかし、子犬はアスコットの放った刺客だった。突如魔物に変貌した子犬を攻撃しようとする海と風に、光は戸惑いつつも魔物を護ろうと立ちふさがる。しかし魔物は海と風を攻撃、傷つけていく。その光景に光は……。

望郷の想いが募り、つい弱音をはいてしまう海。光と風はそんな海を勇気づけようとしたが、その時、アルシオーネが強力な魔法を放ってきた。その攻撃に光と風は雪と氷の世界に飛ばされ、強烈な冷気に倒れてしまう。そして、海だけは東京タワーの展望台で目を覚ました。だが、そこは自分の作り出した迷いの世界だった!

ついに海中の神殿で、魔神セレスと出会った海。セレスは海に魔神をまとうにふさわしい証、心の強さを示すように告げる。その時、外で待つ光と風に魔獣が襲ってきた。絶体絶命の危機に陥りながらも、光達は海と魔神の邂逅を邪魔させまいと死闘を続ける。光達の危機に気付いた海は、セレスよりも2人を助けることを選ぶ。

次なる魔神を探し空に浮く山を目指す光達。しかしザガートの攻撃に遭い、エメロード姫に間一髪で救われるものの、移動手段を失ってしまう。光達は、近くの村で態勢を立て直すことにしたが、村に入った途端、一行を村民が襲ってきた! 手出しのできない光達をあざ笑うかのように、その影には幻惑師カルディナの姿があった。

空の神殿へ向かう光達にカルディナの魔の手が迫る。カルディナの放つ幻覚に翻弄された3人は近くの洞窟に逃げ込むが、中には石化されたはずのクレフがいた。いぶかしむ一行をクレフは洞窟の奥へと誘う。そこには何とエメロード姫の姿が。しかし驚愕する一行に向けて、冷たい表情を浮かべた姫が強力な攻撃を放った!

戦闘にも慣れ、連携も決まるようになった光達。魔物を倒し2体目の魔神を目指し進もうとした時、背後から謎の魔物が海と風を連れ去ってしまった。モコナを介してクレフに尋ねてみたが、彼にもその魔物の正体は判らない。襲われた状況を思い出しつつ必死で2人を探し、ようやく糸口を掴んだ光は、ある作戦を決行する。

嵐を越え、空の神殿にたどり着いた風達の3人。一方、フェリオがイノーバの策略により囚われてしまった。「魔法剣士となることを諦めれば、この者を帰してやろう……」魔神ウィンダムを前に、イノーバは風へ決断を迫る。仲間やフェリオの苦しむ姿に心が揺れる風。だが思案の後、決意を固めた風は毅然と剣を構えた。

最後の神殿へ向かう光達の前に立ちはだかる影があった。彼の名はラファーガ。姫を守る親衛隊長だったが、ザガートに精神を支配されてしまったのだ。剣技のみで攻撃を繰り出すラファーガに、自らも剣技で応じる光だったが力の差は歴然であった。光の剣を奪い、止めを刺そうとした時、伝説の武器は閃光を放ち炎へと変じる。

ザガートの配下も残るはイノーバだけとなった。ザガートの真意を知るイノーバは、人間の姿に戻れなくなることも厭わず、本来の姿へと変身する。聖獣と化したイノーバは圧倒的な力で光達を追い詰めていく。だが、そんな時、封印されていた記憶を呼び起こしたフェリオから、光達に通信が届いた。

光達は最後の魔神を蘇らせるため、火山の神殿へと向かう。神殿の奥に導かれた光の前には、炎のたてがみを揺らす巨大な獅子が鎮座していた。「心の強さを我が前に示せ」厳かに語ると、光は神殿の入り口へ連れだされてしまう。そこには絶体絶命の海と風、そして魔神復活を阻止するため、宿敵ザガートの姿があった。

遂に3体の魔神を蘇らせ、姫が幽閉された城に向かう光達。だが黒き魔神に乗り込み、魔法騎士たちを阻止せんとするザガートが立ちはだかる。3対1にも関らず強大な魔法と強固な意志の力で一歩も退かないザガートに対し、絶望感だけが広がってゆく。しかし、一緒に東京に帰るという約束のため、3人は再び立ち上がる。

遂にザガートを倒した光達はエメロードの元へと急ぐ。しかし、魔神は「最強の敵との戦いに備えよ」と語りかけてきた。ザガートは倒したのに……首を傾げる3人の前に、不気味な黒い鎧を纏った女性が姿を現す。それは愛する者を殺された憎しみに変り果てたエメロードであった。