Alors qu'elles visitent tranquillement la Tour de Tokyo avec leurs écoles respectives, Shidô Hikaru, Ryûzaki Umi et Hôôji Fû sont téléportées sur Cefiro par la princesse Emeraude. Accueillies par le mage Clef, elles apprennent que pour sauver ce monde du chaos, elles doivent devenir des Magic Knights et délivrer la princesse qui a été enlevée par le grand prêtre Zagato…

Portées par un animal invoqué par Clef, Hikaru, Umi et Fû arrivent dans la forêt du silence et y rencontrent Presea et Mokona. Mais, comme partout sur Cefiro, le chaos propage ses monstres et amène nos héroïnes à faire preuve d'astuce pour vaincre.

Alors qu’elles se rendent au lac Eterna, elles rencontrent un homme nommé Ferrio qui les sauve d’un monstre. Ferrio leur propose alors d’être leur guide pour sortir de la forêt du Silence. Elles disent non, et essaient de le perdre, mais il les suit toujours. Les filles discutent alors du fait qu’il est leur guide, mais elles ne peuvent pas lui faire confiance, en raison du fait qu’il est encore un étranger. Elles le laissent être leur guide et utilisent la nourriture comme moyen de paiement puisqu’ils n’ont pas d’argent. Nous découvrons alors que Ferrio était un amuseur, et que la princesse Emeraude lui a sauvé la vie alors qu’elles pensaient qu’il avait volé dans le château. La princesse Emeraude a alors dit aux gardes que c’était un cadeau (le trésor ressemblant à un œuf) pour lui. C’est pourquoi il est en quête de sauver la princesse Emeraude.

Les filles se réfugient dans ce qui semble être un village désert. Elles sont capturées dans un filet et découvrent que les villageois se cachaient des monstres, corrompant ainsi leurs terres. Un monstre fait alors son apparition, forçant les villageois à se cacher.

Alcyone supplie Zagato de lui donner une autre chance, de tuer les Chevaliers Magiques, après avoir dit qu’elle avait un plan (cette fois-ci). Les filles atteignent un lac, pensant qu’il s’agit d’Eterna. Un monstre les attaque alors et Umi le détruit avec son Dragon d’Eau. Le monstre pleut sur eux, les faisant briller, et elles l’éliminent, après qu’elles se soient séchées. Elles se dirigent vers Eterna, tandis qu’Alcyone les observe au loin, riant pour elle-même.

Ascot envoie l’une de ses créatures vermifuges tuer les Chevaliers Magiques. Les filles disent à Presea de prendre soin de leurs armes, pendant qu’elles occupent le monstre. Le ver attaque les Chevaliers Magiques qui réussissent un peu à se défendre, mais il se retourne et se dirige vers quelqu’un d’autre… Presea !

À chaque tremblement de terre qui se produit à Cephiro, cela signifie que Cephiro est en train de tomber. Si Cephiro tombe complètement, elles ne peuvent pas retourner dans leur monde. Pour devenir un Chevalier Magique, elles doivent réveiller leurs Machines.

Hikaru prend un monstre d’aliénation pour s’en occuper. Elle l’appelle Hikari en l’honneur de son chien. Nous découvrons alors que Hikari est en fait un monstre qu’Ascot entraînait…

Alcyone parvient à tromper Ascot pour qu’elle la libère de la barrière qui la retient contre son gré, en lui promettant de donner du pouvoir à l’un de ses monstres pour le rendre assez fort pour tuer les chevaliers magiques. Dans un champ ouvert, Umi est toujours obsédée par sa compétition d’escrime qui était dans une semaine lorsqu’ils sont arrivés à Cephiro, même si des jours, voire des semaines se sont déjà écoulés. Hikaru suggère que si elle le souhaite assez fort, peut-être qu’elle peut encore se rendre à la compétition - puisque Cephiro est une terre de pouvoir.

Umi tombe malade et est séparée des deux autres filles par une peinture d’un dragon bleu qui a pris vie. Ascot se présente alors avec son monstre, et ils combattent Hikaru et Fuu. Ascot s’enfuit. Pendant ce temps, le dragon bleu dit à Umi qu’elle doit montrer son courage du cœur.

Les filles s’envolent vers la montagne volante qu’elles ont vue pour la première fois lorsqu’elles y ont été transportées. La montagne tient le château où se tient la princesse Emeraude. Alors qu’elles y arrivaient presque, elles furent attaquées par Zagato, mais sauvées par la princesse Emeraude. Ferrio s’ennuyait, et tout en se reposant, il sortit son communicateur. Il reçoit alors un message de la princesse Emeraude pour sauver les filles au bord du lac du village du Pirée. Il s’exécute, et il s’y repose un peu. Pendant ce temps, les villageois sont torturés par un serviteur de Zagato nommé Caldina. Lorsqu’elle demande de l’argent, elle change d’avis en voyant les filles et Ferrio lorsqu’ils entrent dans le village.

Les filles sont en voyage, quand Mokona leur dit de monter. Mokona révèle alors qu’une machine se trouve là-haut dans l’une des montagnes volantes. Caldina et Ascot parviennent à les rattraper. Caldina dit à Ascot qu’elle s’occupera de tout et lui dit de l’attendre. Caldina utilise un sort pour penser que le sol est mou et instable, ainsi que de gros rochers qui tombent dessus. Les filles paniquent et tombent au fond. Elles se réveillent et voient une grotte, alors que le sol continue de trembler. Une fois à l’intérieur, elles aperçoivent Clef, où il leur dit qu’il a sauvé la princesse Emeraude, et qu’elle veut leur parler. Fuu n’est pas convaincu, et met en garde les autres, disant que c’est trop facile…

Après avoir combattu un monstre féroce, les filles découvrent que Mokona est capable de projeter la terre de Cephiro. Elles découvrent bientôt qu’elles doivent se diriger vers les cieux pour l’autre Machine, ainsi que leur emplacement. Peu de temps après, une lumière brillante apparut, kidnappant Umi et Fû. Une photo de Clef apparaît et raconte comment il y a des monstres inhabituels, et d’autres choses sans importance et une histoire qui pourrait être simplement balayée. Hikaru se souvient de la carte, et Mokona la projette. Elle se dirige vers le chemin d’Umi et Fû et parvient à se faire couper en chemin à cause de quelques épines. Mokona la rattrape et remarque le sang. Peu de temps après, la lumière est à la poursuite d’Hikaru, mais Mokona pousse Hikaru hors du chemin et il entre dans la lumière, tandis que Hikaru tombe dans un ravin.

Innova demande à Zagato d’avoir son tour pour essayer de tuer les filles, et il accepte. Lors de la toute première tempête de Cephiro, les filles se réfugient dans une grotte, près du sanctuaire céleste, où une autre Machine est détenue. Lorsque Fû commence à s’inquiéter pour Ferrio, elle sort son communicateur, mais il l’appelle. Il leur dit qu’il n’est pas loin et qu’il veut se réfugier auprès d’eux. Juste avant d’entrer dans la grotte, Ferrio remarque une fille allongée sur le sol, tenant une herbe. Fû est excitée quand elle voit la silhouette de Ferrio, mais est écrasée quand elle le voit porter une fille. La jeune fille se réveille alors et se présente sous le nom de Selah. Elle commence à expliquer qu’elle est partie au pied de la montagne et qu’elle avait besoin de l’herbe qu’elle avait pour guérir la fièvre de son frère.

Zagato informe la princesse Emeraude qu’il utilise le contrôle mental pour envoyer l’un des épéistes qualifiés de la princesse / garde royal pour tuer les filles. Elle supplie Zagato d’arrêter, mais il ne l’écoute pas. Avec les filles, elles se rendent au sanctuaire en forme de volcan pour faire revivre la machine d’Hikaru, mais sont attaquées par un gros oiseau volant. Elles essaient de le combattre avec leurs épées, mais cela ne sert à rien. Il s’empare alors d’Umi et s’envole. Fû essaie de donner son épée à Umi, mais l’épée d’Umi se transforme en eau tandis que Fû l’attrape. Fuu n’a qu’un seul choix et jette sa propre épée à Umi. Umi l’attrape, mais il est trop lourd. Elle essaie de s’y accrocher, mais la laisse tomber. L’oiseau continue de voler, et un gars tue l’oiseau. Hikaru et Fû attrapent Umi, et elle commente à quel point l’épée de Fû est lourde. Fû la tient alors, et elle est légère comme une plume.

Innova supplie une fois de plus Zagato de lui rendre sa vraie forme. À sa grande surprise, Zagato s’exécute, et Innova, qui se transforme en une créature ressemblant à une bête sauvage, s’en prend aux filles. Pendant ce temps, avec Ferrio, les souvenirs lui reviennent lentement, et il est révélé qu’il est le frère cadet de la princesse Emeraude. Il court alors vers les filles. Les filles sont vraiment en train de perdre, et quand tout semble perdu, Ferrio communique à travers l’orbe et leur dit que le point faible d’Innova est le joyau sur sa tête. Hikaru parvient à frapper le bijou sur la tête de Beast-Innova, le tuant. Ferrio finit par les rejoindre, et voit les filles s’acharner sur Innova, et leur dit de sauver Cephiro ! Une fois tout le monde parti, Alcyone supplie Zagato de tuer les filles, mais il la laisse mendier.

Alcyone espionne Zagato, alors qu’il discute avec Emeraude. Elle remarque à nouveau qu’il ne l’attaque pas physiquement, mais qu’il ne fait que lui causer des problèmes verbalement. Elle a encore plus de doutes avec l’enlèvement de la princesse Emeraude. Mokona conduit les filles dans un volcan brûlant où la dernière machine est détenue pour Hikaru. Umi et Fû commencent à s’inquiéter pour Hikaru quand elle agit bizarrement. Elle se réveille dans une pièce enflammée, lorsqu’un loup/chien enflammé lui parle. Il raconte les mêmes conneries qu’Umi et Fû ont dû traverser, et met à l’épreuve son courage de cœur. Lorsque tout cela se produit, Zagato parvient également à se rendre au volcan alors que Hikaru vient d’entrer. Il dépouille Umi et Fû de leurs pouvoirs, juste à temps pour le retour d’Hikaru.

Enfin devenues des Magic Knights après avoir découvert le dernier Gardien, Fû, Umi et Hikaru se dirigent vers leur dernier ennemi : le Grand Prêtre Zagato…

Les Magic Knights, après un combat éprouvant contre Zagato, doivent affronter un dernier ennemi, infiniment plus puissant que le Grand Prêtre et qu'elles seules peuvent vaincre…