天津忠尋は、数年ぶりに広島県三次市と帰郷する。しかしそれは大きな禍の始まりだった。三次の地に足を踏み入れた忠尋を待っていたのは、怪しげな天狗面。天狗面は。忠尋を「審議者（さにわ）の血を継ぐ子」と呼び、左目に手をかけ…。

三次市にある県立霞彩高校に入学した忠尋と柚子。二人を待っていたのは、三次駅で襲ってきた物の怪たちの仲間だった。学校に出現した異形の集団は、忠尋を狙い追いかけてくる。柚子は忠尋を守るべく巫術を駆使し、これに対抗するのだが…。

度重なる物の怪の襲来に、霞彩高校の教師である倉子は、一つの提案をする。学校の秩序を守るため、妖怪調伏を目的とした巫女委員会を設立するというのだ。実践経験のある柚子は、当然として、他の委員は…？ 果たして集まるのか？

柚子と親友の力石征子、百合草千佳が巫女委員となったものの、それ以降まったく立候補のいない委員会。そこに酔狂な人間が現れた。オカルト大好き、岬原いずみである。いずみはいくつかの不純な動機により、巫女委員会になることを決意する。

最後の巫女委員が見つかった。超ブルジョワなお嬢さまの御堂志津歌である。そこに、物の怪が出現！ いきなり、初出撃を余儀なくされる巫女委員会。しかも、頼みの綱の柚子がいない。新人巫女の四人に危機が迫る!!

巫女委員会の本格的な活動が開始された。まず委員会メンバーに科せられたのは、巫女としての修行だった。新人巫女の四人は倉子の厳しい修行に疲労困憊、満身創痍。そんなみんなを見て、勧誘した柚子は責任を感じ、落ち込んでしまう…。

一通りの修行を終えた四人の新人巫女たちに手渡された神器。しかし彼女たちは、神器を使いこなせないでいた。そんな時、柚子が物の怪の手に落ちてしまう。仲間の危機に巫女委員たちは…。

柚子が襲われたのは自分のせいだと気に病む忠尋に倉子は稲生神社に伝わる一冊の古文書を見せる。そこには神の名が記されていた。その神こそ、乱裁道宗の目的。委員会の本当の的だった。

またしても忠尋の目の前に現れた物の怪たち。手強い物の怪に柚子を欠いた巫女委員会は苦しい戦いを強いられる。そこに現れた二匹の黒猫。それは人へと姿を変え、巫女委員会の窮地を救う。

「巫女大合宿」夏休みに入り、浮かれる巫女委員会たちは合宿と称して志津歌の別荘へと旅立つ。そう、忠尋と直範（三姉妹の父）を稲生神社に残して…。男二人はさておき、柚子、征子、千佳、いずみ、志津歌は夏を満喫！

チームワークの欠片も見られない夏の強化合宿終了間際、倉子はみんなを夏祭りへと連れ出す。息抜き兼チームワーク育成のためである。しかし五人は祭り会場でもケンカを始めてしまう…。

延々と続く岬原の超常現象話に食傷気味の柚子たち。そんな、みんなの心の叫びに、怪現象オタクはとっておきの怪談を始める。偶然か？ その恐怖の物語は、彼女たちの状況と同じだった。

新学期も始まり、忠尋と柚子、巫女委員たちは気分を一新。それぞれクラスに転校生もやってきて、新たな生活が始まろうとしていた。そんな時、巫女装束に身を包んだ三人の少女が現れる。

かわいいと評判の転校生・白山菊里に柚子の心は燃えていた。嫉妬の炎で燃えていた。そんな状況であっても、乱裁道宗は、幽世の従者「黄昏の巫女」と共に、容赦なく巫女委員会を襲う。

恋の勝負、連戦連敗の力石征子に春がやってきた！ 更衣室のロッカーになんとラブレターが入っていたのだ。熱い文章に舞い上がる征子。そんな彼女の目の前に、一人の美男子生徒が…。

何事もそつなくこなす志津歌だが、自分の殻を破れず何事にも伸び悩んでいた。それは、巫女としての力においても同じだった。激化する闇との戦いにこれから志津歌は立ち向かうことができるのだろうか？

西洋化が押し寄せた昭和の時代、こまは一人の男と暮らしていた。その男はこまとともに少ない時間ではあったが生き、こまに人の心と生活を教えた。今ヤガレと戦うこまが思い返すのは、その男の言葉…。

留年も確実と言われ、補修を余儀なくされる千佳。そんな時、学校全体が敵の結界に取り込まれてしまう。補修をしていた千佳と倉子を除いて、身動きのとれない巫女委員会。果たして!?

意外なことに、岬原のオカルト趣味についてこれる者がこの世に存在していた。その人物は岬原のホームページ上でやりとりをするだけで一切が謎。しかし、その人は想像よりも近くにいた。その人物とは…？

怪しげな儀式を始める黄昏の巫女。その儀式の影響は日本全体におよび、異常気象をもたらしていた。儀式により呼び出されたのは、これまでとくらべものにならないぐらいの強敵だった…。

巫女委員会たちは、強敵である鵺を、一時撤退させた。しかし、日本は混沌の霧に包まれ始める。ヤガレナの復活が近いことを知った巫女委員会たちは、最後の戦いに向け、心を一つにするのだった。

ヤガレナの依り代、朝霧の巫女である柚子。神を降臨させる力を持つ審神者、忠尋。再び出現した鵺は二人を連れ、霧の中に消えていく。何もすることができなかった巫女委員たちは、忠尋に最後の望みをかけるしかなかった。

日本に広がる混沌の霧の中、かつては乱裁道宗と呼ばれた曲玉があった。それを見つめる付喪神、浜路瑞穂と浦波雪絵。彼女たちは、ヤガレナに姿を変えられた乱裁を助けるため、自ら命を絶つ…。

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