Luego de tres años, la paz de Nueva Vestroia no dura mucho tiempo. Una raza alienígena llamada los Vestals (liderado por su Rey Zenoheld), empezaron a invadir y colonizar Nueva Vestroia, convirtiendo a los Bakugans en esferas y haciéndolos sus esclavos para la diversión, sin saber que los Bakugan son criaturas inteligentes. Uno a uno los seis Bakugan son capturados dejando solo a Drago. Ahora es la última esperanza para Nueva Vestroia, Drago es separado de la base perfecta de los seis guerreros legendarios, y se dirige a la Tierra para buscar a su viejo amigo Dan Kuso. Después de escuchar el plan, Neo Dragonoid decide dejar a Runo y a Julie detrás y se abre el portal para llegar a Nueva Vestroia.

Luego de la batalla con Lync y Volt; Dan, Drago, y Marucho van con Mira a la base de la Resistencia Bakugan. En el camino, Mira revela que solo unas pocas personas de los Vestals cuenta de que los Bakugan son criaturas inteligentes, mientras que el resto de la gente no se les ha dicho. Ella revela que después de descubrir esto por sí misma, y cada vez indignada con su padre, el Profesor Clay, para participar en la captura de los Bakugan, ella salió corriendo y creó la Resistencia de peleadores Bakugan, uniéndose con la gente que pensaba lo mismo que ella. Al llegar a la base de la Resistencia, se encuentran con Baron Leltoy, un gran fan de Los peleadores de la Batalla Bakugan y los seis héroes bakugan.

Baron decide ser el mejor peleador Bakugan del mundo que Dan, sin imagina que esto caerá en manos de Shadow Prove.

Con los Vexos perdiendo uno por uno, Gus Grav junto a Spectra Phantom los llama a todos para explicarles que la Resistencia debe ser derrotada. Mientras tanto, la Resistencia hace una parada en Ciudad Alpha, donde Mira le da a Dan una Trampa Bakugan nombrada Pyrus Scorpion para ayudar en sus batallas. No mucho es conocido de esta Trampa Bakugan excepto eso que son incapaces o miedosos de comunicarse. Excitado, Dan va a entrenar un rato con Scorpion. Luego, Gus aparece y empieza a meterse en los asuntos de Dan, preguntando por que jugar Bakugan, dejando a Dan con su pregunta. El regresa luego, preguntándole a Dan cual es la respuesta a su pregunta pasada, y es revelado que él es el Jugador Vexos Nº2. Luego Dan decide pelear con él, pero luego con el poder del Bakugan de Gus: Primo Vulcan Subterra. Al final Gus gana y a Dan no le importa.

Gus reta nuevamente a Dan, pero Ace y Mira no se dan cuenta porque estaban discutiendo. Marucho trata de avisarles, pero Baron dice que cuando ambos discuten nunca paran. Mientras él come su sándwich, Dan y Gus están en una gran batalla; y cuando aparece Spectra las cosas se ponen difíciles, pero Shun aparece a la mitad de la Batalla y ayuda a Dan con su nuevo Bakugan Ingram Ventus. Al final Spectra pierde, pero le dice a Gus que ese era su objetivo para saber los poderes de Drago, aun así Shun y la Resistencia viajan a la Ciudad Alpha.

Ciber-Pesadilla

La Resistencia une al campeonato bakugan, porque ahí está el controlador dimensional actual. Dan, Mira, Marucho y Baron van a buscar el botón de reversa para que en vez de capturarlos los liberen. Shun y Ace pelean en el campeonato para ganar tiempo. Todo va bien hasta que los dos vexos, Lync y Volt, les pone la batalla difícil.

Mientras Shun y Ace están peleando con los Vexos, Dan y los otros están corriendo por la libertad. A Mira y a Barón los capturan, mientras Marucho se cae por un pasadiso secreto. Dan escapa y cuando llega al controlador dimensional actual trata de tocar reversa pero hay láseres y Drago le dice que si lo tira al botón que está al lado puede desactivarlos. Dan lo logra y luego de generar suficiente energía se sobrecarga entonces el controlador explota y libera a los bakugan de esa zona.

Runo esta desesperada por volver a ver a Dan y Marucho que entra de noche al laboratorio del Dr. Michael, para transportarse a Nueva Vestroia, pero Julie pulsa el botón equivocado, entonces Runo se queda en la inter-dimensión. Sin embargo Dan mira a Runo en Nueva Vestroia, pero solo está proyectada y convertida en fantasma. Los Vexos se dan cuenta de que esta Runo allí y que Dan y los otros piensan salvarla, entonces tratan de dejar a todos en la Inter-dimensión, pero Marucho, Ace y Shun se pierden, y allí aparece Shadow Prove para una pelea contra Marucho.

Luego de que Runo llegó a la tierra, llegó la resistencia. Luego Spectra, Gus y Lync, luego también aparecen allí. En eso Spectra no pudo ir de viaje y secuestro a Runo e hizo su propio plan para derrocar al Príncipe Hydron. Sin embargo le pide a Dan que se uniera a los Vexos y mostrara los 5 bakugan convertidos en bronce para Hydron, pero Drago le dijo a Dan que no lo escuche. Luego Alice pudo teletransportarse a otra dimensión y al final Spectra y Gus se fueron para siempre.

Luego de la batalla contra Gus; Spectra es en realidad "Keith Fermen", el hermano de Mira.

Mientras Dan, Mira, Baron y Julie están en el restaurante de Runo, en la zona oscura de Nueva Vestroia, Marucho, Ace y Shun son engañados por los Vexos y llevados a otra dimensión de Nueva Vestroia. Por el lado de Ace lo llevan a la dimensión de aquos y tiene una pelea con Mylene. Al final Ace es capturado.

Marucho se encuentra en un desierto con Elfin. Luego de caer en arenas movedizas, es rescatado por Volt que más tarde se le involucra en una batalla. Marucho parece estar haciendo bien con su nueva trampa, tripod Epsilon pero cuando Volt saca su trampa mecánica, el Dynamo, las cosas se ponen difíciles y al final Marucho es derrotado y hundido en la arena movediza. En la Tierra Mira y Baron pasan el rato en casa de Dan, quien después de despertar de un sueño, todavía está con ganas de regresar a Nueva Vestroia con el fin de ayudar a Shun, Ace y a Marucho.

Con Ace y Marucho capturado por los Vexos, Shun decide ir a la Ciudad Beta solo para destruir el controlador. En el camino, es emboscado por Shadow Prove, que está armado con Darkus Hydranoid. En medio de la batalla, Shun e Ingram cuentan de que no es la misma Hydranoid que conocen, es el Bakugan mecánico Darkus Hades. Darkus Hades fue creado a partir del ADN Hydranoid y no tiene ninguna de las debilidades que Altair tenía. Shun intenta todo lo posible por mantener su tierra, pero Ingram y Hylash no son rivales para Hades y La trampa de Fortess. Shun contempla tirar la toalla por miedo de perder a su pareja como la forma en que casi pierde a Skyress en una dura batalla, pero Ingram lo convence de lo contrario y que siempre estará allí junto a él. Al final Shun es derrotado por Shadow y se desmaya. Los Vexos, estando ya capturado el resto de la Resistencia, tratan de que Dan y los otros no vuelvan a Nueva Vestroia y que así de esa manera capturarían a todos de los Bakugans.

Spectra piensa que puede ganarle a Dan y quedarse con Drago, entonces lo llama y lo reta a una pelea cuando Dan esta solo en el corredor de su casa, pero Mira cree que Dan no está ahí y se preocupa por él. Sin embargo Dan elige el campo de batalla donde le ganó a Masquerade porque pensaba que podía tener ventaja. Todo parecía bien hasta que Spectra saca la carta de "Caos X" no reglamentaria la cual podía vencer a cualquier oponente volviendo a Helios más fuerte. Al final Dan intenta todo lo posible por salvar a Drago, pero aun así Spectra se queda con él, y Dan piensa como recuperarlo de vuelta.

Luego de que Dan perdiera a Drago en manos de Spectra en el episodio anterior, empieza a entrenar para tenerlo de vuelta, pero luego de tanto ejercicio en la calle se desmaya, y Baron lo mira y se da cuenta de que está con fiebre, y luego lo lleva a su casa. Mientras Julie y Runo están en la habitación de Dan, Apollonir se entera de todo lo ocurrido y como se siente Dan, y él recapacita un poco. Luego en un sueño Dan empieza a sacrificarse dolorosamente por lo que había hecho a Drago durante la batalla, entonces Apollonir lo ayuda a vencer a Spectra. Aunque Apollonir es un gran y buen guerrero, y Spectra todavía le lleva una gran ventaja.

En la batalla contra Spectra, Dan sigue perdiendo gracias a Helios, pero luego lo vence y Spectra lanza a Dark Dragonoid. Dan se preocupa porque Drago esta sobre la carta "Caos X" y un poder oscuro. Apollonir le dice que todavía hay una manera para ganar es que se meta al Núcleo Perfecto de Drago y le saque toda la oscuridad. Apollonir se vuelve esfera y Dan le emboca al Núcleo y Apollonir salva a Drago. Al final Dan le promete a Drago que nunca más lo va a decepcionar.

Luego de que Dan recuperara a Drago, el y sus amigos pensaban en viajar a Nueva Vestroia y cuando se abre el portal Spectra, Gus y Mira traicionan y capturan a Dan y los otros (ahí se dan cuenta de que Mira es la hermana de Keith en lugar de Spectra) y se van. Entonces Dan se enoja mucho y sobrecarga todos los láseres, entonces libera a los otros pero el portal ya se había cerrado y Alice dice tener una idea, pero el Dr. Michael dice que solo los que tienen lanzadores pueden viajar a donde sea, especialmente Dan y Baron. Al final Runo llora y le grita a Dan y él le dice que todo va a estar bien, le toma la mano y se despide, así termina el episodio.

Luego de que Mira trabajara para los Vexos, Dan y Baron van a la Ciudad Beta para encontrar a Marucho, Ace y Shun encerrados en una prisión de agua, pero se encuentran con Mylene y Shadow Prove para retarlos a una batalla. Sin embargo Mira está preocupada por ellos porque fueron capturados en las pasadas batallas. Al final los tres miembros de la Resistencia y sus bakugan son liberados por Spectra, para encontrar a Dan y a Barón, y así se destruye el controlador dimensional.

Amor de hermanos

Las primeras y únicas batallas de Baron, Shun y Marucho contra los Vexos en la Ciudad Gamma no terminan hasta el siguiente capítulo, pero los dos únicos que quedan son Dan y Ace, para pelear contra Mira y Gus con los 6 bakugans máximos.

Mientras Shun, Marucho y Baron continúan en la batalla contra los Vexos en la Ciudad Gamma, Dan y Ace llegan hacia Mira y le preguntan seriamente porqué ella fue la única que ha traicionado a la Resistencia Bakugan y ha trabajado para los Vexos, lo que causa es que Gus procure retarlos a una batalla usando los 6 bakugan máximos. Al final cuando Mira pierde, se retira de Gus por ser una traidora y vuelve con Dan y la Resistencia mientras que el controlador dimensional se destruya, y ellos y sus compañeros Bakugan deciden ir al Ves-Palacio.

El Bakugan Máximo

La Cuenta Final

Cuando la batalla de Dan y Spectra está empatada, los peleadores y sus amigos Bakugan se reúnen para salvar Nueva Vestroia. En la tierra Alice tiene a Hydranoid, Julie a Gorem y Dan llega al restaurante de Runo y ella cree que es Julie, Runo intenta abrazar a Dan y en ese momento él se sonroja. Dan acepta que le de el abrazo de bienvenida, pero Runo corre por Tigrerra y a Dan se le sube el color, y así todos los peleadores se reúnen para siempre.

Luego de que el Rey Zenoheld observa que Nueva Vestroia está a salvo inventa el sistema EB para destruir a todos los bakugan, pero para encenderla necesita las energías de atributo de los seis antiguos guerreros Bakugan, entonces Zenoheld los reta a una batalla.

Primera aparición del Príncipe Hydron con su nuevo traje de batalla y su bakugan mecánico Dryoid para luchar contra Baron.

Única batalla de Klaus Von Hurtzon y Sirenoid en la mitad de la batalla de Ace contra Mylene y Macubass.

cuando Shun e Ingram intentan destruir el sistema eb (eliminación bakugan) Lync los detiene y los desafía a una batalla y de repente aparece Skyress para luchar también, pero ella duda de que Ingram se el compañero adecuado para shun, después de ganar la batalla Skyress dice que le alegra no preocuparse más por Ingram y que fue maravilloso verlos de nuevo aunque fuese por última vez y Skyress se va despidiéndose en forma de pluma.

Para que Spectra tenga más posibilidades en la batalla contra Dan; Gus inventó el sistema destructor de transporte dimensional, lo que no permite a los Vexos y al Rey Zenoheld transportarse a Vestalt (donde está los peleadores). Mientras tanto Dan, junto a Mira y Marucho, deciden retar a una batalla contra Spectra.

Cuando el Rey Zenoheld se da cuenta piensa que puede pelear con Alice (que está retirada en la Tierra) y si gana los peleadores se darían cuenta e irían a la tierra y ahí los emboscarían. Entonces envían a Shadow Prove y este empieza a perseguir a Alice porque ella no quiere pelear, pero llega Chan-Lee para salvarla y la anima, entonces Alice dice que si va a pelear. En la batalla se destruye el transportador dimensional del Dr. Michael y cuando Alice pierde con Shadow, avisa a la resistencia y ellos se van a la tierra.

Primera aparición de Boriates, el nuevo Bakugan Mecánico de Volt en la batalla contra Gus y el evolucionado Alto Brontes.

Primera y única batalla de Tigrerra en la batalla de Runo y Mira contra Lync y Mylene.

Luego de que Elfin fuera insultada por Preyas, se escapa del apartamento de Marucho, en el transcurso llega al parque por culpa de un gato negro donde se encuentra con el Príncipe Hydron y Shadow Prove tratando de robarle la energía aquos, en eso cuando aparece Marucho junto con Preyas para evitar que se la lleven, Elfin y Preyas luchan juntos, pero al final Hydron y Shadow lograron llevarse la energía aquos de Elfin, y luego de la batalla, Preyas le explica a Elfin que se ha sacrificado acongojadamente y no quiso decirle esas palabras, lo cual ella lo perdona.

Primera aparición de Maron Leltoy, la pequeña hermana de Baron en la batalla de Shun contra Volt.

Julie observa a Ace y a Dan en el gimnasio donde a la vez se dedican al levantamiento de pesas, y cuando regresa, empieza a decir a Runo y a Mira que Ace es un chico muy lindo y fuerte (lo cual hace que a Mira le den celos). Al mismo tiempo regresa Billy Gilbert a la ciudad, pero tras de él llegan los Vexos, Mylene y Shadow Prove, quienes lo seguían para que los guiara con los demás peleadores, un rato después a Julie se le informa estrictamente que llegó Billy, lo cual la hace feliz y va a abrazarlo, luego se presenta con la Resistencia. Así que Billy les explica que Klaus ha contado toda la situación con los Vexos, el cual le regalo un lanzador, esto alerta a Shun a investigar. Sin embargo llega Marucho y les explica su nuevo invento en batallas donde lograrán luchar con sus oponentes sin perder su energía de atributo al cual se le llama "El Interespacio Bakugan".Marucho hace un juego al azar para evitar que la máquina se descomponga. A Ace le

Tras saber que los Vexos pueden atacar a todos en cualquier momento, Shun sugiere atacar en vez de defender, pero como no saben donde está el Palacio Matriacal, piensan que le pueden preguntar a Spectra. Justo en ese mismo momento él llega diciendo que si lo vence le dice donde está el Palacio, pero si pierde le entrega la energía del núcleo perfecto de Drago. Al final Dan lo derrota y Spectra los lleva al Palacio Matriacal.

Mientras los peleadores llegan al Palacio Matriacal, Spectra llega y aprovecha para enfrentar al Rey Zenoheld, pero él lo insulta injustamente, y a Gus le molesta esto, entonces para vengarlo decide pelear contra Zenoheld, y al final cuando trataba de ganar, Zenoheld activa la formación de asalto de Farbros y destruye a Gus y a Vulcan.

La Resistencia decide llegar al sistema EB y al Palacio Matriacal. Mientras tanto Ace y Marucho retan a una batalla contra Lync y Shadow Prove, y Shun y Baron a una batalla contra Volt y Mylene. Sin embargo Dan y Mira son perseguidos por todos los guardias del Palacio. Al final de las batallas pierden las dos energías de Ingram y Percival, Ventus y Darkus.

El Rey Zenoheld reemplaza al Príncipe Hydron en la mitad de la batalla contra Dan y Spectra. Al final se lleva la energía Pyrus de Drago.

Luego de que a Drago le sacaron su energía de atributo Pyrus, intentan asesinar a todos los bakugan. Los peleadores deciden ir a Nueva Vestroia y llevarlos a la Tierra antes de que se acabe el tiempo, debido al Sistema EB. Sin embargo Helios junto a Drago deciden destruirlo, pero no lograron nada, así que a Drago se le ocurrió una idea llevarlo al espacio para que no explote en Nueva Vestroia, cuando se le acabó el tiempo se observaba como si estaría muerto o no, y apareció Wavern para decirle que no se rinda, empieza a absorber todos las energías de atributos: Subterra, Aquos, Ventus, Darkus, Pyrus y Haos y se evoluciona a Helix Dragonoid y con su Energía de Núcleo Perfecto destruye el Sistema EB.

Primera y única aparición de Baron Avatar y Aranaut Haos en la batalla contra Baron.

Luego de que Helios perdiera contra Drago, este le dijo que era el mejor Bakugan Máximo del mundo, y al final Spectra se quita su máscara y unió con la resistencia.

Keith dice que Drago necesitaba un armamento, así que van al Interespacio Bakugan y luchan Da contra Keith (menos Helios). Keith lucha con Codemen Subterra y Hawktor Ventus y a Drago el armamento no le andaba, pero ganó la batalla.

Volt traiciona a los Vexos y es enviado a la Dimensión de la Perdición.

Luego que de Aluze fuera destruido por Dryoid, Lync es enviado a la Dimensión de la Perdición, pero antes de ser enviado, envía todos los planes de los Vestals a Alice y a la Resistencia.

Se repite un gag de la primera Temporada: El baño. Luego de que MAC Spider y Macubass fueran destruidos por Helios y Wilda en la batalla de Mira y Keith, el Interespacio Bakugan se arruina por culpa de Mylene.

Luego de que el Interespacio Bakugan se destruyera por completo, Mylene y Shadow Prove son enviados al otro extremo de la dimensión, dejando a Keith y a Mira sorprendidos y estos se salvan.

Gus y Hydron estaban encarcelados por el Rey Zenoheld. Sin embargo Gus engañó a Hydron para que peleara y fuera liberado, pero Gus se fue cuando la batalla empieza y luego él con Rex Vulcan se fueron al Palacio Matriacal en donde Spectra y Helios estaban peleando contra Zenoheld.

La batalla de Spectra y Gus en el Palacio Matriacal continúa hasta el siguiente episodio final, pero la Resistencia y sus compañeros Bakugan también se ven obligados a acabar con los planes finales de Zenoheld. Al final el Sistema Alternativa es activada por el Profesor Clay.

El sistema alternativa que construyó el Profesor Clay llevaría a la destrucción de Vestal y la Tierra, el Rey Zenoheld y el Profesor Clay estaban allí para asesinar a todos. Hydron escapó de su celda y llegó hasta Gus, luego apareció la Resistencia para destruirla y destruyó el reactor de energía y luego Zenoheld iba a reparar el daño del sistema alternativa, pero al final Farbros ha sido destruido por Dryoid y el Sistema Alternativa fue destruido y los que murieron fueron el Profesor Clay, el Príncipe Hydron y el Rey Zenoheld. Mientras tanto Dan, Shun y Marucho se despiden de la Resistencia Bakugan y se le da inicio a una tercera temporada para nuevas aventuras.