Un día, Dan se prepara para una pelea contra Akira en el parque. Sin embargo, cuando llega descubre que Shuji, el hermano mayor de Akira, es su rival. La batalla continúa y Dan es victorioso. Drago comienza a explicar lo que está detrás de las escenas de Bakugan y desde ese momento, todos los Brawlers Bakugan Battle se dan cuenta de que es algo más que un juego.

Masquerade se reúne con un jugador joven llamado Rikimaru, ofreciéndole un Bakugan muy especial. En la ciudad, Dan inicia la formación de su revancha con Masquerade. Drago es todavía inseguro de los motivos de Dan, pero decide formar equipo con él en la esperanza de que puede ayudar a rescatar a Vestroia, el hogar de todos los Bakugan. A punto de ganar con Rikimaru, Drago decide hacer caso omiso de las órdenes de Dan a sabiendas de que podría resultar fatal. Drago utiliza una técnica peligrosas para arriesgarse a sí mismo y ganar la batalla.

Dan hace que un amigo del colegio llamado Ryo abandone su ordenador portátil, dejándolo triste. Más tarde, Masquerade se aprovecha de los sentimientos de Ryo contra Dan, desafiando a Dan a una pelea y gana. Dan encuentra a Drago que está tirado en un río, hacen las paces entre ellos y luego Dan intentó conciliarse con Ryo, pero todavía estaba bajo la influencia de Masquerade, y una segunda batalla ha comienza. Dan derrota a Ryo.

Dan y Runo se reúnen por primera vez, excepto en la página web de Bakugan, y se sorprenden de que realmente viven en la misma ciudad. Dan accidentalmente deja caer su BakuPod por accidente y Runo lo recoge. Mira que Dan ha sido retado a una batalla por Masquerade, en el río. Ella decide ir en su lugar, pero termina en duelo contra un niño llamado Tatsuya. Dan queda impresionado sobre las estrategias de Runo.

En el parque de diversiones, Runo y Dan se divierten hasta que Kenta y Kenji, dos artistas que estaban actuando, les piden que elejan una carta. Dan hace una mala elección al escoger una carta de la perdición. Más tarde Dan y Runo saben que los dos hermanos trabajan para Masquerade. Después Kenta y Kenji retan a Dan y a Runo a una batalla. En lugar de hacer batallas aisladas, los hermanos propone un combate en equipo, pero ¿puede Dan y Runo trabajar bien juntos?. En un primer momento, la batalla no parece ir bien para ellos, porque los dos siguen discutiendo. Sin embargo se las arreglan para aprender a trabajar juntos y obtener la victoria. Al final, los dos discuten una vez más: solo que esta vez Dan quiere relajarse en la rueda de la fortuna y Runo quiere más emoción en la montaña extrema.

Hacen una fiesta de bienvenida. En otro lugar, el famoso dúo de banda de pop, Jenny y Jewels son abordados por Masquerade que les hace una oferta de negocio que no puede rechazar. La fiesta de bienvenida se convierte en una batalla Bakugan.

Jenny y Jewels parecen estar en control de la batalla, pero Preyas libera a su habilidad especial que ayuda a la Brawlers ganar. Más tarde, Drago le dice sobre lo sucedido en Vestroia, y habla de un hombre que fue a Vestroia con el nombre de Michael, que más tarde conocido como el Dr. Michael Gehabich.

Masquerade manipula a dos niños, Kosuke y Takashi, usando sus cartas de la perdición en contra de la Bakugan Battle Brawlers. Él promete reunir a su amigo Ai (conocido como Mew en la versión doblada al inglés) con su hermano, si le ayudan. Quiere ayudar a su amigo, para que muerda el anzuelo. Mientras tanto, Dan se pierde y se encuentra con el hermano Ai. Afortunadamente Alice es experto en los puntos más finos de la batalla de combinación, y los entrenadores llevan a sus amigos a la victoria, pero Alice está luchando contra su propia batalla, ella tiene un oscuro secreto que afectará el futuro de sus amigos.

Julie y su amigo de la infancia, Billy, tienen una batalla Bakugan. Más tarde, por sorpresa de su hermana Daisy; Julie encuentra una conocida Bakugan llamada Gorem Subterra que ayuda a Julie a ganar otra batalla contra Billy.

Marucho y Runo se dan cuenta de que la fuerza combinada de la Batalla Brawlers no está a la altura de poder de Masquerade. Sin el conocimiento de Dan, que visitan a Shun para tratar de convencerlo de que se una al equipo.

Alice se da cuenta de que puede haber una conexión con la misteriosa Hal-G. Mientras tanto, Dan recuerda la última batalla que tuvo con Shun, para descubrir por qué decidió dejar el juego para siempre. La madre de Shun le da un Bakugan muy especial, Skyress, para velar por él.

Masquerade ha destruido los Bakugans de varios niños de todo el mundo y los Brawlers necesitan de poner fin a la misma. Dan se une a Runo y a Marucho en otro intento de reclutar a Shun. Cuando llegan a casa de Shun, Masquerade ya estaba ahí. No pueden creer que Shun está en el lado de Masquerade. Dan acepta su desafío y junto con su Bakugan Drago, va en contra de Shun y Masquerade y reaper quedó atrapado en la dimensión de la perdición.

Alice se debate entre decirle o no a sus amigos que su abuelo puede tener una conexión con Hal-G. Finalmente en frente de todos, incluidos Shun y Julie dice la verdad. Ante su sorpresa, sus amigos no se molestan con ella y Julie dice que Alice solo dijo eso para atraer la atención de Dan. Los Peleadores concluyen que tienen que ir al laboratorio, el único inconveniente es que tienen que ir a Rusia pero Marucho dice que él se encargara de eso. Los peleadores llegan al laboratorio en el avión de Marucho, todos excepto Julie. Drago, Tigrera, Preyas y Skyress empiezan a sentir energía del Núcleo Negativo en el laboratorio. Preyas presiona accidentalmente un botón de un aparato y todos ven por primera vez en una grabación al abuelo de Alice, Michael. Este les dice sobre Vestroia pero la grabación se corta y Marucho la intenta sintonizar, pero ya no ven el rostro de Michael sino el de Hal-G. La grabación se corta definitivamente pero Marucho lo intenta de nuevo.

Finalmente se encuentran Julie, pero su momento feliz pronto desaparece en la oscuridad cuando ven lo que está sucediendo en Vestroia. Julie y Shun tienen una batalla con el amigo de Julie, Billy, el 10º jugador clasificado Bakugan y su vecino Komba, el 5º jugador clasificado Bakugan a sabiendas de que fueron contratados por Masquerade para acabar con Dan y sus amigos.

Julie lucha con la tristeza causada por la amarga traición de su amigo de la infancia, Billy. Al mismo tiempo, Julie y los otros Brawlers deciden mostrar su apoyo a Dan para aceptar un desafío del tercer lugar Bakugan Brawler, Chan-Lee, quien le propone uno de sus propósitos.

El 2º jugador clasificado Bakugan, Klaus Von Herzen, los invita a Alemania, alegando que él tiene información. Marucho y Preyas son sonsacados y aceptan el desafío de Klaus, a sabiendas de que él está trabajando para Masquerade.

Después de perder a su mejor amigo, Marucho invoca a Klaus para el regreso de su amado Preyas. Marucho y Runo persiguen a Klaus y entran dentro de la guarida de Masquerade. En el interior del castillo Masquerade, aprenden acerca de la evolución Bakugan, el milagro de poder aumentar. Los alborotadores pronto descubren que la Bakugan que tiene el Núcleo Infinito será el Bakugan final. Justo cuando creen que es bastante extraño, Julio Santana, dueño del atributo Haos y 4º jugador clasificado Bakugan del mundo los desafía. Dan sorprendentemente se une a la batalla, junto con Runo.

Marucho sigue llorando por la pérdida de su Preyas después de una inesperada contienda. Dan y Julie pronto regresó a Alemania después de descubrir la ubicación de Billy. En una revancha entre Billy y Julie, su amistad se prueba a sus límites cuando Masquerade se une, con la promesa de aumentar el rango de Billy en la clasificación si vence a Julie.

Dan y Runo tienen otra de sus peleas y Shun se harta y decide irse. Dan le reprocha lo que hace pero igual se va. Alice desde un rincón dice que no se vaya y lo sigue, y cuando lo alcanza le suplica que vuelva. Shun le dice que dejándolos y enfrentándose él solo, es la única manera de ganar. En ese momento aparece Komba y se burla de Shun. En ese momento (aunque la escena fue censurada) Komba empuja a Alice y Shun lo detiene y se enfrentan y al final Shun gana, mientras que Dan viene corriendo a perdonarse y Komba le suplica a Shun que sea su maestro.

Bajo las órdenes de Masquerade, Klaus, Chan-Lee, y Julio han vuelto a acabar con los pendencieros. Esta vez, Dan, Runo, y Marucho debe encargarse de ellos. Sin embargo, durante su batalla, Preyas hace una aparición inesperada en las manos de Klaus.

La batalla entre Dan, Runo y Marucho contra Klaus, Chan-Lee y Julio continúa, nadie está dispuesto a renunciar. Con los alborotadores en desventaja, Marucho está finalmente de nuevo en el juego con el regreso de su amado Preyas. Con Drago al borde de la evolución, podrían tener una oportunidad contra Klaus, Chan-Lee, y Julio. En este episodio Drago evoluciona a Pyrus Delta Dragonoid.

No tardaron en descubrir que Joe está en un hospital cercano. Una vez que llegan al hospital, Dan se apresura a llegar a un ascensor. Pero a medida que corría, Drago cayó del bolsillo y en el ascensor se cierra. Dan se pierde en busca de Drago. Como Dan continúa su búsqueda de Drago, un niño en pijama de hospital aparece con Drago, revelándose como Webmaster Joe. Dan inmediatamente desafía a Joe a una batalla, pensando que Joe estaba trabajando para Masquerade, y también lo acusa del robo de Drago. Ellos van a la azotea del hospital para la batalla, pero durante la mitad de la batalla, Joe se desmaya y es inmediatamente llevado a su habitación del hospital. Más tarde, Joe se despierta.

Alice decide ayudar a un niño de siete años de edad llamado Christopher a derrotar a su rival Travis.

Los battle brawlers tienen razones para creer que uno de ellos está trabajando para Masquerade.

Los brawlers se están preparando para hacer frente Masquerade en una última batalla. Sin embargo, Masquerade está bien preparado. Después de derrotar a 5 de los 10 mejores jugadores Bakugan (Klaus Von Herzon, Chan-Lee, Julio Santana, Komba O'Charlie y Billy Gilbert) y enviar a sus bakugan a la dimensión doom, el Hydranoid de Masquerade se había convertido en Darkus Hydranoid Dual. La última esperanza contra Hydranoid y Masquerade reside dentro de los brawlers, pero Runo decide dejar de jugar Bakugan temiendo que puede perder todos sus Bakugan, pero con la ayuda de Dan está de vuelta en el juego. Marucho, Julie y Alice se refieren a ellos como un buen par al final del espectáculo. Dan y Runo dicen ser solo amigos. Así concluye la primera parte de Bakugan.

Masquerade ha derrotado a los mejores jugadores del mundo Bakugan, así que tratan de llegar a una estrategia para vencerlo. La estrategia parece ser contraproducente cuando visita la casa de Dan se pone a aceptar una batalla de parte de Masquerade. Ahora, Drago ha evolucionado y el evolucionado Hydranoid irá cabeza a cabeza. Completamente derriba a Drago, Masquerade y Hydranoid se preparan para enviar a Drago a la dimensión de Doom. Cuando Drago se contuvo, Dan va tras él y corre hacia el portal. Shun trata de detenerlo, pero es demasiado tarde.

Los Brawlers lloran por la pérdida de Dan y Drago. Mientras tanto, Shun es desafiado por Masquerade y decide ir por Dan a la dimensión Doom. Cuando Skyress se entera de este plan, trata de reunir los otros Bakugan para tratar de salvar a Vestroia sin poner a sus socios humanos en riesgo. Pronto, los otros Brawlers son capturados según su plan y deciden unirse a él, pero primero Runo hace una promesa a la mamá de Dan, Mykoto que está bien, y regresará a casa pronto.

En la dimensión Doom, los legendarios guerreros antiguos de Vestroia se preparan para probar los poderes de los Brawlers, ven si son dignos para salvar a Vestroia. Los Brawlers se separan y Julie se queda con Gorem para hacer frente a los Warrior Subterra, Clayf y Daisy. Debido a esto, Gorem se transforma en Subterra Hammer Gorem, y derrota a Clayf.

Marucho lucha contra el Guerrero Elemental Aquos, Frosch, y se ve obligado a enviar Preyus. Preyus no se siente bien durante toda la batalla, pero es capaz de dar orientación a Marucho para aceptar su pasado. Marucho sabía que él solo hizo lo que sus padres le dijeron, pero a él no le gustaba estar siempre tan obediente. Esto hace que Marucho odie a su antiguo yo. Al aceptar el pasado de él, Marucho fue capaz de ayudar a Preyus. Esto permite a Preyus evolucionar en: Aquos Angelo/Aquos Diablo Preyus.

Shun se ha quedado atascado con la Ventus Lord, Oberus, que ha convocado a una niña que se parece a la mamá de Shun a la batalla. La niña convence a Shun a jugar con ella mientras el sol sigue marcando, que nunca lo hace. Shun debe luchar contra sí mismo cuando se ve obligado a elegir entre volver o quedarse en este mundo con su madre. En la batalla con Oberus, Shun cree que él no necesita a sus amigos. Su creencia le causa a Skyress morir después de un gran impacto con Oberus. Cuando Shun se da cuenta de su error, una lágrima cae sobre la tarjeta "cambiar", y milagrosamente se reactiva Skyress, obligándolo a convertirse en la Ventus Storm Skyress.

Runo y Tigrerra debe luchar contra una versión más pequeña de Dan, tal y como era de pequeño, cuando se conocieron Runo y él, convocado por el Haos lord, Lars Lion. Cuando Tigrerra es golpeada por las flechas de perforación de la luz, Runo se da cuenta de la amistad/amor que ella guardaba y dice "Te amo, Dan!" (en la versión japonesa). Cuando Runo se da cuenta de esto, Tigrerra se transforma en Haos Blade Tigrerra.

Dan debe luchar contra el Pyrus Lord, Apollonir, para que él y sus amigos puedan regresar a su mundo. Él y Drago pronto descubren que están luchando contra un payaso. Dan consigue ganar la batalla, pero Drago no evoluciona. Cuando Dan le arranca la máscara al payaso, que resulta ser Runo. Con el fin de que Drago evolucionara y Dan decide luchar y ganar contra cada uno de los Brawlers.

Joe está decidido a averiguar dónde se han ido sus amigos, por lo que Masquerade lo desafía a una batalla. Joe principio parece ser superado, pero Wavern regresa a Joe. Masquerade se da cuenta de que su batalla apenas comienza. Dan explica todo acerca de Bakugan a su madre, que le cree y le pide a Drago que cuide de él. Naga se revela como uno de los Bakugan más peligrosas del mundo.

Dan le dice a Shun, Julie y Marucho que aún tiene que pasar la prueba de la dimensión Doom y la única manera de que Drago evolucione es derrotar a sus amigos, uno por uno. La primera batalla es contra Julie y Dan gana. Luego contra Marucho y gana otra vez. Shun dice que la batalla contra Dan seria la mañana siguiente. Masquerade está a punto de comenzar una batalla con Alice.

La prueba final es derrotar a sus amigos para que Drago pueda evolucionar al siguiente nivel y convertirse en el Bakugan Ultimate. Mientras Masquerade va a ver al Darkus Lord, Exedra, y termina peleando contra un espejismo de Alice.

Joe se presenta después de las derrotas de Julie, Marucho, y Runo para comprobar las habilidades de Wavern luchando contra Drago cuando Dan y Shun tienen su batalla para terminar la prueba de Dan. Mientras tanto, Darkus Lord y Masquerade terminan su batalla. Al final Drago se convierte en Pyrus Ultimate Dragonoid, y Hydranoid Dual se convierte en Darkus Alpha Hydranoid.

Runo lleva a Alice a su casa y le dice que seria mejor que duerma, pero Alice le dice que esto ya le había pasado y que todo comenzó cuando ella empezó a jugar Bakugan. Joe recibe un mensaje de Masquerade, retándolo en el estadio, pero Dan dice que el acabara con él. Entre tanto, en el estadio, Dan reta a Masquerade y abren sus cartas Portal. Pelean bastante ya sin usar cartas de poder. Dan ganó y le dice que seria bueno que se uniese al Equipo, a Masquerade parece gustarle la idea, pero cuando está a punto de tomar la mano de Dan no lo hace. Él se disculpa y se lleva la mano a la Máscara diciendo que no cree que funcione y deja caer la Máscara. Dan mira el rostro verdadero de Masquerade. Era el rostro de Alice Gehabich que tenía la cara de que no sabía porque estaba ahí.

Dan miraba en shock a Alice que alzo sus manos mirándolas diciendo que por que estaba ahí. Marucho dice que Masquerade era Alice y ella se desespera diciendo que no lo entiende. Hal-G le dice a Alice que Masquerade siempre será parte de ella. Los Brawlers ya lo habían visto en el laboratorio y Hal-G les dice estaba ocurriendo un despliegue dimensional en Vestroia, se liberó gran cantidad de energía negativa y paso por el transportador que el creo. Aquel momento Alice entró al laboratorio para saludar sin saber que aquel día su vida cambiaría para siempre. La energía negativa invadió el laboratorio y convierte a Michael en Hal-G y a Alice en Masquerade.

Alice le dice a Klaus sobre lo que hizo como Masquerade, y se metió en una batalla para castigarla por el envío de su Bakugan a la dimensión de Doom, aunque había sido Masquerade. Sin embargo, Klaus solo estaba tratando de darle una lección, todos deben trabajar juntos para crear armonía.

El Bakugan Battle Brawlers entra a Vestroia y se da cuenta de que Vestroia se ha convertido en un mundo híbrido en el que dos elementos se mezclan para convertirse en uno. Entran Ventus y Aquos en un mundo donde se reúnen con Tayghen y Hairadee. El resto del equipo Bakugan desaparecen a través del portal a otra dimensión de Vestroia.

Como el resto de los Brawlers entran en el mundo híbrido de Subterra y Haos, Las hermanas dicen que la única salida es si los ganan en una carrera. Dan y Drago deciden ganar y dejan el otro mundo.

Dan y Drago entran en el mundo híbrido de Pyrus y Darkus, donde el ejército oscuro está fuera de control. Dan y Drago se salvan de Pyrus/Darkus. Nobilion explica cómo la energía negativa ha influido en toda Vestroia. Al correr en Centorrior y Druman de nuevo, Drago y Noble Lion terminan participando en una batalla. Con el sacrificio de Noble Lion, Dan y Drago tratan de derrotar a Centorrior y Druman.

Alice llega a Vestroia como Masquerade, a fin de ayudar a sus amigos. Masquerade encuentra y ayuda a Dan y a Drago. Centorrior y Druman son capaces de contrarrestar su buen juicio y todos los power-ups que le dan sus Bakugan. Dan y Masquerade debe trabajar juntos para derrotar a Centorrior y Druman junto a un ejército de Serpenoids y Gargonoids. Con Masquerade Hydranoid utilizando el truco de cortar y correr, Dan y Drago los atraen al lugar preciso donde ocurrió el ataque de Hydranoid y logra derrotar a Centorrior. Drago, a continuación, utiliza su ataque para derrotar a Druman.

La Batalla Brawlers ha conseguido unir a cada elemento del conjunto, y se les da la bendición de los seis nuevos guerreros. Hal-G y Naga siguen causando caos en Vestroia, sin embargo, y ahora están atacando a la Tierra con la ayuda de los Bakugan híbridos (Taygen, Hairadee, Rabeeder, Tricloid, Centorrior y Druman) al frente de sus ejércitos Bakugan. Los Brawlers tratan de averiguar cómo salvar a ambos mundos. La ayuda está en camino gracias a Joe, Chan Lee, Billy Gilbert, Komba O'Charlie, Julio Santana, y Klaus Von Hertzon, que conducen a todos los jugadores Bakugan del mundo que han decidido a prestar su ayuda.

Wavern pone un escudo de energía alrededor de Wardington impulsado por el Núcleo Infinito para proteger a Naga y sus tropas. Mientras tanto, los Brawlers regresan y se unen a la batalla para proteger a la Tierra y derrotar a Naga antes de que puedan unirse los dos núcleos. Si no, ambos mundos se destruirán. Jenny, Jewels y Marucho protegen la ciudad a través del mar, donde el Ventus/Aquos híbrido ha creado tsunamis.

La batalla contra las tropas de Naga sigue. Shuji y Akira aparecen tratando de obtener las estrategias de su hermana Nene. Con la ayuda de Nene y su Ravenoid, Gorem y Cicloide derrota a Tricloid para deshacerse de la energía negativa que Naga puso en ella. Al final, Julie le pide una cita a Billy.

Las tropas de Naga finalmente se han infiltrado en Wardington después de dos derrotas. Alice descubre que la hermana de Rabeeder invade la ciudad. Los tres se dan cuenta rápidamente todo lo que está haciendo Rabeeder está siendo controlado por su preocupación por su hermana, Tricloid. Alice comienza a dudar de sí misma, Christopher le ayuda. Hydranoid derrota a Rabeeder y se reúnen con Tricloid para volver a Vestroia.

Cuando Skyress está atrapado en una barrera de hielo, Shun revela sus habilidades ninja a él dejándolo libre y derrota a los híbridos. Julio se cuela en la fiesta y ayuda a la batalla. Por último, Hairadee es derrotado. Desgraciadamente para Julio, no recibe ningún crédito.

Dan y Runo se presentan como la única defensa contra Centorrior y Druman. Como Dan recuerda la batalla con ellos, se da cuenta de que no tienen una oportunidad sin ayuda. Julie, Billy, Marucho, Klaus, Julio y Komba también participan en la batalla, debido a la transmisión enviada por Hal-G. Alice lleva a su abuelo a donde Joe, solo para encontrar que había sido engañado. Se desata Naga para tomar el Núcleo Infinito, pero Shun, sospechando que la transmisión de Hal-G era una trampa, se presenta con Skyress para protegerlos. Mientras Drago se ha quedado luchando contra el último de los funcionarios de Naga, Wavern está en gran angustia.

Wavern llama a Drago para decirle que ella necesita ayuda, mientras que los Brawlers deben derrotar a Centorrior y Druman. La energía negativa de Naga está demostrando ser demasiado para Wavern y Fourtress. Wavern le pide a Drago que la ataque para que pueda darle el Núcleo Infinito. Lo hace, y Wavern desaparece. Drago se convierte en Infinito. Drago continúa su lucha con Naga. En una épica batalla, los dos parecen muy igualados. Sin embargo, Hal-G envía a sus 5 paladines para ayudar a Naga.

Naga se está recuperando lentamente. Todo parece inútil hasta que el Brawlers envían a Drago para ayudar a un herido. Naga absorbe las energías de los 5 paladines. Con el poco de poder que le queda, Drago dispara una ráfaga de luz brillante y finalmente explota. Naga es destruido. El Núcleo Silent luego se fusiona con Drago. Después de una emotiva despedida, un portal se abre. Los Brawlers Bakugan, junto con el resto de la Bakugan en la Tierra entra en el portal y volven a Vestroia. Drago recta hasta el centro de Vestroia con el alma de Wavern y restaura el Silent Core y el Infinity Core. La armonía es restaurada en Vestroia, y los seis mundos se funden en un santuario pacífico. Mientras tanto, Dan sale con Runo y al final del episodio dice "Todo es perfecto".