水樹マイアと親友のつかさは海洋都市の最難関、海洋庁を目指すエリート学生。特にマイアは合格率80パーセントの秀才で海洋庁合格間違いなし！のはずだった…。が、なんと受験に失敗。唯一の肉親だった祖父が他界し、借家をすぐに出なくてはいけないマイア。海洋庁で職を得、寮に入るという将来の計画が音をたてて崩れ始める。一方、新街区の【なんでも屋】ネレイスのリーダー、レナと静香は凶悪犯ウォン・チャン兄弟を追い詰めようとしていた・・・。窮地に追い込まれたチャンによって事件に巻き込まれるマイア。マイア的｢はうう…｣な不幸の日々がついに始まる！！

ネレイスのリーダー・レナに仕事と住居の提供を交換条件として、賞金首ウォンの囮になる事を同意してしまうマイア。強引なレナのやり方に、早くもオロオロ。｢安全は保障する｣の言葉とは裏腹にチャンに捕まって殺されそうになる。｢はううぅぅぅ…｣どうやら、レナと静香はチャンとウォンが盗んだ現金を取り返し、おまけに二人を捕まえて賞金を戴こうと考えているようなのだ。マイアは無事ウォン、チャン兄弟から逃れられるのか? そして、何よりも仕事と住む場所を手に入れられるのか？マイアのハラハラ、ドキドキは続く！

ネレイスに拾われて仕事と住む場所を与えられたのはいいが、毎日レナにこき使われるマイア。割り振られる仕事は猫探しや浮気調査、家賃滞納の支払い催促など手間がかかる雑用ばかり。本当にネレイスにいていいのだろうかと深いため息が出てしまう日々を送っていた。ある日ひったくりにあったマーチンさんが助けを求めにネレイスにやってくる。取られたのは一人娘の結婚資金。期限は一週間！困っているマーチンさんを助けようと頑張る静香を見て｢ネレイスはお金のためだけじゃなく、人助けのためにも出動するんだ！｣とネレイスに対する考えが少し変わり始めるマイア。そこへ、急に羽振りのよくなった男がカジノで大金をつぎ込んでいるとの情報をゲット! 向かうとそこには見たことのある男の姿が…！！ マイアは、みごとマーチンさんのお金を取り返すことができるのか？！

清々しい朝。いつもどおりマイアが早く出社して掃除をしていると、財産処分を助けてほしいと大富豪らしき男の声で依頼の電話が入る。｢おいしい仕事｣にほくほくのレナ。しかし、電話口の向こう側には不気味に微笑む女の姿が…。豪邸に向かうレナ、静香、そしてマイア。現れたのは一ヶ月前窃盗団に捕まったネレイスのメンバー、グロリアだった！！ネレイスのリーダーは自分だと言い張るグロリア。どうやら、一ヶ月前窃盗団に盗まれた宝石を取り返す仕事の際、レナとグロリアの間で何かあったらしい…。一方で、一ヶ月前の窃盗団もネレイスに借りを返そうと事務所に乗り込み｢リーダー｣を誘拐！ ネレイス大ピンチ！ 無事｢リーダー｣を救出することはできるのか? そして、レナとグロリアのわだかまりは解けるのか？

ネレイスにはグロリアの他に朴ゆうというメンバーがいるらしい…。ゆうはコソドロを捕まえるために負傷者20数名を出し、警察車両数台を壊した罪で刑務所に入っていた。久しぶりに刑務所から出所するゆう。しかし、ゆうは、特殊探偵業務の許可証が警察から再発行されないためネレイスには戻れず、自宅待機をレナから言い渡される。そして、怒ると手に負えないゆうの監視役をレナから命じられるマイア。色々な噂から極端にゆうを恐れて、びくびくしながらも尾行を続けるが…。その頃、レナは八木警部をクルーズディナーに誘い色仕掛けでゆうの許可証にサインさせようとしていた。が、運が悪いことにクルーズがウォン、チャン兄弟の兄貴、リーによって占拠されてしまうことに! ゆうは無事ネレイスに戻ってくることはできるのか?!

｢私のパパはネレイス・カムチャッカ支店の支店長で、困っている人を助けたり、悪い人たちを捕まえ、日々先頭に立って働いています!｣ 花岡の一人娘・ゆかりは花岡の勇姿を疑わない数少ない人間の一人。父の活躍を学校の宿題である作文に書き連ねていた。しかし、母親に事実を書くよう諭され、花岡の職場を見学に行くことに…。有休と昇給をエサに、社員全員に頼み込む花岡。一日だけ｢ちゃんとした｣花岡支店長の大芝居の幕が切って落とされた!…が、普段とは違う花岡の態度に、レナ、グロリア、ゆうの堪忍袋の緒も切れかかる。さらに、事務仕事に見飽きたゆかりがもっとすごい仕事を見たいと言い出す。断わりきれない花岡はここでもレナ達に芝居を打ってもらうことにするが、行った先の無人島では、当初の予定からは予想外の展開が待っている…？！花岡は、ゆかりの期待を裏切らずカッコいいパパを演じ続けようとするが…。今、花岡親子に最大の危機がふりかかる！！

マイアは、静香に連れられて、レース場に遊びに来ていた。静香の友人、ミリィが、アルバトロス社ホバーカーのテスト・レーサーなのだ。ミリィたちア社は、大事なレースを数日後に控えていた。そのレースで、ア社がライバルのペガサス社に勝利すれば念願の海洋庁公式ホバーカーとして採用されるのだ。大切なレースを前に心高ぶるミリィは、練習にも自然と力が入る。…が、マシンのトラブルから海面にクラッシュ！！ 怪我をしてレース出場を断念せざろうえないミリィ…。偶然にもア社のプロジェクト・チーフ、トーマスに気に入られたマイアが、ミリィの代役としてレースに出場することに?!一方で、最近、事故が絶えないア社に何かを感じるレナは、ペガサス社に独自の調査を始める。事故原因はペガサス社が企んだワナなのか…？？その頃ヘタレのマイアは、ミリィの熱い想いを継承し、レースに備え特訓を開始するのだが…？！

今日は年に一度のネレイス社健康診断の日。いつも暴れ過ぎるくらい、いたって健康なカムチャッカ支店の社員たち。だが、偶然にも花岡は、グロリアが余命一週間の病に冒されていることを立ち聞きしてしまう。結局マイアが、グロリアに真実を告知をする大役を引き受けるハメに…。｢死ぬ前に一つだけやり残したことがある…｣と呟くグロリア。そう、それは｢理想の恋人と身を焦がすような大恋愛をすること！｣ マイアはグロリアの最後の望みをかなえるべく｢理想の恋人｣とのデートを計画。はたして、グロリアは燃える恋に身をまかせ、無事昇天することができるのか！！

3日間の社員旅行で一大リゾート地、シベリア・シティを訪れるネレイスの面々。初めての海外旅行に胸ふくらむマイアであったが、社員旅行とは名ばかりで個人行動に走る各々と、いつもながらまとまりがない。仕方なくマイアはガイドブックを熟読している静香について行くことに…。しかし、行く場所、行く場所、全て名物料理店。当地の料理をおいしそうにほおばる静香を横目にトホホ…なマイア。しかも、ドデカイ通訳機を耳に付け、どこからどう見ても恥ずかしいくらい観光客な2人であった…。最終日の前夜に、マイアと静香はマンモス料理のレストランへ。そろそろゲロロ…なマイアがトイレへ行っている隙に、静香はナンパしてきたイケメンズの手によって連れ去られてしまう。静香、危うし！ どうする、マイア！？ 二人は無事、｢常夏シベリア名物料理紀行｣を終わらせることができるのか！！

ネレイス社員旅行シベリア・シティ最終日。｢あたし、××××なんです…｣マイアの突然の告白に驚くネレイスのメンバー達。マイアの回想は続く…。それは遡ること5年前、まだ10歳のマイアは両親とドライブに出かけ事故に合う。助かったのはマイア一人…。そして、マイア自身も相当の傷を負い事故後一年間意識を失っていた。病院のベットで目覚めたとき、マイアはただ一人の肉親、祖父と再会するのだが…。その後、リハビリを行うマイア。周囲の熱意をよそに、なかなか回復しないマイアは苛立ち、孤独感を増していく…。

見上げると空には戦闘機が舞い、歩行者天国となった大通りではパレードと屋台の準備が着々と行われている。海洋庁には特設会場が設けられ、巨大モニターには政府要人のスピーチが流されている。今日は一年に一度、8つのシティ合同で開催される｢建国100周年記念式典｣。誰もが胸躍るお祭りはネレイスにとって絶好のかき入れ時！ 引ったくり犯を追いかけたり、酔っ払いを追い返したり、と忙しさに追われるマイア。しかし、マイアのワクワクは止まらない！ 午前中までに仕事を終えれば、午後からミリィとの大切な約束が待っている！ 時計を気にしつつ、12時の鐘が鳴り響いたとき、マイアの仕事はひと段落した。…かのように見えた。しかし、目の前に迷子の女の子がやってきて…。マイアはミリィとの約束があるはずなのに…。

ネレイスに捕らえられムショ暮らしのウォン・チャン・リー兄弟。今日もしぶしぶ服役労働に従事している。と、そこへ謎の人物が現れ、3人を連れ去った。その人物とは…行動力とリーダシップを兼ね備えた美少女、メイだった！メイは潜水艇・アグネス号と共に、三兄弟の夢を実現するべく現れたのだ。しかーっし！！またまた思いがけずマイアに遭遇する兄弟たち。そして、蘇る悪夢のような記憶…。(涙→1話、2話参照)｢にっくきネレイスに借りを返さなくして、夢の実現なるかっ！｣と急遽、復讐に方向転換。マイアを囮に懲りずにまたもやネレイスに挑戦状を叩きつけた！この勝負どっちが勝つ！？

いつのまにか、ウォン・チャン・リー兄弟から潜水艇を譲り受けていたネレイスのメンバーたち。新たなビジネスチャンスを目指して、さっそく深海業務の営業活動に…。しかし、その業務の大半は、海洋庁が独占しており、ネレイスはなかなか仕事にありつけない。実績を積むため、ワラをもつかむ思いでゲットした仕事は、ある少年の祖父の夢を叶えることだった。｢おじいちゃん・・・心臓が悪いんだ｣祖父を思う少年の気持ちに心打たれるマイア。さっそく潜水艇を使って、夢への実現の計画を練るものの…。

花岡の娘、ゆかりに｢コクハク｣をしたクラスメイトの健太。しかし、煮えきらない態度に業を煮やしたゆかりは、健太をバッサリと切り捨ててしまう。愛破れた健太は一人傷心旅行へ…。心配した母はネレイスに息子を連れ戻すよう依頼する。残された少ない手がかりから、マイアは健太の向かった先を突き止める。健太を連れ戻そうと必死の捜索がマイア一人で行われる中、レナに恨みをもつネレイス・シベリア・シティ支店の森が捜索を攪乱する！そして、時を同じくして大規模な陰謀が静かに動き始めていた…！？

ようやく家出少年・健太を探し当てたマイアは、二人でカムチャッカに帰ることに。つかの間の休息もなく、今度はマイアたちの乗っている便がハイジャック事件に巻き込まれてしまう?!ハイジャッカー達は8つの都市に収監されている重犯罪者を釈放せよと、無理難題を要求する。政府が決定に手間取っている間にも、飛行機の残された燃料は減っていくのだった…。

家の前に捨てられた赤ん坊を拾ったゆう。赤ちゃんを警察へ届けようとするが、不憫な子供の将来をグロリアから吹聴されネレイスで親を探すことに…。しかし、一週間経っても手がかり目撃情報はゼロ。親探しは難航をきわめる。｢本気で捨てる気なら直接警察の前に捨てる。そのうち迎えに来るさ｣と能天気なグロリア。一方、赤ちゃんになつかれたゆうは次第に母親業に目覚め始める。その間にもネレイスには仕事がドンドン溜まりレナのストレスは頂点に。早く赤ちゃんのお母さんを探さなきゃ！

いつもの仕事帰り、静香はケガを負った若い男と出会う。ほっておくこともできず家へ連れて帰る静香。男は名はトレバー。海洋庁特殊諜報部員として極秘の潜入捜査中に、正体が発覚し逃げていたことを静香に告げる。ケガが治るまで静香の部屋にいることになったトレバー。静香は献身的にトレバーを介護する。仲睦まじく食事をする二人はまるで同棲中の恋人のよう…。しかし、二人の幸せな生活は長くは続かなかった…。トレバーの居場所をつかみ始めた追手らしき人影が、静香とトレバーにジリジリと忍び寄るのだった…？！

ウォン・チャン・リー・メイ四兄妹の未だ果たされぬ夢、それは幻の海底都市に眠る金銀財宝の山を探し当てることだった！！ その夢を達成すべく、四兄妹は懲りずにネレイスの｢よもぎ1号｣を取り返しにやってくる。さっそく人質に取られるマイア｢はううう…｣。しかし、肝心の｢よもぎ1号｣はボロボロ、頼りのエルピダを示す地図はいい加減、とヘタレのマイアにさえ突っ込まれまくる兄妹たち。なんとか潜水艦の修復を終え、いざ宝の眠る海底へ！ と意気込んだその時、兄妹たちの前にネレイスが立ちはだかり…。泣き喚くヘタレ兄弟を尻目に状況を立て直そうと、なんとマイアが奮起一発…！？

シベリアシティのダフネ(月桂樹)、そして偶然に見た夢を忘れることのできないマイア。初めて自分の中から出てきた過去への手がかり。不安と期待で海洋庁のケビンとクレアを訪れるマイア。しかし、納得できる答えは得られない。つかさもネレイスメンバーも、マイアが過去に囚われ過ぎてありもしない夢を見たのではないかと取り合ってくれない。そんな中、夢が現実であるという証拠をマイアは思い出し、｢あるモノ｣を探しにシベリアシティを再訪することに。マイアは、夢を｢自分の過去｣だと証明できるのか…。

マイアの頭の中から離れない謎の男の存在。｢もしかして、謎の男の正体は…｣そんな心ここにあらずのマイアは、海洋庁模擬試験で大失敗をしでかす。仕事でもドジ踏まなければいいけれど…と心配気味のネレイスの面々。今回のネレイスへの依頼は、組織に誘拐された娘を助けてほしいというお仕事。夜、人気のない倉庫街でコンテナに閉じ込められた娘を助け出すネレイス。見張り役のマイアは、レナに釘を刺されたにもかかわらず、重大なミスを犯してしまう…？！その時、組織とネレイスの銃撃戦が始まり、ネレイスに大変なことが起こってしまうのだった…。

次第に過去を取り戻しつつあるマイア。人身売買のマフィアに襲われたショックから深い記憶の中へ沈み込んでいく・・・。 10歳のマイアは優しい両親と幸福な毎日を過ごしていた。唯一つの不満は、寄宿舎へ行っている大好きな兄に会えないこと。そこへアイと名乗る女性がマイアの家族を守る為にやってくる。父は政治的な理由で何者かに命を狙われているらしい。最初はアイに馴染まないマイアも、お姉ちゃんのようなアイに段々と心を開いていく。しかし、幸せな日々は長く続かなかった。誕生日パーティの夜、とうとうマイアの家族が襲撃されたのだ。外で鳴り響く銃声。マイアは誕生日のため帰ってきていた翔と部屋に隠れる。｢大丈夫だから・・・｣と震えるマイアの肩を抱く翔。そしてついにマイアはシベリアで探していたカプセルに関する記憶を思い出し始めた・・・。

家族の記憶を取り戻したマイアは海洋庁によって拘束された。マイアに記憶を取り戻してほしくない何者かはついに本格的に動き始めたのだ。一方でマイアを救おうとする海洋庁のある一派はその助けをネレイスに求める。連れ去られたマイアを取り戻そうと一致団結するネレイスの面々。しかし、レナだけは冷静だった。レナに腹を立て出て行く静香、途中で出会ったつかさを巻き込み海洋庁へ殴りこみをかける。マイアのいる独房を見つけ奪還成功!と思いきや、玄関で警備員に囲まれてしまう3人。そこへ、ゆう、グロリア、ミリィが助けにやって来た。2台に分かれてホバーカーに乗り込み海洋庁を後にするマイアたち。しかし、海洋庁は執拗に追いかけてくる。そして、ついにミリィもグロリアも追手に囲まれてしまう。万事休す！絶体絶命！しかし、そこにもう一つの影がさして・・・。

本当の自分を見つける為とうとう記憶の土地、エルピダへ向かうマイア。それは、文字通り海底に見捨てられ廃墟と化した巨大都市だった。一方、海洋庁情報隠蔽派の田中はその卑劣な姿を表し、部下を使ってさらに執拗にマイアたちを追跡する。情報開示派のキムも負けじと次の手を打ち海中バトルが繰り広げられようとしていた。追ってくる海洋庁を止めるため、レナはマイアにエルピダへ一人で向かうよう言う。海底都市の壊れた天井部から進入するマイア。100年前に死に絶えた町を眺めるうちに息苦しくなるマイア。次第に遠くから過去の記憶が蘇ってくる。その記憶とは、大好きだった父、母、兄との思い出。そして、海底都市エルピダの最後の日の記憶であった。マイアは無事月桂樹の根元に埋めたカプセルを見つけることができるのか？海底都市滅亡最後の日、マイアの家族に一体何が起こったのかそして、海洋庁が必死に隠そうとするエルピダの真実とは何なのか？ついに、海洋都市の謎が解き明かされる！｢光と水のダフネ｣緊迫の最終回！！