人間と精霊が共存する大陸｢ポリフォニカ｣。その大陸の中心、帝都メイナードの街に出張にやってきた新米神曲楽士タタラ・フォロンとその契約精霊コーティカルテは、街のはずれで一人たたずむミサキという物憂げな表情の少女と出会う。亡き祖母への想い出を失いゆく自分に悩む純粋な彼女。フォロンのかけた励ましの言葉に背中を押され、祖母の形見を探しに思い出の場所へ立ち入ったミサキは、老朽化した建物を取り壊す爆破に巻き込まれてしまう。そこに聞こえてきたのは一筋の音楽―――

いつもとかわらない朝を迎えたツゲ神曲楽士派遣事務所に、勢いよく飛び込んできたのはクライアントのマウラ。彼女は四六時中精霊に覗かれている気がすると思い悩み、助けを求めに来たのだ。早速、様子を見に行ったレンバルトは容疑者と思われる精霊を見つけるが、あまりのすばやさに取り逃がしてしまう。日を改めてフォロン達は合同作戦を決行するが、再び一行の前に現れた容疑者の出現で始まった大捕り物は意外な方向へ――

季節は夏――海水浴場に集結したツゲ神曲楽士派遣事務所の面々。事の発端はある海運会社で起こった社長の息子兄弟による後継者争い。その争いを収めるため、社長は昔自分が嵐で海底深くに沈めてしまった船に忘れてきた“ケース”を見つけてきた者に会社を継がせるという課題を出したのだ。ツゲ神曲楽士派遣事務所に引き上げを依頼した兄ナトリに対し、弟のスロムも神曲学士を雇ったらしい。フォロンはコーティカルテと共に海に潜るが、水中で謎の神曲楽士の攻撃を受けてしまい――

舞台は3年前のトルバス神曲学院――憧れの学院へ見学にやってきた、ペルセルテとプリネシカ姉妹。そこでふたりは、フォロンという学生に出会う。見学中の忘れ物を探すために、夜の学院に忍び込むペルセルテとプリネシカ。そこで二人は偶然フォロンが一人歌を唄っているところに出会わせる。その美しい歌声に感動する二人。しかしその一方で、学院の地下深く囚われた精霊がその歌声に反応する――

今回の依頼者はなんと同業者である神曲楽士のスズナ。なんでも契約精霊のコチーノが、ロック歌手のヨキオに心変わりをしているのではないかと勘ぐり、相談しに来たのだ。気を遣うフォロン達に対して、それが真実ならば原因はスズナ自身にあると冷然とした態度の精霊達の言葉。調査はユフィンリーと契約精霊のヤーディオが捜査に当たることになったが、そこに現れたのは以前敵対した神曲楽士のディーレンとその契約精霊メイルリートだった―

休日のツゲ神曲楽士派遣事務所に飛び込んできたフォロンの学生時代の知人ヤムナ。見知らぬ二人組に追われていて助けを求めてきたのだ。行きがかり上ヤムナの逃走に手を貸すフォロンとコーティカルテ。執拗に追いかけてくる追跡者との間で街中を巻き込んだカーチェイスが展開される。

いつものように忙しい事務所に元気に飛び込んできたペルセルテと、それを追って顔を真っ赤に染めて登場したプリネシカ。ペルセルテの手にはプリネシカが学校の後輩から受け取ったラブレター。しかし、盛り上がる事務所の面々をよそに、コーティカルテの表情は複雑だった。

フォロンの神曲がコーティカルテに届かない。スランプに陥ったフォロンにイライラして厳しい言葉をぶつけてしまうコーティカルテ。見かねたユフィンリーは彼女に一人の老作曲家サーレに会うことを薦める。

焼失した屋敷の解体工事を請け負ったレンバルトは、作業中にディーレンの契約精霊メイルリートから攻撃を受け、負傷してしまう。ディーレンのメイルリートに対する支配的な扱いに疑問を持ちながら、フォロンとコーティカルテは調査を始める

フォロンとコーティカルテが訪れたのは、名高き天才技術者テラト・テルミンの研究所。彼と精霊クリスタの夢は、神曲楽士を必要としない完全自動で神曲を奏でる単身楽団の発明だった。

を片手に、神曲を奏で続けるクリスタ。彼女を説得できないまま、フォロンとコーティカルテは人間と精霊の絆~神曲~の意味を改めて問いかけあう。そんな彼らをよそに精霊に対する悪意の塊のような企てが発動し、その狂気は大陸を覆いつくすかのように拡がっていく。