Ｔ．Ｃ．4767年－－－発祥の地である地球を棄ててから四千年、人類は未知の存在グノーシスの出現によって、危機に瀕していた。技術者シオン・ウヅキが乗り込んだ星団連邦軍の巡洋艦ヴォークリンデは、ゾハルと呼ばれる謎の物体を回収する。だが、それはグノーシスを呼び寄せる行為に他ならなかった。

巡洋艦ヴォークリンデ艦内で、グノーシスに襲われるシオン。その危機を救ったのは、シオンが開発主任を勤めていたＫＯＳ－ＭＯＳであった。だか、ＫＯＳ－ＭＯＳはシオンすら知らない謎の司令に従い、ゾハルを確保しようとする。

ＫＯＳ－ＭＯＳは武力行使で貨客船エルザを停船させ、カーゴベイに乗り込む。だが、乗客であるサイボーグ・ジギーが襲いかかってきた。同じく回収されたシオンが止めに入るが、ジギーとその被保護対象であるモモは、奇しくもＫＯＳ－ＭＯＳと同じ第二ミルチアを目的地としていた。

星団連邦に属するジギーの任務は、武装組織Ｕ－ＴＩＣ機関に拉致されたモモを奪回、第二ミルチアへ送り届けることだ。エルザを襲ってきた戦闘艦も、Ｕ－ＴＩＣ機関のものだった。操舵士トニーのテクニックにより、危機を逃れるエルザ。

デュランダルは根拠地であるクーカイ・ファウンデーションに入港した。シオンたちを出迎える、財団の代表理事ガイナン・クーカイ。平和なファウンデーションの街で、シオンたちはひとときの安らぎを得る。だが、執拗にモモのうちに眠るＹ資料を狙うＵ－ＴＩＣ機関は、新たな謀略を発動させていた。

星団連邦軍に拘束されてしまうシオンたち。だが、指揮官ラピス大尉はヘルマーが軍内部に送り込んだ同志であった。ラピスの協力により、デュランダルから脱出したシオンたちは、ファウンデーションの市街地へ向かう。

エンセフェロンにおいて、攻性プログラムを撃破したシオンたち。だが、シオンは謎の少女ネピリムの導きにより、14年前の旧ミルチアを追体験させられてしまう。それは、シオンが両親の死を目撃した日だ。一方、Ｊｒ．もまた、兄弟であるＵＲＴＶたちと決別した日を再現されていた。つらい過去にうちひしがれる二人。

星団連邦軍への叛乱の嫌疑も晴れ、ついに第二ミルチアに到着するクーカイ・ファウンデーション。だが、アルベドがネピリムの歌声を使用したことにより、グノーシスの大群が出現する。市街地に潜入してきたグノーシスを迎え撃つシオンたち。

市街地に侵入したグノーシスは駆逐されたものの、モモが連れ去られてしまった。自分とアルベドとの因縁を、シオンたちに語るＪｒ．。だが、グノーシスの攻撃はさらに激化する。そこに現れたのは、ヴェクター根拠地である曙光であった。

相転移咆によって、空間の歪みから引きずり出されたのは、かつてヨアキム・ミズラヒが作った研究プラントであった。アルベドは天の車の中で、モモのうちに眠るＹ資料を探索する。単身、モモを救いに行こうとして、ジギーと衝突するＪｒ．。だが、モモを思う気持ちはシオンたちも同じだ。

キルシュヴァッサーと融合した変異シメオンを倒さねば、第二ミルチアが壊滅する。苦悩するシオンに、ＫＯＳ－ＭＯＳがキルシュを救出する作戦を提案する。シオンの信頼に応え、作戦を成功させるＫＯＳ－ＭＯＳ。だが、天の車は第二ミルチア大気圏へ突入しはじめた。