一見平和だが荒廃が進む世界。掃除屋のスヴェンは、知事に就任するお尋ね者のリブを確保しようとする。

だが彼が自身の特殊能力で予見したのは、暗殺されたリブの姿。

阻止を試むが、目前で抹殺者(イレイザー)にリブを殺される。怒るスヴェンの前から、姿を消す抹殺者。

その男こそ、世界の安定を目的とする秘密結社クロノスの特務部隊“時の番人(クロノ・ナンバーズ)”のNo.XIII、“ブラック・キャット”と呼ばれる男、トレインだった…。

ナノテクと道(タオ)の融合による“エデン・プロジェクト”を“完璧な生態系”と語るメイソン。

かつて異大陸との闘いで、ある道士(タオシー)から道(タオ)の奥義を伝えられた彼は、計画のため密かに人材を集め全てを操っていた。

そしてその核となるイヴに様々な知識を学習させるため、逃走後も泳がせていたのだ。

攻撃を受け付けないオリハルコンの鎧を持つメイソンを相手に、窮地に立たされたトレインとスヴェン。そこへクリードが現れる…!!