Unalaq, Korra e i suoi amici si dirigono al portale spirituale del polo Sud per ripristinare il collegamento tra i due mondi; anche Tonraq, preoccupato per sua figlia Korra, li segue perché in quel luogo imperversa una tempesta eterna. Durante il viaggio Tonraq rivela di essere stato bandito dalla tribù dell'acqua del Nord per aver scatenato l'ira degli spiriti e di essersi trasferito al Sud per rifarsi una vita. Giunti sul posto Korra si avventura da sola nel portale e viene attaccata dagli spiriti, ma grazie alla sua perseveranza completa la sua missione. Nel frattempo l'esercito della tribù dell'acqua del Nord sbarca sulle coste del Sud per difendere il portale appena aperto.

Tutte le navi inviate ai ribelli vengono affondate ed Asami rischia la bancarotta, per aiutarla Mako le propone di preparare una nave esca per catturare i responsabili, ma occorrono più persone e Mako è costretto a rivolgersi alla Triade. Durante l'operazione non si fa vivo nessuno e Mako scopre che qualcuno ha pagato la Triade per tenere lontani lui ed Asami. I due scappano dalla nave e raggiunto il capannone delle Industrie del futuro lo trovano completamente vuoto. Mako non si arrende e scopre un indizio importante sul set di Nuktuk, quindi va ad informare Asami dicendole che forse sa chi li ha ingannati; proprio in quel momento trova anche Varrick che ha appena salvato l'azienda di Asami diventandone socio e così Mako decide di rinviare il discorso. Intanto Korra viene ritrovata dai sacerdoti della Nazione del Fuoco senza più ricordare chi sia.

Korra decide di chiudere il portale del polo Sud accedendo in forma spirituale al mondo degli spiriti e chiede l'aiuto di Tenzin, tuttavia ogni tentativo fallisce. Jinora confessa di poter vedere gli spiriti e che questi conoscono un luogo ideale per il rituale. Tenzin riconosce i suoi limiti e lascia a Jinora il compito di guida spirituale dell'Avatar. Intanto Mako rivela ad Asami che il responsabile dei furti e dell'attacco alle navi è Varrick: il suo obiettivo è coinvolgere Città della Repubblica nella guerra civile per arricchirsi. Varrick prova invano a corrompere Mako e così fa in modo di incastrarlo mettendo nella sua abitazione prove schiaccianti mandandolo in prigione.

Bolin, avvertito dal fratello, sventa il tentato rapimento del presidente ad opera di Varrick durante il film conclusivo di Nutkut. Korra e Tenzin arrivati a Città della Repubblica avvertono il presidente del pericolo imminente, ma lui vuole impiegare l'esercito per difendere la propria città. Con l'arresto di Varrick e il rilascio di Mako il Team Avatar è di nuovo riunito e decide di attaccare Unalaq contando sulle proprie forze. Intanto la resistenza, non vedendo arrivare nessun rinforzo, tenta invano di sconfiggere Unalaq e Tonraq viene catturato.

Korra scaglia Unalaq nel portale lasciando ai fratelli il compito di tenerlo occupato, mentre lei combatte contro Vaatu. Tenzin, Kya e Bumi si fanno catturare da uno spirito per poi essere gettati nella nebbia delle anime perdute: un luogo che tiene prigionieri gli umani facendo leva sulle loro paure più grandi. Korra sta per sigillare Vaatu, ma viene fermata da Unalaq che si fonde con lo spirito dando origine all'Avatar oscuro, durante il combattimento Vaatu estrae Raava dal corpo di Korra e lo elimina. Tenzin riesce a vincere la sua paura e trae in salvo Kya, Bumi e Jinora, quest'ultima avverte che il mondo è in pericolo e si separa dagli altri. L'oscurità di Vaatu si rafforza e il suo corpo cresce fino a diventare uno spirito oscuro gigante, quindi da inizio a diecimila anni di oscurità.

Viaggiando attraverso il Regno della Terra con il team Avatar e Jinora, Tenzin scopre che la maggior parte dei nuovi dominatori dell'aria non sono disposti ad abbandonare le loro vite per unirsi alla nuova Nazione dell'Aria, anche se trovano una prima recluta in Kai, un furbo giovane ladro che cerca di sfuggire alle autorità del Regno della Terra. Nel frattempo, Zaheer libera il dominatore della lava Ghazan e dominatrice dell'acqua Ming-Hua dalle loro rispettive prigioni ed è apparentemente intento a rapire o uccidere l'Avatar. Un anziano Zuko si reca al Polo Nord, dove viene tenuto l'ultimo membro della banda di Zaheer.

Al Polo Nord, Zaheer e la sua squadra liberano P'Li dalla sua gelida prigione, e lei si rivela essere una potente dominatrice della combustione. A Ba Sing Se, Lin Beifong arriva per avvertire Korra della minaccia alla sua vita. Con l'aiuto di Lin, il team Avatar libera i dominatori dell'aria tenuti prigionieri. Dopo essere sfuggito alla collera Dai Li e alla Regina della Terra, Tenzin porta i dominatori al Tempio dell'Aria settentrionale, mentre Lin, Korra e i suoi amici tornano alla ricerca dei nuovi dominatori dell'aria.

A Zaofu, Korra e Bolin continuano a imparare a dominare il metallo, mentre Opal parte per il Tempio dell'Aria settentrionale. Di notte, Zaheer e il suo team si infiltrano a Zaofu e catturano Korra, ma il team Avatar, supportato da Lin, Suyin e un contingente di dominatori dell'aria, riescono a salvare l'Avatar costringendo gli assalitori a fuggire. Nell'indagine successiva, Korra e il resto dei suoi amici scoprono che il consigliere di Suyin Aiwei ha aiutato Zaheer, ma riesce a scappare attraverso un tunnel segreto. Più tardi, con l'aiuto di Suyin, il team Avatar esce di soppiatto da Zaofu per inseguire gli attaccanti.

Mentre la città interna di Ba Sing Se viene saccheggiata e rasa al suolo, e scontri e fuochi si diffondono in tutta la città esterna, Mako e Bolin fuggono con la loro famiglia all'oasi di Misty Palms. Dicono a Korra che Zaheer intende uccidere i dominatori dell'aria al Tempio dell'Aria settentrionale a meno che non si arrenda a lui. Dopo aver parlato con Iroh nel mondo degli spiriti, Korra usa la radio del Clan del metallo per contattare Tenzin proprio mentre il Loto Rosso attacca il Tempio. Tenzin resiste agli invasori con i suoi fratelli mentre gli altri dominatori dell'aria cercano di scappare. Dopo che i difensori sono stati sopraffatti, il Loto Rosso libera Kya e Bumi dalla montagna e attacca Tenzin esausto e malconcio.

Il Loto Rosso tortura una Korra incatenata avvelenandola con il mercurio, per costringerla ad entrare nello Stato dell'Avatar e ucciderla per porre fine al ciclo dell'Avatar. Tuttavia, Korra, furibonda, sconfigge i suoi rapitori e combatte Zaheer nei cieli. Nel frattempo, i suoi amici trovano e salvano i dominatori dell'aria. Dopo che Mako ha fulminato Ming-Hua, lui e Bolin sfuggono a Ghazan il quale ha fatto crollare la caverna del Loto Rosso sopra di sé. Mentre Korra sta per soccombere al veleno, Jinora guida i dominatori dell'aria per riportare Zaheer a terra con un enorme vortice d'aria formato dai loro domini combinati. Zaheer viene catturato, e Suyin riesce a togliere il veleno da Korra. Due settimane dopo, a Città della Repubblica, una Korra indebolita e confinata su una sedia a rotelle, partecipa alla cerimonia in cui Tenzin proclama Jinora nuovo maestro, mentre annuncia che i dominatori sarrano al servizio del mondo durante l'assenza forzata dell'Avatar.

Tre anni dopo la sconfitta di Zaheer, il vanitoso Principe Wu sta per essere incoronato Re della Terra, e Mako viene assegnato come sua guardia del corpo. Nel Regno della Terra, Opal e Kai cercano di proteggere una comunità dai banditi con scarso successo. Kuvira, che ora si autodefinisce la "Grande unificatrice", appare alla testa di un esercito che comprende Bolin, Varrick e la sua assistente Zhu Li. Offre le forniture e la protezione del governatore - se sottomette il suo stato alla sovranità di Kuvira. Il governatore accetta con riluttanza, mentre Kuvira consolida sempre più il Regno della Terra sotto la sua autorità, cominciando ad apparire sempre più dispotica. Altrove, una scoraggiata Korra sta combattendo e perdendo incontri di dominio della terra, apparentemente avendo rinunciato alla sua identità di Avatar.

Mentre l'esercito di Kuvira marcia su Zaofu, Suyin si rifiuta di lasciare che la sua città si unisca al nuovo impero, mentre Korra cerca invano di negoziare un esito pacifico. Varrick e Bolin arrivano a realizzare la natura totalitaria del dominio di Kuvira, ma la loro fuga viene sventata dal fidanzato della Grande unificatrice, il figlio di Suyin Baatar Jr. Mentre Zhu Li promette la sua fedeltà a Kuvira, Varrick è costretto ad armare le liane degli spiriti per lei, mentre Bolin deve essere inviato in un campo di "rieducazione". A Città della Repubblica, Asami torna a parlare con il padre imprigionato, Hiroshi.

In un episodio di clip show, Mako, Korra e Bolin ricordano il loro passato. Mako dice a Wu dei suoi problemi romantici e dell'eventuale rottura con Asami e Korra. Korra parla con Asami dei suoi scontri con Amon, Unalaq, Vaatu e Zaheer. Varrick presenta la vita di Bolin ai rifugiati dell'Impero della Terra nello stile di un film d'azione in cui Bolin sconfigge tutti i precedenti nemici di Korra.

The spirit vines in Republic City start abducting people and it's up to Korra to figure out why.

Wu e Mako aiutano ad evacuare Città della Repubblica, mentre Asami e Varrick costruiscono una flotta di velivoli robotici per difenderla. Ma le forze di Kuvira attaccano prima del previsto. La sua superarma, ora montata su un gigantesco mecha, devasta la flotta della Repubblica, costringendo Raiko ad arrendersi. Korra e i dominatori dell'aria catturano il creatore del mecha, Baatar Jr. Dopo che Korra minaccia di tenerlo lontano da Kuvira per sempre, tenta di convincere Kuvira a porre fine all'attacco, ma lei rifiuta facendo fuoco nel luogo in cui si trova Korra, i suoi alleati e lo stesso Baatar.