中川純 (木村多江) の婚約者・木下庄治 (貴山侑哉) を殺害した犯人は、弟の 優 (佐藤健) ではなかった。姉の純が犯行を認め、優は釈放されるのだが、九十九 (木村拓哉) と 丹原 (香川照之) は、優の7年分のメモと楽譜から真犯人を第三の人物だと考える。九十九は、毎日書かれている優の楽譜とメモが、いくつか抜けている日があることに気がつく。優が覚えていない記憶を探り、あることに気がついた九十九は、優のピアノの師匠である 八木仁 (東儀秀樹) のコンサート会場に向かう。八木のピアノ演奏を聞きながら、九十九は犯行当日に優が楽譜に書き残した音符の謎を解明するのだった。九十九は優のアトリエに八木を招き、八木にあるテストを試してついに真犯人を追い詰めていく！日が変わり、都議会議員の 松下百合子 (大沢逸美) が、拳銃で撃たれ殺害される事件が起こる。丹原と 林田 (水嶋ヒロ) は、松下を殺害した後に犯人が現場で食べたお弁当から指紋とDNAを検出した。そこから浮上した容疑者は、15年前に起こった 『 誘拐事件 』 の被害者だったのだが…

都議会議員・松下百合子 (大沢逸美) が、残酷なやり口で銃殺される事件が起こった。丹原朋実 (香川照之) と 林田虎之助 (水嶋ヒロ) は、松下を殺害した後に犯人が現場で食べたお弁当から指紋とＤＮＡを検出。そこから浮上した容疑者は、15年前に起こった誘拐事件の被害者・秋吉かなこ (仲間由紀恵) だった！そして松下は、かなこが誘拐された当時の学校の担任だったことが判明する。科警研では、行動科学研究室の 浪越克己 (井坂俊哉) が調査のリーダーに任命され、プロファイリング捜査が試みられる。そこへ、島根で同一犯の手によると思われる第２の殺人が起こるが、犯人の行動にはまるで合理性がない。九十九 (木村拓哉) と浪越は、犯人は解離性同一性障害、つまり多重人格者ではないかと疑うが、科警研のメンバーやベテラン刑事の丹原らは、共犯がいるに違いないと九十九の意見を相手にしない。そんな中、かなこが誘拐されるまで通っていた小学校の同窓会の開催日が近づき… !?