天寿奉皇令到废后尹氏家中赐予死药。回家途中，不幸跌落山谷，幸遇道士因而得救，性命无碍，道士预言天寿未来的命运将会是坎坷怪离，天寿将会遇到生命中的第二个女人。此后十四年，中宗继承皇位，天寿辞去内禁卫军官之职，希望能从此避开厄运；未料天寿在溪边遇到了一位垂死姑娘，幸好及时被救起；但是，道士的预言围绕在天寿的脑海中，天寿知道这位姑娘就是当天道士提及的第二个女人，无奈这是上天的安排，两人最终结为连理，生下一女，名为长今。

小长今与父母亲过着俭朴的日子，但是长今却常被母亲责备处罚，因为长今时常到附近的书堂偷学读书认字以及和士大夫子弟玩耍，朴内人之所以不准许长今这么做，就是担心十四年前的祸患。有一天，徐天寿被官兵给强行抓走，朴内人仓卒之间带着长今逃命，遭遇许多危险。到了京城，朴内人托人带信给宫内的昔日好友韩尚宫，韩尚宫得知朴内人仍然活在世上，欣喜相拥而泣。但是崔尚宫等人很快的得知朴内人还活着，于是展开一连串的追逐，朴内人身上中箭不支倒地。临死之前，告诉长今一定要勇敢活下去，不要轻言放弃（从而也知道长今就是预言中第三个女人），并且将自己的遗愿写在书函里面。

小长今一个人流落在山区，好不容易下山抵达村庄，希望能吃点东西，阴错阳差被姜德久妻子误认为是偷酒的小偷，长今刚好也无处可去，就留在姜德久的家中，帮忙煮饭送酒，颇得姜氏夫妻的喜爱。柳元宗等人意图废除凶暴的当今皇上 燕山，拥戴晋城大君登上皇位，此为历史上著名的“中宗反正事件”。改朝换代之后，太后殿尚宫到姜德久家中找寻长今（因为小长今帮忙送酒与晋城大君结缘），带长今入宫做小宫女。 在一群小宫女当中，长今被令路欺负，晚上不能进屋睡觉，想起娘曾经说过退膳间有亲娘所写的饮食拔记，因此和连生一起到退膳间去寻找。

小长今和连生不小心打翻皇上的宵夜，幸好机智冷静的韩尚宫立刻动手用有限的材料做出精致的宵夜，深得中宗喜爱，才渡过难关。小长今和连生被关在药房反省，连生被烛台打伤，因此小长今找到仅有的药材帮连生治疗。小长今被训育尚宫狠狠修理，并准备将小长今赶出宫外，小长今苦苦哀求，训育尚宫终于给长今一个机会，让她参加考试（但条件是要端着一脸盆从晚上站到第二天早上，也就是直到宫女考试为止）。提调尚宫知道后故意出了一些困难度高的问题让长今回答，可没想到小长今却一一回答正确，在场的人都惊讶无比。小长今也因此被分配到韩尚宫的处所做小宫女，韩尚宫细心观察得知长今不但常识丰富也深黯医药知识，因此对长今另眼相看。

最高尚宫身体不适，由崔尚宫偷偷引进宫外大夫入宫替最高尚宫诊脉看病，未料事情揭发，最高尚宫不得不退位，因此引起一场最高尚宫位置之争，结果却出乎意外，由生性淡泊名利的郑尚宫出线。郑尚宫深藏不露，做得一手好菜，对于各种料理手艺和食补药膳样样精通，并且为人公正，豁达开朗，御膳厨房的气氛焕然一新。 韩尚宫得知长今对于味觉有独特敏锐之处，因此决定好好培养长今，除了教导长今认识各式各样的野菜，以及料理的特别手艺，对待长今更是有如亲生子女；同时崔尚宫也教导今英崔家秘方，希望今英的料理手艺能够更上一层楼。

孝惠公主已经六天没有用餐了，虽然崔尚宫使用祖传秘方，用心良苦准备美味佳肴，但是公主还是拒绝进食，甚至昏迷，宫廷内外上至皇上、皇后下至尚宫内人都非常紧张，此时今英见到长今在酱库试验各种酱料试着用木炭来去除酱料内之异味，心生妙计，也用木炭将米饭中的异味去除，公主才肯用膳，今英立下大功。明朝的使臣来访，送来明朝皇室亲自饲养的金鸡以庆贺中宗的生辰，由今英负责保管金鸡。不过金鸡却遗失了，今英着急的想偷溜出宫，请崔判述帮忙，长今自愿与今英一起出宫希望找到金鸡，解决当前难关，但是长今在回去的途中遇到了受伤的闵政浩（两人的缘分也随着长今掉落的刀子所展开），因此也耽误了回宫时间而被捉拿。

郑尚宫以及各位尚宫娘娘都向提调尚宫娘娘请命希望能保住长今，不要被赶出宫外，在郑尚宫和韩尚宫的哀求之下，虽然让长今免除了被赶出宫外的命运，不过也只能将长今调到宫外的多栽轩而已，这里是种植草药蔬菜的菜园。负责这里的郑白云主簿意志消沉，整日饮酒度日，看到长今认真的工作，用心种植栽培草药，坚持不懈的精神，内心甚感佩服，于是教导长今认识各种草药，以及治病的药方。终于，经过不懈的努力和研究，长今栽培百本成功了。却因贪官的牟利行为，长今得不到朝廷的赞许。郑主簿因不满贪官谋财的恶行，故意倒卖百本新苗，暗中帮助长今将百本栽培成功的消息公布于世。此时，连生来告知长今，长今终于可以回宫去了。

长今终于可以回到宫内御膳厨房了，可迎面而来的是却一连串的考验。再过七天就要御膳竞赛了，如果无法顺利过关，就要被赶出宫外。虽然长今全力以赴，努力用功，但还是因为答不出试题枯坐试场。在训育场实地竞赛的时候，长今因为同情针线小宫女，便把面粉割了他。可长今无法用面粉做馒头。长今突然灵机一动，想到去多栽轩摘下稀有的对人身体有益的白菜，用白菜叶子做馒头的皮，虽然得到尚膳大人的赞许，但是提调尚宫认为遗失自己的食材是没有资格被录取的。当郑尚宫读到淘汰落榜人的名单时，长今的名字也赫然在列。

御膳竞赛长今名落孙山，本该立即出宫，幸好皇太后莅临试场，亲自品尝了一些小宫女精心准备的餐点，尝到长今的作品时，赞不绝口，因此长今又再次幸运的留在宫里，免除被淘汰出宫的命运。接着就是一些紧凑的内人训练课程，以及到御膳厨房帮忙工作。中宗临时决定要提早上山狩猎，因此娘娘派韩尚宫以及韩尚宫手下一批人跟随皇上到野外打点中宗的御膳，未料，闵尚宫等人一时不察误食毒物，韩尚宫等人都中毒躺下，因此皇上御膳重责大任就落在今英和长今的身上。

中宗对长今和今英的所料理的凉面赞赏有加，闵尚宫等人受到惩处不得进入退膳间工作，长今如愿以偿可以进入退膳间，终于可以进出母亲以前工作的地方。与此同时，崔尚宫吩咐今英在退膳间内藏匿诅咒皇后腹中胎儿的符咒，虽然今英断然拒绝，却不得不接受崔氏家门的宿命之说。而长今却忙着找寻母亲所留下的饮食拔记。今英所藏的符咒被韩尚宫发现，一时间御膳厨房即将大祸临头，阴错阳差之下，长今却成为带罪的羔羊。长今苦于不能说出父母亲的身世，只能默默地顶替今英所犯下的罪行。最高尚宫身体不适，由崔尚宫偷偷引进宫外大夫入宫替最高尚宫诊脉看病，未料事情揭发，最高尚宫不得不退位，因此引起一场最高尚宫位置之争，结果却出乎意外，由生性淡泊名利的郑尚宫出线。郑尚宫深藏不露，做得一手好菜，对于各种料理手艺和食补药膳样样精通，并且为人公正，豁达开朗，御膳厨房的气氛焕然一新。 韩尚宫得知长今对于味觉有独特敏锐之处，因此决定好好培养长今，除了教导长今认识各式各样的野菜，以及料理的特别手艺，对待长今更是有如亲生子女；同时崔尚宫也教导今英崔家秘方，希望今英的料理手艺能够更上一层楼。

郑尚宫坚持一定要将长今和今英两人送进义禁府，虽然提调尚宫极力阻挡，也无法改变郑尚宫的意思，当韩尚宫苦苦恳求郑尚宫，就算为了救长今一命，请郑尚宫务必不要追究此事，郑尚宫还是坚持自己的信念与意志。当提调尚宫毫不犹豫决定与郑尚宫一起到义禁府去的时候，郑尚宫知道自己犯了个错，于是只好放弃自己数十年所秉持的信念，为了保住长今，只好认错不再追究此事。 元子喝下姜德久煮的虫草全鸭汤之后，全身麻痹并且无法动弹，一时之间宫廷内一片慌乱，姜德久被抓进义禁府。

长今日夜不停的研读医书终于查出元子的病因（肉豆蔻与人参混合，加速全身麻痹），救出姜德久。因为亲尝人参与肉豆蔻，自己身体也无法动弹陷入麻痹，经过医女细心的治疗，虽然身体已经可以恢复行动，却意外发现失去了味觉。身为御膳厨房的内人，失去味觉让长今感到十分不安与恐惧。郑尚宫身体日益虚弱，准备退位；提调尚宫与崔尚宫等人虎视眈眈，觊觎最高尚宫的位置，郑尚宫不愿意御膳厨房的恶习继续相传下去，因此禀报中宗，希望由御膳厨房中的两位最具有实力的尚宫经过竞赛，赢取胜利者即可登上最高尚宫位置。崔尚宫选择今英成为自己的得力助手，韩尚宫则选择了长今，并且带长今到处找遍名医希望可以治疗长今的味觉。

长今坚持认为自己无法达成韩尚宫赋予的使命，韩尚宫却认为长今有一般人所没有的才华，就是可以画出味道。训练长今做一些长今从来没有做过的佳肴，并且不让长今尝味道，凭着手感加入佐料，渐渐让长今对自己有了信心。宫中的酱味变味，一时之间许多人乱了手脚，此事非同小可，郑尚宫命令崔尚宫和韩尚宫必须要找出原因。韩尚宫带着长今到寺庙去看豆饼，到烧窑场去看烧陶缸的情形，以及到市集见识盐廛买卖。虽然没有找出酱味改变的原因，也让长今增长不少知识。当晚要借宿在一个村庄的时候，发现村庄的人都把酱缸聚集在一颗大树底下，促使长今终于想出酱味之所以会变味的原因（花粉进入酱缸，花粉是最好的发酵物）。

长今失去了味觉，心中的苦闷无以言喻。于是到多栽轩去找郑云白帮忙，郑云白正在研究蜂针可以替人治病的疗效，长今苦求郑云白帮她施打蜂针，郑云白认为时机尚未成熟坚决不肯。崔尚宫间接得知长今失去了味觉，因此逼郑尚宫要长今离开御膳厨房，韩尚宫认为长今对饮食有异于常人的天赋，任何料理都难不倒长今。崔尚宫提出如果长今能用进贡品鲸鱼肉来做出佳肴，就愿意接受长今继续留下来。郑白云终于抵不过长今不断的恳求，按照长今的方法替长今施蜂针。鲸鱼料理结束了，可结果却出人意料，皇上对鱼肉串赞不绝口。料理过后，长今突然发现自己已经可以辨识味道欣喜万分。

崔尚宫并不知道长今的味觉已经恢复，因此要求长今在众人面前分辨出多种不同的虾酱味道，长今凭着敏锐的味觉一一答对。提调尚宫奏请太后认为皇上干预内命妇的事情万万不妥，中宗就请太后来评定菜肴优劣，以选取御膳厨房最高尚宫，如此对崔尚宫就大大有利。太后出的第一道题：是利用百姓们平常不知道是可以吃的东西来做出可口的佳肴，希望藉此帮助天下百姓度过收成欠缺的难关。长今为了赢得比赛，千辛万苦买到上好牛骨熬炖牛骨汤，却意外落败，长今难掩失望之情。

韩尚宫输掉第一场竞赛，斥责长今一心只为求胜， 却用了寻常百姓们吃不起的上好牛骨炖汤，违反太后娘娘希望替百姓找出新食物的用意。为了希望长今反省自己所犯下的错误，调派长今到云岩寺去伺候年迈卧病在床的老尚宫，长今苦苦哀求韩尚宫将自己留在宫内，韩尚宫却不为所动。病危的老尚宫躺在病床上，念念不忘小时候哥哥临终前拿给她的一把味道香甜的米，长今遍寻不着，却意外发现庙里的处士，用尚未成熟的稻米蒸熟再来晒干，味道可口香甜，终于了却老尚宫的最后心愿。同时长今也领悟到美味可口的菜肴，并没有所谓的秘方，是用诚心以及汗水做出来的食物。

长今知道韩尚宫对她用心良苦，因此更加地努力研习，虚心求教。闵政浩看到长今用粗毛笔写字很不方便，特地买了一枝小楷毛笔送给长今。太后娘娘出了第二道竞赛题目：要找到四季都可以吃得到的海鲜。很明显对崔尚宫家族比较有利。但郑尚宫却意外在崔尚宫屋子里发现了历朝以来代代相传给最高尚宫的书，气愤之余，准备向太后娘娘禀报这件事；因此也不接受崔尚宫与提调尚宫的道歉，想要追究到底。内医院突然传来宫中正蔓延着传染病，是一种无法得知的怪疾；趁此机会，提调尚宫派人将郑尚宫送出宫外，对太后娘娘谎称郑尚宫也被传染怪疾。

郑尚宫没有得怪疾，也被带到宫外去疗养身子，照顾郑尚宫等人的医女，也受到崔氏家门的唆使，熬炖对肾脏有害的汤药让郑尚宫服用，致使郑尚宫的病情日益恶化。提调尚宫推荐由崔尚宫升任为御膳厨房最高尚宫，虽经张尚膳极力阻挡，太后娘娘仍让崔尚宫担任代理最高尚宫。

崔尚宫立即将韩尚宫和长今调派到太平馆，伺候明朝的使节，韩尚宫得知明朝使臣有糖尿病缠身，因此特地准备清淡的菜肴呈上，明朝使臣大怒，韩尚宫身处危难当中。使臣特指长今必须在五天内治好消渴症，最终明朝使臣被长今说服了，并且指定长今与韩尚宫亲自为他准备留在朝鲜这段日子的饮食料理，虽然崔尚宫呈上华丽美味的满汉全席，明朝使臣也不为所动，并且爽快答应册封世子的事情。太后得知此事，斥责崔尚宫等人贪功，不肯上报，对韩尚宫和长今大加赞赏。郑尚宫被陷害逼出宫外，身体也日益恶化，当查出内医院送来的汤药是对她身体有害，郑尚宫只好要求与提调尚宫谈判，希望提调尚宫让她回到宫廷继续主持未完成的竞赛，太后娘娘出了最后一道竞赛试题：并没有设限题目的内容，请两位尚宫自由发挥。韩尚宫到宫廷后院找出几十年前与她的好友共同埋在地底的调味醋，希望借着好友的协助赢得这次的竞赛 …

韩尚宫决定御膳竞赛准备八卦汤呈给皇上，在比赛前夕已经准备妥当所有的材料，不料却被崔判述等人有意破坏，因此韩尚宫急忙出宫重新找寻珍贵食材，在途中却被一群恶汉架走，无法在时间内回到宫来，姜德久眼见韩尚宫被架走，仓卒之间去找闵政浩帮忙，闵政浩立即带人马去找寻韩尚宫下落。长今慌忙紧张不知该如何是好，于是决定先由自己上场来准备食物呈给皇上，并且到后院松树下取得母亲生前埋在地底的调味醋，希望可以得到皇上和太后的青睐。

韩尚宫终于脱离困难危机，赶回宫廷，但是见到长今认真参与竞赛，感动得无法自容，认为这次的竞赛是属于长今的，不愿意在竞赛当中打扰长今，中宗和皇后以及太后对于长今的料理手艺赞不绝口，中宗甚至脱口说出：长今是当代朝鲜最优秀的御膳厨房宫女。太后在当时的情势之下也选定韩尚宫为御膳厨房的最高尚宫。提调尚宫与崔尚宫因而怨忿不平，崔尚宫甚至到处买通各处所尚宫，希望对太后的决定予以反弹。 郑尚宫体会自己身体日益的恶化，决定要替韩尚宫举行升任仪式之后离开宫廷，未料仪式当天，却没有任何一个人到场参与仪式。

郑尚宫一怒之下昏厥倒地，韩尚宫等人急忙扶郑尚宫回到处所，郑尚宫奄奄一息把朝鲜最高尚宫代代相传的书册交给韩尚宫，随后由长今和连生伺候回到私宅，不久便撒手人寰。连生悲痛欲绝，哭喊娘娘。韩尚宫受到崔尚宫以及所有宫内大小厨房尚宫们的排挤，因此一个人要独自全揽御膳厨房大小事务，心力交瘁之际萌生退意，长今对于韩尚宫灰心丧志失望之余，大声指责韩尚宫根本不愿意多做努力，就想放弃一切，并且言明如果韩尚宫再不打起精神全力以赴，就再也不要见到韩尚宫。

皇后下令韩尚宫与崔尚宫必须再次竞赛，以取得御膳厨房最高尚宫的位置，两位尚宫借着三十多年在宫中御膳厨房的经验，煮出最好吃的白米饭，由其他烧厨房的尚宫担任评审，结果出炉，韩尚宫取得压倒性的胜利，皇后问其原委，得知韩尚宫细心体贴，不止深谙皇上皇后的饮食习性，对自己的同伴尚宫们喜好的饮食也了若指掌，皇后甚为感叹。闵政浩调职为司司宪府监察，得知宫中司饔院以及各处所弊案丛生，决心深入调查，韩尚宫也恢复出纳职务，由长今来担任出纳尚宫管理仓库，因此查出各烧厨房诸多不法之事，引起各殿尚宫紧张不安。虽然韩尚宫大声指责各个尚宫，但却不处罚她们，从而在她们心中建立起威望。

韩尚宫无意中看到好友明依记载的日志，心中惊讶不已，她知道这是她最要好的朋友明伊的日志，但是却百思不解，为甚么她找寻多年的日志，现在却突然出现了呢？长今遗失了母亲的日志，甚是伤心难过，也担心娘的身份被暴露 … 而当崔尚宫得知小册子是当年朴内人所写的，更是无法置信。便将当年如何污蔑朴内人以及下赐死药的往事告知今英。并且告知今英，朴内人的女儿：就是御膳厨房的内人徐长今。　　一连串的迹象显示，闵政浩大力打击扫荡诸多不法事案，让吴兼护等人深为不满。韩尚宫终于看到长今埋在调味醋缸的信函，得知长今就是明伊的女儿，两人无比兴奋。

韩尚宫与长今终于彼此相认，两人内心激动。久久无法言语，韩尚宫急着带长今到处去看当年她与明伊留下许多共同回忆的地方，长今难掩兴奋悲伤情绪，两人再度相拥而泣。长今发现母亲留给她的最后一封信函不见了，韩尚宫猜测必定是令路所为，背后指使者应该是崔尚宫，如此一来，长今和韩尚宫就会有危险。 因此韩尚宫派遣崔尚宫等人立即到太平馆去，至少可以暂时确保安全。中宗听信御医的劝告，要出宫到温泉胜地去泡温泉，崔判述得知韩尚宫与长今都要出宫，认为机会难得，派比头跟踪危害，未料闵政浩早已暗中派人保护韩尚宫与长今。

中宗回到宫廷，突然晕倒，一时之间宫中大乱。在御医查不出正确原因之下，把所有责任归咎在膳食出了问题，首先查到皇上在温泉地所吃的鸭子，竟然喝硫磺水，因此，吴兼护立即派人逮捕韩尚宫，吴兼护也与崔判述等人结合，打算斩草除根连长今一并逮捕入狱。闵政浩得知此事，到当地深入追踪详察，得知其他人吃下喝过硫磺的鸭子，也都平安无事，便由内禁卫将出面阻挡吴兼护，此时吴兼护内心盘算趁此机会，也要除掉异己赵光祖，当然不肯善罢甘休，一连串的阴谋由此展开……

吴兼护命令长今和韩尚宫在御膳厨房再煮一锅全鸭汤，命阿红试，以证明全鸭汤是否有问题。未料崔尚宫等人早已事先让阿红吃下，含有发烧药材的点心，阿红吃过全鸭汤之后，全身发烧终至昏倒。吴兼护宣称韩尚宫和长今罪证确凿，并且上疏中宗处以斩首极刑，幸好闵政浩握有吴兼护与崔判述勾结不法的证据，让韩尚宫与长今免除一死；最后定罪驱逐到济州岛去做官婢。与此同时闵政浩被放出后拼命追赶已被流放的长今，可惜还是迟了一步，只能远远的望着远去的长今。在心灰意冷之时，突然从大婶口中得知自己以前的救命恩人就是长今。韩尚宫因在在牢中受到不少磨难，身心俱疲，在去济州岛的路上，长今强忍悲伤，背着韩尚宫，希望韩尚宫打起精神，但是韩尚宫气力已尽，终于咽下最后一口气，死在长今的背上。

韩尚宫在流配济州岛途中过世，长今伤心欲绝，长今到了济州之后，三番两次逃跑，想要回到京城，无奈每次被官兵捉到，再度被关回去。闵政浩不顾一切丢下京城的官职，到济州来希望协助长今。崔尚宫终于如愿以偿，当上御膳厨房最高尚宫，也理所当然的恢复御膳厨房旧有的恶习。闵政浩得知长今一心要回到京城，因此暗地买通船家希望送长今离开济州。但是在见到长今之后，告知长今如果现在逃跑，就是死路一条。希望长今给他一次机会，他一定会将事情调查水落石出，还长今清白，长今思考良久，决心先跟闵政浩回到济州官衙不再逃跑。

济州牧使接到京城教旨，原来闵政浩就是新任的济州万户大人，除了给予相当的礼遇之外，也特别恩准长今跟随张德到官衙的药房去做官婢。张德虽然医术高明，但是行事作风怪异，长今屡次与张德当面起争执；虽然表情冷酷，但是内心对病患却存有关怀；虽然见钱眼开，但为了济州百姓慷慨解囊，开凿池塘希望济州人有清水可以喝。张德不顾一切，违反官衙规定进入流配罪犯的处所去帮罪犯看病，也因此屡次被关挨饿，种种行为长今虽然不是很了解，但是对于张德却渐渐佩服。后来，长今知道了被流放的官俾要想重新回到宫廷唯一的办法就是成为医女。

长今正式拜张德为老师，学习医术，希望医术学成之后可以有机会重回宫廷。张德要求严格，长今不分昼夜苦读，张德对于长今的进步颇为满意。连生在宫中终日闷闷不乐，一日不慎在殿阁下遇到了中宗，中宗对连生心生怜爱，宠幸连生，连生一跃而升为特别尚宫。长今在济州巧遇多栽轩的郑主簿，郑主簿得知张德心怀仇恨替人治病，颇为气愤，不希望长今跟着张德学习医术。长今终于得知张德为何平日冷酷无情，原来张德过去有着一段不为人知的苦痛怨恨。

时间过了两年，姜德久准备启程到济州去看长今。长今专研医术已经稍有成就，随时可以独自帮病患把脉开立药方，但是因为曾经帮张德施针出过很大的差错，因此对于施针迟迟不敢再度尝试。姜德久因为晕船严重，被人背到官衙药局，长今以熏疗法治疗德久，德久终于渐渐苏醒，德久与长今两人久别重逢，感慨万千。当闵政浩与张德离开济州到牛导去的时候，倭寇突袭济州。倭寇主将生病急需大夫诊疗，长今被逼上阵施针，终于成功治愈倭将并且协助闵政浩击退倭寇。

济州牧使呈给皇上的奏折内容谎称长今内通倭寇。因此，长今被义禁府的官员押送到京城受到义禁府官员的拷问，幸好闵政浩挺身而出说出真相，长今才得以脱离险境。当长今知道闵政浩不愿意留在京城，想要再度回到济州去，长今劝闵政浩要留在宫内担任京官职务为国效力。长今在回济州的途中，到埋葬韩尚宫娘娘的地方拜别韩尚宫。因缘际会遇到一户官宦子弟，并且替他根治久年不愈的陈疾。得知宫廷即将举行医女选拔，立刻赶回宫去参加选拔，郑云白为当时主考官之一，希望长今舍弃仇恨之心，以仁心仁术行医。姜德久得知长今高中金榜，欣喜若狂，长今也正式入宫接受医女训练。

长今正式开始接受医女教育训练，遇到一位严厉的医学教授。对于长今在途中帮一位户判大人的公子治病事情相当不满，因此还没开始正式上课，就被教授视为眼中钉。 此后教授更是处处难为长今，虽然长今表现优异，不过申教授对于长今始终不假辞色， 申教授的考试等级分为五等，如果得到三个不通就会被淘汰，（在不是医女时就私自替病患治疗；过度分清毒药与草药的性能）因此长今已经被申教授记了两个不通，万一这次的考试再不通就必须要被淘汰。

长今与信非相互激励，努力学习，成为医女训练班的最优秀学生。虽然长今承认自己过于傲慢，可还是得不到申教授的认可。张德元从济州来看长今，长今喜出望外，同时郑云白也带来一个坏消息：告知长今已经得到三个不通，不能留在宫廷做医女。原来是李教授公报私仇让所有的医女去做一天的官妓，故意刁难长今和信非，如果不照做就会被遣返乡。申教授虽然据理力争，却被李教授威胁(因为当年申教授误诊导致皇上的爱臣病死)，在万不得已之下，申教授决定让所有的医女训练生都不通。惹恼了督提调。督提调决定亲自来检定这批医女，意外发现长今信非等人非常的杰出。长今终于如愿以偿进入内医院做医女，开始崭新的宫廷生活。

皇后娘娘突然有流产迹象，内医院召集所有相关人员开紧急会议，此时御膳厨房最高尚宫也进入内医院开会，长今和今英终于相遇。竟然在这样的场合并以不同的身份相见，两人难免震惊。当崔尚宫见到长今回到宫廷来，也忍不住惊讶与愤怒。内医正郑允寿居心不良，并且答应崔尚宫尽快想办法将长今逐出宫廷。皇后娘娘身体一直没有好转，长今虽然对于内医院第一医女阿烈的诊脉持有不同的意见，但是只能在心中存疑不敢明说。

皇后娘娘自从小产之后，身体一直无法恢复健康。内医院诸位医官以及医女甚为忧心，却又苦无其它办法。此时，信非将长今与阿烈的诊脉结果并不相同的事实告知申主簿，申主簿大为惊讶，认为此事非同小可。内医院紧急开会并且决定由长今和阿烈重新再来诊断一次，阿烈认为皇后娘娘的脉象是牢脉，而长今则是把出散脉。散脉意谓着皇后娘娘的腹中还有死胎，但是大家分明亲眼见到皇后娘娘已经产出死胎，万一娘娘腹中真有死胎，除非娘娘怀的是双胞胎，但是皇室内从未有过双胞胎前例，但是郑云白相信长今为皇后所把的脉，并且决定使用佛手散芎归汤。皇后娘娘终于产出另一个死胎，恢复健康。众人也对长今的医术另眼相看。但因此长今在宫廷里又多了一位劲敌阿烈医女。

太后娘娘陈年老疾日益严重，此时又听信崔尚宫的谗言，不愿意接受申主簿的治疗，并且不假辞色斥责中宗退出太后殿。中宗与皇后为此烦忧不已，并且决定先罢除申主簿医官之职，以求太后息怒。如果太后还是不肯接受治疗，中宗甚至准备再设朝歌属恢复功臣田，只求太后娘娘接受治疗。长今眼看申主簿即将被撤销官职，不顾性命危险，希望与太后娘娘对弈，以自己的性命作为赌注。出了道无论是猜得出还是猜不出太后都会输的谜题。太后对于长今的胆识与机智甚为慑服，决定给长今一次机会。但是当太后决定接受治疗时，却已错过最佳治疗时机，深受病痛之苦，连汤药都无法喝下，不但惊动宫廷，甚至中宗也闻风赶到太后殿。长今研究出太后平时爱吃的食物都是对胃肠无益的，于是私下偷偷用大蒜做成药丸喂太后吃下，太后竟全然吃不出大蒜的味道。后来被阿烈医女发现告知内医正大人，就在长今被责备时，太后得知长今用绝妙的方法掩盖了自己最讨厌的大蒜味道，叹服长今的才智而使长今逃过一劫。

皇后怀念过去长今所做的荞麦年糕的美味，请长今再度展现手艺，长今满怀兴奋诚心准备。皇后娘娘吃到美味的荞麦年糕，心满意足称赞有加，今英看在眼里怀恨在心，因此吩咐阿烈必须要想法子将长今赶出宫外。 此时，传来京城附近爆发疫病，中宗甚为震惊，派监赈御使以及医官和医女等人到疫区为百姓治病。长今被阿烈陷害被派至疫区，当疫区病情无法控制时，京城下令要求封锁整个村子，阿烈又故意不告知长今，将长今与疫区村民一起封锁在村子里面，无法离开，长今万念俱灰。未料闵政浩发现长今没有及时到达集合地点，毅然违抗旨意冲进村子寻找长今。

长今一个人被留在封锁的村庄里面。而当长今知道自己是被刻意遗弃在疫区，长今失望伤心，难掩悲痛。闵政浩除了安慰长今，同时打算带长今离开疫区，但却遭到百姓们的恶意围攻。不过村内的百姓有些人病痛；还有些人是照顾病患的一般村民，长今又怎么忍心丢弃这些人独自离开？因此决心留在疫区照顾村民。 闵政浩快马加鞭（百姓以长今的性命威胁）到各处去找寻药材，并且将张德带到疫区一起照顾疫区病患。长今发现菜园里面的蔬菜都腐烂，而且扩及各地，与张德讨论过后得到结论，百姓们并不是得了传染疫病，而是因为吃下病变的蔬菜引发的食物中毒，因此立即回宫禀报这件事实。崔尚宫却认为这只是长今与闵政浩搪塞延迟回宫的理由，并且决定亲自尝试食用腐烂的蔬菜，确认长今所言是否属实。也正如长今所言，崔尚宫出现了所谓传染疫病该有的症状。

闵政浩与长今还是因为没有在规定时间内到达集合地点受到处分。闵政浩被罢除官职，幸由张德拜托一位隐居的官员详细写了一封上疏给中宗，中宗才得知其中原委，立即召回闵政浩并且予以升迁，而长今也因闵政浩力保得以继续留在内医院。连生怀孕的消息传开，并被下牒纸册封为四品淑媛娘娘，并由内医院指定让阿烈负责照顾连生，阿烈明知连生身体状况不适，有风热症状，却告知连生只是孕妇血虚症状，让连生吃下不该吃的食物，目的只是希望让连生小产。幸好长今听连生诉说自己的病状，才再度替连生诊脉，查出原因告知申主簿。

长今识破阿烈的诡计，立即上报申主簿，希望可以挽回连生肚子里的小孩。申主簿等人经过再度诊脉得知连生并不是血虚引起晕眩头痛等症状；而是因为风热所引起，阿烈的行为虽然引起申主簿强烈的质疑，不过阿烈坚持否认事先知道连生的状况，因此也只能让阿烈自我反省。今英知道自己无法挽回闵政浩的心意，决定与闵政浩情断义绝？但是难掩心中失落与伤痛。长今为了替韩尚宫洗却污名怨恨，决定去偷内书库的皇上病簿日志手抄，希望日后好好研究，未料却被内侍府的内侍盘查，长今情况危急，幸有张尚膳出面保住长今。

崔尚宫对于张尚膳保住长今非常气愤不满，因此透过崔判述找到内需司的内侍不法事情加以威胁，逼内侍说出长今违反宫廷法道的事实。内医正等人对于皇上的病情迟迟无法找出正确的原因，崔尚宫和今英为了讨好皇后娘娘，特地献上远从大明国带来的稀世补品猴头菇熬汤献给中宗，未料中宗食用之后，当晚再度陷入昏迷。内医正顺水推舟将中宗昏倒的原因归咎到御膳厨房，今英立刻被软禁在内需司，而崔尚宫则是气急败坏的找崔判述帮忙，认为这是内医正的误诊，才会导致中宗昏厥，不过这次的事情与上次中宗昏倒的硫磺鸭子事情环环相扣，崔尚宫等人也不敢太张扬，长今被内需司的人捆绑带离出宫，性命危在旦夕。

长今因皇后娘娘的密令得以延续性命，不过必须要找出中宗的病因，在这之前要先到多栽轩隐居研究中宗病情。能够让长今在瞬间转危为安是因为闵政浩在紧急时分想出来的好法子，闵政浩又请来张德陪同长今一起治疗伤寒病患，也希望长今从治疗这些病患当中，得到一些可以治疗中宗的启示。中宗再次昏倒，郑允寿用过去同样的方法，陷害是膳食方面出了问题，这次轮到今英和崔尚宫等人被关进义禁府。长今终于研究出可以治疗疑似伤寒病症的妙方，但如果将这妙方公诸出来，就可以让崔尚宫和今英脱离险境。此时，长今心中犹豫，不知道该如何下定决心。

郑允寿翻遍医书找寻中宗的病因，申主簿与郑主簿也认真查询中宗病因，当内医院得知长今回到宫廷来，莫不惊讶！尤其当长今说出中宗的病状，却不知病名为何，郑允寿断定这就是西汉张仲景金匮要略书中所提及的狐惑病，并且说出处方，却与长今的处方大相径庭。当皇后正在犹豫不决之时，吴兼护等人力挺郑允寿，最后决定用郑允寿的处方治疗中宗。未料，中宗腹痛难耐，长今所预言的病症一一出现，因此皇后决定信任长今，让长今放手一搏治疗中宗，但是中宗又出现了失明的症状，皇后又急又气下令将长今与闵政浩抓起来予以严厉惩处。

但皇后还是在无计可施之下给长今一次机会。终于，长今用其所学、所研究的方法治好了中宗的眼疾，皇后喜出望外。中宗对长今也是另眼相看，从此皇后对于长今更是信任依赖，而内医正内心愧疚，难以平复终至自尽。崔尚宫等人因内医正自尽，认为事情总算告一段落。未料，长今声称手中握有内医正死前写给长今的遗书，希望崔尚宫等人自己说出真相，诚心向韩尚宫和母亲请求原谅。不过崔尚宫等人对于长今握有内医正遗书半信半疑，并且积极安排令路离开宫廷，以绝后患。吴兼护终于查出崔尚宫家族和长今之间长久以来的恩怨是非，不愿意牵涉其中，准备劝说令路到义禁府将事实真相揭晓，以定崔尚宫等人罪行。

尹尚宫带着崔尚宫给她的银票和吴兼护右相给她的银票去找长今，希望藉由协助长今定崔尚宫等人的罪行，来保障自己未来可以登上提调尚宫的位置。长今明确告知，她不接受任何不正当的交易，当尹尚宫决定到司宪府告发崔尚宫等人的罪状途中却被崔判述手下掳走，崔尚宫使出反奸计让尹尚宫和阿烈等人将所有的罪行导向吴兼护所为，并且杀害尹尚宫企图脱罪。甚至先到太后娘娘处告状要将吴兼护等人连根拔除，而当太后得知长今手中握有内医正的遗书，要求长今交出来时，长今只好承认自己并没有内医正遗书。此时，崔尚宫更是志得意满，认为自己已经胜券在握。中宗下令要求全面清查硫磺鸭子事件，在大司宪的主导下，所有关联硫磺鸭子事件的人必须到场说明当时情况，会议途中，赫然见到死去的内医正出现，引起众人诧异。

内医正出现之后，硫磺鸭子事件总算水落石出，沉寂多年的案子告一段落，而崔尚宫还是不肯接受事实，做最后的挣扎，使尽方法希望见到太后娘娘和中宗，却为时已晚。于是一个人独自到明伊的坟前倾诉自己多年来埋藏心底的苦衷，除了希望得到明伊的谅解，但也表示会继续这场战争，当崔尚宫准备到义禁府替今英脱罪时，不慎摔落山谷，终于身亡。而吴兼护、朴副兼崔判述和今英以及内医正和阿烈等人都被判刑或流配或罢职。中宗大喜，除了奖赏长今之外也答应长今恢复韩尚宫以及长今母亲的身份，并且让长今了却多年来的心愿，暂代御膳厨房的最高尚宫职位，直到选出下一任最高尚宫为止。

中宗问及长今是不是多年前送酒的小朋友，长今称是，中宗大喜认为这真是奇妙的因缘。并且答应长今的要求到活人署去工作。 最近以来闵政浩对长今甚是冷漠，长今百思不得其解终于忍不住向闵政浩倾诉思念之情，原来闵政浩只是希望长今也要尝尝甚么是思念之苦，两人相对开怀大笑感觉彼此的心意。闵尚宫经过御膳竞赛，赢得御膳厨房最高尚宫的职位，战战兢兢准备皇上膳食未料却得到中宗的赞赏，喜出望外。 皇后命长今回宫，希望长今照顾世子病情，经过至密尚宫的解释，长今得知皇后的另一层意思，长今陷入痛苦，最后选择逃离此地，要求闵政浩带她一起离开这是非之地。

当中宗下令任命长今为中宗的主治医官，引起宫廷轩然大波。闵政浩与长今准备搭船离开时，副官和右议政快马加鞭赶来，阻止闵政浩去路，右议政对闵政浩晓以大义，希望闵政浩和长今都回到宫廷，而且要求长今拒绝皇上的任命，闵政浩却坚持希望长今接受中宗旨意，唯有这样长今才是做原来的自己。当长今接受中宗的旨意，果然朝廷一片混乱，众多儒生群起反抗，中宗却坚持己见，不愿意改变心意，连生被太后和皇后叫到中宫殿，太后厉声责问连生为甚么安排中宗与长今单独对谈之事，连生一时心急紧张不安，引起早产，幸好长今细心照料连生度过生死难关顺利产下小公主，宫中洋溢一片喜悦。

长今因为自己的坚持差点害死连生，坚持婉拒担任中宗的主治医官，闵政浩对长今如此轻易放弃感到遗憾。清远大君突然生病，高烧不退，引起内医院一阵惊慌， 此时京城已经开始传出痘疮病症，长今深入乞丐的住处，愿意一个人和患有痘疮的小朋友被隔离在茅屋，专心替孩童治病，内医院禀报中宗和皇后，庆源大君的症状正是痘疮，皇后痛哭流涕，亲自出宫找寻长今，此时虽然长今已经治好痘疮的孩童，但是并不知道确切的病因，奉皇后之命回宫之后，与所有内医院医官和医女一心一意同心协力，治疗庆源大君。庆源大君终于康复，长今终于完成困难的使命，皇后也对长今另眼相看，对过去自己所犯下的错误请求原谅，而中宗也不顾朝廷众臣弹劾，执意要任命长今为从六品主簿。

中宗执意命长今为主治医官，引起宫内不小波动，不只朝廷众臣议论纷纷，太后娘娘甚至在大殿门口跪席待罪，中宗无法承受不孝的罪名，答应太后收回任长今为主治医官的成命。但是对于自己的懦弱和无能甚为感叹无奈，由于中宗心事繁重忧心忡忡，因此长今时常劝中宗要如何打开心门，将自己内心的苦闷向最信任的人倾诉，中宗和长今接触频繁，太后认为既然中宗喜爱长今，就应该立即下牒纸封长今为后宫才是。消息传出，长今再次陷入无尽的痛苦深渊，立即求见皇后娘娘，希望皇后娘娘了解自己的心意不要下赐后宫牒纸。

中宗逼问长今是不是爱慕闵政浩，长今坦承相告，心中却暗地担心会不会连累闵政浩。第二天中宗约闵政浩比赛射箭，一时难忍心中的愤恨，想要一箭射死闵政浩，但是终于忍住。中宗犹豫到底要不要封长今为后宫，此时闵政浩求见，告知中宗他曾经打算和长今一起逃离宫廷，但是又回到宫廷来，那是因为长今必须要发挥她的所长，继续行医，这是他爱慕长今的方式，也恳求中宗爱惜长今的才华，不要封长今为后宫，并且要任命长今做中宗的主治医官，中宗终于下定决心，不畏一切艰难，命长今为正三品堂上官，下赐“大长今”的称号。闵政浩则被群臣弹劾被流配到异乡。长今也因为思念闵政浩而不断的研究、不停的忘情工作来充实自己。

长今将自己所研究学习的成果告知申益必和郑云白，希望得到支持可以帮中宗施行手术，但是所有的人并不支持长今这个大胆的做法，长今苦无他法，眼见中宗病情每况愈下……中宗隐秘下令，让内侍府的人将长今送到闵政浩被流配的地方，希望两人远走他乡，避免被朝廷官员追杀，但是长今坚持不愿离去。

中宗驾崩的消息传遍天下，各地已经张贴逮捕长今的布告……多年后长今和闵政浩结为连理，生下一女，但是还是过着颠沛流离的逃亡生活。连生向皇后禀报得知长今的消息。皇后立即恢复两人身份，请两人回到宫廷，希望长今能够留在宫里。长今与多年不见的友人相见，喜极流泪。不过，最后长今夫妇还是选择离开……