Il team viene inviato da Tornado Rosso alla Torre della Sorte per ritrovare Kent Nelson e impedire che l'elmo del Dottor Fato, membro fondatore della Justice Society, possa cadere nelle mani di Abra Kadabra e Klarion. Costringendo Kid Flash a mettere da parte il suo scetticismo sulla magia, Kent si libera e lo conduce dove si trova l'elmo. Kid Flash è costretto a mettere il casco trasformandosi così nel Dottor Fato e Kent muore frapponendosi tra il giovane e Klarion, che li ha seguiti per impadronirsi del potere della magia. Nabu, sotto richiesta di Kent Nelson, accetta di lasciare il corpo di Kid Flash con la promessa di cercare un nuovo futuro Dottor Fato.

La squadra ottiene da Batman un giorno di riposo e Aqualad (pervaso dalla nostalgia per il suo mondo), ma in realtà più scoraggiato a causa di un'esercitazione andata male, il ragazzo non è più sicuro che la superficie sia il posto giusto per lui. Durante la permanenza ad Atlantide ne approfitta per rivedere la sua amata Tula; il giovane è però ignaro che in sua assenza Tula ha intrapreso una relazione con il suo amico Garth. In questo frangente Black Manta e il suo esercito invadono Atlantide al fine di rubare una creatura marina congelata nel ghiaccio. Sconfitti i nemici, anche se con la semi distruzione della creature, Aqualad capisce di appartenere alla squadra.

La squadra si dirige in Bialya per una missione speciale ma dopo essere arrivati la quadra scopre di aver improvvisamente dimenticato gli eventi degli ultimi sei mesi della loro vita. Il team si rivolge a Miss Martian per recuperare i propri ricordi, prima che sia troppo tardi per Superboy. Con l'aiuto di Superboy, dopo il ripristino dei suoi ricordi, Miss Martian riesce infatti a sconfiggere Psi-Mon (che ha provocato in loro la perdita di memoria) e recuperare un pezzo di tecnologia aliena.

A Taipei, Freccia Rossa impedisce a Cheshire di assassinare Lex Luthor, che sta assistendo ad uno sforzo di pace tra il generale Singh Manh Li della Rhelasia del Nord e il primo ministro Tseng della Rhelasia del Sud. Quando Freccia fa domande a Cheshire sul perché la Lega delle Ombre voglia assassinare Luthor, appare Sportmaster e Aqualad viene in aiuto del suo amico. Freccia Rossa rivela ad Aqualad che ha sentito Sportmaster accennare qualcosa circa una talpa nella squadra degli Young Justice. All'insaputa del pubblico, si scopre poi che Lex Luthor lavora segretamente con Ra's Al Ghul e che l'attentato era tutto uno stratagemma.

Superboy e Miss Martian si travestono da gemelli Terror al fine di infiltrarsi nel supercarcere di Belle Reve, per impedire un tentativo di evasione di massa ad opera della gang dei supercriminali di ghiaccio, costituita da Capitan Cold, Icicle Jr, Killer Frost e Mr. Freeze. Dopo aver impedito la fuga di tutti i detenuti Superboy e Miss Martian si dichiarano i loro sentimenti.

Robin e Artemis trovano la base attaccata da due androidi simili a Tornado Rosso denominati Inferno Rosso e Rosso Siluro. I due cyborg hanno catturato Aqualad, Miss Martian, Superboy e Kid Flash. Ogni azione sembra inutile ma quando a Robin viene un'idea per sconfiggerli viene catturato. Artemis finge di arrendersi ma grazie a una delle frecce rimaste riesce a sconfiggere Inferno Rosso e Rosso Siluro. Tornado Rosso arriva dopo aver sentito che qualcosa non va ma, dopo il contatto con gli altri robot, crea un vortice che risucchia l'aria fuori dalla stanza, lasciando la squadra in stato di incoscienza. Quando i ragazzi si risvegliano, i "rossi" sono scomparsi.

La squadra scopre che Aqualad ha omesso informazioni importanti su una talpa all'interno del gruppo che mettono tutti a rischio. Batman invia la squadra e Capitan Marvel in India per indagare su rapporti bizzarri di animali armati che attaccano gli esseri umani. La squadra non riesce inizialmente a tenere la situazione sotto controllo a causa dei sospetti di Aqualad ma quando Capitan Marvel scompare durante la missione i ragazzi decidono di stabilire una tregua. I ragazzi scoprono che dietro a tutto c'è il supercriminale Cervello, che è intenzionato a studiare il cervello di Capitan Marvel, e gli animali vengono liberati dai collari di veleno. Superboy adotta un grande lupo bianco geneticamente potenziato, che egli chiama Wolf.

Quando giganteschi mostri pianta attaccano le principali città del mondo, Batman assegna alla squadra di eliminare la Gang dell'Ingiustizia, costituita da Joker, Conte Vertigo, Poison Ivy, Atomic Skull, Wotan, Black Adam e Ultra-Humanite. La Gang dell'Ingiustizia è però solo uno specchio per allodole per distrarre gli eroi dallo scoprire chi c'è davvero dietro i recenti avvenimenti.

Zatanna si unisce alla squadra e i ragazzi si mettono a caccia di Tornado Rosso, determinati a scoprire una volta per tutte se il robot sia la talpa all'interno del loro team. Interrogando il Professor Ivo presso il carcere di Belle Reve, la squadra rintraccia Tornado e i suoi fratelli rossi; c'è però un quarto fratello androide, noto come Vulcano Rosso, che tenta di distruggere la Terra: i tre rossi lo attaccano sciogliendosi nella lava. Tornado Rosso viene salvato da Superboy e rivela la verità: aveva lasciato la base al fine di proteggere la squadra da ulteriori attacchi dei suoi fratelli.

Durante un'invasione aliena, il team affronta la sfida finale quando sono costretti a sostituire tutti gli eroi caduti della Justice League. Quando sembra che non ci sia più speranza dopo la morte dei membri della squadra Megan viene devastata dal dolore. Tuttavia, la squadra più tardi scopre che l'invasione era soltanto una simulazione di allenamento mentale tenuta da Martian Manhunter, ma sfuggita al suo controllo a causa dell'influenza dell'enorme potere telepatico di sua nipote, Miss Martian.

Ancora traumatizzata dall'esercizio di addestramento mentale, la squadra tenta di lavorare attraverso i loro sentimenti con Black Canary, l'unico che rifiuta di parlare è Superboy che si allontana dalla caverna insieme a Wolf e a Sfera. Nel frattempo, la Sfera si attiva e attira l'attenzione del popolo che possedeva il congegno in precedenza, i Forever People. Superboy e i Forever People lottano contro l'Intergang che sta utilizzando la tecnologia di Apokolips per rapinare oro da un caveau sotterraneo, per poi scoprire che i criminali hanno ricevuto la tecnologia Apokolips da Desaad.