Per proteggere la sicurezza nazionale, McGarrett ed il suo team sono incaricati di ritrovare un esperto di cyberterrorismo che è stato rapito.

Quando il corpo di una ragazza adolescente viene trovato vicino al Waikiki, Steve e la squadra vengono assegnati alla ricerca della sorella scomparsa. Il caso si complica ulteriormente in quanto il padre delle vittime è Michael Reeves, un ambasciatore degli Stati Uniti assegnato alle Filippine.

Un membro della sicurezza viene ucciso prima che riesca a sventare il piano di un complotto per assassinare uno spietato dittatore. Five-0 deve proteggere il dittatore mentre indaga sull'omicidio.

La mafia giapponese è probabilmente coinvolta nell'omicidio della madre di Steve. Intanto Mary Ann McGarrett viene rapita e la scatola rubata.

Il gruppo Five-0 è alle prese con un caso di omicidio il cui unico testimone è scomparso. E' indispensabile ritrovarla in tempo prima che venga uccisa da chi la vuole morta.

Five-0 deve vedersela con una banda di pirati che ha preso in ostaggio uno yacht pieno di studenti in vacanza.

Un rinomato fotografo è stato assassinato e Dannyh pensa che questo caso possa metterlo in contatto con bellissime modelle che si trovano in città per girare un servizio fotografico.

McGarrett e il suo team sono ormai sulle tracce di Wo-Fat che però si vendica del Five-0 e senza l'appoggio del governatore e l'accusa di omcidio di McGarrett potrebbe significare la fine della squadra.

Mentre Adam indaga sull'omicidio di un agente dell'FBI sotto copertura che sta per sposare la figlia di un leader della Yakuza, Noelani viene tenuta in ostaggio e costretta, insieme al suo mentore, la dottoressa Chu (Page Leong), ad operare un criminale sotto la minaccia di una pistola.

La Five-0 è alle prese con il ritrovamento di un aereo schiantatosi nel Pacifico negli anni 80 e contenente il cadavere di un sommozzatore. Intanto, MacGarrett indaga insieme a Quinn su chi aveva piazzato la bomba nel suo garage e le chiede di unirsi al Five-0. Però, la donna viene arrestata per riciclaggio di denaro sporco.