アストラギウス銀河の百年戦争末期。キリコは小惑星リドにある味方基地への攻撃という不可解な作戦に参加した。基地内で出会ったカプセルに眠る謎の女性「素体」の奪取が、今回の作戦の目的だったのだ。味方の裏切りに命を落としかけるキリコであったが、情報部によって捕らえられ、厳しい尋問を受ける。

終戦から半年。キリコはウドの街に流れ着いていた。そこはレアメタルであるヂヂリウム採掘の利権を暴走族のブーン・ファミリーが一手に握り、人々を強制的に働かせる地獄のような街であった。キリコも他の住民たちとともに採掘作業に従事させられる。劣悪な労働環境に人々の怒りは爆発し、大規模な暴動が勃発した。

キリコはゴウトに勧められるままにAT同士の賭け試合がおこなわれるバトリング会場に行くも、そこで繰り広げられるAT同士の戦いは、キリコにとって遊びにしか映らない。キリコはAT乗りとの確執からバトリングに参加することとなるが、その試合内容はいつの間にか実弾を使用したリアルバトルへと変更されていた。

治安警察に身柄を拘束されたキリコは、薬物を投与されながらの尋問を耐え抜き、さらに厳しい拷問を受けていた。一方、バトリングで見せたキリコの腕に未練を持つゴウト、バニラ、ココナの三人は治安警察本部からのキリコ奪還に成功する。秘密結社は莫大な賞金をエサにキリコへリアルバトルをもちかけるが……。

治安警察の攻撃をかいくぐり、なんとかキリコはゴウトらとともにバニラのアジトへと逃げ延びた。なぜ自分が狙われなければならいなのか……？　その答えを求めて、キリコは単身治安警察へ潜入、捕らえたイスクイとともにヂヂリウム保管庫へ向かう。そこで迷い込んだ不思議な部屋で、キリコはあの「素体」と再会する。

ヂヂリウム搬出の情報を得たキリコは、ゴウト、バニラとともにその強奪を計画する。そのころメルキア軍バッテンタイン中将が、情報将校ロッチナに対して「素体」の奪還を命じていた。命を受けたロッチナは直ちにウドの街へと向かう。翌朝、暴走族と治安警察の激突に紛れ、キリコはヂヂリウムを奪おうとする。

ヂヂリウム強奪に成功し、狂喜するゴウトら。だがウドの街は治安警察によって完全に封鎖されていた。ゴウトはイスクイとの取引をまとめ、取引の場であるコロシアム跡でイスクイを待つ。だが、その周囲は武装した隊員たちに包囲されてしまう。護衛として待機していたキリコが現金を奪取したとき、謎のATが姿を現した。

謎のATに倒され、治安警察の手に落ちたキリコを救うべく、ゴウト、バニラ、ココナは強奪したヘリで護送車を襲撃するも、失敗。あきらめようとするゴウト、バニラに対して、あくまでもキリコ救出を主張するココナは、治安警察から奪取した金貨をばらまいて、その混乱に乗じて逃げることを提案するが……。

治安警察は徹底的な掃討作戦を開始する。なんとかアジトから脱出し、イスクイとの対決を決意したキリコは、AT調達のためバトリング場へと向かう。そこで組みあがったATの肩を戯れに赤く染めあげ、メルキアの吸血部隊になぞらえる一同に対してキリコがつぶやく「レッド・ショルダーの赤はもっと深い……」と。

治安警察の厳重な包囲網を、無人ATを囮にして撃破したキリコは治安警察本部ビルへ向かった。迎撃命令を拒否した「素体」の記憶を検証したイスクイとボローは、空白であるはずの彼女の記憶にキリコの面影を発見する。本部ビルへ迫るキリコの行く手を、素体の乗るAT、ブルーティッシュドッグが立ちふさがる。

小惑星リドで邂逅したプロトワンと呼ばれる女性は、戦闘用の作られたＰＳであった。キリコとプロトワンが激闘を繰り広げている一方、ロッチナはイスクイの捕獲を命じ、バッテンタインに援軍を要請する。戦闘中にプロトワンのATが破壊された瞬間にキリコは、プロトワンに対して「フィアナ！」と叫ぶ。

ウドの街に降下したメルキア軍AT部隊によって包囲される治安警察本部ビル。イスクイが徹底抗戦している間に、フィアナはボローに連れられヂヂリウム保管庫へと逃げ込む。そこにやってきたキリコに、フィアナは共に行くことは出来ないと告げる。キリコは炎とともに瓦解するウドの街を一人さまよう……。

ウドの街が崩壊して３ヶ月。政府軍の傭兵となるためクメン王国に来たキリコは、傭兵基地アッセンブルEX-10でゴウトと、基地近くの歓楽地ニイタンでバニラ、ココナと再会した。だが安らぎは長くは続かず、反政府軍ビーラーゲリラの夜襲を受ける。そこでキリコは卓越した戦闘力を見せる青いATを目撃する。

青いAT、スナッピングタートルに搭乗していたのがＰＳであることを看破したキリコは、その操縦者がフィアナだと信じ、操縦席から身を乗り出してアピールするも撃破されてしまう。AT隊の指揮官であるカン・ユーはそんなキリコに対してスパイの嫌疑を抱く。その翌日、キリコはAT運搬船の護衛に着くが……。

ゲリラの根拠地攻撃のため、カン・ユー率いる特別部隊はムナメラ河上流のゾンム村へ出撃する。そこでの戦闘中、ゲリラの中にスナッピングタートルを認めたキリコは、メルキアの軍用メッセージを送る。戦闘を中断し、スナッピングタートルのハッチ中から出現したのはフィアナではないもう一人のＰＳであった！

青いATを操るＰＳ、イプシロンは、猛攻撃を開始。カン・ユーはキリコを見捨て、基地へと帰投してしまう。キリコは、かつてのクメン王国第3王子カンジェルマンの宮殿へ潜入するが、そこでイプシロンとクメンに伝わる武術・バランシングでの決闘を行うことになってしまう。初めての体験にキリコは苦戦を強いられるが……。

満身創痍でEX-10に帰還したキリコ。カン・ユーはキリコを尋問にかけようとするが、ゴウトの機転によって追求を免れた。一方、クメン王国は冷戦状態にあったメルキア連邦との和平を成立させる。それを受けてビーラーゲリラの侵攻が始まった。基地防衛のためキリコたちは出撃するが、ゲリラの真の目的は別にあったのだ。

キリコの予想は的中した。ビーラーゲリラによって、ニイタンの街は大きな痛手を受けてしまう。カン・ユーに命令違反で告発されるものの、ゴン・ヌーにそれを退けられて、キリコはロッチナに引き合わされた。素体奪回のため手を組む２人。そしてカン・ユー率いる特殊部隊は神聖クメン王国の根拠地に出撃する。

特殊部隊はムナメラ河を遡行していた。その船上でキリコはいままでの出来事を回想する。小惑星リドでの不可解な作戦、ウドでのゴウト、バニラ、ココナとの出会い。バトリングに出場し、乗り込んだ治安警察本部で再会したフィアナのこと。キリコの想いを乗せ、特殊部隊を乗せた船は密林の奥へと進んでいく。

ムナメラ河を遡行する特殊部隊の真の目的を知るキリコは、到着後の部隊の指揮を任されていた。神聖クメン王国側も大規模な攻撃を予測し、迎撃の準備を整えていた。上陸した特殊部隊を率いるカン・ユーがキリコの言葉を無視したことによって戦いの口火が切られてしまい、キリコたちの隠密作戦は水泡に帰してしまう。

ゴン・ヌーからの新たな指令により、特殊部隊はヘリによって移動することに。敵との小競り合いによって、位置を知られてしまったキリコたちの部隊は、輸送船に乗り換えて3日月湖を進軍する。秘密結社は、キリコの最期を見届けさせることで、フィアナの心からキリコを消し去ろうと企み、イプシロンを差し向ける

墜落したヘリから逃亡したフィアナを追い、イプシロンも行方不明となった。ビーラーゲリラからフィアナを守るイプシロン。そこへ到着したキリコは、ゲリラを撃退するものの、フィアナはカン・ユーに捕らえられてしまう。豪雨の中、フィアナ奪還のため、カン・ユーと戦うキリコだが、２人は濁流に落下してしまった。

フィアナとともに、キリコはカンジェルマンの宮殿をめざして進んでいた。途中、傭兵仲間も合流し、ポタリアとキデーラはそれぞれの理由からキリコと行動を共にする。キリコたちは、ビーラーゲリラが砦としている古城にたどりつき、この戦いでビーラーゲリラの戦力がカンジェルマンの城に集結していることが判明する。

シャッコによって救出されたカン・ユーから現状を報告されたゴン・ヌーは、宮殿を突破した混乱に乗じてのＰＳの奪取を企てる。一方、決戦を前にして士気があがらないビーラーゲリラたち。そして宮殿に潜入したキリコたちと守備隊間の戦闘が開始された。そんな中、ポタリアの幼なじみモニカが凶弾に倒れてしまう。

ゴン・ヌーたちの総攻撃が開始され、奥クメンは激戦に包まれる。本宮殿を捨てて離宮に逃亡したカンジェルマンを追うポタリア。また、新型ATのストライクドッグを駆るイプシロンにカン・ユー率いるAT部隊が挑むが、その圧倒的な戦闘力の前には歯が立たない。そしてキリコたちはボローを追って離宮へ向かう。

キリコとイプシロンの対決が始まった。ATでの戦闘に続き、生身での対決を挑もうとするイプシロン。ふたりの対決を阻止しようとするフィアナは、ＰＳの宿命に抗いイプシロンに銃口を向けて引き金を引く。そんな中、メルキア軍の無差別攻撃が奏でる炎の調べがクメンを焼き払い、戦乱に幕を下ろそうとしていた。

物語の始まりを辿る総集編。小惑星リドでの秘密作戦に参加したキリコは、そこで謎の女性を目撃し、そのことから情報部より、激しい尋問を加えられる。メルキア軍から脱走したキリコが逃げ込んだのは、欲望と暴力と秘密が蠢くウドの街であった。キリコはそこで自分の運命を変えた謎の女性・フィアナと再会する。

シャトルでクメンを脱出したキリコとフィアナは、謎の戦艦Ｘの中に居た。自動航行を続ける無人の艦内は、すべての機能がロックされている。この閉鎖された空間によって、二人はそれぞれの想いを育んでいく。しかし、けたたましいマーチとともにレッド・ショルダーの非道を記録した数々の映像が二人の安息を蹂躙する。

キリコはバララントの警備艦二隻と20機のATを単独で撃破。その戦闘力をＰＳと判断したバララント首脳部は、追撃を命じる。一方、メルキアでキリコたちの行方を追うロッチナはバッテンタインに更迭されてしまう。絶え間なく続くレッド・ショルダーの映像に追いつめられるキリコの姿にフィアナの愛は、大きく揺らぐ……。

AT戦では、バララント軍に対して圧倒的優位にありながら、倒れた敵に己の姿を見たキリコは被弾してしまう。キリコを戦艦Ｘの医務室に運び、艦内に潜入した敵に単身立ち向かうフィアナ。そんな中、戦艦Ｘは、条約で戦闘が固く禁じられている不可侵宙域に突入しようとしていた。そして、その後を秘密結社の戦艦が追尾する。

フィアナは自分が投降することでキリコを見逃すようバララントと交渉を持ちかける。しかし、交渉の成立寸前、秘密結社によってバララントの宇宙艇は破壊されてしまう。かつて自分の運命を変えた秘密結社の戦艦テルタインに怒りを募らせるキリコ。ついに開始されたテルタインからの攻撃に、戦艦Ｘは謎の惑星へと降下する。

イプシロンとの対決を、フィアナの協力で乗り切るキリコ。テルタインの部隊は、イプシロンを回収するために一時撤退する。常人ではありえないスピードで回復したキリコは、ここがかつてレッド・ショルダーによって壊滅させられた惑星サンサであることを知る。そこへテルタインのAT部隊が再び襲撃してきた。

戦艦Xを脱出したキリコたちを包囲した謎の一団は、この星の兵器の残骸を集めて売り飛ばすゾフィーが率いる再生武器商人であった。ゴウトの仲裁によって、キリコとフィアナは彼らのアジトに招かれる。だが、ココナの言葉からキリコがレッド・ショルダーに所属していたことを知ったゾフィーは……。

イプシロンとキリコの対決と時を同じくして、サンサ衛星軌道ではバララント軍がテルタインへの攻撃を開始する。地上ではイプシロン隊が窮地に陥り、あおりを食ったゾフィーのアジトは壊滅してしまう。レッド・ショルダーを憎むゾフィーの密告で、アジトから脱出したキリコにバララント軍が襲いかかる。

ヂヂリウム欠乏のために体調がすぐれないフィアナを背負い、補給基地跡を目指すキリコ。そしてその後をレッド・ショルダーに深い恨みを抱くゾフィーがつけ狙う。自分の命を狙うゾフィーに酸素ボンベを分け与えるキリコ。そんなキリコに対してゾフィーは、なおも銃を突きつける。そこへゴウトたちが駆けつけるが……。

キリコたちはバララント軍の襲撃に備えるも、力及ばず捕えられてしまう。しかもこの作戦を指揮するバララントの司令官は、かつてのギルガメスの将校・ロッチナであった。ゴウトたちを解放する条件として、ロッチナからイプシロンとの対決を提示されたキリコはファッティーに乗って出撃する。

イプシロンとの対決の最中、弾薬庫の爆発によって二人は瓦礫の下に閉じこめられてしまった。地下で二人きりとなったキリコとイプシロンは、心ならずも協力しあい、出口を探る。その中で、キリコはなぜ自分がプロトワンをフィアナと呼ぶのか、答えられない疑問に気付く。そしてロッチナに派遣された探索隊が二人を発見する。

キリコとイプシロンの２人の再戦は、第三者に止めることは出来なかった。約束の場所スグレ・クレーターに到着したキリコを、イプシロンが襲う。命を賭けた激戦を制するのは果たしてどちらか？　そのころ、ギルガメス軍のバッテンタインは、宇宙艦隊の出撃を決意。サンサでの物語は意外な結末を迎える……。

サンサ編の総集編。内乱の混戦が続くクメンから、シャトルで脱出したキリコとフィアナ。だが何者かによって無人で突き進む戦艦Ｘへと取り込まれてしまう。戦艦Ｘはバララントの宙域に侵入し、２人は戦うことを余儀なくされる。大破した戦艦が不時着したのは惑星サンサ。戦争の傷跡残るこの星で二人を待ち受けるものは？

物語の核心に迫る最終章の始まり。ロッチナの言葉に従い、惑星クエントを訪れたキリコは砂漠をさまよいながらクエント唯一の都市ゴモルにたどり着く。そこで傭兵センターに潜入し、クエント人の代表と対面する。しかし、キリコの行動は秘密結社の知るところとなり、キリコは麻酔弾で撃たれ、拉致されてしまう。

クエントの衛星軌道上で待機する秘密結社の戦艦。アロンとグランは強攻策で、慎重なキリイを出し抜こうと考えていた。その頃、クメンでの戦友・シャッコとともに砂漠を渡っていたキリコは、シャッコの故郷である村をめざす。しかし、アロンとグラン率いるAT部隊の強襲に、キリコは追い詰められる。

シャッコの故郷である村へたどり着いたキリコであったが、シャッコに睡眠薬を飲まされ、妖しげな儀式を施される。翌日、目が覚めたキリコに対して、村長はキリコが「手を加えられた民」ではないかと告げる。洞窟で瞑想する長老メジのもとを訪れたキリコに、長老メジは、クエントに古くから伝わる伝説を語りはじめる。

洞窟の奥。今も稼働していた古代の超科学プラントから発した光に包まれ、キリコを追撃してきたアロンたちの姿は一瞬のうちに消え去り、ゴモルの街へと移動されてしまう。超科学の偉大さを体感したアロンたちは、その重要性をキリイに力説。再び長老メジに会ったキリコは、クエントを守る不思議な力の存在を知った。

謎の光に包まれ、秘密結社のAT部隊は消滅。その原因がATの動力にあると看破したキリコはATの動力を切ることで難を逃れる。その頃、バララントの艦隊とギルガメスの艦隊がクエントに向かっており、状況は一触即発の様相を呈していた。いっぽう、ゴモルの遺跡を探索するキリコの頭に、何者かの声が直接語りかけてくる。

クエントの衛星軌道上でにらみ合うバララントとギルガメスの艦隊。その両軍司令官のゴモル宇宙港での会談によって、ロッチナと行動を共にしていたフィアナはギルガメス軍に引き渡されることとなった。キリコはこれを阻止すべく、シャッコの協力でフィアナを乗せた連絡機に潜入、交渉決裂の瞬間、攻撃を開始する。

ギルガメス艦隊とバララント艦隊の戦闘は、圧倒的戦力差の前にバララント軍の敗戦が濃厚となっていた。しかし、両軍の戦闘が惑星クエントの自動防衛システムを誘発し、無数の火球が両軍の艦隊を瞬く間に消滅させてしまう。キリコたちを乗せた連絡艇はその業火を逃れるが、そこへ秘密結社の戦艦が現れる。

謎の存在・ワイズマンに操られ、秘密結社の戦闘母艦は巨大な人工天体に到着する。キリイに連れられて中枢部へと進むキリコ。その後をフィアナ、ゴウト、そしてロッチナが追う。人工天体の最深部において、輝きに包まれたキリコは、自分が生まれながらのＰＳ「異能者」であり、ワイズマンの後継者であることを知らされる。

アストラギウス銀河を支配するワイズマンの後継者となることを決めたキリコに対してフィアナたちは説明を求めるが、キリコはまったく取り合わず、四人を幽閉してしまう。再びクエントへ向かおうとするキリコは、秘密結社を指揮し、ギルガメス・バララント連合軍の包囲網の突破を試みる。

かろうじて脱出したフィアナとゴウトたちは惑星クエントに不時着。そこで神の子の到来を待つシャッコに出会う。アロンによる反乱を制したキリコは、フィアナたちに遅れるも無事にクエントへと到着、シャッコと共にゴモルの中枢へと進む。キリコの変化に気付いたシャッコは、その野望を阻止しようと銃をとった。

ギルガメスとバララントの大軍がクエントに押し寄せた。わずかな手勢のみながら、キリコは連合軍の包囲網を突破する。付き従うATは次々に倒され、戦闘母艦もついに撃沈。全てを失いながらもキリコは、ワイズマンの待つ地下プラントの最深部へと迫る。そしてフィアナは身を隠しながら、その後を追っていた。

立ちふさがるフィアナのATをも撃破して、ワイズマンのもとへたどりついたキリコ。そのすべてが継承されようとする瞬間、キリコは、ワイズマンの記憶回路を次々と破壊する。これまでのキリコの非情な行動はワイズマンを欺くための作戦であったのだ。そして、すべてが終わりを告げてから一年の時が流れた……。