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武三通亦到江南找陸家尋仇，三通在三娘的勸解下，拋開仇怨，帶走兩子修文與敦儒以避過李莫愁追殺。未幾，李莫愁出現陸家莊，柯鎮惡聞得訊息趕來相助，但陸氏夫婦已被李莫愁打死，並脅持無雙與程英，幸黃藥師趕到救走程英，但無雙被李莫愁帶走，此時，楊過到來，見地上有毒針，不慎中毒，幸得歐陽鋒為之解毒，歐陽鋒見楊過精靈可愛，教他解毒之法。此時，歐陽鋒見大雕飛過，知黃藥師等人在附近，即拋下楊過而去。郭靖等人見楊過身中毒針，一問之下，方知楊過乃楊康之子，即帶楊過返客棧療傷。

郭靖等人返回桃花島，途中見修文和敦儒在路上哭泣，知悉三娘已死，而三通則不知去向，遂帶兩人同行，更收兩小孩為徒兒，但黃蓉想及當年楊康因她而死，未免養虎為患，詐稱楊過由她教導，但只教楊過學習聖賢書，楊過感黃蓉偏私，心中不是味兒。歐陽鋒到桃花島欲帶楊過離去，但被郭靖擊退，楊過心中難過，楊過被修文、敦儒欺負，一怒之下用蛤蟆功對付二人，柯鎮惡知楊過懂蛤蟆功，大為氣惱，郭靖唯有送楊過往重陽宮學藝。

郭靖命楊過拜丘處機為師，丘處機命趙志敬教導楊過，但趙志敬對楊過有偏見，只教楊過背念口訣，不教運功之法。在小較之日，楊過因而出糗，但楊過不服氣，將鹿清篤擊倒，昏死地上，楊過大驚，慌忙逃進古墓，被孫婆婆救起。孫婆婆見楊過身世可憐，欲求小龍女留楊過在古墓暫住，但小龍女不想破壞門規，一口拒絕，但孫婆婆不忍楊過獨自離去，遂找趙志敬晦氣，卻被眾道士重重包圍，脫身不得。

孫婆婆被赫大通擊至重傷，小龍女現身，逼赫大通自刎，赫大通敵不過，正想自刎了斷，幸丘處機及時趕到。孫婆婆臨危想求小龍女收下楊過，照顧楊過一生，小龍女無奈答應收楊過為徒。三年後，楊過已逐漸長大成人，向其道出當年祖師林朝英與王重陽舊事：四十多年前，王重陽帶兵抗金失敗，自困古墓中，林朝英一番好意，七日七夜始將王重陽激離古墓，此後，兩人成為一對風塵俠侶。林朝英一直希望安頓下來，但王重陽感匈奴未滅，無以為家，兩人因而大戰一場，難分高下，遂決定文斗，林朝英勝出後入住古墓，而王重陽則建立全真教，林朝英為此對王重陽恨之入骨，所以定下門規，古墓派弟子須斬斷七情六慾。

霍都與趙志敬合謀對付小龍女，趙志敬安排霍都和達爾巴藏匿重陽宮內，霍都命趙志敬偷取禪房內古墓地圖，但失手。楊過知悉小龍女生辰將至，特到重陽宮偷來小雞，準備養大小雞後替小龍女慶祝生辰。數月後，楊過果真將雞製成佳肴為小龍女慶祝，但小龍女對雞已生感情，不禁黯然神傷，小龍女猛然想起祖師遺訓，感自己仍有七情六慾。

霍都與達爾巴潛進古墓林中，將楊過捉住，小龍女趕到，用玉蜂對付霍都，霍都被蜂咬傷，痕癢不堪，而楊過亦被霍都所傷，小龍女忙為楊過療傷。楊過到石室取到王重陽的衣飾，假扮王重陽到重陽宮，嚇唬鹿清篤等人，但終被尹志平識破，遂告知丘處機，此時郭靖與黃蓉到訪，問悉楊過之事，甚感憤怒。

楊過失蹤，丘處機派尹志平等追捕，楊過為避開趙志敬、尹志平，假扮丐幫長老，但楊過不知丐幫與楊康有過節，坦言乃楊康之子，眾弟子遂群起攻擊，楊過莫名其妙。楊過巧緣與耶律齊結識，相請楊過到府中一聚。此時完顏萍到耶律家中尋仇失敗，欲引頸自刎，但被耶律齊阻止，耶律燕冷眼旁觀，見兩人眼中隱含情意，無奈國仇家怨使兩人不能在一起。楊過惦念小龍女，遂向耶律齊借兵馬，假扮蒙古軍官上山，豈料途中遇見郭靖和黃蓉，被郭靖捉走。

楊過被困在房中，修文、敦儒惹是生非，楊過用激將法使兩人開啟門鎖，隨即逃走，郭靖在一旁窺見一切，但沒阻止。楊過途中遇見周伯通，兩人互相戲弄，伯通好玩，垂涎楊過手中的水晶，楊過知悉周伯通乃全真派高手，遂以水晶引誘周伯通帶他上山，丘處機等人見師叔到來，對周伯通必恭必敬。楊過返回古墓，小龍女大為喜悅，遂在花叢修煉心經，在心經煉至最後一步時，被尹志平和趙志敬發現，擾亂小龍女練習心法，更罵兩人乾無恥之事，小龍女氣極，吐血倒地。

小龍女身受重傷，難有復原機會，自感不能遵照孫婆婆遺言照顧楊過一生，遂拔劍刺殺楊過，以同歸於盡，楊過遂逃出古墓。楊過在山下遇見洪凌波，洪凌波逼楊過帶她上終南山找尋古墓，楊過及時點了洪凌波穴道，不料李莫愁暗中尾隨而至，小龍女即按動機關，從冰床跌落石室。小龍女知李莫愁把守洞口，命楊過乘機逃走，然後放下斷龍石，封閉洞口，但楊過願與小龍女生死與共，不肯離去。

楊過抱小龍女於石棺內，小龍女發現棺上有重陽真人的字跡，從而找得九陰真經，更發現石室內藏有古墓地圖，小龍女知悉能逃出古墓，喜極而泣。李莫愁知悉小龍女已找得出口秘密，遂脅迫兩人帶路離去，四人幾經辛苦方逃出升天。小龍女與楊過在山上建茅舍暫住，不料遇見歐陽鋒，歐陽鋒一見楊過，大喜過望，立即要教導楊過練習蛤蟆功，但為怕小龍女偷窺，遂將小龍女點穴，小龍女動彈不得。楊過與歐陽鋒練武，一夜未返，不料尹志平到來，用青布蒙著小龍女雙眼，將小龍女姦污，小龍女誤以為是楊過，次日醒來，嬌羞萬分，楊過不知小龍女所為何事，一時摸不著頭腦。

小龍女主動向楊過提出婚事，楊過不知所以，沒有答應，小龍女感受辱，勃然遠走。楊過四處尋覓，聞得附近將有比武，以為與小龍女有關，趕往比武場，只見陸無雙與人過招而處於下風，楊過俠義相救，後與周伯通將她戲弄一番。陸無雙被楊過點穴後，被李莫愁所捉，迫她交出五毒秘傳，楊過出現將無雙救走，李莫愁追擒二人，楊過與陸無雙假扮成道士，但仍被李莫愁認出。

李莫愁欲趁楊過心亂之時將他刺死，幸得陸無雙相救。無雙向楊過訴說身世，借傷痛之際投入楊過懷中，小龍女窺見，傷心欲絕返回古墓。楊過與無雙逃脫，遇完顏萍正要運父母遺體返鄉，並發現耶律齊在暗中保護。一夜蒙面賊潛進完顏萍房中偷去其父母骨灰，使完顏萍大急，耶律齊乃出手相助，並與賊拼打，發現該賊竟是楊過。

無雙將骨灰偷進楊過之房，恰巧李莫愁追至，要挾她交出秘傳，無雙訛稱藏在骨灰盒內，此時楊過等追至，找李莫愁索回骨灰，但李莫愁妒忌有情人，竟憤然將骨灰分別撒於高山和大海，完顏萍見狀傷心欲絕。陸無雙惹出大禍使楊過十分憤怒，惟有獨自離去，途中與郭芙不和，被郭芙捆綁，修文、敦儒欲以無雙做餌引李莫愁上鉤，但李莫愁武功高強，將無雙劫去。楊過前來相救，反被打傷，楊過用玉女心經療傷，李莫愁見狀，乃以楊過做人質逼小龍女交出玉女心經。

歐陽鋒經過便把楊過與無雙救出。小龍女來到莫愁約定之地，但見四處打鬥痕跡，不禁對楊過更為思念。蒙古欲在中原擴展版圖，金輪法王為要助蒙古，乃與霍都設計，欲在英雄大會上奪去盟主之位，但恐洪七公阻礙，二人便設計謀害。歐陽鋒自救楊過後，忙亂中又與楊過分離，及後歐陽鋒四處找尋楊過，途中遇見霍都，霍都謊稱楊過被洪七公抓往華山。歐陽峰便追至。

七公試探楊過為人，要睡三天三夜，命楊過看守，楊過懵然應允，因而三日沒吃沒喝，七公見楊過守信，與楊過結友。歐陽鋒從雪崩中脫險，見楊過與七公一起，跟七公比武，不分勝負，此後二人每日定時比武。七公因重傷不能再顯身手，遂叫楊過依指示耍出招式，歐陽鋒在一旁觀看，細思破解之法，卻在此時回復神智，與七公興高采烈之餘，相擁大笑後逝去。

楊過路過鄉村，見一啞奴被壯漢虐待，為啞奴抱不平，打傷壯漢後，帶啞奴一同上路，途中遇見丐幫弟子，要楊過交還啞奴，楊過欲灌醉眾弟子，不料酒鋪老闆在酒中下毒，並通知魯長老，魯長老將楊過押返陸家莊與郭靖見面，郭靖一見楊過，大喜，楊過細說七公之事，郭靖甚傷心，囑咐楊過不許對黃蓉提及，但兩人拜祭七公時，無意被黃蓉窺見，黃蓉傷心暈倒。

郭芙見楊過拜祭歐陽鋒，不斷恥笑，被楊過斥責，郭芙心有不甘。楊過大怒，將郭芙掌摑，郭芙一怒而去。周伯通與達爾巴因小事打起來，達爾巴見周伯通身手出神入化，慌忙告知金輪法王，法王利用周伯通好玩弱點，以雜技吸引伯通前往，將他困於鐵箱內。小龍女遇見無雙，惦記楊過之情更切，無雙告知小龍女楊過不斷訪尋她下落，並欲娶她為妻，小龍女不禁悲喜交集。

郭芙帶楊過偷看黃蓉教導魯長老打狗棒法，楊過將口訣一一背熟，魯長老知悉，以為黃蓉有意傳位予楊過，遂自動向黃蓉請辭，黃蓉往找楊過以打狗棒法對招，動了胎氣，楊過忙替黃蓉運氣，黃蓉見楊過本性善良，大感欣慰，並與郭靖商量將郭芙許配於他。英雄大會之日，金輪法王帶同霍都、達爾巴前來搗亂，魯長老被霍都所傷，金輪法王為早得武林盟主之位，決以三場比武定勝負。

黃蓉利用孫子兵法，以郭靖、朱子柳、郝大通對付金輪法王等三人，希望能以二勝一負取得盟主之位。比武之日，楊過欲暗中相助，被金輪發現，怒斥楊過，此時霍都趁朱子柳分神，發放毒針，朱子柳中毒倒地，楊過感內疚。眾人不敢小覷金輪法王等人武功，對勝負全無把握，漁隱挺身而去應戰。英雄宴上楊過遇見小龍女，並準備一同出外遊玩，此時漁隱與達爾巴比武，小龍女腳部被器所傷，楊過心疼，痛斥霍都等人，並要與霍都比武。

楊過以打狗棒法、玉女劍法及九陰真功分別打敗霍都及達爾巴，金輪法王旁觀一切，要與小龍女比試，楊過忙助小龍女對付金輪法王，卻被金輪法王所傷，郭靖及時飛躍而出擊去一掌，金輪法王被震傷，羞憤而去。郭靖設宴為楊過慶祝，宣布將郭芙許配之事，但楊過斷然拒絕，小龍女更聲言要做楊過的妻子，二人動身離去。郭芙被楊過拒婚，羞憤難當，收拾行裝返桃花島，卻被金輪法王捉去。黃蓉趕來救郭芙，但金輪法王武功高強，人多勢眾，幸楊過與小龍女到來，使出玉女劍法，將金輪法王擊退。

楊過與小龍女一片好意，清理鐵槍廟附近墓碑，赫然見丘處機替楊康立的墓碑，上寫不肖子楊康，令楊過看後大受刺激，即找來石匠替楊康重立新墓，並詢問當日替楊康立碑經過，但聞當日楊康暴屍荒野，無人執葬，悲傷萬分，遂與小龍女攜手往重陽宮向丘處機問明真相。小龍女與楊過幾經辛苦走進重陽宮，但丘處機等早已下山，楊過不信，大鬧重陽宮。趙志敬乘機煽風點火，命徒弟擺出天罡北斗陣圍攻。

各路英雄一致推舉郭靖為武林盟主，郭靖推辭不得，只好承擔重任，以號召群雄進行抗蒙大業。郭芙悄悄離家，被金輪法王綁架，黃蓉與修文、敦儒趕到，與金輪法王火併，受傷倒地，幸楊過與小龍女及時趕到，金輪法王受傷，憤然離去。楊過向黃蓉追問殺父仇人，但黃蓉有心隱瞞，遂與小龍女找郭靖問明一切。途中，小龍女不忍二人關係累及楊過，悄然離去，楊過四處尋覓，不料誤墜懸崖，幸被程英救起。

無雙在茶居遇見李莫愁，幸被傻姑所救，無雙急奔程英住處，程英布奇門遁甲陣式，希望能將李莫愁困住，此時傻姑與黃藥師及時趕到，藥師以琴聲襲傷洪凌波與李莫愁，而傻姑因見楊過之樣貌酷似楊康，不禁大吵大鬧。藥師知悉楊過與小龍女之事，對楊過的行為大為讚賞，結為朋友，遂教以絕藝。楊過假扮楊康向傻姑質問殺父仇人，但傻姑只說乃姑姑所殺，楊過不知姑姑所指何人，大為氣惱。

楊過再次扮楊康鬼魂嚇傻姑，終得知黃蓉與郭靖乃殺父仇人，憤激萬分，誓要報仇雪恨。楊過感郭靖、黃蓉武功高強，不易報仇，大感頹唐，欲一死了之，途中遇馬光佐，楊過將心事一一吐出，不意被達爾巴偷聽，告知金輪法王，金輪法王遂利用楊過殺郭靖，詐稱合力殺郭靖報仇，楊過不虞有詐，並在法王提點下，將所學武功融會貫通，自創新招。金輪法王帶楊過到忽必烈軍營。忽必烈為楊過引見瀟湘子、尹克西、尼摩星、馬光佐四人，楊過見四人貪圖名利，恥與之為伍。此時，周伯通被公孫綠萼等人追蹤而至。

楊過得知公孫綠萼等把伯通困於魚網，被帶往絕情谷。楊過等來到絕情谷，卻被綠萼盛情款待。翌晨楊過起床出戶，遇見綠萼，兩人閒聊，十分投契，楊過無意間中情花毒。伯通逃走，又再搗亂，公孫止迫伯通交回四寶，但伯通自言未有作賊，在眾人圍攻下逃脫。一夜，楊過聞琴聲，知是小龍女所奏，往察看，果見小龍女，無奈小龍女已肝腸寸斷，對他佯裝不識，到公孫止處逃避楊過，幾番糾纏下弄得相思之苦，使得情花毒發作，楊過與小龍女同時吐血。小龍女被禁錮在絕情谷中，為著楊過的安全，為勢所迫，不能相認，後來公孫止要娶小龍女為妻，大為焦急，決意設法救小龍女出絕情谷。

周伯通喬裝成瀟湘子的模樣，戲弄了公孫止，並輕易脫身。 小龍女終被楊過感動，欲隨楊過出穀，公孫止醋意大發，要楊過勝的了他的雙刃，楊過和小龍女的雙劍合壁公孫止本已抵擋不住，但無奈楊龍二人的情花毒發作，被公孫止所乘。 公孫綠萼為幫助楊過，和楊過一起被父親打入地下密室，險象環生…

在絕情谷的地下密室的深處，楊過和公孫綠萼見到了一個面目猙獰的禿頭老婦，原來此老婦是公孫綠萼的母親，她向楊過和女兒講起自己的身 世，老婦名叫裘千尺，數十年前綽號鐵掌蓮花，是鐵掌幫幫主裘千仞的妹妹，後嫁給公孫止，在十八年前殺了公孫止的情婦，被公孫止暗算，囚禁在地底。 楊過用智把公孫綠萼和裘千尺帶回地面，裘千尺決意找公孫止報仇，他們一行三人趕到絕情谷時，發現公孫止正要和小龍女成親…

裘千尺喬裝成裘千仞的嚇唬公孫止，但公孫止指出裘千仞已經出家為僧，裘千尺憤怒下職責公孫止的不是，楊過和小龍女再次聯手對付公孫止，裘千尺吐出棗核釘，打瞎公孫止的一隻眼睛，公孫止敗走。 裘千尺奪走穀主的位置，要楊過立即娶女兒綠萼，被楊過拒絕，裘讓楊過服下半顆絕情丹，告訴過只有十六天的生命，要楊過和小龍女殺掉仇人郭靖黃蓉後，才可拿到另外半顆解藥。 蒙古軍營內，忽必烈行動再次受挫，盛怒下懸賞"蒙古第一勇士"的稱號殺掉郭靖，楊過自告奮勇，攜小龍女進襄陽城，郭靖不知內情，熱情款待了他們，晚上，楊過乘郭靖熟睡，拔出匕首…

郭靖不知楊過有害他之心，當楊過練攻走火入魔，還用內力為過療傷，天亮後，郭靖帶楊過遊襄陽城，並告訴過"俠之大者"的道理，令過深有感觸。 武家兄弟和郭芙發現楊過和蒙古密探有聯繫，抓住一個蒙古密探拷問，並告訴郭靖，但楊過機智的化解，郭靖對楊過依然很信任。盛怒下武家兄弟決定去行刺忽必烈，但輕易的被蒙古四大高手擒獲。 忽必烈要郭靖親自去贖武家兄弟，靖準備帶楊過和小龍女同去，但黃蓉發覺楊過別有動機，不同意小龍女同去。

蒙古軍營內，忽必烈欲勸降郭靖，被靖義正詞嚴的駁斥。四大高手和金輪法王聯手向郭靖發起攻擊， 郭靖寡不敵眾，身受重傷，但楊過保護靖逃跑，並用"蒙古第一勇士"的稱號來離間四大高手和金輪法王。 襄陽城內，小龍女告訴黃蓉，過兒身中情花毒，黃蓉得知事情原委後，決定腹內的孩子出生後，願意用性命救楊過，另龍左右為難 。

金輪法王乘郭靖受傷之機，聯合瀟湘子、尼摩星等大舉攻擊襄陽，黃蓉又臨產，郭靖夫婦只得躲進密室。 小龍女為黃蓉接生後，要拿剛出生的郭襄去絕情谷換解藥，路上見到楊過，被過阻止，但郭襄卻被李莫愁奪走，李誤認為這是楊過和小龍女所生的小孩，要用來換取玉女心經，途中，楊過、李莫愁、金輪法王展開激戰。

楊過用計謀將冰魄銀針紮入金輪法王和尼摩星的腳底，和李莫愁順利脫身。李莫愁一路上對郭襄呵護倍至，楊過看出這個女魔頭也有善良的一面。路上，楊過結識了"雕兄"，並發現前輩高人獨孤求敗的劍塚。 武家兄弟為爭郭芙，在城外決鬥，其父武三通勸說無效，楊過趕到，騙武家兄弟說郭芙早已許配給了自己，才結束了他們兄弟間的決鬥 。

武氏兄弟被李莫愁用毒針所傷，武三通戰李莫愁，也不敵，小龍女趕到，表示願意用玉女心經換取郭襄，李莫愁離去。楊過感到自己命不久矣，為武氏兄弟吸出毒液，武三通深為感動，找師叔天竺神僧為過解毒。 趙志敬乘機欲殺楊過，被尹志平制止，敬說出平姦汙小龍女的事，正巧被龍聽見，龍猶如五雷轟頂，悲痛萬分，趙志敬乘機拉尹志平逃跑，但被小龍女緊緊追趕，路上，碰到金輪法王和尼摩星，法王決定利用趙尹二人，表示願意保護他們。恰巧又遇到盜取蒙古王旗的周伯通 。

金輪法王用激將法，讓周伯通晚上再來盜蒙古王旗。忽必烈發現趙志敬有利用的價值，和金輪法王一起商議如何用計。 耶律齊為父兄報仇，闖入軍營行刺忽必烈，失敗。遇到來盜旗的周伯通，周讓耶律去襄陽找郭靖。周伯通盜取蒙古王旗，中了金輪法王的毒計，被劇毒的蜘蛛咬傷，關鍵時刻，小龍女救下周伯通。

金輪法王用蜘蛛網將小龍女和周伯通困入山洞內，不料小龍女用玉蜂針為周解毒，周伯通又傳授龍左右搏擊的功夫，並將金輪法王和趙志敬擊退。 耶律齊來到襄陽，與丐幫弟子發生了一點誤會，但很快和解。 郭芙就武氏兄弟的事，向楊過發脾氣，並出口侮辱小龍女，過盛怒，摑了芙一個耳光，郭芙隨即揮劍砍去，失手將楊過的胳膊（小說裡斷的是右臂，電視裡斷的是左臂）砍下來，過離去，耶律齊追過不至，憤怒的責備了郭芙。

神雕救下受傷的楊過，並帶過來到了獨孤求敗藏寶的"劍塚"，楊過得到了武林至寶，玄鐵重劍。 郭靖得知道郭芙砍下了楊過的胳膊，異常震怒，憑黃蓉和柯鎮惡百般求情，也要砍去郭芙的手作為懲罰，但黃蓉用智將郭芙帶出襄陽城。

黃蓉路上巧遇李莫愁和郭襄，並將李莫愁擊敗，奪回女兒，但郭襄很快又被楊過抱走。 小龍女跟蹤趙志敬、尹志平來到終南山下，並與孫不二等人發生衝突。全真五子決定閉關練功，把掌教的位置交予尹志平，但尹志平被趙志敬以小龍女的事所要脅，另一方面，金輪、霍都等人佈置重兵，準備進攻全真教。

趙志敬用迷藥毒倒尹志平等人，以全真教掌教的身份接受蒙古的冊封。小龍女趕到，要先殺趙志敬，但被金輪法王等人打傷，被尹志平救入全真教迷室。尹志平為以前的事深感羞愧，自盡於小龍女面前。 全真五子聯手戰金輪法王，但失手打傷小龍女。關鍵時刻，楊過趕到，以玄鐵劍法瞬間擊敗瀟湘子、尹克西、尼摩星，並和金輪法王戰的難解難分，小龍女以玉蜂針協助楊過取勝。馬光佐棄暗投明，霍都臨陣脫逃，趙志敬被周伯通抓獲。 楊過和小龍女在全真教王重陽的像前正式結為夫妻。

楊過和小龍女帶同郭襄回到古墓，小龍女穿上當年林朝英的新娘衣服，準備在這很短的時間，和楊過廝守古墓。 蒙古大軍調來大炮，準備炮轟終南山，耶律齊刺探到消息，和耶律燕、完顏萍一起到全真教報信，丘處機找忽必烈談判未果，全真五子深夜襲擊蒙古軍營失利，郝大通重傷而死，丘處機把掌教位置傳給李志常，命他繼續振興全真教。

楊過欲從王重陽寫給林朝英的信中找到救小龍女的辦法，但在療傷的時候被李莫愁攻擊，楊用計將李打退。禍不單行，正當療傷快結束的時候，郭芙等人又進入古墓，黑暗中將楊龍二人誤認是李莫愁，郭芙放出冰魄銀針，打中楊過和小龍女，毒深入經脈…

楊過和小龍女二人離開古墓後，藏身於一木屋之中，後丐幫馬彭二長老路經借宿，原來彭長老為想成為南派丐幫幫主，竟與蒙古軍秘密計畫侵宋活動，馬長老籍此威脅彭長老傳授攝魂大法，彭長老不答應，馬長老遂起殺機，被楊過識破。其後一燈大師和裘千韌紛至，裘千韌忽然狂性大發，彭長老乘機以攝魂大法假借裘千韌鐵掌功殺馬長老，裘千韌清醒後覺慚愧。楊過絕望之餘希望一燈大師治療小龍女，可惜一燈大師重傷未愈，遂以一藥丸暫保小龍女性命，指出惟有天竺神僧 才有救命之法，於是一起前往絕情谷救天竺神僧。

周伯通攜全真教經書南奔，途中見郭芙被李莫愁所制，於是假扮女妝解去郭芙穴道，其後還令全真弟子五年之內光復全真教。郭芙被李莫愁追殺之際，突為公孫止擒拿為妻，郭芙施美人計灌醉公孫止，終得周伯通之助脫離險境。另一方面，郭芙因任性而受耶律齊譴責，大為內疚，二人感情漸漸突進。李莫愁追殺周 伯通時，被傻姑困于陷阱之中，程英為報師父黃藥師被辱之仇，以玉箭劍法攻打李莫愁，不敵。李莫愁反以銀針殺傻姑。李莫愁在絕情谷中圍攻程英，在混亂之中， 楊過飛身入情花叢中救程英，李莫愁中情花毒身受重傷。

一燈大師替楊過向裘千尺解釋，裘千尺拒絕交出另半粒絕情丹，並乘機刺殺黃蓉，被黃蓉施計勸服。裘千尺為報殺兄之仇，欲以毒棗傷郭芙，被楊過所救，郭芙知道自己一直誤會楊過，大為慚愧，當眾向楊過認錯。楊過到絕情谷密室救出漁隱大叔和天竺神僧後，發現天竺神僧為尋解情花毒之方，不惜以身試毒處於昏迷之境。李莫愁施展美人計迫使公孫止交出絕情丹，公孫止試圖陷公孫綠萼於情花叢，迫使裘千尺交出解藥。公孫綠萼得知後萬念俱灰，決定成全小龍女和楊過二人，楊過和小龍女感動不已。

公孫止誤殺親女後，老羞成怒，訛稱裘千尺勾結外敵剿滅絕情谷，用魚網刀陣圍攻黃蓉與裘千尺等人。李莫愁乘機逃走後，以冰破銀針殺害天竺神醫，眾人非常憤怒，合力對抗李莫愁與公孫止，李莫愁終以情花毒發作而死，裘千尺與公孫止亦在搏鬥中雙雙墜下深淵而死。楊過得到半粒絕情丹後，毅然扔下深崖，使眾人大為驚愕。黃蓉瞭解到天竺神僧臨終前手執斷腸草，於是領悟到此為情花解藥，於是摘下交給小龍女。小龍女在矛盾的心情下覺得與楊過一起會使他加重負擔，於是悄然離開眾人。楊過四處找尋小龍女的蹤跡，絕望之餘在懸崖上見小龍女刻下十六年後重見的字樣。

十五年後，一天郭芙與郭襄、郭破虜三人在客棧聽到神雕大俠仗義事蹟，郭襄為之神往，遂不理郭芙勸阻，跟著大頭鬼到西山一睹神雕大俠的風采。神雕大俠得知史氏幼弟被霍都所傷，遂答應與郭襄親到黑龍潭找九尾狐以供療傷，被瑛姑以寒陰箭所拒，後一燈大師向瑛姑請罪，瑛姑要周伯通為交換九尾狐的條件。楊過惟有以傳受黯然銷魂掌要求周伯通見瑛姑一面。周伯通與瑛姑見面後悲喜交集，周伯通頓感尷尬非常。另一方面，郭襄對神雕大俠漸生好感，要求神雕大俠揭開 面具以真面目示人。

郭襄見到楊過真面目後，對他產生愛意，要楊過為她慶祝生日。郭襄回到襄陽城後，郭芙向父母告知一切，使郭襄受到責備，郭襄向魯有腳傾訴，二人甚為投契。後魯有腳突被暗殺，眾人疑為霍都所為。楊過無意間在鐵槍廟中得知亡父楊康生平，決議為民請命，以為楊康贖罪。楊過與郭襄分手後，與大頭鬼結伴至嘉陵，舊地重遊，無限感慨。另一方面，預計與小龍女重聚之日漸近，興奮莫名。並計畫與小龍女在農村隱居。

正當郭靖、黃蓉召開英雄大會時，郭襄竟在房中召開小英雄會。黃蓉無意間聽到楊過將為郭襄賀歲消息，恐楊過心存報復之心，大為不安，決定提早推選新任丐幫幫主，以防楊過乘機搗亂。郭襄生辰之日，楊過以二千蒙古軍屍體左耳及火燒二十萬大軍糧草為禮物，頓使黃蓉疑念全消。霍都在丐幫大會中喬裝丐幫弟子，打敗耶律齊擬奪丐幫之位，被達爾巴識破。霍都突襲郭芙，被楊過與黃藥師制服。黃蓉向郭襄交代楊過身世，郭襄恐楊過知道小龍女非為南海神尼所救，生自盡之念，於是出走相勸楊過，卻于途中被金輪法王所擒。

黃蓉擔心郭襄下落，四處找尋愛女蹤跡，不果，失望之余遇周伯通，無意中發現玉蜂上均有"我在絕情谷"字樣，聯想到是小龍女所刻，於是決定到絕情谷找尋小龍女。金輪法王欲收郭襄為徒，郭襄定要金輪法王打贏楊過方答應，金輪法王於是答應前往應戰楊過。黃藥師與楊過交談時，說出根本無南海神尼其人，楊過失望之餘與黃藥師分手後借酒消愁，後得神雕勸服，信心大增，決意到絕情谷找尋小龍女芳蹤。楊過到絕情谷後苦候小龍女不果，萬念俱灰，遂向懸崖跳下，郭襄趕至，亦隨之跳下。

郭襄與楊過在崖底相遇後，力勸楊過不要自盡，楊過大為感動，令神雕背負郭襄上崖。郭襄上崖後發現金輪法王已被黃蓉制服，眾人於是設防下崖搶救楊過，金輪法王騙得郭襄為其解開穴位，更強行帶走郭襄。黃蓉等找郭襄不果，得聞襄陽城危急，決定返城助郭靖抗蒙古大軍。楊過在崖底發現玉蜂巢，於是決定潛入潭底秘道中，終在幽谷中重遇小龍女，二人相見仿如隔世，盡訴離別之情。神雕傷心之餘也跳下崖底，後得楊過所救，楊過得知郭襄身處險境，決意上崖救郭襄。

金輪法王挾持郭襄迫令郭靖投降，黃藥師等均無法殺入蒙古軍重圍救出郭襄，郭靖決意棄郭襄全力保護襄陽城。後楊過及時趕至與小龍女合力殺金輪法王，郭襄得與家人重聚。 耶律齊死守襄陽城門，被蒙古大軍圍攻，後得楊過解救，合力趕走蒙古大軍，襄陽城暫得安守太平。眾人上華山拜祭洪七公與歐陽鋒，均感到華山五絕所存無幾，感慨萬分，黃蓉擬選出新五絕為東邪、西狂、南僧、北俠、中頑童。楊過與小龍女決意退出江湖隱居，眾人均感依依不捨，郭襄目睹二人離去，萬千感慨，眼淚奪眶而出。