武三通亦到江南找陆家寻仇，三通在三娘的劝解下，抛开仇怨，带走两子修文与敦儒以避过李莫愁追杀。未几，李莫愁出现陆家庄，柯镇恶闻得消息赶来相助，但陆氏夫妇已被李莫愁打死，并胁持无双与程英，幸黄药师赶到救走程英，但无双被李莫愁带走，此时，杨过到来，见地上有毒针，不慎中毒，幸得欧阳锋为之解毒，欧阳锋见杨过精灵可爱，教他解毒之法。此时，欧阳锋见大雕飞过，知黄药师等人在附近，即抛下杨过而去。郭靖等人见杨过身中毒针，一问之下，方知杨过乃杨康之子，即带杨过返客栈疗伤。

　　郭靖等人返回桃花岛，途中见修文和敦儒在路上哭泣，知悉三娘已死，而三通则不知去向，遂带两人同行，更收两小孩为徒儿，但黄蓉想及当年杨康因她而死，未免养虎为患，诈称杨过由她教导，但只教杨过学习圣贤书，杨过感黄蓉偏私，心中不是味儿。欧阳锋到桃花岛欲带杨过离去，但被郭靖击退，杨过心中难过，杨过被修文、敦儒欺负，一怒之下用蛤蟆功对付二人，柯镇恶知杨过懂蛤蟆功，大为气恼，郭靖唯有送杨过往重阳宫学艺。

　　郭靖命杨过拜丘处机为师，丘处机命赵志敬教导杨过，但赵志敬对杨过有偏见，只教杨过背念口诀，不教运功之法。在小较之日，杨过因而出糗，但杨过不服气，将鹿清笃击倒，昏死地上，杨过大惊，慌忙逃进古墓，被孙婆婆救起。孙婆婆见杨过身世可怜，欲求小龙女留杨过在古墓暂住，但小龙女不想破坏门规，一口拒绝，但孙婆婆不忍杨过独自离去，遂找赵志敬晦气，却被众道士重重包围，脱身不得。

　　孙婆婆被赫大通击至重伤，小龙女现身，逼赫大通自刎，赫大通敌不过，正想自刎了断，幸丘处机及时赶到。孙婆婆临危想求小龙女收下杨过，照顾杨过一生，小龙女无奈答应收杨过为徒。三年后，杨过已逐渐长大成人，向其道出当年祖师林朝英与王重阳旧事：四十多年前，王重阳带兵抗金失败，自困古墓中，林朝英一番好意，七日七夜始将王重阳激离古墓，此后，两人成为一对风尘侠侣。林朝英一直希望安顿下来，但王重阳感匈奴未灭，无以为家，两人因而大战一场，难分高下，遂决定文斗，林朝英胜出后入住古墓，而王重阳则建立全真教，林朝英为此对王重阳恨之入骨，所以定下门规，古墓派弟子须斩断七情六欲。

　　霍都与达尔巴潜进古墓林中，将杨过捉住，小龙女赶到，用玉蜂对付霍都，霍都被蜂咬伤，痕痒不堪，而杨过亦被霍都所伤，小龙女忙为杨过疗伤。杨过到石室取到王重阳的衣饰，假扮王重阳到重阳宫，吓唬鹿清笃等人，但终被尹志平识破，遂告知丘处机，此时郭靖与黄蓉到访，问悉杨过之事，甚感愤怒。

　　霍都与达尔巴潜进古墓林中，将杨过捉住，小龙女赶到，用玉蜂对付霍都，霍都被蜂咬伤，痕痒不堪，而杨过亦被霍都所伤，小龙女忙为杨过疗伤。杨过到石室取到王重阳的衣饰，假扮王重阳到重阳宫，吓唬鹿清笃等人，但终被尹志平识破，遂告知丘处机，此时郭靖与黄蓉到访，问悉杨过之事，甚感愤怒。

　　杨过被困在房中，修文、敦儒惹是生非，杨过用激将法使两人开启门锁，随即逃走，郭靖在一旁窥见一切，但没阻止。杨过途中遇见周伯通，两人互相戏弄，伯通好玩，垂涎杨过手中的水晶，杨过知悉周伯通乃全真派高手，遂以水晶引诱周伯通带他上山，丘处机等人见师叔到来，对周伯通必恭必敬。杨过返回古墓，小龙女大为喜悦，遂在花丛修炼心经，在心经炼至最后一步时，被尹志平和赵志敬发现，扰乱小龙女练习心法，更骂两人干无耻之事，小龙女气极，吐血倒地。

　　小龙女身受重伤，难有复原机会，自感不能遵照孙婆婆遗言照顾杨过一生，遂拔剑刺杀杨过，以同归于尽，杨过遂逃出古墓。杨过在山下遇见洪凌波，洪凌波逼杨过带她上终南山找寻古墓，杨过及时点了洪凌波穴道，不料李莫愁暗中尾随而至，小龙女即按动机关，从冰床跌落石室。小龙女知李莫愁把守洞口，命杨过乘机逃走，然后放下断龙石，封闭洞口，但杨过愿与小龙女生死与共，不肯离去。

　　杨过抱小龙女于石棺内，小龙女发现棺上有重阳真人的字迹，从而找得九阴真经，更发现石室内藏有古墓地图，小龙女知悉能逃出古墓，喜极而泣。李莫愁知悉小龙女已找得出口秘密，遂胁迫两人带路离去，四人几经辛苦方逃出升天。小龙女与杨过在山上建茅舍暂住，不料遇见欧阳锋，欧阳锋一见杨过，大喜过望，立即要教导杨过练习蛤蟆功，但为怕小龙女偷窥，遂将小龙女点穴，小龙女动弹不得。杨过与欧阳锋练武，一夜未返，不料尹志平到来，用青布蒙着小龙女双眼，将小龙女奸污，小龙女误以为是杨过，次日醒来，娇羞万分，杨过不知小龙女所为何事，一时摸不着头脑。

　　小龙女主动向杨过提出婚事，杨过不知所以，没有答应，小龙女感受辱，勃然远走。杨过四处寻觅，闻得附近将有比武，以为与小龙女有关，赶往比武场，只见陆无双与人过招而处于下风，杨过侠义相救，后与周伯通将她戏弄一番。陆无双被杨过点穴后，被李莫愁所捉，迫她交出五毒秘传，杨过出现将无双救走，李莫愁追擒二人，杨过与陆无双假扮成道士，但仍被李莫愁认出。

　　李莫愁欲趁杨过心乱之时将他刺死，幸得陆无双相救。无双向杨过诉说身世，借伤痛之际投入杨过怀中，小龙女窥见，伤心欲绝返回古墓。杨过与无双逃脱，遇完颜萍正要运父母遗体返乡，并发现耶律齐在暗中保护。一夜蒙面贼潜进完颜萍房中偷去其父母骨灰，使完颜萍大急，耶律齐乃出手相助，并与贼拼打，发现该贼竟是杨过。

　　无双将骨灰偷进杨过之房，恰巧李莫愁追至，要挟她交出秘传，无双讹称藏在骨灰盒内，此时杨过等追至，找李莫愁索回骨灰，但李莫愁妒忌有情人，竟愤然将骨灰分别撒于高山和大海，完颜萍见状伤心欲绝。陆无双惹出大祸使杨过十分愤怒，惟有独自离去，途中与郭芙不和，被郭芙捆绑，修文、敦儒欲以无双做饵引李莫愁上钩，但李莫愁武功高强，将无双劫去。杨过前来相救，反被打伤，杨过用玉女心经疗伤，李莫愁见状，乃以杨过做人质逼小龙女交出玉女心经。

　　欧阳锋经过便把杨过与无双救出。小龙女来到莫愁约定之地，但见四处打斗痕迹，不禁对杨过更为思念。蒙古欲在中原扩展版图，金轮法王为要助蒙古，乃与霍都设计，欲在英雄大会上夺去盟主之位，但恐洪七公阻碍，二人便设计谋害。欧阳锋自救杨过后，忙乱中又与杨过分离，及后欧阳锋四处找寻杨过，途中遇见霍都，霍都谎称杨过被洪七公抓往华山。欧阳峰便追至。

　　七公试探杨过为人，要睡三天三夜，命杨过看守，杨过懵然应允，因而三日没吃没喝，七公见杨过守信，与杨过结友。欧阳锋从雪崩中脱险，见杨过与七公一起，跟七公比武，不分胜负，此后二人每日定时比武。七公因重伤不能再显身手，遂叫杨过依指示耍出招式，欧阳锋在一旁观看，细思破解之法，却在此时回复神智，与七公兴高采烈之余，相拥大笑后逝去。

　　杨过路过乡村，见一哑奴被壮汉虐待，为哑奴抱不平，打伤壮汉后，带哑奴一同上路，途中遇见丐帮弟子，要杨过交还哑奴，杨过欲灌醉众弟子，不料酒铺老板在酒中下毒，并通知鲁长老，鲁长老将杨过押返陆家庄与郭靖见面，郭靖一见杨过，大喜，杨过细说七公之事，郭靖甚伤心，嘱咐杨过不许对黄蓉提及，但两人拜祭七公时，无意被黄蓉窥见，黄蓉伤心晕倒。

　　郭芙见杨过拜祭欧阳锋，不断耻笑，被杨过斥责，郭芙心有不甘。杨过大怒，将郭芙掌掴，郭芙一怒而去。周伯通与达尔巴因小事打起来，达尔巴见周伯通身手出神入化，慌忙告知金轮法王，法王利用周伯通好玩弱点，以杂技吸引伯通前往，将他困于铁箱内。　　小龙女遇见无双，惦记杨过之情更切，无双告知小龙女杨过不断访寻她下落，并欲娶她为妻，小龙女不禁悲喜交集。

　　郭芙带杨过偷看黄蓉教导鲁长老打狗棒法，杨过将口诀一一背熟，鲁长老知悉，以为黄蓉有意传位予杨过，遂自动向黄蓉请辞，黄蓉往找杨过以打狗棒法对招，动了胎气，杨过忙替黄蓉运气，黄蓉见杨过本性善良，大感欣慰，并与郭靖商量将郭芙许配于他。英雄大会之日，金轮法王带同霍都、达尔巴前来捣乱，鲁长老被霍都所伤，金轮法王为早得武林盟主之位，决以三场比武定胜负。

　　黄蓉利用孙子兵法，以郭靖、朱子柳、郝大通对付金轮法王等三人，希望能以二胜一负取得盟主之位。比武之日，杨过欲暗中相助，被金轮发现，怒斥杨过，此时霍都趁朱子柳分神，发放毒针，朱子柳中毒倒地，杨过感内疚。众人不敢小觑金轮法王等人武功，对胜负全无把握，渔隐挺身而去应战。英雄宴上杨过遇见小龙女，并准备一同出外游玩，此时渔隐与达尔巴比武，小龙女脚部被器所伤，杨过心疼，痛斥霍都等人，并要与霍都比武。

　　杨过以打狗棒法、玉女剑法及九阴真功分别打败霍都及达尔巴，金轮法王旁观一切，要与小龙女比试，杨过忙助小龙女对付金轮法王，却被金轮法王所伤，郭靖及时飞跃而出击去一掌，金轮法王被震伤，羞愤而去。郭靖设宴为杨过庆祝，宣布将郭芙许配之事，但杨过断然拒绝，小龙女更声言要做杨过的妻子，二人动身离去。郭芙被杨过拒婚，羞愤难当，收拾行装返桃花岛，却被金轮法王捉去。黄蓉赶来救郭芙，但金轮法王武功高强，人多势众，幸杨过与小龙女到来，使出玉女剑法，将金轮法王击退。

　　杨过与小龙女一片好意，清理铁枪庙附近墓碑，赫然见丘处机替杨康立的墓碑，上写不肖子杨康，令杨过看后大受刺激，即找来石匠替杨康重立新墓，并询问当日替杨康立碑经过，但闻当日杨康暴尸荒野，无人执葬，悲伤万分，遂与小龙女携手往重阳宫向丘处机问明真相。小龙女与杨过几经辛苦走进重阳宫，但丘处机等早已下山，杨过不信，大闹重阳宫。赵志敬乘机煽风点火，命徒弟摆出天罡北斗阵围攻。

　　各路英雄一致推举郭靖为武林盟主，郭靖推辞不得，只好承担重任，以号召群雄进行抗蒙大业。郭芙悄悄离家，被金轮法王绑架，黄蓉与修文、敦儒赶到，与金轮法王火并，受伤倒地，幸杨过与小龙女及时赶到，金轮法王受伤，愤然离去。杨过向黄蓉追问杀父仇人，但黄蓉有心隐瞒，遂与小龙女找郭靖问明一切。途中，小龙女不忍二人关系累及杨过，悄然离去，杨过四处寻觅，不料误坠悬崖，幸被程英救起。

　　无双在茶居遇见李莫愁，幸被傻姑所救，无双急奔程英住处，程英布奇门遁甲阵式，希望能将李莫愁困住，此时傻姑与黄药师及时赶到，药师以琴声袭伤洪凌波与李莫愁，而傻姑因见杨过之样貌酷似杨康，不禁大吵大闹。药师知悉杨过与小龙女之事，对杨过的行为大为赞赏，结为朋友，遂教以绝艺。杨过假扮杨康向傻姑质问杀父仇人，但傻姑只说乃姑姑所杀，杨过不知姑姑所指何人，大为气恼。

　　杨过再次扮杨康鬼魂吓傻姑，终得知黄蓉与郭靖乃杀父仇人，愤激万分，誓要报仇雪恨。杨过感郭靖、黄蓉武功高强，不易报仇，大感颓唐，欲一死了之，途中遇马光佐，杨过将心事一一吐出，不意被达尔巴偷听，告知金轮法王，金轮法王遂利用杨过杀郭靖，诈称合力杀郭靖报仇，杨过不虞有诈，并在法王提点下，将所学武功融会贯通，自创新招。金轮法王带杨过到忽必烈军营。忽必烈为杨过引见潇湘子、尹克西、尼摩星、马光佐四人，杨过见四人贪图名利，耻与之为伍。此时，周伯通被公孙绿萼等人追踪而至。

　　杨过得知公孙绿萼等把伯通困于鱼网，被带往绝情谷。杨过等来到绝情谷，却被绿萼盛情款待。翌晨杨过起床出户，遇见绿萼，两人闲聊，十分投契，杨过无意间中情花毒。伯通逃走，又再捣乱，公孙止迫伯通交回四宝，但伯通自言未有作贼，在众人围攻下逃脱。一夜，杨过闻琴声，知是小龙女所奏，往察看，果见小龙女，无奈小龙女已肝肠寸断，对他佯装不识，到公孙止处逃避杨过，几番纠缠下弄得相思之苦，使得情花毒发作，杨过与小龙女同时吐血。小龙女被禁锢在绝情谷中，为着杨过的安全，为势所迫，不能相认，后来公孙止要娶小龙女为妻，大为焦急，决意设法救小龙女出绝情谷。

　　霍都与达尔巴潜进古墓林中，将杨过捉住，小龙女赶到，用玉蜂对付霍都，霍都被蜂咬伤，痕痒不堪，而杨过亦被霍都所伤，小龙女忙为杨过疗伤。杨过到石室取到王重阳的衣饰，假扮王重阳到重阳宫，吓唬鹿清笃等人，但终被尹志平识破，遂告知丘处机，此时郭靖与黄蓉到访，问悉杨过之事，甚感愤怒。

　　杨过失踪，丘处机派尹志平等追捕，杨过为避开赵志敬、尹志平，假扮丐帮长老，但杨过不知丐帮与杨康有过节，坦言乃杨康之子，众弟子遂群起攻击，杨过莫名其妙。杨过巧缘与耶律齐结识，相请杨过到府中一聚。此时完颜萍到耶律家中寻仇失败，欲引颈自刎，但被耶律齐阻止，耶律燕冷眼旁观，见两人眼中隐含情意，无奈国仇家怨使两人不能在一起。杨过惦念小龙女，遂向耶律齐借兵马，假扮蒙古军官上山，岂料途中遇见郭靖和黄蓉，被郭靖捉走。

　　杨过被困在房中，修文、敦儒惹是生非，杨过用激将法使两人开启门锁，随即逃走，郭靖在一旁窥见一切，但没阻止。杨过途中遇见周伯通，两人互相戏弄，伯通好玩，垂涎杨过手中的水晶，杨过知悉周伯通乃全真派高手，遂以水晶引诱周伯通带他上山，丘处机等人见师叔到来，对周伯通必恭必敬。杨过返回古墓，小龙女大为喜悦，遂在花丛修炼心经，在心经炼至最后一步时，被尹志平和赵志敬发现，扰乱小龙女练习心法，更骂两人干无耻之事，小龙女气极，吐血倒地。

　　小龙女身受重伤，难有复原机会，自感不能遵照孙婆婆遗言照顾杨过一生，遂拔剑刺杀杨过，以同归于尽，杨过遂逃出古墓。杨过在山下遇见洪凌波，洪凌波逼杨过带她上终南山找寻古墓，杨过及时点了洪凌波穴道，不料李莫愁暗中尾随而至，小龙女即按动机关，从冰床跌落石室。小龙女知李莫愁把守洞口，命杨过乘机逃走，然后放下断龙石，封闭洞口，但杨过愿与小龙女生死与共，不肯离去。

　　杨过抱小龙女于石棺内，小龙女发现棺上有重阳真人的字迹，从而找得九阴真经，更发现石室内藏有古墓地图，小龙女知悉能逃出古墓，喜极而泣。李莫愁知悉小龙女已找得出口秘密，遂胁迫两人带路离去，四人几经辛苦方逃出升天。小龙女与杨过在山上建茅舍暂住，不料遇见欧阳锋，欧阳锋一见杨过，大喜过望，立即要教导杨过练习蛤蟆功，但为怕小龙女偷窥，遂将小龙女点穴，小龙女动弹不得。杨过与欧阳锋练武，一夜未返，不料尹志平到来，用青布蒙着小龙女双眼，将小龙女奸污，小龙女误以为是杨过，次日醒来，娇羞万分，杨过不知小龙女所为何事，一时摸不着头脑。

　　小龙女主动向杨过提出婚事，杨过不知所以，没有答应，小龙女感受辱，勃然远走。杨过四处寻觅，闻得附近将有比武，以为与小龙女有关，赶往比武场，只见陆无双与人过招而处于下风，杨过侠义相救，后与周伯通将她戏弄一番。陆无双被杨过点穴后，被李莫愁所捉，迫她交出五毒秘传，杨过出现将无双救走，李莫愁追擒二人，杨过与陆无双假扮成道士，但仍被李莫愁认出。

　　李莫愁欲趁杨过心乱之时将他刺死，幸得陆无双相救。无双向杨过诉说身世，借伤痛之际投入杨过怀中，小龙女窥见，伤心欲绝返回古墓。杨过与无双逃脱，遇完颜萍正要运父母遗体返乡，并发现耶律齐在暗中保护。一夜蒙面贼潜进完颜萍房中偷去其父母骨灰，使完颜萍大急，耶律齐乃出手相助，并与贼拼打，发现该贼竟是杨过。

　　无双将骨灰偷进杨过之房，恰巧李莫愁追至，要挟她交出秘传，无双讹称藏在骨灰盒内，此时杨过等追至，找李莫愁索回骨灰，但李莫愁妒忌有情人，竟愤然将骨灰分别撒于高山和大海，完颜萍见状伤心欲绝。陆无双惹出大祸使杨过十分愤怒，惟有独自离去，途中与郭芙不和，被郭芙捆绑，修文、敦儒欲以无双做饵引李莫愁上钩，但李莫愁武功高强，将无双劫去。杨过前来相救，反被打伤，杨过用玉女心经疗伤，李莫愁见状，乃以杨过做人质逼小龙女交出玉女心经。

　　欧阳锋经过便把杨过与无双救出。小龙女来到莫愁约定之地，但见四处打斗痕迹，不禁对杨过更为思念。蒙古欲在中原扩展版图，金轮法王为要助蒙古，乃与霍都设计，欲在英雄大会上夺去盟主之位，但恐洪七公阻碍，二人便设计谋害。欧阳锋自救杨过后，忙乱中又与杨过分离，及后欧阳锋四处找寻杨过，途中遇见霍都，霍都谎称杨过被洪七公抓往华山。欧阳峰便追至。

　　七公试探杨过为人，要睡三天三夜，命杨过看守，杨过懵然应允，因而三日没吃没喝，七公见杨过守信，与杨过结友。欧阳锋从雪崩中脱险，见杨过与七公一起，跟七公比武，不分胜负，此后二人每日定时比武。七公因重伤不能再显身手，遂叫杨过依指示耍出招式，欧阳锋在一旁观看，细思破解之法，却在此时回复神智，与七公兴高采烈之余，相拥大笑后逝去。

　　杨过路过乡村，见一哑奴被壮汉虐待，为哑奴抱不平，打伤壮汉后，带哑奴一同上路，途中遇见丐帮弟子，要杨过交还哑奴，杨过欲灌醉众弟子，不料酒铺老板在酒中下毒，并通知鲁长老，鲁长老将杨过押返陆家庄与郭靖见面，郭靖一见杨过，大喜，杨过细说七公之事，郭靖甚伤心，嘱咐杨过不许对黄蓉提及，但两人拜祭七公时，无意被黄蓉窥见，黄蓉伤心晕倒。

　　郭芙见杨过拜祭欧阳锋，不断耻笑，被杨过斥责，郭芙心有不甘。杨过大怒，将郭芙掌掴，郭芙一怒而去。周伯通与达尔巴因小事打起来，达尔巴见周伯通身手出神入化，慌忙告知金轮法王，法王利用周伯通好玩弱点，以杂技吸引伯通前往，将他困于铁箱内。　　小龙女遇见无双，惦记杨过之情更切，无双告知小龙女杨过不断访寻她下落，并欲娶她为妻，小龙女不禁悲喜交集。

　　郭芙带杨过偷看黄蓉教导鲁长老打狗棒法，杨过将口诀一一背熟，鲁长老知悉，以为黄蓉有意传位予杨过，遂自动向黄蓉请辞，黄蓉往找杨过以打狗棒法对招，动了胎气，杨过忙替黄蓉运气，黄蓉见杨过本性善良，大感欣慰，并与郭靖商量将郭芙许配于他。英雄大会之日，金轮法王带同霍都、达尔巴前来捣乱，鲁长老被霍都所伤，金轮法王为早得武林盟主之位，决以三场比武定胜负。

　　黄蓉利用孙子兵法，以郭靖、朱子柳、郝大通对付金轮法王等三人，希望能以二胜一负取得盟主之位。比武之日，杨过欲暗中相助，被金轮发现，怒斥杨过，此时霍都趁朱子柳分神，发放毒针，朱子柳中毒倒地，杨过感内疚。众人不敢小觑金轮法王等人武功，对胜负全无把握，渔隐挺身而去应战。英雄宴上杨过遇见小龙女，并准备一同出外游玩，此时渔隐与达尔巴比武，小龙女脚部被器所伤，杨过心疼，痛斥霍都等人，并要与霍都比武。

　　杨过以打狗棒法、玉女剑法及九阴真功分别打败霍都及达尔巴，金轮法王旁观一切，要与小龙女比试，杨过忙助小龙女对付金轮法王，却被金轮法王所伤，郭靖及时飞跃而出击去一掌，金轮法王被震伤，羞愤而去。郭靖设宴为杨过庆祝，宣布将郭芙许配之事，但杨过断然拒绝，小龙女更声言要做杨过的妻子，二人动身离去。郭芙被杨过拒婚，羞愤难当，收拾行装返桃花岛，却被金轮法王捉去。黄蓉赶来救郭芙，但金轮法王武功高强，人多势众，幸杨过与小龙女到来，使出玉女剑法，将金轮法王击退。

　　杨过和小龙女二人离开古墓后，藏身于一木屋之中，后丐帮马彭二长老路经借宿，原来彭长老为想成为南派丐帮帮主，竟与蒙古军秘密计划侵宋活动，马长老籍此威胁彭长老传授摄魂大法，彭长老不答应，马长老遂起杀机，被杨过识破。其后一灯大师和裘千韧纷至，裘千韧忽然狂性大发，彭长老乘机以摄魂大法假借裘千韧铁掌功杀马长老，裘千韧清醒后觉惭愧。杨过绝望之余希望一灯大师治疗小龙女，可惜一灯大师重伤未愈，遂以一药丸暂保小龙女性命，指出惟有天竺神僧才有救命之法，于是一起前往绝情谷救天竺神僧。

　　周伯通携全真教经书南奔，途中见郭芙被李莫愁所制，于是假扮女妆解去郭芙穴道，其后还令全真弟子五年之内光复全真教。郭芙被李莫愁追杀之际，突为公孙止擒拿为妻，郭芙施美人计灌醉公孙止，终得周伯通之助脱离险境。另一方面，郭芙因任性而受耶律齐谴责，大为内疚，二人感情渐渐突进。李莫愁追杀周伯通时，被傻姑困于陷阱之中，程英为报师父黄药师被辱之仇，以玉箭剑法攻打李莫愁，不敌。李莫愁反以银针杀傻姑。李莫愁在绝情谷中围攻程英，在混乱之中，杨过飞身入情花丛中救程英，李莫愁中情花毒身受重伤。

　　一灯大师替杨过向裘千尺解释，裘千尺拒绝交出另半粒绝情丹，并乘机刺杀黄蓉，被黄蓉施计劝服。裘千尺为报杀兄之仇，欲以毒枣伤郭芙，被杨过所救，郭芙知道自己一直误会杨过，大为惭愧，当众向杨过认错。杨过到绝情谷密室救出渔隐大叔和天竺神僧后，发现天竺神僧为寻解情花毒之方，不惜以身试毒处于昏迷之境。李莫愁施展美人计迫使公孙止交出绝情丹，公孙止试图陷公孙绿萼于情花丛，迫使裘千尺交出解药。公孙绿萼得知后万念俱灰，决定成全小龙女和杨过二人，杨过和小龙女感动不已。

　　公孙止误杀亲女后，老羞成怒，讹称裘千尺勾结外敌剿灭绝情谷，用鱼网刀阵围攻黄蓉与裘千尺等人。李莫愁乘机逃走后，以冰破银针杀害天竺神医，众人非常愤怒，合力对抗李莫愁与公孙止，李莫愁终以情花毒发作而死，裘千尺与公孙止亦在搏斗中双双坠下深渊而死。杨过得到半粒绝情丹后，毅然扔下深崖，使众人大为惊愕。黄蓉了解到天竺神僧临终前手执断肠草，于是领悟到此为情花解药，于是摘下交给小龙女。小龙女在矛盾的心情下觉得与杨过一起会使他加重负担，于是悄然离开众人。杨过四处找寻小龙女的踪迹，绝望之余在悬崖上见小龙女刻下十六年后重见的字样。

　　十五年后，一天郭芙与郭襄、郭破虏三人在客栈听到神雕大侠仗义事迹，郭襄为之神往，遂不理郭芙劝阻，跟着大头鬼到西山一睹神雕大侠的风采。神雕大侠得知史氏幼弟被霍都所伤，遂答应与郭襄亲到黑龙潭找九尾狐以供疗伤，被瑛姑以寒阴箭所拒，后一灯大师向瑛姑请罪，瑛姑要周伯通为交换九尾狐的条件。杨过惟有以传受黯然销魂掌要求周伯通见瑛姑一面。周伯通与瑛姑见面后悲喜交集，周伯通顿感尴尬非常。另一方面，郭襄对神雕大侠渐生好感，要求神雕大侠揭开面具以真面目示人。

　　郭襄见到杨过真面目后，对他产生爱意，要杨过为她庆祝生日。郭襄回到襄阳城后，郭芙向父母告知一切，使郭襄受到责备，郭襄向鲁有脚倾诉，二人甚为投契。后鲁有脚突被暗杀，众人疑为霍都所为。杨过无意间在铁枪庙中得知亡父杨康生平，决议为民请命，以为杨康赎罪。杨过与郭襄分手后，与大头鬼结伴至嘉陵，旧地重游，无限感慨。另一方面，预计与小龙女重聚之日渐近，兴奋莫名。并计划与小龙女在农村隐居。

　　正当郭靖、黄蓉召开英雄大会时，郭襄竟在房中召开小英雄会。黄蓉无意间听到杨过将为郭襄贺岁消息，恐杨过心存报复之心，大为不安，决定提早推选新任丐帮帮主，以防杨过乘机捣乱。郭襄生辰之日，杨过以二千蒙古军尸体左耳及火烧二十万大军粮草为礼物，顿使黄蓉疑念全消。霍都在丐帮大会中乔装丐帮弟子，打败耶律齐拟夺丐帮之位，被达尔巴识破。霍都突袭郭芙，被杨过与黄药师制服。黄蓉向郭襄交代杨过身世，郭襄恐杨过知道小龙女非为南海神尼所救，生自尽之念，于是出走相劝杨过，却于途中被金轮法王所擒。

　　黄蓉担心郭襄下落，四处找寻爱女踪迹，不果，失望之余遇周伯通，无意中发现玉蜂上均有“我在绝情谷”字样，联想到是小龙女所刻，于是决定到绝情谷找寻小龙女。金轮法王欲收郭襄为徒，郭襄定要金轮法王打赢杨过方答应，金轮法王于是答应前往应战杨过。黄药师与杨过交谈时，说出根本无南海神尼其人，杨过失望之余与黄药师分手后借酒消愁，后得神雕劝服，信心大增，决意到绝情谷找寻小龙女芳踪。杨过到绝情谷后苦候小龙女不果，万念俱灰，遂向悬崖跳下，郭襄赶至，亦随之跳下。

　　郭襄与杨过在崖底相遇后，力劝杨过不要自尽，杨过大为感动，令神雕背负郭襄上崖。郭襄上崖后发现金轮法王已被黄蓉制服，众人于是设防下崖抢救杨过，金轮法王骗得郭襄为其解开穴位，更强行带走郭襄。黄蓉等找郭襄不果，得闻襄阳城危急，决定返城助郭靖抗蒙古大军。杨过在崖底发现玉蜂巢，于是决定潜入潭底秘道中，终在幽谷中重遇小龙女，二人相见仿如隔世，尽诉离别之情。神雕伤心之余也跳下崖底，后得杨过所救，杨过得知郭襄身处险境，决意上崖救郭襄。

　　金轮法王挟持郭襄迫令郭靖投降，黄药师等均无法杀入蒙古军重围救出郭襄，郭靖决意弃郭襄全力保护襄阳城。后杨过及时赶至与小龙女合力杀金轮法王，郭襄得与家人重聚。　　耶律齐死守襄阳城门，被蒙古大军围攻，后得杨过解救，合力赶走蒙古大军，襄阳城暂得安守太平。众人上华山拜祭洪七公与欧阳锋，均感到华山五绝所存无几，感慨万分，黄蓉拟选出新五绝为东邪、西狂、南僧、北侠、中顽童。杨过与小龙女决意退出江湖隐居，众人均感依依不舍，郭襄目睹二人离去，万千感慨，眼泪夺眶而出。