大街上有人賣身，惡通天仗勢欺人，被小魚兒設計作弄了一番。京城正舉行一場盛大的婚禮，朝中兵部尚書的女兒，也是大太監劉喜的干女兒出閣，熱鬧非凡。喜堂上，花無缺突然硬闖進來，責新郎胡卓是個負心漢，打斗起來，花無缺武功超群，輕松取勝，強行帶走新郎，回移花宮受審。移花宮的邀月、憐星兩位宮主吩咐花無缺上黃山赴武林大會，她們不滿武林大會竟不邀請移花宮，心有不忿，要花無缺去奪盟主之位，另派花星奴暗中跟蹤。小魚兒也到了黃山，途中結識了女扮男裝的鐵心蘭。

鐵心蘭來武林大會想找失蹤了的父親鐵如雲，可是鐵如雲並沒有出現。鐵心蘭以為沒有人認出她女扮男裝，又自以為武功高，決心要去殺采花賊，卻差點被采花賊佔了便宜，幸得花無缺路過救了她。小魚兒在第一回合的武功較量上，敗給了花無缺。但機緣巧合之下，小魚兒用計僥幸收服了采花賊，勝了第二回合，暫時跟花無缺打成平手。小魚兒絞盡腦汁想見紅葉先生，問明自己的身世，他半夜打暈紅葉先生並偷看了他的手折。為選新任武林盟主的比武擂台上，鐵心蘭陰差陽錯勝了第一輪，引來江別鶴的殺心。

江別鶴終於如願暫代武林盟主，花無缺動身回移花宮。鐵心蘭要繼續尋找父親，小魚兒出主意去慕容世家查探。江別鶴拜訪老紅葉先生，想打探花無缺的身世，老紅葉先生悠悠講出一段江湖隱秘。玉面劍客江楓與仁義劍客燕南天是拜把兄弟，十八年前，他倆聯手剿滅惡名昭彰的十二凶星幫，受傷中毒，江楓機緣之下被移花宮的大宮主邀月所救。邀月鐘情於江楓，不料江楓卻愛上了伺候他的花月奴，兩人私奔前往江楓的書童江琴家落腳，並飛鴿傳書請燕南天來相助。花月奴誕下一對兒子，但兩夫婦慘被江琴出賣，邀月、憐星來到，殺了江楓和花月奴。[

邀月本想把一對嬰兒也殺掉，但憐星不忍，便想出一法，把其中一嬰兒養大，另一交燕南天撫養，待十八年後，要兩兄弟自相殘殺，以報復對江楓之仇恨。老紅葉揭穿江別鶴就是當年的江琴，並向他敲詐一百萬兩，江別鶴應允。當年，燕南天中了劇毒，抱著遺孤去惡人谷，求救於鬼醫常百草。燕南天體內的毒性奇特，常百草興奮接受挑戰，收留並研究昏迷的燕南天。屠嬌嬌母性大發，決定撫養棄嬰，就是小魚兒。

於是，小魚兒和花無缺，分別接受五大惡人和移花宮的訓練。十六歲時，花無缺知道自己被植了「斷愛絕情丹」，每當對異性動情，便會化作一條毒蟲，在體內亂爬亂咬，痛不欲生。十六歲時，小魚兒的狡猾已不下於五惡，青出於藍。

小魚兒和鐵心蘭逃出慕容家墓，小魚兒乘機偷了陪葬的玉蟬、軟甲，並吃了幾口火靈芝。小魚兒為保護鐵心蘭身受重傷，蘇櫻施針相救。小魚兒與鐵心蘭啟程去江家，欲查問鐵如雲下落。江別鶴的女兒江玉鳳自小師從南海神尼學武，今學成回家。弱質女子江玉燕母親死前告之身世，囑她拿信物香囊去找親父江別鶴。江玉燕途中慘遇壞人，幸得花無缺救出，玉燕對無缺心生傾慕之情。

江別鶴的女兒江玉鳳自小從南海神尼學武，今學成回家。原來鐵如雲仍在江府之中，本來劉喜派人來接收的，可是鐵心蘭正在江家，不方便接收。江別鶴便將計就計，向小魚兒等人稱自己有一個恩人，正被追殺，江別鶴欲救之，但礙於劉喜是他的干外父，不方便出手，懇求小魚兒和花無缺幫助他把恩人運出府外。小魚兒與花無缺不虞有詐，答應江別鶴要求。小魚兒與無缺成功運送那「恩人」出府，卻不知此「恩人」原來就是鐵如雲！

花星奴為兩宮主送信來給花無缺。鐵心蘭得知無缺兩位姑姑邀她回移花宮，便追問無缺，信裡寫了些什麼，有沒有提到她？帶她回去的原因？回去干嗎？……無缺總是搖頭說不知道。鐵心蘭會錯意，以為兩姑姑邀她回去，是因為她與無缺的關系。但邀月和憐星其實是想把鐵心蘭殺掉，免得無缺被她弄至心緒不寧，神魂顛倒。花無缺、鐵心蘭、花星奴離開江府，上路回移花宮。小魚兒覺得事情有可疑，擔心義妹，便悄悄跟著去。

邀月認出小魚兒的惡人谷武功，知道小魚兒是江楓兒子，故暫時不殺小魚兒，要讓他和花無缺兩兄弟將來自相殘殺。鐵心蘭被邀月所傷，唯有慕容家的火靈芝才能救她。花無缺本想跟小魚兒去救心蘭，但最後卻不想忤逆至親的憐星宮主，決定留下。小魚兒大罵花無缺懦弱，怒不可遏，摑花無缺。惡人谷裡，五大惡人見小魚兒走了那麼久，難道真有逃離惡人谷之法？五惡嘗試逃走，最後只得屠嬌嬌成功出來，找小魚兒不果。後來她發現外家上下全被殺害，屠家的寶物「六壬神骰」也不見了。屠嬌嬌發現凶器乃一有飛鷹圖案的飛鏢，此圖案乃慕容家專有。慕容家的家墓秘道已封，羅能也不知所蹤，小魚兒只好扮作女人，假裝「賣身葬父」，以混入慕容家，做了婢女，化名「小喇叭」。另一方面，屠嬌嬌亦扮傭人混入了慕容家，欲找尋寶物「六壬神骰」，竟遇上剛巧也混入了慕容家的小魚兒。

江別鶴正想依計對付鐵心蘭、小魚兒和花無缺，蘇櫻突然找上門來。江玉燕嫉妒鐵心蘭，企圖暗下毒手，幸好蘇櫻及時趕到。慕容府裡，慕容中、慕容正垂涎「小喇叭」的美色，卻發現竟是男兒身，大怒。慕容仙及時現身，救了小魚兒，原來她早就知道小魚兒是假扮女子，之前只是戲弄小魚兒而已。慕容仙准許小魚兒穿回家丁服裝，但小魚兒卻被兩位公子作弄以報復。慕容仙遺失了一顆「夜明珠」，小魚兒與她一起尋找。夜裡的山野上，四周滿是螢火蟲，很浪漫，過程中，二人初萌愛意。

小仙女突然寒毒發作，小魚兒允諾為她保密。屠嬌嬌和小魚兒為找「六壬神骰」夜探密室，卻被家丁發現。屠嬌嬌為找「六壬神骰」劫持小仙女，小魚兒為小仙女差點和屠嬌嬌翻臉。原來是江別鶴盜走「六壬神骰」嫁禍給慕容家，卻打不開其中的機關。劉喜為了修煉吸功大法，要江別鶴去抓七個純陽純陰的男女。江別鶴對劉喜隱瞞了「六壬神骰」的事。淑妃回慕容家省親，識破小仙女對小魚兒的心思。

鐵心蘭的掌傷已到危險時期，小魚兒在回江家的路上碰到蘇櫻，卻不相信鐵心蘭在客棧內，急匆匆去了江家。江別鶴將計就計將小魚兒騙入江家，蘇櫻及時趕來用火靈芝救了鐵心蘭。花無缺很擔心鐵心蘭，卻被邀月禁錮。憐星不忍看他傷心，偷偷將花無缺放掉，讓他去看望鐵心蘭，但之後必須及時回來。花無缺回到移花宮，接受憐星的要求忘記鐵心蘭。江玉鳳拉小魚兒去茶樓，正遇上前來找他的慕容仙。

江劉氏經常支使下人欺負玉燕，江別鶴一向不滿妻子，故對玉燕也生了點同情之心，答應教玉燕武功，但只是教她致命的三招，讓她在關鍵時候可以保命。小魚兒為救寒毒發作的小仙女，抱著她幫她取暖，讓小仙女有了誤會，但之後卻更加深了彼此的感情。小仙女將小魚兒帶回慕容家接受懲罰，但在淑妃的幫助下得到了慕容無敵的原諒。劉喜為了找會武功的至陰的女子吸其功力練功來到慕容家，與慕容無敵發生了沖突。

劉喜在慕容家囂張跋扈，目中無人，慕容無敵深夜去試探劉喜的武功，險遭劉喜毒手，幸得淑妃出手相救。劉喜弄權，陷害賢臣，淑妃想勸皇上卻無能為力。小仙女跟著小魚兒去紅葉山莊，途中被東廠擄走，關進死亡塔。小魚兒找到紅葉先生，打探出死亡塔的消息，前去救小仙女，卻被機關所困。

小仙女被困水池，小魚兒在死亡塔中誤打誤撞遇到失蹤的鐵如雲，鐵如雲道破劉喜捉了五名修習純陽內功的高手，是為了修煉吸功大法的最後一層，並且告訴小魚兒，武林中很多高手因被劉喜握有把柄為他驅使，自己被注入「迷魂湯」。江劉氏不但縱容下人欺負玉燕，還逼玉燕親手毀了母親的靈牌，玉燕恨極。鐵心蘭依然在江府休養，與江玉燕感情增進，原來江玉燕懂音律，會吹蕭。死亡塔內，小魚兒和鐵如雲合力打破了牆，巧遇小仙女，恍如隔世。鐵心蘭和惡通天來找小魚兒，鐵心蘭父女終於重逢，此時劉喜率眾追來，打斗中鐵如雲中了毒掌，要鐵心蘭與小魚兒等先走。

小魚兒和小仙女成功逃出，可是鐵如雲中毒液未能逃出。回到江府，鐵心蘭一見那幅地圖，便昏倒了，原來此乃鐵如雲的筆跡。小仙女與小魚兒回慕容家求父親幫手，慕容無敵不喜小魚兒，小仙女卻維護。鐵心蘭四出找各門派幫助對付劉喜。劉喜得知小魚兒救走小仙女，斥責談天說地。劉喜與太子微服出巡，劉喜誘導太子追求小仙女，引致小魚兒與太子起了沖突，甚至打斗。慕容無敵要捉小魚兒上殿，小仙女卻維護他。後來太子死了，劉喜乘機誣害小魚兒和慕容家。

劉喜誣告慕容家造反，當場殺了慕容中、慕容正，小魚兒救走小仙女，但慕容無敵卻被捕。慕容無敵被判抄家、處死，淑妃貶為庶民，小仙女被通緝。小魚兒、小仙女和慕容淑劫法場，欲救慕容無敵，卻發現是劉喜設的假局。南海神尼出現，犧牲自己以救眾人，力戰劉喜，終被對方吸功致重傷，而劉喜亦受了傷未能追捕眾人。

眾人帶著重傷的南海神尼逃去，神尼臨死前告訴眾人，劉喜要在七星連珠之日，以「吸功大法」吸五陽二陰來練神功之陰謀，眾人恍然大悟。神尼死了，慕容淑與玉鳳十分傷心，運師父屍體回南海安葬，小魚兒和小仙女則逃回江府暫時棲身。小魚兒與小仙女翌日發現慕容無敵屍體高掛於城牆，小仙女悲慟不已，痛不欲生。劉喜帶人馬到江府拿人，小魚兒與小仙女從後門逃走，後來混入一個雜技團之中，竟重遇惡通天。

小魚兒和小仙女暫投靠雜技團以藏身，避開劉喜耳目。雜技團生活艱苦，小仙女喪父心痛，小魚兒想盡辦法開解、鼓勵她，二人感情大進。巫手巫腳發現二人，欲殺之，慕容淑現身救出二人。

小魚兒三人自動找上門想借機刺殺劉喜，反中了劉喜的奸計被擒。七星連珠之日，眼看劉喜已經吸了五陽一陰，正要吸最後一個小仙女的武功。花無缺突然現身，成功救了小仙女和小魚兒，可是小仙女已被吸了九成的武功，急劇衰老，不久人世。眾人無奈暫到江家落腳，小魚兒四處尋找蘇櫻來救小仙女。蘇櫻心系小魚兒，躊躇要不要現身，經過母親一番開導，豁然開朗。蘇櫻看過小仙女也束手無策，回天乏力。

蘇櫻以曇花毒讓小仙女恢復一天的青春，小仙女與小魚兒成親，珍惜生命最後一天，翌晨在小魚兒懷中死去。劉喜回宮，計劃對付移花宮。花無缺和鐵心蘭在街邊小吃鋪遭江別鶴暗算，花無缺中毒目不能視，在江玉鳳的幫助下二人奮力逃脫。鐵心蘭帶花無缺回到移花宮，以死求得邀月、憐星救花無缺。花無缺知道後痛不欲生，想自盡被邀月制止。

小魚兒得知鐵心蘭之死，大罵花無缺。小魚兒自暴自棄，終日借酒澆愁，想要一死以求解脫，闖入「毒王群英會」自願試毒。小魚兒服下眾家獨門巨毒，蘇櫻突然出現，成功解去小魚兒身上之毒，奪得「毒王之王」稱號。五毒老祖不忿，以「彩虹七色瘴」毒害小魚兒。蘇櫻想給小魚兒解毒，但小魚兒一心求死拒絕而去。

蘇櫻路遇歹人，幸得小魚兒所救。經過蘇櫻勸解，小魚兒終於振作，不再尋死。蘇櫻開了排毒藥方給小魚兒，卻被糊裡糊涂的惡通天放錯了藥引。五天過去了，小魚兒中的毒卻仍然沒有好轉，蘇櫻只好帶小魚兒向母親求醫。可惜連蘇櫻的母親蘇如是亦無法解「彩虹七色瘴」的毒，只能以「神奇種子」暫時續其命。蘇如是說，世上只有鬼醫常百草能救小魚兒。蘇櫻與小魚兒遂往惡人谷，向常百草求醫，但常百草一見「神奇種子」，便拒絕救他……

原來常百草與蘇如是曾有過節，二人立誓不會接手對方醫治過的病人。常百草靈光一閃，想到以小魚兒之毒攻燕南天之毒，或可同時救活二人。蘇櫻為常百草找個借口，勸常百草醫治燕南天。常百草終於答應，結果真的成功同時救活小魚兒和燕南天，但燕南天卻失憶了。常百草突然發現蘇櫻可能是自己的親生女兒，決定幫燕南天恢復記憶後跟蘇櫻一起回去找蘇如是。五大惡人甚喜歡蘇櫻，亦知道蘇櫻對小魚兒有意，於是設計迫小魚兒跟蘇櫻成親。

小魚兒答應娶蘇櫻，但又對小仙女未能忘懷，心情十分矛盾。蘇櫻對小魚兒說，她不要一絲的施舍和勉強，隨即離去。燕南天突然狂性大發，逼問四大惡人自己的身世，於是他們騙燕南天去京城找劉喜。小魚兒得知後決定去找燕南天，常百草也要離去找蘇氏母女，小魚兒說服四大惡人與自己同赴京城。在京城，眾人遇到神智混亂的燕南天，趕在劉喜帶人來之前離去。

劉喜令江別鶴和紅葉去查瘋漢的底細。江別鶴想起此人很可能是燕南天。紅葉找江別鶴聯手對付劉喜。小魚兒一行找到蘇如是家，蘇如是一見常百草卻大發脾氣，經過小魚兒一番勸解兩人終於言歸於好。劉喜從紅葉處得知燕南天的下落，派精銳部下前往。其實是紅葉有心令劉喜離開京城，好設計迷惑當朝皇上。

紅葉設計，先下藥令皇上得了不眠症，再令皇上相信江玉鳳是他的守護女神。江別鶴軟硬兼施要玉鳳進宮為妃，玉鳳想著小魚兒，黯然神傷。劉喜到毒王谷抓燕南天，眾人不敵，五大惡人被他重傷，危急下蘇如是帶大家跳入浮沙池，原來這是她提前准備好的秘洞。惡通天出洞找水，結果被劉喜所殺。江玉燕偶然想到胡曲可能是開啟「六壬神骰」的鑰匙，可仍然沒能打開「六壬神骰」。經過一番琢磨，玉燕打開了「六壬神骰」。江別鶴喜不自勝，馬上開始修煉其中的神功，不料卻走火入魔體內生出劇毒，命在旦夕。

江別鶴找紅葉問詢解毒方法，紅葉告訴他，想活命，須將毒素轉嫁給他的血親。江別鶴為了保命，將毒素轉嫁給玉燕，玉燕容顏盡毀。正當玉燕痛苦萬分，恰遇蘇櫻，蘇櫻給玉燕解了毒。皇上封玉鳳為妃，玉鳳為了家人答應入宮。玉燕巧言騙玉鳳到荒郊野外，偷襲殺死了玉鳳。蘇櫻回到家，只趕上見父親最後一面。玉燕謊稱玉鳳離家，向江別鶴建議由自己代替入宮。關外，一個游牧部落意外救了毒發倒地的花無缺。

塔卡公主的比武招親大會上，無缺出手並獲勝，但對公主表示只為報恩不能娶公主。塔卡公主為了昆侖百姓的生活，決定去中原請求皇帝減輕歲貢，在眾人的請求下，無缺答應陪同公主同赴中原。玉燕回家歸寧，江別鶴戳穿她殺死玉鳳的事實。玉燕仗著皇上的寵愛，將江別鶴趕到西陲邊疆。玉燕夜訪紅葉，要他聯手對付劉喜，紅葉建議引小魚兒對付劉喜，坐收漁翁之利。玉燕來到毒王谷，假借感謝蘇櫻，極力說服小魚兒進宮。

小魚兒與蘇櫻隨玉燕進了宮。小魚兒不但設計戲弄了劉喜一番，還偷了他的「寶貝」以威脅他。昆侖部落來朝，提出三個難題，要求若是無人能解，便減半他們的歲貢。小魚兒解了第一題，約定翌日再比。小魚兒想不透無缺為何成了昆侖駙馬，無缺也不解小魚兒為何與玉燕同在宮中。第二天比試小魚兒再勝。

小魚兒連勝三場，皇上龍心大悅。塔卡自覺無顏回去見昆侖百姓，想服毒自盡，被無缺阻止。小魚兒向皇上進言減輕昆侖的歲貢，劉喜卻諸多干涉。為了幫助花無缺，玉燕向蘇櫻求得一種奇藥，假裝懷孕，連劉喜也識不破。皇上得知玉燕有喜，對她更是專寵。劉喜找紅葉打探消息，他前腳走，紅葉即向玉燕匯報。玉燕稱夢見神仙警示，要皇上減輕昆侖的賦稅，皇上應允。

劉喜派人搜集玉燕與無缺私相授受的證據，想以此對付她。玉燕先下手為強，假裝示好邀請劉喜和麗妃一同吃點心，服毒陷害麗妃，龍顏大怒。紅葉告訴劉喜，世上有一種奇藥能令女子有假喜脈，但服了此藥每月必有一天假喜脈會消失。劉喜正要對玉燕下手，小魚兒和無缺等人出現，玉燕故意被劉喜挾持助他逃走。無缺答應留下，塔卡獨自回昆侖。

玉燕扮成心蘭向無缺表白，被無缺拒絕。蘇櫻苦心研究治愈燕南天失憶症的方法，向玉燕借寶石利用光線折射刺激燕南天。燕南天想起片斷，前往移花宮找邀月為義弟報仇，小魚兒和無缺緊隨其後。移花宮內，燕南天、小魚兒、無缺三人聯手仍不敵邀月。燕南天意外發現小魚兒和無缺是親兄弟，回憶起了所有前塵舊事。三人逃到心蘭絕命的懸崖處，前無去路。邀月發狂，憐星出手制住她，劉喜突然出現偷襲憐星，將二人帶回東廠。無缺在懸崖下發現心蘭竟未死，原來她被憐星所救。

小魚兒以為無缺已死，十分痛苦。此時無缺尋來，兩兄弟喜極相擁。正當眾人開心之際，遇到一位移花宮的小宮女，得知邀月和憐星出事，決定先回皇宮再做打算。玉燕要紅葉將江別鶴的秘密告訴小魚兒和無缺，再去給江別鶴通風報信。果然如玉燕所料，江別鶴來找她求救。玉燕奚落了江別鶴一番，獨自研究「六壬神骰」中的絕世神功。江別鶴為了修煉神功，自廢武功，成了廢人，才知自己被玉燕設計了。玉燕在眾人面前上演了一出大義滅親。

劉喜的吸功大法吸不了邀月的嫁衣神功和憐星的混元內力，只得先將二人囚禁。憐星告訴邀月心蘭沒死，勸邀月不要再執著於仇恨。玉燕練成嫁衣神功最高境界「移花接木」，到牢房吸取了邀月和憐星的功力。玉燕以神功威脅劉喜聽從於自己。

無缺去救邀月憐星遲遲未歸，心蘭突然臨盆。聽聞無缺遇險，小魚兒趕去相救，卻中了調虎離山計。玉燕授意產婆抱回心蘭的孩子，當成是自己誕下的皇子，騙心蘭說孩子夭折。小魚兒回來，蘇櫻呆呆傻傻，心蘭心痛欲絕。無缺安置好邀月憐星，回來才知道發生了這麼多事。

玉燕令劉喜殺了知道真相的太醫和產婆。心蘭思子過度，日漸憔悴。太醫診斷蘇櫻腦部受了重擊，得了失心瘋。無缺回移花宮看望兩位師父，卻看到一群所謂的武林正派正要殺死邀月憐星，無缺忍受侮辱和打罵救下師父。玉燕對心蘭說出一切真相，殺了心蘭並偽裝成她自殺。小魚兒帶蘇櫻找蘇如是求醫，可蘇如是也束手無策。在小魚兒的精心照料和終日陪伴下，蘇櫻終於恢復了記憶。這時劉喜殺來，重傷蘇如是。

蘇如是重傷不治，臨死前小魚兒答應她照顧蘇櫻一生一世。劉喜追來，小魚兒用機關擋住劉喜，帶著蘇櫻逃走。玉燕鼓動皇上立皇子為太子，越發不可一世。玉燕找回受傷昏迷的無缺，無缺醒來，卻終日以酒澆愁，渾渾噩噩。江玉燕的野心越來越大，她使皇上昏迷不醒，企圖弒君奪位。

玉燕妄想害死皇上，自己做女皇，跟無缺雙宿雙飛。無缺憤然揭穿她心狠手辣的真面目。玉燕說出皇子就是無缺和心蘭的兒子。眾人趕來皇宮救無缺，卻不敵玉燕的「移花接木」神功，燕南天更被玉燕吸去內力重傷而亡。小魚兒、無缺、蘇櫻三人苦思對付玉燕的方法，小魚兒想出一招同歸於盡。在小魚兒和無缺的逼問下，蘇櫻說出有一種「毒王聖水」，服下再誘玉燕吸去內力，可致她於死地。在去拿藥引「午夜魔蘭」時，蘇櫻不慎被它咬傷中毒。蘇櫻配制好「毒王聖水」之後，毒發而死。小魚兒再次失去所愛，錐心之痛令他崩潰。

無缺和小魚兒抽簽決定誰前去找玉燕同歸於盡，無缺抽中。喝臨別酒時，小魚兒用麻沸散令無缺不能動彈，自己前往。小魚兒誘玉燕吸了自己劇毒內力，無缺及時趕來，終於殺死了她。這時小魚兒已經奄奄一息。花無缺在小魚兒的天顱穴上刺了一針，為了可以讓他活下來。六年過去了小魚兒沒有死但是卻和小仙女臨死時一樣就像個植物人不會說話不會動，花無缺每天都陪著他和他說話，直到有一天下了一陣雨出現了彩虹，奇跡出現了小魚兒醒了他們兄弟兩激動的抱在一起。