Met de terugkeer van Jenna op Rosewood, worden de meisjes geconfronteerd met een pijnlijk verleden. Er worden vragen gesteld over Alisons dood.

Aria vergeet haar telefoon in Ezra's appartement, en nadat hij een bericht van "A" leest besluit hij het uit te maken met haar in plaats van risico te nemen. Emily verbergt haar vriendschap met Toby omdat de meiden hem niet vertrouwen, wat hem kwetst. Hanna neemt een baantje bij de tandartskliniek en ziet Jenna met dezelfde lippenstift als op haar spiegel. Aria's gezin lijdt intussen onder het uitkomen van Byrons affaire.

Hanna komt erachter wat haar moeder heeft gedaan. Mona geeft een surpriseparty bij Hanna thuis en "A" weet op de één of andere manier Ashley's gestolen geld mee te nemen. Noel chanteert Ezra met zijn relatie met Aria en probeert zo hogere cijfers te krijgen. Jenna vertelt aan Toby dat zij de politie had gebeld om hem dicht bij haar te houden. Maya komt eten bij Emily thuis, maar haar moeder worstelt nog steeds met de situatie. Lucas was degene die de herdenkingsplek van Alison heeft vernield.

Garrett, de vroegere buurjongen van Emily, werkt nu bij de politie. De spotlights staan op de Pretty Little Liars en de politie heeft heel wat vragen; vooral aan Spencer die Ian van de moord op Ali beschuldigt. Spencer komt erachter dat Jenna kamer 214 heeft in het motel waar ze Toby heeft afgezet. Toby en Spencer glippen de kamer binnen om te kijken wat er in de zak zat die Ian aan Jenna gaf. Paige haalt Emily over om karaoke te zingen. Hanna's moeder gooit Caleb eruit maar vraagt hem even later zelf om terug te komen en in de logeerkamer te slapen. Aria vertelt Ezra over de avond dat Jenna blind werd. Toby en Spencer zoenen, en Hanna en Caleb hebben seks.

Caleb is met behulp van Lucas teruggekomen voor Hanna, maar zij stuurt hem weer weg. Wel confronteert ze Mona met het weggooien van Calebs brief, maar vertrekt wanneer ze ziet dat Mona en Noel Kahn daten. Aria en Ezra gaan door een dal wanneer hij toegeeft dat hij nog verliefd was op Jackie. Wanneer Aria zijn appartement verlaat krijgt ze een sms van "A" met een foto van Ezra's interieur en de vraag: "Wat mist er?" De meisjes moeten naar een psychologe, Dr. Sullivan, maar hebben er niet veel zin in. Juist als ze het verhaal van "A" willen vertellen zien ze dat "A" daar het missende item van Ezra heeft gelegd en durven ze niet meer. Dr. Sullivan adviseert hun ouders dat de meiden elkaar voorlopig even niet moeten zien. Spencer en Melissa leggen voorlopig hun geschillen bij, en Spencer komt erachter dat Melissa nog contact met Ian heeft. Hij leeft dus nog. "A" komt op huisbezoek bij Emily en wist haar harde schijf.

Aria's broer Mike was degene die uit de huizen in Rosewood stal; hij wordt betrapt wanneer hij bij Jason inbreekt. Samara redt Emily's hachje als haar moeder doordrijft over de Danby-situatie. Wanneer Spencer bij Melissa is, gaat Ians telefoon af in haar tas, waardoor het lijkt alsof Spencer Melissa smste als Ian. De meisjes krijgen door dat Ian is vermoord door "A" en geen zelfmoord heeft gepleegd. Emily ontmoet Logan, de jongen die namens Ian de 10.000 dollar bracht. Hij zegt dat hij Ian nooit heeft gesproken en dat hij zijn opdracht telefonisch van een vrouw kreeg. Aria weet niet goed of ze er klaar voor is om haar relatie met Ezra openbaar te maken, wat nu kan omdat hij op een andere school werkt. Op Ian's begrafenis vertelt Jason aan Aria dat hij dacht dat hij Alison zelf had vermoord, omdat hij zich niets herinnerde van die nacht, en wakker werd met een briefje waarop stond: "Ik weet wat je gedaan hebt." Na de begrafenis worden de Liars door "A" naar Ali's graf geleid, waar het filmpje afgespeeld wordt van Alison en Ian, maar met het vervolg erachteraan: Alison staat op na de vermoedelijke wurging en is dus niet vermoord door Ian.

Spencers vader is ongewoon gespannen over Jasons terugkeer en maakt ruzie over hem aan de telefoon met iemand. Hanna en Caleb groeien weer dichter naar elkaar toe. De moeder van Alison organiseert een modeshow en geeft de meiden daarvoor enkele jurken die van Alison waren. Tijdens de modeshow willen ze een herdenkingsmoment inlassen maar dit verloopt niet zoals gepland; Alisons foto verandert in een duivel en de tekst "De bitch is dood" komt op het scherm. Spencer trekt alle stekkers eruit en iedereen is ontzet. Jason brengt Aria thuis en lijkt interesse voor haar te hebben. De meiden krijgen de boodschap van "A": "Mijn jurken, mijn spelletje, mijn regels."

Emily logeert bij Hanna terwijl haar moeder in Texas is. Aria's ouder geven een feestje waarbij Aria Ezra en Jason tegelijk om zich heen heeft. De avond wordt wreed verstoord als Mike wordt opgepakt wegens inbraak. Toby vindt een kapotte hockeystick in de tuin van de Hasting's die herinneringen oproept bij Spencer. Het voorwerp maakt haar vader duidelijk nerveus en hij gooit het in het vuur, zeggende dat het niks betekent. Ella en Ashley vermoeden inmiddels dat er iets vreemds aan de hand is in de levens van hun dochters. Aria vindt in Mikes kamer de theelichthouder van Jenna, maar Mike blijft volhouden dat hij die uit Garrett's appartement heeft gestolen en niet bij Jenna. Aria beseft dat ze agent Garrett niet mogen vertrouwen, maar het is te laat; Spencer zit naast hem in de auto en bekent dat ze denkt dat Ian niet Alison's moordenaar is. In de laatste scene spuit "A" steroïden in Emily's lotion.

De Liars besluiten dat de enige manier om Emily te redden is alles te vertellen aan Dr. Sullivan. Ze hebben een gezamenlijke sessie waarin ze haar alles vertellen over "A". Spencer's vader is op een vreemde manier betrokken bij de DiLaurentis familie. Kate neemt wraak op Hanna en Emily maakt een afspraak met Maya. Dr. Sullivan bladert door haar mappen en beseft plotseling wie "A" is. Ze belt de Liars en zegt dat ze langs moeten komen, maar tegen de tijd dat ze er zijn is zij zelf spoorloos verdwenen en is er alleen een bericht van "A": "De dokter is er niet."

De Liars krijgen elk een taak van "A" om Dr. Sullivan te redden. Aria moet Jackie uit Rosewood krijgen door te bewijzen dat ze plagiaat heeft gepleegd, Spencer moet het uitmaken met Toby om hem tegen "A" te beschermen, Hanna moet haar vaders bruiloft stoppen door Isabel te vertellen over de kortstondige affaire van haar ouders en Emily moet "A" volgen waardoor ze eindigt in een gesloten garage met een auto waarvan de motor aan staat. Ze raakt bewusteloos en droomt over Ali. Ze vraagt haar wie "A" is, maar Alison zegt: "Twee kunnen pas een geheim bewaren wanneer één van hen dood is." Ze wordt door "A" uit de garage gesleurd en buiten neergelegd waar haar vriendinnen haar vinden. Naast haar ligt een schop met aanwijzingen naar Dr. Sullivan's locatie in het bos. Ze denken dat ze levend begraven is en beginnen verwoed te graven, maar vinden alleen Dr. Sullivan's laarzen. Dan zijn ze omsingeld door de politie en worden naar het bureau gebracht. Detective Wilden is terug en ondervraagt de Liars terwijl hij hen beschuldigt van moord. Jenna en Garrett blijken degenen te zijn die het briefje voor Jason schreven de nacht dat Alison verdween, en Garrett heeft de missende pagina van Ali's autopsierapport; hij geeft deze aan Jenna om te verbranden. We zien Dr. Sullivan aan een tafel in een restaurant zitten tegenover "A" terwijl ze zegt: "Ik heb alles gedaan wat je me gevraagd hebt", en met een walgend gezicht een envelop van "A" aanneemt.

Calebs laptop wordt in beslag genomen op verdenking van stelen van schoolbestanden na een anoniem telefoontje naar de politie. Aria's vader krijgt een brief van "A" waar de locatie van de volgende date tussen Aria en Ezra op staat. Aria komt te weten dat Holden een hartprobleem heeft maar ondertussen een gevechtssport beoefent, wat zijn ouders niet mogen weten. Jason vertelt Spencer dat hij nog een doos van Alison heeft gevonden met liefdesbrieven van Spencers vader naar Jasons moeder, en 15.000 dollar. Spencer denkt dat Ali het geld heeft verkregen door haar vader te chanteren. Intussen hebben de Liars contact met iemand die informatie heeft over Vivian Darkwood en vertelt dat hij voor haar te weten is gekomen wie haar anonieme berichten stuurde. Voor hij de meiden vertelt wie het is wil hij eerst 2000 dollar. Wilden vindt een foto van Emily, Spencer en Hanna in zusteruniform bij het mortuarium en verdenkt hen van het stelen van de missende autopsiepagina. Spencers vader vertelt haar over de affaire die hij had, maar ontkent ooit geld aan Alison of een andere DiLaurentis te hebben gegeven. Hanna weet net op tijd bestanden van Calebs computer te verwijderen die "A" geplant heeft, voordat Wilden en Garrett ze zien.

Er wordt een vader-dochter bal georganiseerd op Rosewood High, wat lastig is voor Aria aangezien ze op gespannen voet staat met haar vader. Emily komt er met hulp van haar vader achter dat Maya een ticket naar San Fransisco heeft gekocht maar niet op de trein gestapt is. Ashley krijgt verrassende hulp van Wilden wanneer ze wil weten wie Hanna lastigvalt. Melissa vertelt Spencer dat Garrett haar en Ian hielp, en dat zij zelf smsjes naar Alison heeft gestuurd, waarin ze haar waarschuwde van Ian af te blijven. De Liars vermoeden dat Melissa "A" is. Hanna gooit haar telefoon in het water om te voorkomen dat haar moeder achter "A" komt, en Spencers vader blijkt 15.000 dollar voor een privédetective betaald te hebben om Alison te vinden. Hij was bang dat Melissa anders de schuld van haar verdwijning zou krijgen, aangezien ze Alison bedreigde. Ook komt Peter (Spencers vader) erachter dat zijn pistool is verdwenen. (Twee afleveringen eerder gestolen door "A").

Een nieuwe tip zou de meisjes kunnen misleiden. Emily krijgt nog een flashback van “die nacht”, wat tot een verrassende verdachte leidt. Aria vindt Ezra’s nieuwe inkomen verdacht.

Terwijl de Liars antwoorden zoeken wat betreft Alison en hun levens van het afgelopen jaar proberen uit te vogelen, komt er een donkere kant van Ezra aan het licht.

Als Hanna vertelt dat ze het dagboek van Ali heeft, hopen de meiden dat dat iets duidelijk maakt. Maar zullen Aria, Emily, Hanna en Spencer bekennen welk verhaal over hen gaat?

Shana zegt dat Ali Emily wil ontmoeten – en niet de andere meiden – maar kan dit deel uitmaken van een plan van "A"? Aria en Hanna hebben te maken met gevoelige kwesties.

Aria probeert Ezra's bedrog te verwerken, terwijl Spencer de gevolgen van haar verslaving onder ogen moet zien. Ondertussen heeft Paige genoeg van Emily's geheimen.

Aria, Emily, Hanna en Spencer krijgen eindelijk meer duidelijkheid over de nacht dat Ali verdween. Kunnen ze er nu Ali's geheimen eindelijk bekend zijn, achter komen wie "A" is?

In de première van het vijfde seizoen zijn de Liars druk met de nasleep van de onthullingen van Alison en het neerschieten van Ezra. Ze realiseren zich dat "A" dichterbij is dan ooit.

Alison worstelt met de dood van haar moeder terwijl de Liars haar nieuwe leugen proberen te doorgronden en hun sporen proberen te verbergen. Hanna onderzoekt wie ze nou werkelijk is.

De meiden blijven de druk op school en van Ali voelen die opnieuw leider van de groep wil worden. Mona maakt een plan voor Ali's terugkeer naar Rosewood High.

Alison is geschrokken van het laatste Rosewood ‘ongeluk’ en vraagt zich af of ze wel terug had moeten komen. Caleb heeft ook twijfels over zijn terugkeer.

Drie maanden zijn voorbij en Mona’s vrienden en familie rouwen nog steeds terwijl ze naar bewijs zoeken dat Alison Mona heeft gedood. Emily en Paige staan voor een keuze.

In de seizoensfinale speelt ‘A’ een spelletje met Aria, Emily, Hanna en Spencer; en ‘zij’ hebben nog iets groters voor de meiden gepland. Kunnen de Liars deze plAydate overleven?

Na de recente gebeurtenissen nemen de vrienden de dreigingen ernstiger en zijn ze voorzichtiger. Caleb moet de gevolgen van zijn daden onder ogen zien.

Het leven van de Liars staat op het spel en ze zetten hun plan in actie. Spencer en Toby zoeken naar Sara Harvet en Caleb vecht om Hanna te beschermen.

Ali’s beurt in het spel dwingt haar om een enorme beslissing te nemen. Spencer praat met haar vader over de zonden uit zijn verleden. Hanna en Spencer ontdekken een schokkend geheim.

A.D. blijft Aria in zijn greep houden terwijl het onderzoek loopt. Ondertussen ontdekt Spencer iets vervelends over haar ouders, en Caleb geeft zijn intenties met Hanna prijs.