長白三禽聽聞「武林至尊，寶刀屠龍，號令天下，莫敢不從。」四句傳言，千辛萬苦從海沙派中偷出屠龍刀，以為從此可獨霸武林。誰料一直被海沙派跟蹤追殺，以毒鹽逼三禽交回寶刀。 三禽不敵之時，武當派弟子俞岱巖與張翠山仗義相救，將其中一禽救出，旋即遇上天鷹教殷野王與常金鵬襲擊，一輪混戰下三禽被害。屠龍刀輾轉落在岱、山手上，惟將寶刀交予師父張三處理。 岱巖上路途中，發現一隊元兵在拉壯丁，令其親人悲痛欲絕，路見不平將蒙古兵一網打盡，並以屠龍刀替漢人砍斷鐵鏈，發現其刀削鐵如泥，禁不住感訝異。 岱巖不虞有詐，被殷野王引至海中央後，以「蚊鬢針」所傷，逼他交出屠龍刀，終不敵被棄船上。殷素素頓起憐心，乘岱巖傷重未發前，令龍門鏢局都大錦將他押送回武當山，並沿途暗中保護。 張三丰九十大壽當日，武當六俠齊集到賀，惟岱巖仍未見影踪。翠山心知不妙，下山尋找其下落時，從都大鵬口中發現岱巖落在海沙派手中，令他更表焦慮。

當翠山找到岱巖時，發現他已奄奄一息，立將他抱回武當山向師父求助。後經三丰診斷後，懷疑岱巖被人以少林派上乘武功「大力金剛指」震斷全身經脈，遂勾起他連幕記憶。 原來三丰自幼被送入少林寺內，助覺遠大師看守經書。一日，郭襄童心未泯，在少林寺內大搖大擺亂撞亂碰，無意中與三丰結識，二人一見如故。後首座無色禪師認出她為郭靖與黃蓉愛女，立對她熱烈款待。 「崑崙三聖」何足道藉詞透露被偷「楞枷位」下落，在寺中故意搗亂。三丰一時衝動，以日常在藏經閣晒經書時，無意中吸收的「羅漢拳」運用出來，眾人露出難以置信神色。 天鳴禪師誤以為三丰私自偷學少林派武功，要將他手腳筋挑斷。郭襄義忿填胸，千辛萬苦與覺遠、丰離寺，覺遠亦因虛脫圓寂，而三丰從此隻身走入派山潛心修煉，繼而創立武當派。

翠山目睹三師兄傷重昏迷，內心心如刀割，下山尋找兇手。途中遇上漢民因水災鬧至民不聊生，而都大錦等則在 飲飽食醉，遂要鏢局中人將全部酬金獻出救濟災民。都大錦心深不忿，派人往少林求助。

張翠山明查暗訪兇手下落不果，重臨鏢局時，發現被人冒充身分，將龍門鏢局一夜之間滅門。少林派圓音、圓業趕至時，一口咬定翠山為兇手，令他一世英明一朝喪。 翠山滿腹疑團之時，偶然間結識了殷素素，從而揭發她自岱巖被劫走後，欲施計將他搶回，不慎被人施少林派「梅花鏢」所傷，一怒之下殺鏢局中人贖罪，並暗向少林派報仇。 翠山感素素雖處事過於心狠手辣，但內裡卻富正義感，不惜捨命救出岱巖，遂以內力替她迫出劇毒。終發現她為天鷹教中人，大感詫異之餘，二人卻已產生感情。 少林派圓音、圓業以為翠山枉殺其弟子，親到武當山找晦氣，並誣告武當派包庇罪犯。殷梨亭等以岱巖被少林派所傷，誤會其惡人先告狀，更火上加油。終得張三丰平息糾紛，保證秉公辦理。 素素等應邀參加「王盤山揚刀大會」，翠山亦乘機跟隨，欲在會中查出真兇。怎料到大會開始時，各派紛紛為爭取屠龍刀爾虞我詐，令場面混亂不堪。

當各門派欲施展看家本領爭奪屠龍刀時，金毛獅王突然出現，力指海沙派與巨鯨幫等惡行後，不分青紅皂白濫殺一番。翠山理直氣壯直斥其非，金毛獅王以「獅子吼」令各派中人失憶，並將山、素帶走，以防其向外洩露屠龍刀去向，只有天鷹派之白龜壽倖免於難。 崑崙派何太沖趕至現場時，發現各派弟子痴痴呆呆，對寶刀去向一無所知，大感疑惑。後發現翠山留下慣用兵器，以為是他持刀遠走高飛，連往武當山問罪，令武當弟子對翠山安危更表焦慮。 金毛獅王聲言要離開中原這是非之地，遠赴荒島清靜地鑽研屠龍刀秘密。原來金毛獅王年前因過於信任別人，被一最敬愛的人害至家破人亡，故欲求助於屠龍刀，以報此血海深仇。但聲言當找到刀中奧秘後，會將素、山置諸死地，令二人大為擔心。 何太沖等對尋回寶刀束手無策，從蛛絲馬跡發現寶刀被金毛獅王奪去，欲四處追尋白龜壽以圖查出下落，邊與崆峒派等爭相追尋。

翠山等人之船被狂風暴雨打沉，在海中漂流。金毛獅王狂性大發，素素乘機以毒針刺瞎其雙眼，與翠山逃出其魔掌。 怎料山、素無意中重遇金毛獅王，發現其傷重垂危，不理後果挽回其性命。金毛獅王見二人恩怨分明，大為感動，決將以往恩仇一筆勾銷。 各派等人遍尋白龜壽不獲，遂聯合少林派逼天鷹教。原來白龜壽冒死向天鷹教教主殷天正回報「揚刀大會」情況，殷天正見勢成騎虎，著白龜壽在眾人面前裝死，以示清白，並聲言愛女素素亦音訊全無，令眾人啞口無言。 山、素患難中互相扶持，漸生情愫，本應及早共諧連理，可是翠山固執成性，認為無師父之命而苟合，有損禮教，令素素大感氣結，後經金毛獅王從中撮合，二人有情人終成眷屬。

金毛獅王眼見山、素夫妻恩愛，樂也融融，一時有所感觸，狂性大發。當素素產下兒子時，金毛獅王恐自己失去理智，而令小生命無辜受害，遂強抑情緒，故意逃避與翠山夫婦見面。 原來當年金毛獅王為其子無忌擺滿月酒當晚，其師父成崑亦為座上客。當二人喝至酩酊大醉時，成崑乘幾分酒意將金妻污辱後，屠殺金家滅口而去。 金毛獅王大受刺激之餘，不惜到處假冒成崑濫殺無辜，以圖迫武林中人找出成崑下落，不果。後成崑欲藉少林空見大師借刀殺人殲滅金毛獅王，空見被獅王施計所傷，臨終知自己一直被成崑利用，勸金毛獅王勿只顧報復而殺生，應從屠龍刀中得到其真理後向成崑較量。 山、素對金毛獅王遭遇大表同情，頓消除對他的結蒂，決三人結義金蘭，並將其子改名為無忌，希望藉此繼承金毛獅王之卓絕武藝。 殷梨亭與峨嵋派紀曉芙相思多時，宋遠橋遂往向滅絕師太提親。怎料滅絕要曉芙在成親前，與師姐敏君追尋屠龍刀下落，曉芙不敢違命。

曉芙上路途中與敏君失散，無意中遇上楊逍，被他苦苦痴纏。後曉芙與元兵對抗受傷，被楊逍所救，迫於在楊家養傷，二人意亂情迷下發生關係，楊逍立允與曉芙成親，令她內心矛盾不堪。 正當曉芙立下決定跟隨楊逍時，發現他為魔教左使，頓晴天霹靂，認為正邪不兩立，暗中離開楊逍。但當她返回峨媚山後，雖輕易瞞過滅絕師太，卻遭敏君冷嘲熱諷，令她難受非常。 楊逍見明教自教主失蹤後，眾弟子各自為政，對教務一概不理，遂聯絡各人商量再選教主一事，但四大護法不甘受制於楊逍，堅拒參與選舉。楊逍惱羞成怒下與眾大打出手，不敵，眾投白眼而去。 遠橋為梨亭送聘禮上峨嵋山時，曉芙發現自己已懷楊逍骨肉，藉詞其母患急病，故意將婚事諸多推搪，下山藏身產下一女，取名楊不悔，交託五嬸代為照顧。

歲月如流，轉瞬間已過了八、九年。無忌一直接受雙親與義父的教誨，漸培育其正義與善惡分明的性格。素、山大表安慰之餘，感到返回中原之日越來越渺茫，對無忌前途大表憂慮。 這幾年來，武當弟子見翠山生死未卜，不斷輪流尋找其下落，而曉芙將梨亭婚事一再拖延，令他感情上受盡折磨。 其實曉芙多年來藉詞下山探母病，暗與愛女團聚，畢竟內心大受創傷。另一方面，梨亭感到婚事已無可再拖，要求滅絕師太確定婚期。曉芙心存內疚，立退回梨亭所贈定情信物，令他悲痛不已。 翠山為求返回中原，不惜自製一木筏。金毛獅王則欲長居島上練武，以死相迫張家三口離開，四人頓感依依不捨。 翠山一家經歷數十日艱苦漂流後，體力不支暈倒海上，幸被漁民救起，三人重獲新生。當無忌生活在漁民群中，一切生活習慣與前不同，令他大感新鮮。

殷野王因偏愛二娘美色而冷落了殷夫人，令殷離母女飽受欺凌。殷離內心不忿，終沉不住氣以匕首刺死二娘，殷野王一怒之下命人追殺殷離，慌亂中被金花婆婆救走。 各派中人一直以為天鷹派對「揚刀大會」之事有所隱瞞，合力跟蹤其弟子，迫其說出金毛獅王的下落。剛巧翠山三人趕至，欲挺身澄清當年誤會，並訛稱金毛獅王已被其夫婦二人殺死。 各派大表稱奇之時，無忌不甘義父無故被稱死去，大聲疾呼直斥其非。各派獲悉真相後，以為武當派串通魔教中人，以圖獨霸屠龍刀，令翠山含冤莫白。蓮舟為息事寧人，向眾人保證，對此事是非曲直有待調查，三月後擇日有所交代。 殷天正獲悉翠山知道金毛獅王下落，逼他說出。翠山為存道義，寧死不肯透露。殷天正頓對其硬朗性格大為賞識，極力要求他加入天鷹教，奈何翠山身為武當弟子，令他大為失望。

翠山等上武當山途中，成為眾矢之的，先後被丐幫與峨媚派弟子襲擊，迫其透露金毛獅王下落，原來滅絕師太俗家姓方，其兄方詳向隱居河南，與世無爭，不料被金毛獅王冒充成崑無辜殺死，令她悲忿難平，誓死向金毛獅王報仇。

翠山不慎被鶴筆翁搶去無忌，迫他道出金毛獅王下落。幸無忌不畏威迫，寧受皮肉之苦堅持不肯就範，令鶴筆翁無法可施。 素、山幾番遭受襲擊，幸遇上張松溪與殷梨亭相救，數人久別重逢仿如隔世。另一方面，素素雖然被眾武當弟子欣然接受而暗喜，但畢竟惦念愛子，令她忐忑不安。 翠山眼見岱巖多年來雖保性命，但卻變成終身殘廢， 禁不住內心悲痛。 三大鏢局頭目結隊上武當，為龍門鏢局滅門一事雪冤。正當兩派鬥得難分難解之際，張松溪陳述當年有恩於三派，致令其免遭滅門之禍，三派頭目知難而退。 張三丰百歲大壽之日，各大派借拜壽為名，暗藏兵器乘機刺探有關金毛獅王消息。少林派空聞更藉當年兩弟子被枉殺之事，迫張三丰交出翠山。 張松溪內心不忿，反指岱巖當年被少林派「金剛指」所傷，並力指少林派中具有空聞等三僧達此登峯造極境界，眾人大表擾攘。

武當弟子驚聞岱巖被少林上乘武功所害，合力圍攻空聞等三少林神僧復仇，可惜技不如人，欲臨時著岱巖向素素口述武功口訣，擺出「真武七截陣」對抗少林僧。 怎料當岱巖見到素素時，即觸起當年被害回憶。素素自知罪孽深重，坦言承認當年曾暗以「蚊鬚針」傷岱巖，要翠山成全她一死以謝武當。翠山礙於夫妻情重，當眾羞愧自盡。 當素素為其失之死呼天搶地之時，鶴筆翁脅持無忌而至。素素故意在空聞耳邊喃喃細語，令各派以為她向其洩露金毛獅王下落後，忍痛遺下無忌自盡身亡。 張三丰發現無忌慘中險毒無比的「玄冥神掌」，欲聯合武當弟子輪流替其吸出體內寒毒，可惜他已劇毒攻心，除非靠無忌自己修練「九陽真經」所載內功，始能將寒毒盡清。 三丰知道「九陽真經」早已失傳，幸其師父覺遠大師圓寂前，將經文唸予峨媚派郭襄、少林無色大師與他聽，變成各派得到其一部份，於是求滅絕師太借出其中部份，但滅絕師太堅拒交出，令三丰大失失望。 三丰救徒孫心切，不惜親赴少林寺，願將其所學經文告之，以圖雙方參悟補足。空聞聲稱三丰為少林叛徒，拒將武功傳予無忌。後經圓真苦苦哀求，空聞頓回心轉意，允許無忌留下，親自以「九陽真經」替他療傷。 少林一和尚乘空聞等外出時，以武力逼無忌道出金毛獅王下落，無忌寧死不屈，被三丰撞至，以為空聞串同弟子存心不軌，立帶無忌拂袖而去。 梨亭多年來對曉芙餘情末了，對其無故退婚之事耿耿於懷，苦纏她道出真正原因，但曉芙既有難言之隱，內心苦不堪言。

明教常遇春自主人周子旺在袁州起義被斬首後，一直護送少主南下，途中遇上蒙古兵追殺，連累艇家家破人亡，遺下一少女周芷若，遂帶她一起逃亡。後少主不幸被害，終得三丰相救，但遇春卻身受「截心掌」重傷。 常遇春眼見無忌中毒太深，勸三丰讓他向「神醫」胡青牛求醫，但因神醫脾氣古怪，遇春寧獨白揹著無忌上山，將芷若交託給三丰收養。 常遇春帶無忌上蝴蝶谷時，青牛堅持非明教中人，一概不救。常遇春頓心急如焚，寧以己命交換，令青牛大為感動，立「以熱攻寒」替無忌療傷。 無忌見遇春傷重危在旦夕，懇求青牛救命，青牛以激將法引無忌參考醫書，胡裡胡塗下替遇春逼出瘀血。 滅絕師太見各門派自翠山夫婦死去後，對追尋屠龍刀之事冷落下來，遂派曉芙與敏君再度下山打探白龜壽動靜。剛巧曉芙接獲不悔患病消息，令她進退兩難。 梨亭心深不忿，在峨媚山下苦候曉芙，剛巧遇上楊逍，二人同病相憐，激情下互訴被情所困心聲。後曉芙至，梨亭頓發現楊逍為奪愛之人，當眾發狂向楊逍拳打腳踢。 無忌傷勢漸好，武當眾人聞訊大表快慰之餘，獲悉青牛要待他完全康復後將他置諸死地。殷天正聞訊大為焦急，勸青牛收回成命。 敏君發覺曉芙神色有異，暗中跟踪她至不悔家，頓恍然大悟。剛巧白龜壽現身，身陷二人圍困，彭玉瑩趕至相助。敏君乘機要脅曉芙殺死彭玉瑩，白龜壽果以性命護友。敏君襲擊不成，立回向滅絕告狀。滅絕大發雷霆之下，決下山找尋曉芙清理門戶。

事隔多年，無忌已長大成人，不斷鑽研醫術，略通醫道。他一直以溫泉水療傷，時好時壞，但內心卻恐自己完全康復後，會遭青牛所殺。 年前金花婆婆與夫銀葉先生身中劇毒，向青牛求醫，但青牛堅拒醫治。後銀葉先生毒發身亡，金花欲向青牛找晦氣，故意將曉芙、崆峒派簡捷與華山派薛公遠等擊傷，要數人向青牛試探。 怎料當事人至胡家時，發現青牛藉詞患上天花，拒接見來客，更對眾人生死置諸不理。 無忌不忍曉芙等飽受劇毒痛苦，不惜自配解藥予眾人服用，眾人反見中毒更深，無忌以為自己醫術不靈，內疚不堪。 原來當年青牛本有妻，為用毒勝手「毒仙」王難姑，每每向人下毒後被青牛醫好，難姑一怒之下離開蝴蝶谷，青牛以後決意非明教中人不救。 金花婆婆施詭計後，令難姑念夫心切，不惜重回蝴蝶谷向青牛報訊，但劣性難改，不禁向曉芙等下毒，被無忌及時阻止，反遭曉芙打傷，令無忌啼笑皆非。 難姑知道青牛故意與她作對，將曉芙等病勢治療，一怒之下吃下劇毒。青牛愛妻心切，自知對此劇毒無能為力，寧自盡以伴愛妻於黃泉。

難姑眼見青牛為愛輕生，感動不已，坦言原只為試探其夫之情，頓後悔不已，著無忌餵以解藥。金花婆婆趕至，以為「醫仙」夫婦殉情，不顧而去。青牛為感謝無忌救命之恩，特將畢生所學傳予他，從此埋名歸隱。 金花婆婆重臨胡家試探青牛之死虛實，遇上無忌，以武逼他歸順其門下，無忌寧死不屈。後滅絕師太撞至，不值她恃強凌弱，立以「倚天劍」示威，金花不敵而去。 滅絕千辛萬苦找到曉芙下落後，要她殺楊逍以贖罪孽，始能將峨嵋掌門之位傳予她，芙寧死不從，遭滅絕所殺。曉芙臨死前將不悔託予無忌，囑他代送上崑崙山楊逍手上。

忌、悔上路時，遇上青牛夫婦被金花施毒手，遺下「毒經」一本，無忌悲痛之餘，拾回毒經以作紀念。後遇上飢荒，簡捷、薛公遠要生劏二人作食糧，幸明教朱元璋等及時相救，二人終得脫險。 當忌、悔抵崑崙山時，掌門何太沖因其妻王姑被毒蛇咬傷，以為山上名醫不力，要將其治罪。無忌挺身替其療傷，令何太沖欽佩不已。

何太沖發現無忌為翠山之子後，決將他禁錮，逼他說出金毛獅王下落，無忌不懼其威，守口如瓶。後楊逍突出現解圍，無忌頓放下心頭大石，將不悔交予其手上。楊逍對無忌大恩大德十分感激，伺機報答。

無忌離開崑崙山後，漫無目的四處流浪，在路上遇上朱九真，被其惡犬咬傷，迫於在朱家養傷。 無忌自邂逅九真後，被其嬌媚氣質所吸引，初嘗男女情滋味。但九真及其表哥衛璧等嫌他身份卑微，將他戲弄毆打一番，朱長齡睹狀大表忿怒，要九真替他悉心療傷。

無忌從九真口中，得知年前長齡一家被仇家逼殺，幸得翠山仗義相救，將敵人擊退，朱家一直對其大恩念念不忘。無忌為免被誤以為冒充沾恩，絕口不提自己真正身份。

其實長齡早已看穿無忌身份，故意派武烈假扮金毛獅王，試探無忌虛實，無忌不虞有詐，當眾拆穿真相後，眼見長齡捨身護己，遂放心向他道出金毛獅王下落。 無忌發現九真近日無故對他噓寒問暖，令他快慰非常。後無意中發現九真與表哥衛壁幽會，頓明白到長齡與武烈等處處積慮佈下詭計，令他晴天霹靂，一怒之下不辭而別。 當長齡四出找到無忌踪跡時，無忌幾番掙扎，二人雙雙墮下懸崖，二人有驚無驗。後無忌亂闖亂撞走入「挑源洞」內，被其明媚景色所吸引，而長齡則困在洞外死守。 無忌在洞裡遇上一隻白猿，發現其肚上附有一套「九陽真經」，有絕處逢生之感，決意留在洞內修練武功。 常遇春重臨胡家，發現青牛夫婦己死去，恐事出有因，立向武當派回報。岱巖等驚聞無忌音訊全無，對其性命安危大表憂慮。

何太沖發現魔教有死灰復燃之勢，在各地大舉殘殺武林同道，威脅滅絕師太游說武當與各派聯手，徹底鏟除明教。 滅絕師太報仇心切，攜芷若上武當山以作說客。當遠橋子青書遇上芷若時，驚為天人，常藉詞與他親近。

楊逍獲悉六大門派正商討對策圍剿明教總部「光明頂」時，始發現原一直被人冒名作奸嫁禍，暗中向芷、青逼問動向。六派頭目恐打草驚蛇，寧分別上山以避魔教耳目。 楊逍趕路途中，遇上一藏族少女小昭，正被蒙兵追殺，傷重尚存一絲氣息，遂將她救回家中。後無意中發現小昭暗懂武功，並連夜混入後院打探暗格，令楊逍大起疑心，將其雙腳加上鎖鏈，令她自由全失。

無忌經年累月勤練「九陽真經」後，武功已臻至境，將身上寒毒全清後出洞。原來長齡多年來一直守在洞外，眼見無忌在洞內練得一身好武功， 欲入洞內探個究竟，怎料身困洞口，變得進退兩難。 無忌出洞後，為避免受各派逼問金毛獅王消息，迫於隱姓埋名四處流浪，後遇上殷離，二人話甚投契。離知道九真情騙無忌，一時義憤填胸，親到朱家將她殺死。

殷離殺死九真後，被武烈等追殺至無忌藏身處，眾人認不出容貌大變的無忌。殷離見自己因練「千蛛萬毒手」而致面貌奇醜，自卑心起，當眾逼無忌娶她為妻，無忌無奈答允，殷離遂連消帶打將眾人擊退。

滅絕師太心中不忿，親率眾徒向雄、忌找晦氣，以絕招逼二人就範，滅絕師太以為二人與魔教有關，將二人擄走以免洩露其行踪。 殷離無意中透露對當年無忌芳心暗許，到處打探無忌消息。無忌不敢表露身份，令芷若大表稱奇。 楊逍自知明教雖人材鼎盛，但因內鬨而四分五裂，未能抵擋六大門派圍攻，遂勸四大護法將私人恩怨拋諸腦後，合力維護明教。 無忌久別重逢武當師伯時，竟相見不能相認，內心難受非常。惟獨芷若看穿其心事，向他好言相慰，殷離睹狀醋意大生。 丐幫八代長老陳友諒從青書口中，獲悉六大派合力剷除魔教，遂召集各弟子趁火打劫，令幫主史火龍大為震怒。 青書在路上被天鷹教弟子諸多留難，殷離仗羲相救。魔教弟子發現她竟為殷家小姐，大表稱奇之餘，立向殷野王報訊。

當滅絕師太率眾派上光明頂，以倚天劍制服魔教。無忌眼見魔教弟子寧死不屈，仗義心起，寧受滅絕三掌以換取魔教弟子自由。怎料滅絕毫不留情，無忌靈機一觸，以「九陽神功」護體，令滅絕羞怒而去。 殷野王見殷離後，怨由心起，欲將她殺死。怎料臨急突被明教四大天王之一韋一笑帶走。後無忌從說不得口中，得知韋一笑練功走火入魔，專吸人血以防寒氣攻心而死，令無忌大為擔心。 其實韋一笑欲藉殷離與殷天正的關係，要脅天鷹教合力對抗六大派。怎料金花婆婆突出現搶走殷離，令韋一笑大失所望。 金花婆婆對殷離為尋舊愛私自離開靈蛇島大表震怒。殷離為平息其怒火，帶金花逼武烈說出金毛獅王下落，然後以「千蛛萬毒手」重創其父 ，殷離於心不忍。 韋一笑等五散人見明教大敵當前，頓化干戈為玉帛，決聯手對付各大派，卻突被成崑襲擊，眾人兩敗俱傷。

成崑激憤之餘，向明教弟子陳述當年慘事。原來成崑與師妹相愛多年，後其師妹被迫嫁予明教教主陽頂天，二人仍暗中幽會，被教主發現，氣絕身亡，師妹有愧於心，亦相繼自盡。 成崑自此痛恨明教，誓死消滅魔教，無奈孤掌難鳴，遂施計從中挑撥，令魔教成為武林大敵，後更設計陷害金毛獨獅王，惡性循退下，明教頓聲名狼藉。 無忌隨韋一笑上光明頂後，發現成崑為義父深仇之人，向他展開追殺。後遇上小昭時，雙雙被成崑陷害，被困祕道石窟內，呼救無援。

無忌無意中在洞內發現明教護教教功，勤練下速成，施法離洞而出，發現六大派已衝上光明頂，向傷亡慘重的明教弟子圍攻。

無忌見明教處境危殆，進挺身而出，直言明教與六大派的恩怨，乃成崑從中施詭計挑撥，但少林派頓獲成崑圓寂消息，以為無忌乘死無對証，將一切罪狀推在其身上，立觸各派眾怒。 滅絕師太以為芷若與無忌存私情，令她殺死無忌。芷若無奈如命，將無忌擊至重傷，但內心充滿歉意。青書目睹芷若對無忌心存愛意，自告奮勇將他剷除。 當無忌再被青書所傷，臨危向梨亭等吐露其身份，眾人仿如晴天霹靂，立運功助其療傷。 梨亭遇上楊逍時，怒上心頭，欲殺他以報曉芙含恨九泉之仇，怎料不悔突出面指証，原來當年曉芙因拒命殺楊逍而被滅絕師太滅口，滅絕無奈招供，令梨亭悲忿不已。 遠橋不忍六大派乘人之危，勸各派暫且放過魔教，並著無忌留在光明頂助明教改邪歸正。怎料當眾派離去時，陳友諒乘明教氣數已盡圍攻光明頂，明教眾人立拋除舊怨，舉無忌為教主，領眾藏身秘道暫避。丐幫以為明教頭目寧死不屈自焚火海。

史火龍見陳友諒擅自指揮丐幫弟子圍攻光明頂，有損丐幫聲名。遂以幫規處罰，友諒心中不忿。 無忌根據前教主遺示，要為教主之位傳予金毛獅王，遂與楊逍去海外迎他接掌門之位。怎料途中發現六大派中人被以少林「大力金剛指」所傷，令他大惑不解。 梨亭被打斷全身關節，傷重精神錯亂時，竟誤當不悔為曉芙，向她盡吐心聲。不悔憐心大起，眾人大為稱奇。

無忌等欲上少林查個究竟，途中遇上蒙古郡主趙敏女扮男裝，發現其身懷倚天劍，並引眾至其山莊。

無忌等不虞有詐，不幸被趙敏毒暈，將無忌困在秘密機關內，以探無忌武功虛實。無忌人急智生，將她制服逃離莊外，而六大派頭目則被擒著。

無忌趕替楊逍等解毒時，趙敏派人將頭上珠花贈予他示愛，可惜無忌不解溫柔，將珠花轉贈小昭，令她受寵若驚。 無忌領楊逍等上少林寺時，發現被人假冒明教身份，在寺內大肆屠殺，並聲言將少林與武當誅滅後獨霸武林，遂趕快向武當通風。 當無忌抵達武當山時，發現少林派空相向張三丰聲稱少林派空性被魔教中人挾持回寺，乘其措手不及，將寺中各人擊得一敗塗地。 張三丰信以為真，欲出面澄清事情因果時，突被空相以「般若掌」所傷，令張三丰當場重創。後趙敏領手下圍攻武當，迫其歸順蒙古王朝。並聲言拉攏得玄冥二老，多年來暗以西域少林派身份，向岱巖及梨亭施毒手，以報武當不肯透露屠龍刀下落之仇。令眾恍然大悟。 無忌知道梨亭與岱巖之傷與趙敏有關，求她交出藥膏，可惜趙敏生性兇蠻，加上目睹無忌與小昭的密切關係，一時醋意大生，拒其所求而去。

無忌救師叔心切，不惜四出追尋趙敏下落，以為得到藥膏，便可將岱、亭起死回生。怎料趙敏有此一著，事前已將另一毒膏相表混，令二人病情加重，無忌內疚不堪。 趙敏心有內疚，親往向無忌陪罪，無忌義憤填胸，以死迫趙敏交出解藥。趙敏大為感動，要無忌以其答應她做三件事，始將解藥交出，無忌無奈答允。 梨亭自得到不悔悉心照料下，終能行動自如。無忌目睹二人情投意合，向楊逍提親，撮合二人婚事，令梨亭大表快慰。 無忌獲悉六大頭目被趙敏擒著，特在蝴蝶谷召集明教各路首領，齊心追查六大探頭目下落。

原來六大派頭目離開光明頂後，紛紛被趙敏下毒，如甕中之鼇，被囚在蒙古派汝陽王府內，更到處散佈謠言嫁禍明教，以圖令各大派自相殘殺，以收漁人之利。 另一方面，其實成崑一直處心積慮剷除明教，可惜身份敗露，迫於裝死歸順蒙古王朝以避風頭。後乘少林群龍無首時重返少林寺，向眾殘餘弟子假傳方丈等已遭毒手，將一切罪狀推在無忌身上，而自己卻奪取方丈之位以控制少林。 趙敏自囚禁六大派頭目後，以軟硬兼施迫其投誠效力蒙古王朝，六大派寧死不屈，汝陽王主張殺死滅絕師太等免除後患。但趙敏覺六大派頭目武功深不可測，欲藉此機會從中學到各人長處，始將他們處置。

常遇春向主持一小寨，專門劫富濟貧，被蒙兵視為大敵，向其伏擊，幸無忌及時相救，立誓合謀抗元。 正當無忌為擔心六大派頭目生死而茶飯不思之際，朱元璋突從蒙兵囚中逃脫，向無忌通風。無忌等連夜探個究竟。 趙敏向何太沖等羞辱，數派掌門寧死不屈，遂硬逼芷若就範，無忌看不過眼，立以趙敏所贈信物阻止。趙敏驚喜之餘，醋意大生，命無忌將芷若毀容，韋一笑乘機制服趙敏，令她羞怒非常。 韋一笑、楊逍等上路途中，重遇當年明教右使范遙，原來范遙接獲陽教主死訊後，不敢輕信，遂四處調查真相，無意中發現成崑背明投元，遂不惜自毀容貌混入王府，以求有朝一日作內應。

無忌從范遙口中，得知六大派頭目被趙敏施以「十香軟骨散」所傷，遂潛入王府，向玄冥二老設下陷阱，逼其交出解藥。 趙敏見無忌冒生命危險救走芷若，大感氣結。後發現無忌畢竟為一忠直重情義的人，對他更添深情。 原來當年郭靖與黃蓉為國殉難之前，鑄成了屠龍刀與倚天劍，將「九陰真經」與「降龍十八掌」的兵法與武功秘笈收藏其中，希望後人驅除韃子，替天行道。 滅絕師太見無忌雖被芷若刺傷，反冒死相救，以為他不懷好意，逼芷若立下毒誓，斬斷情絲，將掌門之位交予她，然後以美色引無忌交出屠龍刀與倚天劍，以圖光復漢室，中興峨嵋，令芷若頓不知所措。 汝陽府小王爺以為玄冥二老串通六大派反元，以火燒萬安寺，幸得無忌及時搶救，眾掌門倖免於難，但滅絕師太救徒心切，危難中墮下身亡。 汝陽王自遭無忌反擊後，對他恨之刺骨。後發現愛女對他芳心暗許，制止二人來往，但趙敏個性反叛，決不要其父阻止，要無忌帶她找金毛獅王一睹屠龍刀真貌，小昭亦寧長伴無忌身旁侍奉。

青書見芷若飽受喪師之痛，向她倍添關懷，反被冷言相待。令他難過不堪。陳友諒睹狀，立施詭計安排他迷姦芷若，終被莫聲谷揭發，聲稱要以武當派派訓處理。青書畏罪亂性，一怒之下殺聲谷滅口， 被陳友諒視為把柄。 敏君等不服芷若被封為掌門，誣告她假傳滅絕師太遺言，自封為掌門。並當眾冤枉她與魔教有不軌行為，令場面混亂不堪。 金花婆婆原早與滅絕師太有比武之約，當她獲悉其死訊後，大失所望，決將芷若帶走，以圖他朝芷若練成峨嵋武功後，與她一較高下。無忌與趙敏見事有蹺蹊，立跟蹤金花婆婆看個究竟。 空聞、空智等安然回少林寺時，發現成崑尚在人間，大感懷疑。成崑機警美言相騙，未致陰謀敗露。 金花婆婆見趙敏手持倚天劍，感到「倚天不出，誰與爭鋒」，連一遍金毛獅王交出屠龍刀。原來年前金花婆婆藉詞替其找出無忌下落，勸他棲身靈蛇島，以便騙取寶刀。

當無忌與金毛獅王久別重逢之時，突被一班波斯明教使襲擊，幸得趙敏冒死相救，無忌大為感動，令二人間感情大躍進。 原來當年金花婆婆本為一波斯善使者之女，號稱武林第一美人，其父去世後受託中土明教，成為眾弟子追求目標。

後韓千葉獨上光明頂向陽教主報父仇，金、韓苦戰一輪後，韓千葉落敗，二人反情根暗種，隨即共諧連理。

金花婆婆原被選為波斯教聖女，象徵明教神聖貞潔，可惜凡心末了與千葉結婚，立被教主追殺。金花為將功贖罪，不惜偷入秘道偷取中土明教「乾坤大挪移」，被范遙發現，將她逐出明教。 金毛獅王見金花身世可憐，著無忌出手相助退敵，金花婆婆大表謝意之時，坦言小昭乃其親生女，原一直為逃避波斯教追殺，忍心拋下小昭不理，如今身份已露，遂帶她返回波斯明教總部。

小昭被帶回波斯明教總部後，隨即代替金花充當聖女之位，從此駐守總部。小昭對無忌依依不捨，臨別坦言愛意，令無忌倍感神傷。

無忌趕回島上時，發現趙敏不知所踪，芷若與殷離被「十香軟筋散」所傷，殷離終告不治。無忌滿腔忿怒，一口咬定趙敏因妒嫉二女而萌殺機，誓死殺她報仇。 金毛獅王見芷若身受毒傷之苦，著無忌替她迫出毒，但礙於男女禮節之嫌，遂乘機勸二人盡快訂親，芷若頓進退兩難。後經無忌立誓愛她，才答允婚事。 成崑為鞏固元朝實力，藉陳友諒之助，威逼丐幫幫主史火龍歸順，不果。後成崑靈機一觸，著陳友諒以莫聲谷之死，威脅青書協助陰謀，青書無奈就範。

無忌發現陳友諒召集丐幫弟子，當眾聲言李、鄭兩位因追尋屠龍刀時，被無忌恃人多勢眾殺害，乘機挑起眾怒，誓死向無忌報仇。

後趙敏趕至，替無忌疾言呼冤，反被丐幫圍攻。無忌於心不忍，立帶趙敏而去。友諒等乘機誣告無忌與元朝勾結，更激起眾怒。

無忌重遇趙敏後，大表驚喜之餘，礙於立誓殺趙敏報仇在前，大感矛盾非常，另一方面，趙敏獲悉無忌以為她殺害殷離，百詞莫辯，當眾立誓以表清白，更欲覓金毛獅王與芷若對證。可惜二人不知去向，惟四出找尋其下落。

無忌、趙敏被引至莫聲谷身亡之地，頓驚惶不已。剛巧宋遠橋等趕至，眼見無忌手抱聲谷屍首，以為他勾結韃子殺害同門，立向二人圍攻。無忌眼見形勢不妙，寧日後水落石出後始向武當解釋，立帶趙敏逃去。

無忌四出偵查金毛獅王與芷若踪跡，終發現芷若被丐幫所困，軟硬兼施逼她供出有關屠龍刀下落，遂乘機脅持幫主，令丐幫釋放芷若，丐幫弟子不忿。 後丐幫發現幫主非史火龍本人，連揭發陳友諒暗施詭計安排，使成崑殺害幫主，陳友諒立畏罪而逃。無忌無意中發現青書被友諒威脅，向武當弟子下毒，以圖侵佔武當勢力，立向不悔告密。另一方面，其實遠橋等一直以為聲谷被無忌所害，對他早有戒心。故當不悔欲揭發青書罪狀時，青書卻猶豫不決不敢下手。武當弟子以為不悔被無忌矇騙，對無忌誤解更深。

張三豐眼見無忌在翠山夫婦墳前泣訴，發現他含冤莫白，立允替他調查真相。

宋遠橋找著忌、敏時，向二人大事理論，剛巧友諒與青書至，數人匿在一旁，揭發青書惡行，令遠橋晴天霹靂，決向青書追殺。武當弟子發現忌、敏為無辜，主動與二人和解。

趙敏自覺拖累無忌，不辭而別，令無忌忐忑不安。但趙敏亦禁不住兩地相思，常找機會見無忌一面。後二人正面相遇，仿如隔世，盡訴別離情。 當芷若撞見二人時，以為二人藕斷絲連，大受刺激，竟萌輕生之念。無忌大為感動，立答允與芷若成親，趙敏惟黯然而退。 青書自逃離武當山後，走投無路，過著潦倒落寞的生活。後遇上何太沖夫婦時，獲悉芷若即將與無忌成親，頓呆若木雞。終受友諒挑撥唆擺，咬緊牙根向無忌算賬。

當各派掌門友好紛紛送賀禮予無忌與芷若時，突獲青書戰書，令芷若大感擔心。無忌依約赴會，欲向青書解釋一切，可惜青書怒掩心頭，強要與無忌決一死戰。無忌忍無可忍下向他施硬功，青書不敵羞愧而去。

趙敏傷心過度，心力交瘁，汝陽王擔心之際，勸趙敏應以國事為重，極力反對她與漢人發生感情，令趙敏苦惱非常。

原來金毛獅王被少林派指為殺害空見大師的兇手，被成崑制服後一直受困於少林寺內 ，派渡危、渡難、渡劫三高僧日夜看守，逼其交出屠龍刀，並伺機向無忌顯威力。

當無忌與芷若成婚之日，趙敏突趕至喝止，並向無忌暗道金毛獅王慘況。無忌救人心切，不理武林英雄唾罵，寧將婚事擱置，跟隨趙敏而去。芷若激忿之餘，重掌擊傷趙敏後，聲言與無忌斷絕婚約，令無忌有口難言。 無忌眼見趙敏為自己身中劇毒，不假思索替她吸出毒血，令趙敏甜在心頭。但無忌對芷若居然能使出邪門怪招，大感疑惑不解。 芷若自受到婚禮上的恥辱後，內心仇恨日益增加，亦變成一個淒泠陰沉的掌門人，各人均投以憐惜。成崑恐殺害金毛獅王後，會觸怒無忌，對少林不利，遂乘他仇家眾多之處，發起一個「屠獅大會」，廣邀武林中人參與，合力商討對抗金毛獅王之策。

武當弟子對無忌成婚之日不顧而去，大感不滿，惟獨張松溪對他義薄雲天性格甚為信任，理解到他此舉乃是不得已。

汝陽王發現趙敏與無忌繼續來往後，逼二人分手，無奈趙敏愛意已堅，寧與無忌出走，誓死跟隨左右，令王府中人大嘆無奈。 青書獲悉芷若慘況後，大表心痛，日夜苦候，欲打動她回心轉意，但芷若卻不領情，令青書大失所望。

無忌與趙敏上少林調查真相，路上喬裝兄妹借宿「中嶽神廟」，發現廟內師傅為少林寺叛徒，通通被成崑與陳友諒支配。無忌計上心頭，假裝與寺中人志同道合，以打探內情。

無忌獲悉少林寺已發出英雄帖，召集各派於端陽節展開「屠獅大會」，不惜混入寺內充當廚僧以探內情。原來成崑自囚禁金毛獅王後，在各弟子面前惡意中傷無忌，聲言他勾結元朝與六大派為難，眾信以為真。 無忌深入虎穴，身陷險境，終與義父重聚，感慨萬千。金毛獅王自知罪孽深重，寧自受報應，硬要無忌捨他而去。 無忌難捨難離下，凄然向渡難等敘述當年成崑因求愛不遂，將一切罪狀嫁禍在金毛獅王與明教身上，並解釋謝遜只因一時錯手誤殺空見大師，釀成彼此多年深怨。渡難等恍然大悟，無奈重誓在前，未能輕易讓無忌帶走其義父，無忌失望而去。 明教中人獲悉金毛獅王被囚少林，決聯手上山救出他。空聞知道成崑醜事後，欲釋放金毛獅王，以息干戈。怎料成崑為使明教與少林兩敗俱傷，以火燒少林重地「達摩院」，威脅空聞逼無忌攻破渡難等三高僧的「金剛伏魔圈」陣後，始將金毛獅王放走。

金毛獅王不忍無忌受損，以死相迫無忌離去。殷天正不值少林所為，與神僧惡鬥，終力竭而逝。

各大派頭目為打探屠龍刀下落，紛紛應約上少林寺。後發現屠龍刀根本不在寺內，大失所望。丐幫心存不服，遂當眾指證其幫主乃被成崑所殺，令空智面目無光。各派決比武分勝負，決定那一派與少林三僧較量奪謝遜。

無忌眼見芷若大受刺激後，峨嵋派倒行逆施，內咎非常，遂向芷若苦苦求諒，反被她冷言相向，並聲言已與青書成親，令無忌萬箭穿心。 遠橋發現青書竟為兒女私情，不惜背棄武當投入峨媚，自甘作芷若推使，頓痛心疾首，當眾與青書脫離父子關係，令青書難過非常。 芷若不甘受辱，欲殺遠橋，不果，心深不岔，竟誣告無忌有心殺害後嫁禍青書身上，令無忌難過不堪。各派經過一番苦鬥，青書被武當整至重傷，終芷若以狠毒招式取勝，可直接與少林三高僧比武。

無忌見青書身受重傷，自動請纓替他療傷，以為藉此可打動芷若與他合力找出金毛獅王。怎料芷若對無忌餘情未了，對青書生死反置若罔聞，令無忌如夢初醒。 當芷若與少林三僧比武時，當眾奚落無忌一番，並要他合力迎戰。無忌救義父心切，不惜吞聲忍辱。二人用盡畢生功力，終能救出金毛獅王。

成崑心深不忿，硬要與金毛獅王決一死戰。謝遜自知已到山窮水盡，拚命苦戰成崑，後乘虛擊盲其雙眼，然後自毀成崑所授武功，眾人大嘆可惜。

金毛獅王自覺作惡多端，漸愧內疚，況且大仇已報，要長留在少林寺上接受各派仇家批判後，皈依我佛了卻此殘生，令無忌大為痛心。

金毛獅王臨出家前，為了卻心事，向無忌暗示殺殷離的兇手為芷若，令無忌不敢相信，遂向芷若求證。芷若坦承一切罪狀，並聲言實為報復無忌負情而去，故當時假傳與青書婚訊，以圖刺激無忌。 其實當時殷離身受重傷，芷若奪倚天劍屠龍刀，乘無忌在島上四處找藥時，下毒害死殷離，還迫趙敏離島，間接將罪狀嫁禍趙敏身上，令無忌恍然大悟。 芷若覺得無忌對負情之事稍有悔意，故意製造趙敏棄愛而去，迫無忌在自己與趙敏間取捨。無忌頓感進退兩難之際，終下決心誓死找回趙敏。芷若頓心灰意冷，將趙敏交回無忌後，悄然而去。

成崑自知不容於各大派，走投無路之際，遂通知元朝圍攻少林寺。六大派決合力迎戰，紛紛推舉無忌為統領，無忌戰戰兢兢答允。

各派見趙敏身為蒙王之女，女扮男裝長伴無忌身旁，以為她心懷不軌，合力囚禁趙敏，威脅汝陽王退兵。怎料汝陽王以為趙敏私通漢人，背叛朝廷，早與她脫離父女關係，決不念骨肉情，繼續出兵將六大派一網打盡。 芷若對自己所作所為大感內疚，向無忌坦示屠龍刀與倚天劍內藏的武林秘笈，以供退敵，無忌依其指示，與六大派合力退敵，令元兵一敗塗地。

芷若見大事已了，對武林恩怨愛恨已無所戀，決離無忌飄然而去。另一方面，六大派對趙敏心存芥蒂，認為她有礙明教名聲，趙敏甚為難受，終提起勇氣不辭而別。