在布拉德雷的策划下，温莉被带来了布里克兹要塞。这也让爱德与阿尔深深感到自己的存在完全掌控在那些人造人以及敌人手中。另一方面，为了搜寻失踪的搜索队，巴卡尼亚率领另一支队伍进入斯洛斯挖掘的隧道。虽然他们奇迹似的救出了两名生还者，但他们身后却有个诡异的影子悄悄逼近。就在同时，来到布拉德雷家中的霍克艾也察觉到背后有种诡异的气息，没想到出现在那里的竟是。

为了缉捕斯卡，爱德、阿尔、温莉与金布利、迈尔兹等人一起来到巴兹库尔这个城镇。当大家分头开始找斯卡时，爱德与阿尔甩掉军方的监视，试图靠自己找出斯卡以及跟他一起行动的梅。没想到他们没花费多久时间，就与梅、马可、尤基等人重逢，当他们正在听尤基诉说的悲惨过去时，与梅等人分头行动的斯卡被金布利的部下发现行踪。

爱德与阿尔终于联手抓到了斯卡，没想到温莉却帮这个杀死父母的仇人疗伤。当斯卡问她“你是要原谅我吗？”，温莉只是毅然地回答他“我并没有原谅你的无理蛮横”。另外，虽然身上留着伊修巴尔人的血，但为了“改变这个国家”而继续留在军中的迈尔兹，他的存在也让斯卡的想法产生新的变化。在马可等人的恳求下，迈尔兹最后决定暂时释放斯卡。当他们正在思考如何才能瞒过金布利的监视将温莉与斯卡等人一起藏匿在布里克兹要塞之时，温莉却说出了一个让大家感到意外的方法。

迈尔兹等布里克兹要塞的成员，试图暗中杀死金布利与其部下。爱德虽然提议希望能活抓他们，但反被迈尔兹斥责“你的那种天真个性，说不定会夺走你或伙伴的性命”。迈尔兹等人虽然试图等到金布利落单时加以狙击，但他们的计划却早已被金布利察觉，并在发动攻击的前夕遭到反击。不仅如此，化身为合成兽的金布利部下塔利乌斯与海因凯尔，还对爱德发动攻击。

温莉等人抱着突然昏迷的阿尔，来到途中的山间小屋。他们在此一边休息，一边试着解读斯卡哥哥的书。梅在听到醒来后的阿尔与马可的对话后，像是得到线索似的对斯卡哥哥的书做了一些动作，最后成功找出隐藏于其中的炼成阵。没想到，这个炼成阵居然就是。另一方面，金布利在斯洛斯挖掘的洞窟与普莱德相遇，普莱德命令金布利反过来利用布里克兹士兵的团结，在布里克兹刻下血纹。

马可等人躲在“阿斯别克”这个伊修瓦尔人的贫民窟，恩维从赞帕诺口中得知这个消息后也随即前往。虽然马可与杰尔索等人试图反击，但马可仍被巨大化的恩维抓住。恩维说出马可过去犯下的罪行，并慢慢地加以折磨。不仅如此，恩维还说出马可过去的部下，已经全被做成贤者之石之事。马可在得知此事之后。

阿尔等人在里欧尔与霍恩海姆重逢，阿尔告诉霍恩海姆至今发生的事，以及爱德目前下落不明。此时，塔利乌斯出现在北都的银行，并领走爱德帐户中的钱，他在领完钱后直接回到镇上的医院，没想到却被军方人士暗中跟踪。另一方面，彼得为了寻找格利德而潜入中央军司令部的地底，并在此遇见外表已变成麟的格利德。

温莉在“约定之日”到来的前夕回到了利塞布尔的老家，没想到却意外地与爱德重逢。另一方面，与迈尔兹一起暗中来到东部的阿尔，在藏匿处突然又产生了灵魂似乎要被扯回原有肉体的感觉，由于这种感觉发生的间隔越来越短，这也让阿尔感到相当不安。此时，阿尔的行踪居然被格拉托尼发现了，虽然阿尔想要逃走，但此时灵魂又开始遭到肉体的拉扯，最后让阿尔陷入昏迷。

普莱德以残忍的手段取得了格拉托尼的能力，爱德等人也对他的这种能力束手无策，没多久就被逼到无路可退。此时，被带到其它地方的阿尔总算醒来，当他知道哥哥等人是因为自己而身陷险境时，主动向霍恩海姆提出一个计划。霍恩海姆为了执行这个计划，独自前往挑战普莱德，当他对普莱德发动攻击的瞬间，绕到普莱德背后的阿尔也同时向前狂奔，试图压制普莱德。没想到在最后一刻，阿尔还是被普莱德抓到了。

罗伊挟持布拉德雷夫人作为人质，对中央司令部展开全面反叛，原以为这场叛变会马上遭到镇压，没想到在罗伊一行人的巧妙攻击，以及查理小队等布里克兹军的助阵下，让这场叛变演变为扩及中央全域的激烈巷战。此时，罗伊等人与协助策划这场叛变的某个人物相遇。这个人也告诉罗伊，其实还有一名暗中提供协助的意外人物。

在军方高层的指使下，人偶士兵终于被大量放了出来，这群不畏死亡的不死之身，甚至把理应听令遵从的军方高层人士也加以啃食，接着又袭击了爱德等人。另一方面，公然反叛军方高层的奥利维亚，遭到奉命前来铲除她的斯洛斯的攻击。此时，与被封闭在土堆中的阿尔一起留在卡纳马部落附近的海因凯尔，察觉到普莱德在土堆内不断敲着阿尔头部的行为其实另有意图。但为时已晚，金布利已出现在他背后。

因为海因凯尔的一番话，让阿尔决定使用贤者之石的力量。他利用被封闭在石头中的众多灵魂的力量，对普莱德与金布利两人展开激烈的战斗，丝毫不输给他们两人。另一方面，在阿姆斯特朗的参战后，让奥利维亚对斯洛斯出现了些微的胜机。没想到斯洛斯也随即停止怠惰，认真使出了全力。他的那股隐藏的力量究竟是什么。

布莱达等叛军成员占领了中央的广播电台，他们并将其实真正想发动政变的是军方高层，自己只是为了阻止而行动的这种捏造理由透过电台告诉国民。另一方面，当爱德与斯卡等人正在地底与大量的人偶士兵搏斗时，罗伊与霍克艾，以及梅跟一路追杀着她的恩维也同时出现。第一次见到恩维的罗伊，随即问恩维是不是他杀了休斯。恩维给他的答案是？

在金牙医生与罗伊的对决之地，梅与桑巴诺等人也趁机发动攻击。眼看局势就要逆转，没想到普莱德与原被认为已死亡的布拉德雷居然再次出现。布拉德雷持剑朝着罗伊砍去，并直接将罗伊的手掌刺穿于地面。普莱德随即利用罗伊，并拿金牙医生做为牺牲品，开始强制进行人体炼成。

在霍恩海姆的策略下，成功让父亲大人的身体失去了亚美斯多利斯国民的灵魂。父亲大人为了继续保有体内的神力，开始袭击身边的人们试图藉此取得灵魂。为了消灭父亲大人体内的贤者之石，存活下来的布里克兹士兵与罗伊、阿姆斯特朗等人使出浑身的力量，不断发动攻击。但在父亲大人的反击下，阿尔失去了身体，爱德右手臂的机械铠也遭损毁。眼看父亲大人就要夺走爱德的灵魂，阿尔为了拯救哥哥而不惜做出残酷的决定。

爱德、阿尔的漫长旅途，即将划下休止符。