罗伊终于调回了中央。另一方面，被人造人打成重伤的斯卡，也开始准备前往中央。此时，为了找回真理之门的记忆而暂住在伊兹米家的阿尔，遇到了一群自称知道阿尔秘密的诡异人士。阿尔后来才发现，原来这些人居然全部都是合成兽。

在伊兹米的扰乱下，让爱德与格利德的战斗出现了转机。没想到此时金‧布拉德雷突然率领国军冲入建筑物，打算歼灭格利德与他的同伙。格利德原本打算派部下抱着阿尔逃走，结果却遭到金‧布拉德雷的阻挡，并对人造人的格利德发动压倒性的猛攻。在这场战斗中，格利德从布拉德雷的眼中看到了让他无法置信的东西。

在格拉托尼的带领下，阿尔与小梅来到了父亲大人的所在处。此时格拉托尼的肚子突然裂开，爱德、麟、恩维从中冒了出来。两兄弟虽然对重逢感到开心，但马上却被父亲大人的长相给吓到，因为他居然跟两兄弟的父亲霍恩海姆长得极为相似。父亲大人虽然给予两兄弟款待，但却下令人造人杀了麟。虽然两兄弟试图反抗，却因为父亲大人的神奇力量而无法使出炼金术，与麟一起遭到了制服。接着父亲大人又说“格利德的位子还是空着的”，然后从体内取出贤者之石朝着麟的身体送去。

被恩维等人抓到的爱德与阿尔，在父亲大人的指示下被带去移交给中央司令部的布拉德雷。爱德两兄弟进入房间后看到罗伊已经坐在房内，接着并从罗伊口中得知包含霍克艾在内的罗伊所有部下都被调职，以及军方高层早已落入敌人的手中。爱德向布拉德雷表示，他不想继续成为父亲大人的帮凶，打算归还国家炼金术师的资格。

马可等人躲在“阿斯别克”这个伊修瓦尔人的贫民窟，恩维从赞帕诺口中得知这个消息后也随即前往。虽然马可与杰尔索等人试图反击，但马可仍被巨大化的恩维抓住。恩维说出马可过去犯下的罪行，并慢慢地加以折磨。不仅如此，恩维还说出马可过去的部下，已经全被做成贤者之石之事。马可在得知此事之后。

阿尔等人在里欧尔与霍恩海姆重逢，阿尔告诉霍恩海姆至今发生的事，以及爱德目前下落不明。此时，塔利乌斯出现在北都的银行，并领走爱德帐户中的钱，他在领完钱后直接回到镇上的医院，没想到却被军方人士暗中跟踪。另一方面，彼得为了寻找格利德而潜入中央军司令部的地底，并在此遇见外表已变成麟的格利德。

温莉在“约定之日”到来的前夕回到了利塞布尔的老家，没想到却意外地与爱德重逢。另一方面，与迈尔兹一起暗中来到东部的阿尔，在藏匿处突然又产生了灵魂似乎要被扯回原有肉体的感觉，由于这种感觉发生的间隔越来越短，这也让阿尔感到相当不安。此时，阿尔的行踪居然被格拉托尼发现了，虽然阿尔想要逃走，但此时灵魂又开始遭到肉体的拉扯，最后让阿尔陷入昏迷。

爱德一行人在卡纳马这个部落与霍恩海姆重逢，霍恩海姆也告诉爱德关于他身体的秘密，以及父亲大人将利用在隔天发生的日蚀开启真理之门等事。接着，爱德也将比拿可要他转达的母亲朵莉夏的遗言告诉霍恩海姆。当爱德等人稍做休息，正打算启程前往中央时，阿尔突然出现在他们的面前，虽然爱德很高兴能与阿尔重逢，但格利德体内的麟却察觉到一股诡异的气息。

爱德等人在重新复出的兰芳的帮助下，一口气逆转了战局。但在此时，在另一个地点与普莱德对战的海因凯尔，却因为不论怎么攻击都无法击倒普莱德而陷入苦战。最后周围的灯光也渐渐亮起，让原本被封住的普莱德的影子得以复活。另一方面，在养母的协助下，罗伊查出了塞利姆的真实身份，但此时在他的背后，居然出现了军方的密探。

普莱德以残忍的手段取得了格拉托尼的能力，爱德等人也对他的这种能力束手无策，没多久就被逼到无路可退。此时，被带到其它地方的阿尔总算醒来，当他知道哥哥等人是因为自己而身陷险境时，主动向霍恩海姆提出一个计划。霍恩海姆为了执行这个计划，独自前往挑战普莱德，当他对普莱德发动攻击的瞬间，绕到普莱德背后的阿尔也同时向前狂奔，试图压制普莱德。没想到在最后一刻，阿尔还是被普莱德抓到了。

与父亲大人陷入对峙的霍恩海姆，花了漫长的时间，结束与在他体内的53万6329人的灵魂对话后，决定使用他们破坏父亲大人的身体内部。另一方面，布里克兹军虽然对回到中央司令部正面入口的布拉德雷展开全面射击，但布拉德雷却单靠自己一个人就加以击破，巴卡尼亚也在战斗中受到濒死的重伤。即使身处这种生死关键，法尔曼仍拼命地将枪口朝向大总统，此时，原本失踪的格利德居然出现在他们面前。

爱德与罗伊等人为了找出父亲大人的下落而进入地底，并于途中的广场遇见一名装有金假牙的医生。这名自称是“做出金‧布拉德雷的男人”的医生，当他知道罗伊也在场后，随即从身边叫出一群“或许有机会成为布拉德雷”的强悍中年男子，对爱德等人发动袭击。另一方面，格利德与福爷在中央司令部的入口与布拉德雷交战。但纵使两人联手仍无法击倒布拉德雷，福爷甚至还被布拉德雷砍伤。

在福爷与巴卡尼亚赌上性命的联手作战，以及兰芳与布里克兹士兵的协助下，格利德终于成功将布拉德雷从城墙上击落至壕沟内。巴卡尼亚由于曾经帮助福爷，麟为了实现自己在巴卡尼亚死前答应的承诺，因而借助格利德的力量独自对中央军发动猛攻。此时，被无数的黑影之手抓住，并被拉进真理眼中的爱德，与阿尔、伊兹米一起被扔进父亲大人的房间。

五个人柱终于聚集于父亲大人面前，但是爱德与阿尔等人仍未放弃，并试图与小梅等人赶在国土炼成阵发动前打倒父亲大人与普莱德。就在同时，布拉德雷与斯卡也在另一个地点展开决斗，虽然布拉德雷身负重伤，但他的动作仍胜于斯卡，并将斯卡逼到无路可走。就在此时，斯卡的左手发出炼成光，并从地面发出尖刺般的石柱将布拉德雷弹开。

父亲大人使用亚美斯多利斯所有国民的性命，从天门引出强大的力量，他并称这股力量为“神的力量”。当一切看似陷入绝望之际，霍恩海姆设下的炼成阵突然启动。另一方面，在另一个地点对战的斯卡与布拉德雷，眼看就要分出胜负。

在霍恩海姆的策略下，成功让父亲大人的身体失去了亚美斯多利斯国民的灵魂。父亲大人为了继续保有体内的神力，开始袭击身边的人们试图藉此取得灵魂。为了消灭父亲大人体内的贤者之石，存活下来的布里克兹士兵与罗伊、阿姆斯特朗等人使出浑身的力量，不断发动攻击。但在父亲大人的反击下，阿尔失去了身体，爱德右手臂的机械铠也遭损毁。眼看父亲大人就要夺走爱德的灵魂，阿尔为了拯救哥哥而不惜做出残酷的决定。

赌上亚美斯多利斯命运的最后一战！