Scienza e fede si scontrano quando i fratelli Elric affrontano Cornello, che usa una finta pietra filosofale per manipolare il suo gruppo.

Edward e Alphonse vengono aggrediti da Scar, un misterioso killer molto potente e ricercato per una serie di omicidi crudeli.

I fratelli Elric scoprono il terribile ingrediente necessario per la pietra filosofale ed entrano in un laboratorio segreto per saperne di più.

Il viaggio di Ed in una terra lontana riserva dettagli sorprendenti sull'incontro tra Mustang e Maria Ross. Edward, intanto, scopre un segreto sui genitori di Winry.

Mustang, Alphonse, Havoc e Hawkeye si dividono per trovare un laboratorio militare. Se Lust ha la meglio, nessuno di loro sopravviverà.

Ed e Al escogitano un piano pericoloso per attirare gli homunculus fuori dal loro nascondiglio. Prima fase: rischiare la morte per mano di Scar.

Winry scopre il ruolo avuto da Scar nella morte dei genitori e si ritrova di colpo con i suoi stessi istinti omicidi.

La collaborazione tra la cricca di Mustang e la banda di Ling Yao porta alla cattura di un homunculus, ma attira anche l'attenzione di una spia...

I poteri alterati di Gluttony schiacciano gli Elric. Intanto, Mustang dà credito ai suoi sospetti su Bradley e si ritrova nei guai.

Ed e Ling affrontano un nemico tremendo nell’infernale stomaco di Gluttony. Al Comando centrale, Mustang assiste alla divisione dei suoi soldati da parte di Bradley.

Verità preoccupanti vengono a galla quando Al trova colui che viene chiamato il Padre. Ed ancora una volta infrange il più grande tabù dell'alchimia.

Gli Elric affrontano Padre, ma non possono fare nulla quando lui si mette a creare homunculus con un'alchimia che sembrava impossibile.

I piani di coloro che si apprestavano a reclamare la terra vengono rivelati e l'assassinio di un potente leader crea il caos.

Dall'armatura di Al echeggia una voce sinistra ed Ed e Greed si ritrovano sotto attacco.

Dopo aver esplorato le intricate origini dell'albero genealogico dei Bradley, Mustang riunisce i suoi soldati più fedeli.