Порушивши головну заборону Алхімії і спробувавши воскресити маму, талановиті брати Елрікі заплатили високу ціну: молодший, Альфонс, втратив тіло, і тепер його душа прикріплена до сталевих обладунків, а старший, Едвард, позбувся руки і ноги, тому йому доводиться користуватися протезами - автобронею. Завдяки виявленим здібностям Ед отримав звання державного алхіміка і, таким чином, став частиною військової машини держави. Тепер у нього є шанс повернути Алу колишнє тіло. Попереду мандри і пригоди, розгадки страшних таємниць і нескінченні битви...

У порівнянні з першою екранізацією, в оновленому «Сталевому алхіміку» дизайн персонажів став більш «дорослим». У цілому це більш динамічний твір. З першої ж серії героїв кидає у вир подій: різанина в Іштварі, боротьба відступників з Армією і фюрером Бредлі, гомункули і численні «натяки» на подальший розвиток історії.

Майже повністю зберігся ансамбль сейю, і залишилися колишні характерні риси героїв, але тут вже інший склад епізодів, які грають ключову роль у формуванні образів і пояснюють суть того, що відбувається. Знову серйозну атмосферу розріджують жартівливі вставки, але скоротилися світлі моменти щасливого життя, тому серіал здається більш похмурим. Більше уваги приділено другорядним і третьорядним персонажам, особливо військовим. Що стосується сюжету, то основні теми залишилися незмінними: пошуки Філософського Каменя, розплата за скоєне, політика і підступні плани загадкових ворогів.