Frații Elric iau parte la vânătoarea periculosului Isaac care Îngheață, un fost alchimist militar hotărât să îl nimicească pe Führer Bradley.

O privire în trecut dezvăluie durerea și disperarea care i-a împins pe frații Elric să spargă cel mai mare tabu al alchimiei: transmutația umană.

La granița științei cu credința, frații Elric se confruntă cu Părintele Cornello, care pare să profite de o piatră filozofală pentru a-și manipula enoriașii.

Frații Elric îl întâlnesc pe Shou Tucker, care îi poate învăța multe pe Ed și Al despre alchimie, dar și despre cruzimea cumplită cu care e asociată uneori.

Edward și Alphonse sunt atacați de Scar, un ucigaș misterios și extrem de puternic căutat pentru o serie de crime înfiorătoare.

Frații Elric fac cunoștință cu dr. Marcoh, un alchimist militar cu un trecut sordid care are informații ce i-ar putea duce la Piatra filosofală.

După ce descoperă ingredientul îngrozitor al unei Pietre filozofale, frații Elric se furișează într-un laborator secret în căutarea mai multor informații.

El și Al luptă frenetic împotriva gărzilor psihopate ale Laboratorului nr. 5. În haosul creat, adevărul din spatele Pietrei filozofale sfârșește îngropat sub ruine.

Al se înfurie la gândul că întreaga sa existență este doar o creație a fratelui lui și numai Winry îl poate convinge cât de mult se înșală.

Conspirația din jurul pietrei filozofale ajunge până la ofițerii superiori ai armatei, iar unul dintre cei mai de încredere aliați ai lui Mustang este ucis.

Frații Elric își dau seama că alchimia nu poate desluși încă misterele creației vieții și se simt neajutorați când o nouă prietenă intră în travaliu.

Frații Elric o vizitează pe Izumi, profesoara lor din copilărie, și rememorează primele lor dificultăți în a înțelege conceptul de schimb echivalent.

Al este răpit de himere și tentativa lui Ed de a-l salva dă greș, dar Izumi dovedește încă o dată că se gândește la binele celor doi frați.

Într-o înfruntare cu Lăcomie, King Bradley se dovedește un adversar feroce. Bărbatul care va distruge Scutul Suprem va fi mai puternic decât însuși Führerul.

Frații Elric se încaieră cu Ling Yao și cu servitorii săi, Lan Fan și Fu, vizitatori din Xing aflați în căutarea Pietrei filozofale.

Invidie continuă să se ascundă la vedere printre alchimiștii militari, iar un alt Homunculus este pe cale de a se infiltra în rândurile lor.

Chiar și cei mai loiali discipoli ai Alchimistului flăcărilor sunt șocați de măsurile controversate pe care acesta le ia împotriva acuzatului de uciderea lui Maes Hughes.

Călătoria lui Ed într-un ținut îndepărtat oferă detalii surprinzătoare despre întâlnirea secretă dintre Mustang și Ross. Elric află un secret despre părinții lui Winry.

Mustang, Alphonse, Havoc și Hawkeye se grupează și explorează un laborator militar. Dacă drei Desfrânare îi ies jocurile, cei patru se văd în viață pentru ultima oară.

Vizita lui Hohenheim se încheie cu un avertisment grav dat lui Pinako. Printre ruinele copilăriei, Ed are speranța că Al poate fi întors în trupul propriu.

Ed și Al concep o strategie primejdioasă pentru a-i momi pe homunculuși afară din ascunzătoare. Primul pas: să riște să moară de mâna lui Scar, periculosul lor dușman.

Winry descoperă rolul jucat de Scar în moartea părinților ei și este cuprinsă de aceeași sete de sânge care a pus stăpânire pe acesta.

Colaborarea dintre grupul secret al lui Mustang și banda lui Ling Yao duce la prinderea unui homunculus, dar atrage totodată atenția unui spion homunculus.

Puterile ciudate ale lui Gluttony îi depășesc pe frații Elric. Între timp, Mustang își verifică suspiciunile despre Bradley și se trezește în burta bestiei.

Ed și Ling înfruntă un inamic oribil în măruntaiele de coșmar ale lui Îmbuibare În Centru, Mustang asistă neputincios la divizarea soldaților săi de către Bradley.

Adevăruri alarmante sunt dezvăluite atunci când Al îl descoperă pe cel numit Tatăl și Ed încalcă din nou cel mai mare tabu al alchimiei.

Cuprins de închipuirile trecutului, Hohenheim cugetă la nebuniile omului: durerea adusă de familie, axiomele alchimiei și rădăcinile războiului.

Frații Ed și Al Elric ajung față în față cu Tatăl. Aceștia asistă la crearea aparent imposibilă a unui nou homunculus cu ajutorul alchimiei.

Dacă frații fac o mișcare greșită, cei dragi lor vor avea de suferit din cauza lui Bradley. Este posibil să nu fie nevoie de Piatra filozofală.

Edward ascultă povestea lui Hawkeye despre vremurile în care soldații comiteau genocid și despre ororile de pe câmpul de luptă din Ishval.

Deși subordonații lui fug care încotro, Mustang află că încă are aliați. Din păcate, și inamicii lui prind de veste. Homunculușii trimit în misiune un ucigaș feroce.

O întâlnire în secret îi dă ocazia lui Mustang de a stârni ambiția unui vechi prieten, aliat cu trupe. Ed și Al își cunosc cel mai mare fan.

Soldații de la fortul Briggs rămân vigilenți în fața amenințării legate de spioni. Domeniul pare impenetrabil, însă un intrus violent demonstrează contrariul.

Ed dezvăluie o conspirație de proporții incredibile, un complot cu nenumărate victime. Indiciile sugerează că vărsarea de sânge va ajunge și la Fort Briggs.

Raven încearcă să îl corupă pe Armstrong, iar Ed și Al așteaptă în celulă. Acum mult timp, ca să scape de durere și de captivitate, tatăl lor și-a luat rămas bun.

Hawkeye este șocată când Primul Homunculus decide să i se arate. Kimblee îi face o ofertă lui Edward, dar ar trebui mai întâi să accepte să devină criminal în serie.

Scar este încolțit de himere, iar frații Elric îi devin aliați neașteptați. Ulterior, încercarea lui Winry de a-l înfrunta pe Scar se sfârșește dezastruos.

Răpirea lui Winry de către Scar iese la iveală, dar tot trebuie găsit un plan de salvare. Se anunță o furtună groaznică, pe care doar Alphonse Elric o poate înfrunta.

Cu mult timp în urmă, sângele unui sclav de rând a fost folosit într-un experiment care a produs o creatură stranie și amorfă.

Cu legături mai profunde decât cea de sânge, frații Elric au împărtășit mereu bucuria și suferința. Acum, legătura lor sufletească mistică s-ar putea dovedi fatală.

Eforturile lui May și Marcoh de a descifra cercetările fratelui lui Scar dau rezultate, dar e posibil să fie prea târziu pentru a preveni o catastrofă.

În nordul înzăpezit, soldații de la fortul Briggs se luptă cu o armată de invadatori, iar Marcoh conduce un atac asupra odiosului Invidie.

Hohenheim și Alphonse se bucură să se regăsească. Odată relația lor restabilită, tatăl le spune fiilor secretele sale.

Semnele sunt peste tot: Ziua promisă se apropie.

Cei care s-au pregătit să-și revendice națiunea se trezesc că planurile le-au fost expuse. Haosul se amplifică după ce un asasin doboară un puternic lider.

O voce sinistră se aude din armura lui Al, iar Ed și Lăcomie sunt atacați.

După ce investighează rădăcinile întortocheate ale arborelui genealogic al familiei Bradley, Mustang își adună soldații cei mai loiali.

Ajutat de tatăl lui, Al ia măsuri incredibile pentru a ține în frâu monstruoasa Trufie.

Mustang conduce o forță de atac neobișnuită, formată din trupe temerare din nord și figuri bine-venite din trecut, împotriva defensivei Centrului.

Echipa lui Ed înfruntă o hoardă de momâi vorace, niște monstruozități alimentate cu suflete umane.

Acum că deține o piatră filozofală, Alphonse îi atacă neînfricat pe Trufie și Kimblee.

Zvonul despre o presupusă lovitură de stat îi ajută pe rebeli, în vreme ce May îl ademenește pe Invidie într-o capcană care duce la o confruntare cu Mustang.

Edward intuiește manevra lui Invidie de a-i întoarce pe membrii grupului unul împotriva celuilalt. Soarta bătăliei dintre frații Armstrong și Lene începe să se schimbe.

O bătălie se încheie, iar alta începe. Victoria e iminentă. Tatăl și Hohenheim luptă pentru Piatra filozofală.

Tatăl își pune la cale planul de evadare, în timp ce Bradley are de înfruntat niște adversari redutabili în atacul său asupra Sediului Comandamentului Central.

Între Bradley și Fu are loc o luptă mortală. Grupul lui Edward îl întâlnește pe doctorul care l-a creat pe Bradley și trebuie să înfrunte o nouă provocare.

Ling beneficiază de puterea deplină a lui Lăcomie pentru a distruge inamicul din fața porții. Grupul lui Edward îl găsește pe Hohenheim și cade în capcană.

Situația ia o întorsătură nefericită pentru Edward, Alphonse, Hohenheim, Izumi și Mustang, care își așteaptă soarta în bârlogul Tatălui.

Tatăl își pune planul în aplicare absorbind toate sufletele din Amestris. El deschide astfel raiul ceresc și Ochiul lui Dumnezeu.

O eclipsă dă puțină speranță sufletelor din Amestris, iar Hohenheim își dezvăluie planul. Edward luptă împotriva lui Trufie pentru ultima oară.

Edward, Armstrong și Izumi găsesc o cale de a submina atacurile susținute ale Tatălui. Alphonse aduce o ofrandă pentru a-l ajuta pe Edward.

În urma confruntării finale cu Tatăl, Edward răsplătește sacrificiul lui Alphonse cu aceeași monedă. Hohenheim își găsește într-un final pacea.

Frații Elric se întorc în Resembool pentru a înfrunta un nou viitor. Edward și Winry își mărturisesc în sfârșit sentimentele pe care le au unul pentru celălalt.