曾是国家炼金术师，却在伊修巴尔歼灭战后投身反政府运动的男子“冰冻之炼金术师”艾萨克，突然现身于中央。“焰之炼金术师”罗伊‧马斯坦奉大总统金‧布拉德雷之命，与拥有机械铠手脚的少年“钢之炼金术师”爱德华‧艾尔利克，以及其弟弟阿尔冯斯‧艾尔利克前往执行缉捕任务。艾萨克似乎有所企图，不断在中央残杀军人与市民。他真正的目的究竟是什么呢？

爱德与阿尔为了让温柔的妈妈复活，决定挑战被视为最大禁忌的“人体炼成”，然而等待着两兄弟的却是过于巨大的代价。某日，在陷入绝望深渊的两兄弟面前出现一名军人，他给了这两兄弟一个建议，那就是成为国家炼金术师。为了夺回失去的东西，艾尔利克兄弟开始了漫长的旅途！

爱德与阿尔得知里欧尔有个会使用“奇迹之术”的教主，因此来到此地。这名雷托教教主柯奈洛所施展的炼金术，居然违背了等价交换的原则。为了探查真相，爱德与阿尔在当地认识的少女罗珊的引领下，终于有机会与柯奈洛见面。

罗伊介绍一名“缀命之炼金术师”修‧塔卡给爱德与阿尔认识，塔卡是在两年前曾经成功合成合成兽的生体炼成权威。爱德与阿尔来到塔卡家寻找资料的同时，也与他女儿妮娜变得感情很好。另一方面，由于一年一度的国家炼金术师审定日即将到来，让塔卡感到相当焦虑。

震撼亚美斯多利斯，专挑国家炼金术师杀害且神出鬼没的神秘人物“伤疤男（斯卡）”出现在东都。爱德与阿尔在城里巧遇斯卡后，随即遭到斯卡的攻击。斯卡的惊人战斗能力与不可思议的“破坏的右手”，让爱德与阿尔完全没有招架之力。

为了修复损毁的机械铠，爱德、阿尔与阿姆斯特朗一起回到故乡利塞布尔。当他们在中途的车站休息时，阿姆斯特朗凑巧看到一名男子。这名男子叫马可博士，他过去曾在军方的研究所研究炼金术的医疗应用，伊修巴尔内乱后却突然失踪。爱德一行人前往探访马可，此时他们才发现原来马可曾经奉军方的命令研究过“贤者之石”的这项惊人事实。

爱德与阿尔来到国立中央图书馆第一分馆寻找马可的研究资料，但是他们抵达后看到的却是分馆遭到大火吞噬后的惨状。为了确认马可的资料是否真的曾经放在分馆，在罗斯少尉的安排下，他们去见了一名据说对分馆的资料很熟悉的少女榭丝卡。经过一番询问后，榭丝卡证实了那些资料确实是放在已经烧光的分馆。正当爱德等人为此感到沮丧时，榭丝卡提出了一个意外的提案。

为了追查贤者之石的真相而潜入第五研究所的爱德，发现了画在地面的贤者之石炼成阵。此时，身穿盔甲的男子48号对爱德发动攻击。另一方面，在研究所外等待爱德的阿尔，也遭到66号的袭击。在激烈的战斗中，他们发现了一个意外的事实，原来48跟66居然和阿尔一样，都是灵魂附着于盔甲上的存在。

爱德在第五研究所的战斗中不仅损坏了机械铠，身体也受了重伤。他马上联络在利塞布尔的温莉，请她前来中央修理机械铠。此时，阿尔因为巴利的一句话而陷入了迷惑。“自己的灵魂跟记忆，是否都是哥哥假造出来的？”这种疑惑在他心中渐渐扩散开来，最后甚至开始影响了他们对从未动摇的兄弟之情。

在温莉的强烈要求下，爱德与阿尔跟她一起来到机械铠技师的圣地“拉修巴雷”。没想到抵达后不久，爱德身为国家炼金术师的证明银怀表却被一名叫帕妮娘的少女给扒走了。但也因为发生了这件事，让爱德等人与帕妮娘，以及帮帕妮娘制作机械铠双脚的多明尼克与他的家人产生了意外的互动。温莉看到多明尼克的机械铠技术后，马上表明希望能拜他为师。就在此时，原本怀孕的多明尼克儿媳莎特拉，突然感到了阵痛。

爱德与阿尔抵达达普利斯后，与师父伊兹米久违地重逢。他们见到伊兹米没多久，就从伊兹米口中得知父亲霍恩海姆的消息。当晚，爱德想起了第一次见到伊兹米时发生的事。母亲过世后不久，爱德与阿尔为了磨练自己的炼金术，因而死缠着伊兹米要求收他们为徒，没想到等待着两人的却是为期一个月的无人岛野外求生训练。两兄弟最后能否找到伊兹米要他们找出的“一即是全，全即是一”的答案呢？

罗伊终于调回了中央。另一方面，被人造人打成重伤的斯卡，也开始准备前往中央。此时，为了找回真理之门的记忆而暂住在伊兹米家的阿尔，遇到了一群自称知道阿尔秘密的诡异人士。阿尔后来才发现，原来这些人居然全部都是合成兽。

在伊兹米的扰乱下，让爱德与格利德的战斗出现了转机。没想到此时金‧布拉德雷突然率领国军冲入建筑物，打算歼灭格利德与他的同伙。格利德原本打算派部下抱着阿尔逃走，结果却遭到金‧布拉德雷的阻挡，并对人造人的格利德发动压倒性的猛攻。在这场战斗中，格利德从布拉德雷的眼中看到了让他无法置信的东西。

当斯卡与尤基正准备出发前往中央时，一名神秘少女“梅”突然出现在他们面前。能够使出“炼丹术”这种不可思议法术的这名女孩，自称是来自东方的大国‧兴国，前来亚美斯多利斯的目的则是为了寻找长生不老的方法。另一方面，为了修理机械铠而来到拉修巴雷的爱德与阿尔，认识了一名倒在路上的少年‧麟，他同样也是来自兴国，目的是为了得到贤者之石。当爱德被麟问到关于贤者之石的事时，爱德却谎称他什么都不知道。没想到此时，爱德与阿尔的背后突然被人持刀抵住。

罗伊与巴利接触后，渐渐掌握休斯遭到杀害的事件真相，罗伊的一连串行动最后也被人造人们发现。此时，与温莉一起来到中央找休斯的爱德与阿尔，却从在军部见到的玛丽亚‧罗斯口中得知休斯已死的震惊消息。但此时温莉已先行独自前往休斯家。

罗斯被当成杀害休斯的嫌犯，遭到军方拘禁。眼看罗斯的处境越来越危险，没想到巴利却在此时袭击了拘留所，将刚好也被关在该处的麟也一并救出逃亡。在军方下令格杀勿论的缉捕令后，爱德与阿尔为了探求事件的真相而前往中央司令部。没想到在他们抵达司令部之前，罗伊就已经出现在罗斯面前，并朝着她发射火焰闪光。

在罗伊的命令下，阿尔被独自留在中央，爱德则与阿姆斯特朗一起前往利塞布尔。没想到抵达不久就在布莱达的安排下，暗中前往传说中的王都‧克塞鲁克塞斯的遗迹。爱德经过一番努力才跨越大沙漠，并在该处与福爷重逢。爱德一行人在福爷的带领下前往遗迹的内部，没想到却在这里意外地遇见了某个人。

罗伊对人造人策划的作战，即将进入最后关键。巴利为了寻找自己的肉体而潜入第三研究所的地底，罗伊也与哈勃克、阿尔等人一起进入。哈勃克与罗伊分成两路前进，却在途中遇见打算来收拾他们的拉丝特，罗伊在此时才得知人造人的真实身份与秘密。罗伊虽然感到困惑，最后仍成把握一丝机会引发大爆炸，将拉丝特炸成碎片。但在贤者之石惊人力量的加持下，复活的拉丝特却在瞬间用自己的矛锐利地刺穿哈博克与罗伊的身体。

爱德与阿尔的父亲霍恩海姆，久违地回到了利塞布尔。但爱德因为不满他让母亲朵莉夏受苦，因此对他也相当不客气。霍恩海姆在得知爱德两兄弟曾做过人体炼成后，以疑问的口气对爱德说“那真的是朵莉夏吗？”。隔天，霍恩海姆离开村子后，爱德与比拿可前往老家的迹地，目的是为了挖出被埋于该处的自己的罪孽证据，由人体炼成做出的母亲遗体。

爱德与阿尔来到医院探访在与拉丝特的战斗中负伤住院的罗伊与哈勃克，他们在此得知人造人的大本营居然也是在大总统官邸，这也让他们对于自己所面对之巨大存在感到寒颤。当两兄弟正打算前往探寻人造人的秘密时，突然又接到斯卡现身于中央的情报。

兰芳遭到布拉德雷砍伤，虽然麟即时赶来救助，但最后仍被布拉德雷与格拉托尼逼到无路可退。另一方面，与格蕾西亚一起来到休斯墓前扫墓的温莉，在回程的路上得知爱德与阿尔正与斯卡战斗中。温莉急忙赶到现场，没想到却凑巧听到斯卡正是杀害自己父母的犯人之事实。

爱德与阿尔为了缉拿人造人，将伤心的温莉交给军方保护后，打算与斯卡再战一场。罗伊与霍克艾为了支援爱德两兄弟，也同时赶往现场。此时，麟一边抱着兰芳，一边设法躲过布拉德雷的猛烈攻势。虽然麟勉强躲过眼前的危机，但最后仍无法甩掉奉布拉德雷之命前来追杀两人的格拉托尼。兰芳认为自己拖累了麟，最后居然持刀朝着自己的身体。

马可被人造人带回他们的大本营囚禁，他猜测这些人造人打算牺牲所有亚美斯多利斯国民，借以架构出“国土炼成阵”。另一方面，爱德、阿尔与麟虽然设法想阻止失控的格拉托尼，但格拉托尼能把所有东西吞下的能力，让三人完全无计可施。在这场战斗当中，麟又感觉到存在着某些诡异的气息。

爱德被格拉托尼吞了进去，当他回过神来后才发现自己身处于一片无止尽血海的漆黑诡异空间。爱德虽然在这里遇见了麟，但两人仍找不到逃出去的方法，最后他们又遇到了被一起吞进来的恩维。恩维告诉他们这里是格拉托尼的肚子里，同时也是“父亲大人”做失败的真理之门，而且一旦进来就无法出去。

阿尔与小梅为了去见父亲大人，与格拉托尼一起前往人造人的大本营。一行人在前往的途中凑巧被出来找小梅的梅与斯卡撞见，梅与斯卡也决定跟踪他们一起潜入地底。另一方面，恩维在格拉托尼的肚子里显露出他真正的模样，并朝着爱德与麟发动攻击。没想到当爱德看到构成恩维身体的人们的模样后，居然迟迟不敢还击，最后被恩维打倒。眼看爱德就要被恩维吞进去了，意识朦胧的爱德在此时突然想起克塞鲁克塞斯的炼成阵，并想到了从格拉托尼肚子里逃出的方法。

某个村子正在举办祭典，霍恩海姆也坐在一旁观看。此时，一名年轻女子拿着酒来找他，这名女子叫比拿可‧洛克贝尔。比拿可与霍恩海姆一边喝酒，一边谈着这个国家的状况与爱德两兄弟的旅行。当酒酣耳热之时，另一名少女出现在霍恩海姆面前，接着又出现一名长相酷似霍恩海姆的男子，他们身处的世界渐渐地产生扭曲。

在格拉托尼的带领下，阿尔与小梅来到了父亲大人的所在处。此时格拉托尼的肚子突然裂开，爱德、麟、恩维从中冒了出来。两兄弟虽然对重逢感到开心，但马上却被父亲大人的长相给吓到，因为他居然跟两兄弟的父亲霍恩海姆长得极为相似。父亲大人虽然给予两兄弟款待，但却下令人造人杀了麟。虽然两兄弟试图反抗，却因为父亲大人的神奇力量而无法使出炼金术，与麟一起遭到了制服。接着父亲大人又说“格利德的位子还是空着的”，然后从体内取出贤者之石朝着麟的身体送去。

被恩维等人抓到的爱德与阿尔，在父亲大人的指示下被带去移交给中央司令部的布拉德雷。爱德两兄弟进入房间后看到罗伊已经坐在房内，接着并从罗伊口中得知包含霍克艾在内的罗伊所有部下都被调职，以及军方高层早已落入敌人的手中。爱德向布拉德雷表示，他不想继续成为父亲大人的帮凶，打算归还国家炼金术师的资格。

爱德为了归还跟霍克艾借的枪，因此来到霍克艾的住处找她，爱德也坦承自己在战斗中不敢开枪的事实。接着爱德又问了霍克艾是否曾感到枪很沉重，以及霍克艾奉命前往参加的伊修巴尔歼灭战所发生的事。就在同时，被关在中央司令部地底的马可，正打算将军部在伊修巴尔所干下的种种恐怖行为告诉斯卡。

爱德离开了霍克艾的家之后，在街上遇到了阿尔。爱德将罗伊与霍克艾等人在伊修巴尔战之后仍不放弃活下去的念头，以及他们很清楚“达成目的后的下一步该做什么”等事告诉阿尔，两兄弟也再次下定决心要找回失去的身体。另外爱德也告诉阿尔在与父亲大人战斗的时候，地面的人也无法使出炼金术的事。爱德与阿尔对于当时仍能发挥力量的炼丹术感到期待，隔天早上马上跑去找梅打算详细询问关于炼丹术的事。

古拉曼与罗伊在休斯的墓前密会，罗伊将过去发生的事全都告诉古拉曼，希望得到他的协助。另一方面，爱德一直找不到梅的行踪，此时阿姆斯特朗前来探访，并告知梅他们已经往北方去了。听到此事后，爱德打算马上出发去找他们。阿姆斯特朗给了爱德一封亲笔介绍信，并要他抵达北方后首先去找一名素有“布里克兹的北壁”之称号的布里克兹要塞驻守将军。此时，阿尔也遇到一名意外的人物。

金布利与搜索队一行人，为了搜寻斯卡与马可的行踪而往西走去。在情报混乱的状况下，金布利猜测斯卡打算经由西方往北前进。当晚，斯卡果真潜伏于往北行驶中的货物列车中。此时，金布利突然现身，并与曾在伊修巴尔战交手的斯卡重逢。眼看杀死自己哥哥的凶手就出现在面前，斯卡的愤怒也在此时完全爆发。

好不容易抵达布里克兹要塞的爱德与阿尔，马上对当地的指挥官‧奥利维亚表明自己前来的原委与目的，并希望能得到协助寻找梅。爱德与阿尔也被要求在找到梅之前，得在要塞内帮忙工作。奥利维亚的辅佐官，同时也有着伊修巴尔血统的军人迈尔兹除了帮两人带路，还告诉他们奥利维亚的行事作风，以及这个要塞的规则就是“弱肉强食”。两兄弟在途中还遇见了被降职调到布里克兹要塞的法尔曼，没想到此时却听到地底传来了阵阵的诡异声响。

奥利维亚对于袭击要塞的人造人斯洛斯，展开了“布里克兹风格”的反击，那就是利用能将一切东西冰冻起来的布里克兹的自然环境。隔天，迈尔兹得知金布利住进附近的医院，因此前往探望。此时，爱德与阿尔在斯洛斯挖掘的隧道内，将一切真相告诉奥利维亚，他们也在对话中察觉到这个国家的成立，似乎有些诡异之处。

霍恩海姆独自伫立于毫无人烟的山里。当他将手指刺进胸膛，从体内取出红色血块时，突然想起了昔日与家人的种种回忆。此时，当奥利维亚正打算问出军方的企图而配合雷文谈笑之时，突然有人回报在斯洛斯挖掘的隧道内进行搜索的成员失去联络。

在布拉德雷的策划下，温莉被带来了布里克兹要塞。这也让爱德与阿尔深深感到自己的存在完全掌控在那些人造人以及敌人手中。另一方面，为了搜寻失踪的搜索队，巴卡尼亚率领另一支队伍进入斯洛斯挖掘的隧道。虽然他们奇迹似的救出了两名生还者，但他们身后却有个诡异的影子悄悄逼近。就在同时，来到布拉德雷家中的霍克艾也察觉到背后有种诡异的气息，没想到出现在那里的竟是。

为了缉捕斯卡，爱德、阿尔、温莉与金布利、迈尔兹等人一起来到巴兹库尔这个城镇。当大家分头开始找斯卡时，爱德与阿尔甩掉军方的监视，试图靠自己找出斯卡以及跟他一起行动的梅。没想到他们没花费多久时间，就与梅、马可、尤基等人重逢，当他们正在听尤基诉说的悲惨过去时，与梅等人分头行动的斯卡被金布利的部下发现行踪。

爱德与阿尔终于联手抓到了斯卡，没想到温莉却帮这个杀死父母的仇人疗伤。当斯卡问她“你是要原谅我吗？”，温莉只是毅然地回答他“我并没有原谅你的无理蛮横”。另外，虽然身上留着伊修巴尔人的血，但为了“改变这个国家”而继续留在军中的迈尔兹，他的存在也让斯卡的想法产生新的变化。在马可等人的恳求下，迈尔兹最后决定暂时释放斯卡。当他们正在思考如何才能瞒过金布利的监视将温莉与斯卡等人一起藏匿在布里克兹要塞之时，温莉却说出了一个让大家感到意外的方法。

奥利维亚在布拉德雷的命令下，被召回了中央司令部。为了寻找突破的机会，她刻意接近布拉德雷，并转调至军方高层。另一方面，与霍克艾在中央司令部的餐厅重逢的罗伊，透过霍克艾转告的暗号得知大总统之子塞利姆的真实身份。此时，在中央司令部的地底，父亲大人正梦见着过去的那段日子。当时的克塞鲁克塞斯王国仍非常强盛，因使用了被称为“23号”的奴隶少年的血而诞生的他，为了回谢这名少年而帮他想了个名字。那就是“冯‧霍恩海姆”。

迈尔兹等布里克兹要塞的成员，试图暗中杀死金布利与其部下。爱德虽然提议希望能活抓他们，但反被迈尔兹斥责“你的那种天真个性，说不定会夺走你或伙伴的性命”。迈尔兹等人虽然试图等到金布利落单时加以狙击，但他们的计划却早已被金布利察觉，并在发动攻击的前夕遭到反击。不仅如此，化身为合成兽的金布利部下塔利乌斯与海因凯尔，还对爱德发动攻击。

温莉等人抱着突然昏迷的阿尔，来到途中的山间小屋。他们在此一边休息，一边试着解读斯卡哥哥的书。梅在听到醒来后的阿尔与马可的对话后，像是得到线索似的对斯卡哥哥的书做了一些动作，最后成功找出隐藏于其中的炼成阵。没想到，这个炼成阵居然就是。另一方面，金布利在斯洛斯挖掘的洞窟与普莱德相遇，普莱德命令金布利反过来利用布里克兹士兵的团结，在布里克兹刻下血纹。

马可等人躲在“阿斯别克”这个伊修瓦尔人的贫民窟，恩维从赞帕诺口中得知这个消息后也随即前往。虽然马可与杰尔索等人试图反击，但马可仍被巨大化的恩维抓住。恩维说出马可过去犯下的罪行，并慢慢地加以折磨。不仅如此，恩维还说出马可过去的部下，已经全被做成贤者之石之事。马可在得知此事之后。

阿尔等人在里欧尔与霍恩海姆重逢，阿尔告诉霍恩海姆至今发生的事，以及爱德目前下落不明。此时，塔利乌斯出现在北都的银行，并领走爱德帐户中的钱，他在领完钱后直接回到镇上的医院，没想到却被军方人士暗中跟踪。另一方面，彼得为了寻找格利德而潜入中央军司令部的地底，并在此遇见外表已变成麟的格利德。

为了回兴国而来到尤斯威尔这个东部城镇的梅，受到当地居民的热情款待。这也让原本对自己要抛下亚美斯特利斯的人们独自回国的行为而犹豫的梅，内心感到更为挣扎。另一方面，爱德与达利乌斯为了寻找阿尔而来到罗伊在中央的藏身之处，结果在此遇见了暂时取回身体主导权的麟，麟把父亲大人将在“终将到来之日”当天开起真理之门的这件事告诉爱德。

温莉在“约定之日”到来的前夕回到了利塞布尔的老家，没想到却意外地与爱德重逢。另一方面，与迈尔兹一起暗中来到东部的阿尔，在藏匿处突然又产生了灵魂似乎要被扯回原有肉体的感觉，由于这种感觉发生的间隔越来越短，这也让阿尔感到相当不安。此时，阿尔的行踪居然被格拉托尼发现了，虽然阿尔想要逃走，但此时灵魂又开始遭到肉体的拉扯，最后让阿尔陷入昏迷。

爱德一行人在卡纳马这个部落与霍恩海姆重逢，霍恩海姆也告诉爱德关于他身体的秘密，以及父亲大人将利用在隔天发生的日蚀开启真理之门等事。接着，爱德也将比拿可要他转达的母亲朵莉夏的遗言告诉霍恩海姆。当爱德等人稍做休息，正打算启程前往中央时，阿尔突然出现在他们的面前，虽然爱德很高兴能与阿尔重逢，但格利德体内的麟却察觉到一股诡异的气息。

爱德等人在重新复出的兰芳的帮助下，一口气逆转了战局。但在此时，在另一个地点与普莱德对战的海因凯尔，却因为不论怎么攻击都无法击倒普莱德而陷入苦战。最后周围的灯光也渐渐亮起，让原本被封住的普莱德的影子得以复活。另一方面，在养母的协助下，罗伊查出了塞利姆的真实身份，但此时在他的背后，居然出现了军方的密探。

普莱德以残忍的手段取得了格拉托尼的能力，爱德等人也对他的这种能力束手无策，没多久就被逼到无路可退。此时，被带到其它地方的阿尔总算醒来，当他知道哥哥等人是因为自己而身陷险境时，主动向霍恩海姆提出一个计划。霍恩海姆为了执行这个计划，独自前往挑战普莱德，当他对普莱德发动攻击的瞬间，绕到普莱德背后的阿尔也同时向前狂奔，试图压制普莱德。没想到在最后一刻，阿尔还是被普莱德抓到了。

罗伊挟持布拉德雷夫人作为人质，对中央司令部展开全面反叛，原以为这场叛变会马上遭到镇压，没想到在罗伊一行人的巧妙攻击，以及查理小队等布里克兹军的助阵下，让这场叛变演变为扩及中央全域的激烈巷战。此时，罗伊等人与协助策划这场叛变的某个人物相遇。这个人也告诉罗伊，其实还有一名暗中提供协助的意外人物。

在军方高层的指使下，人偶士兵终于被大量放了出来，这群不畏死亡的不死之身，甚至把理应听令遵从的军方高层人士也加以啃食，接着又袭击了爱德等人。另一方面，公然反叛军方高层的奥利维亚，遭到奉命前来铲除她的斯洛斯的攻击。此时，与被封闭在土堆中的阿尔一起留在卡纳马部落附近的海因凯尔，察觉到普莱德在土堆内不断敲着阿尔头部的行为其实另有意图。但为时已晚，金布利已出现在他背后。

因为海因凯尔的一番话，让阿尔决定使用贤者之石的力量。他利用被封闭在石头中的众多灵魂的力量，对普莱德与金布利两人展开激烈的战斗，丝毫不输给他们两人。另一方面，在阿姆斯特朗的参战后，让奥利维亚对斯洛斯出现了些微的胜机。没想到斯洛斯也随即停止怠惰，认真使出了全力。他的那股隐藏的力量究竟是什么。

布莱达等叛军成员占领了中央的广播电台，他们并将其实真正想发动政变的是军方高层，自己只是为了阻止而行动的这种捏造理由透过电台告诉国民。另一方面，当爱德与斯卡等人正在地底与大量的人偶士兵搏斗时，罗伊与霍克艾，以及梅跟一路追杀着她的恩维也同时出现。第一次见到恩维的罗伊，随即问恩维是不是他杀了休斯。恩维给他的答案是？

罗伊与霍克艾利用两人绝妙的默契，戳破了恩维设下的卑劣陷阱，已超越力量极限的恩维，再次变回宛如小蜥蜴般的模样。罗伊也彷佛遭到什么东西附身似的，坚持要亲手杀死恩维，但是，霍克艾却在此时将枪口朝向罗伊，试图阻止他。就在同时，爱德与斯卡也因为担心罗伊而赶回现场。他们告诉罗伊“若是只为了复仇而复仇，并不会对任何人有助益”。眼看自己追查已久的仇敌就在眼前，罗伊最后会做出什么行动？

巴卡尼亚等人率领的布里克兹军终于占领了中央司令部本部。此时，奥利维亚与阿姆斯特朗正率领着幸存的中央军士兵与大量的人偶士兵战斗，没想到原本被封住行动的斯洛斯又动了起来，并让他们受到濒死的重伤。即使如此，阿姆斯特朗仍不愿逃走，坚持要留下来替在场的士兵们战斗。没想到此时，他们得到了一名意外人物的帮助。

与父亲大人陷入对峙的霍恩海姆，花了漫长的时间，结束与在他体内的53万6329人的灵魂对话后，决定使用他们破坏父亲大人的身体内部。另一方面，布里克兹军虽然对回到中央司令部正面入口的布拉德雷展开全面射击，但布拉德雷却单靠自己一个人就加以击破，巴卡尼亚也在战斗中受到濒死的重伤。即使身处这种生死关键，法尔曼仍拼命地将枪口朝向大总统，此时，原本失踪的格利德居然出现在他们面前。

爱德与罗伊等人为了找出父亲大人的下落而进入地底，并于途中的广场遇见一名装有金假牙的医生。这名自称是“做出金‧布拉德雷的男人”的医生，当他知道罗伊也在场后，随即从身边叫出一群“或许有机会成为布拉德雷”的强悍中年男子，对爱德等人发动袭击。另一方面，格利德与福爷在中央司令部的入口与布拉德雷交战。但纵使两人联手仍无法击倒布拉德雷，福爷甚至还被布拉德雷砍伤。

在福爷与巴卡尼亚赌上性命的联手作战，以及兰芳与布里克兹士兵的协助下，格利德终于成功将布拉德雷从城墙上击落至壕沟内。巴卡尼亚由于曾经帮助福爷，麟为了实现自己在巴卡尼亚死前答应的承诺，因而借助格利德的力量独自对中央军发动猛攻。此时，被无数的黑影之手抓住，并被拉进真理眼中的爱德，与阿尔、伊兹米一起被扔进父亲大人的房间。

在金牙医生与罗伊的对决之地，梅与桑巴诺等人也趁机发动攻击。眼看局势就要逆转，没想到普莱德与原被认为已死亡的布拉德雷居然再次出现。布拉德雷持剑朝着罗伊砍去，并直接将罗伊的手掌刺穿于地面。普莱德随即利用罗伊，并拿金牙医生做为牺牲品，开始强制进行人体炼成。

五个人柱终于聚集于父亲大人面前，但是爱德与阿尔等人仍未放弃，并试图与小梅等人赶在国土炼成阵发动前打倒父亲大人与普莱德。就在同时，布拉德雷与斯卡也在另一个地点展开决斗，虽然布拉德雷身负重伤，但他的动作仍胜于斯卡，并将斯卡逼到无路可走。就在此时，斯卡的左手发出炼成光，并从地面发出尖刺般的石柱将布拉德雷弹开。

父亲大人使用亚美斯多利斯所有国民的性命，从天门引出强大的力量，他并称这股力量为“神的力量”。当一切看似陷入绝望之际，霍恩海姆设下的炼成阵突然启动。另一方面，在另一个地点对战的斯卡与布拉德雷，眼看就要分出胜负。

在霍恩海姆的策略下，成功让父亲大人的身体失去了亚美斯多利斯国民的灵魂。父亲大人为了继续保有体内的神力，开始袭击身边的人们试图藉此取得灵魂。为了消灭父亲大人体内的贤者之石，存活下来的布里克兹士兵与罗伊、阿姆斯特朗等人使出浑身的力量，不断发动攻击。但在父亲大人的反击下，阿尔失去了身体，爱德右手臂的机械铠也遭损毁。眼看父亲大人就要夺走爱德的灵魂，阿尔为了拯救哥哥而不惜做出残酷的决定。

赌上亚美斯多利斯命运的最后一战！

爱德、阿尔的漫长旅途，即将划下休止符。