현세에 부활한 차크라의 시조 카구야. 어떤 공격도 통하지 않는 이 강적을 상대로 고전하는 나루토와 사스케. 하지만 자기들이 패하면 인류가 멸망한다는 사실에 둘은 다시금 결의를 다지는데...

하늘에서 내려온 카구야는 조국의 군주 텐지의 눈에 들어 측실이 된다. 그리고 텐지의 정성에 감동하여 점차 마음을 열게 되는데... 하지만 행복한 시간도 잠시, 이웃한 대국 피국이 생트집을 잡아 조국을 공격하려 한다.

카구야의 두 아들, 하고로모와 하무라는 장성하여 어엿한 청년이 된다. 한편 카구야는 지상을 지배하면서 신수에게 의식이라는 명분으로 사람들을 계속 보내는데... 신수로 향한 사람들이 아무도 돌아오지 않는데 대해 두 아들은 의구심을 갖게 된다.

하고로모와 하무라는 몇날 며칠을 어머니와 싸웠다. 그리고 결국 카구야를 달에 봉인하는데 성공한다. 하지만 카구야는 봉인 직전에 자신의 부활을 위한 실마리를 남기고...

나루토의 작전이 카구야에게 먹히는가 싶었지만 카구야는 여전히 건재했다. 그리고 전장을 얼음 세계로 바꾸고 사스케를 다른 공간으로 날려버린다! 한편 오비토는 사스케를 이 세계로 데려와 나루토와 합류시킬 작전을 짜는데...

호카게들 앞에 나타난 육도선인, 하고로모는 인종의 시작에 대해 이야기하기 시작한다. 어머니 카구야와의 싸움이 나타나고 참회의 길을 떠났던 먼 옛날 일들. 하지만 모든 것이 순조로워보이는 가운데 자신이 깨닫지 못했던 그림자가 도사리고 있었는데...

어린 나이에 인을 엮는 법을 고안해낸 인드라 덕분에 인종은 인술로 발전해간다. 한편 인드라와 아수라의 사이는 실력이 벌어지는 거소가 비례해 서먹해지는데... 인드라를 이용하려는 어둠 속의 존재에 대해서는 아직 아무도 깨닫지 못하고 있었다.

누구를 후계자로 삼을지 고심하던 하고로모는 두 아들에게 과제를 내어준다. 과제는 자신이 회수하지 못한 십미의 파편을 찾아 거기에서 일어나는 문제를 해결하는 것. 이에 아수라는 형이 인종을 이어야 한다는 생각에 당분간 돌아오지 않기로 결심하고 길을 떠난다.

아수라는 병의 원인인 신수를 없애야만 모두 무사할 수 있다고 마을 사람들을 설득한다. 하지만 사람들은 신수가 사라지면 마을이 옛날처럼 황폐해진다면서 이를 받아들이지 않는다. 결국 아수라는 신수를 대신할 우물을 파기로 하는데...

모든 사람들의 예상을 깨고 아수라가 인종의 후계자로 지명된다. 그리고 분노에 사로잡힌 인드라는 힘으로 모든 것을 파괴하려 한다. 하지만 형에 비해 보잘것 없는 것 같았던 아수라의 힘의 원천은 바로 우정이었다.