木ノ葉隠れの里で忍者アカデミーの生徒たちを指導するシノは、生徒の質問に答えるため、自分がまだ下忍だった頃の思い出を話し始めていた。

あるときシノたち第八班は、ターゲットの盗賊忍者を追い詰めたものの取り逃がしたことがあった。その原因のひとつは、シノが敵に弱点をつかれたことだった。気を落とすシノを心配するキバとヒナタ。そんな三人に紅は、里の温泉地に行くよう指示する。温泉地でキズを癒しながら、キバやヒナタと修業に励み、苦手だった接近戦にも対応できるようになってゆくシノ。そんなとき、シノたちが取り逃がした敵が近くにいるとの報せが入る。だが、自分のいたらなさで任務に失敗したことを気にするシノは、キバやヒナタの仲間として戦うことにまだ迷いがあった。

ＴＶアニメ放送５００回突破を記念して、全６話のオリジナルストーリーを放送！ナルトたちにある任務が下された。その任務とは“火の国国境近くの神聖域にあるトニカ村で起こった村人惨殺事件。その犯人を突き止め、然るべき制裁を与えよ”というものだった。久々の任務に張り切るナルトだが、その村に訪れて目に入った光景は、多くの家々が無残にも破壊された激しい戦闘の跡。何故この村は襲われたのか？そしてこの村を襲った人物は一体誰なのか？

クローン九尾に敗れ、祭壇の奥の部屋に閉じ込められてしまったナルトとドック。その二人の前にカブトと意外な人物が現れた。カブトたちの目的は古代の遺産『さえずり』と、その鍵となる『音』。全ての『音』が揃った時、『ホール』の伝承にある強大な『力』がカブトたちのものになってしまう。いくつかの『音』はまだ行方不明だったのだが、ドックを助けに子供たちだけでやってきたレオはカブトと取引をするために残りの『音』を持ってきてしまうのだった。

猪鹿蝶の三人とサクラ、そしてキバはそれぞれ違う戦場にいる。にも関わらず、同じ姿をした少年の穢土転生体が各戦場に同時に現れた。その少年は天気を操り体を押し付けるほどの強烈な雨や雪、雷で攻撃をしかけてくる。苦戦しながらもそれに立ち向かうシカマルやキバたち。しかし、その少年は突然みんなの名前を口にする。なぜこの少年が自分たちの名前を知っているのか…と不思議に思う面々だが、この少年と子供の頃に出会っていた事を少しずつ思い出す。

本物のうちはマダラの相手をする五影たち。一瞬で森を作り出すほどの木遁忍術を使うマダラの圧倒的な攻撃に、五影たちは苦戦を強いられていた。その戦いの中で五影たちは倒れ、オオノキは一時あきらめかけてしまうが、かつてマダラと戦った時のこと、そして子供の頃、当時の土影に言われた言葉を思い出して再び闘志を取り戻し、それに呼応するかのように五影たちも立ち上がる！一方、戦場へ向かおうとしたサスケはある人物を発見し…。

ついにカブトの過去が明かされる。幼い頃、ケガをして記憶を失っていたカブトは、木ノ葉隠れの里で孤児院を営む“ノノウ”という女性に拾われ、“カブト”と名づけられた。資金難で運営に苦しむ孤児院のために、ノノウから教わった医療忍術で忍を治療する仕事をしているとき、カブトは初めて大蛇丸と出会う。その後、三代目火影・ヒルゼンの幼馴染でもあり、暗部養成部隊“根”を組織する“ダンゾウ”が援助金の話のため、大蛇丸と共に孤児院に姿を現す。

十尾の動きを止めることに成功したナルトたち、忍連合の者たちが一斉にオビトとマダラに攻撃を仕掛ける！が、しかし、十尾は突如変形し、尾獣たちとは比べ物にならない威力の尾獣玉を放ち始める。遥か遠くに着弾しているにも関わらず爆発が見える程に強力な尾獣玉。次々と放たれた尾獣玉は遠くの街に着弾し、一瞬で街を消し去ってしまった。しかし何故、遠くばかりを狙うのか？誰もその理由がわからないまま、放たれた尾獣玉は忍連合本部へと飛んで行く。

ナルトの過去の体験が、想いが、心が、全ての忍の意識に流れ込み、忍たちの心を一つにしていく。さらにかつて柱間が思い描いた夢を知り、五影もついにその場に集結し、忍たちは再び希望と闘志を取り戻すのだった。ナルトとサスケのコンビがオビトと激しい戦いを繰り広げている間、そのスキに神樹を切り倒し無限月読を阻止するべく、柱間や扉間、ヒルゼン、そして現五影、大蛇丸ら全ての忍たちが力を合わせ一斉に突撃する！！

動けないサクラを守るように戦ういのとチョウジ。しかし二人も連戦続きのため体力とチャクラが底を尽きかける。この何もできず守られている状況に、かつてナルトとサスケに守られてばかりだった自分を思い出すサクラ。だが綱手の修業を経て、“今の自分ならいのとチョウジを守ることができるはず”とサクラは闘志を燃やし始める。そんなサクラたちにトドメを刺そうと敵の砂の忍は最後の攻撃を仕掛けてくるのだが、果たして、サクラは立ちあがることができるのか！？