Fin de la rétrospective, l’équipe de secours envoyée pour récupérer Sasuke s’est sacrifiée pour permettre à Naruto de le rattraper, Chôji face à Jirôbô, Neji face à Kidômaru, Kiba et Akamaru face à Sakon et Ukon, Shikamaru face à Tayuya et Rock Lee face à Kimimaro. Naruto rejoint Sasuke dans la Vallée de la Fin et ils combattent jusqu’au KO de Naruto ; Sasuke rejoint Orochimaru et Naruto est ramené au village par Kakashi.

La 5e division de l’Alliance Ninja s’apprête à se mettre en route. Dans le ciel, Saï, Zaji et Omoï se font attaquer par Haku ; ils se retrouvent à terre, nez à nez avec ce dernier et ses coéquipiers Zabuza, Pakura et Gari. Ils sont le point d’engager le combat, quand la division de Kakashi intervient. Après avoir laissé cours à quelques souvenirs du Pays des Vagues, Kabuto restreint les sentiments de ses invocations et les lance à l’attaque. Dans la brume de Zabuza, les pouvoirs héréditaires des invocations de la « Réincarnation des âmes » font des ravages parmi les rangs de l’Alliance. Alors que Kakashi s’apprête à lancer la contre-offensive, six nouveau cercueils apparaissent : aux côtés de Zabuza se dresse la dernière génération des « Épéistes légendaires de Kiri ».

L’action se passe entre l’attaque de Pain et le contrôle de Kyûbi par Naruto. Alors que le cimetière de Konoha a été profané, et la faux de Hidan volée dans la forêt des Nara, Tsunade envoie Yamato, Saï, Naruto et Sakura au village de Tonika placé au centre d’un lieu sacré appelé « The Hole », et dont tous les habitants ont été massacrés. Quand ils arrivent sur place, le groupe rencontre la milice d'un village allié voisin, Hachô, qui mène l'enquête sur le drame. Peu après, ils rencontrent Kabuto en train de faire des expériences ; utilisant l’eau autour du village comme catalyseur, il développe des serpents conçus avec les cellules d’Orochimaru pour créer des formes de vie ; il est ainsi parvenu à recréer Hidan qui attaque Yamato. Kabuto invoque avec la « Réincarnation des âmes » Deidara, Hayate et quelques autres ninjas qui engagent le combat avec respectivement Saï, Sakura et la milice de Hachô, tandis que Naruto est entraîné au fond de l’eau par les serpents de Kabuto.

Flashback d’avant la destruction du village ; deux enfants, Mina et Leo parlent de leur sensei Dokku avant d’aller dormir. Au cours de la nuit, ils sont réveillés par des explosions : Deidara et les autres invocations de Kabuto attaquent le village, tuant les habitants et mettant le feu aux maisons. Coincés dans leur maison par un incendie, ils sont sauvés par Dokku qui les entraine loin du village ; avant de repartir sauver d’autres enfants, Dokku laisse sa veste à Mina transie, et leur dit de rejoindre le village de Hachô ; dans la veste, ils trouvent deux étranges barres de métal. Au matin, les enfants parcourent le village carbonisé, sans trouver Dokku ; ils se mettent en route vers Hachô, traversant une étendue aride en suivant un pipeline. Vers la fin de la journée, Mina n’en peut plus et s’effondre. Alors que le soleil se couche, ils voient arriver derrière eux Dokku s’appuyant sur une béquille, avec trois autres enfants.

Alors que le clone Naruto-Kyûbi se débarrasse du parchemin de contrôle de Kabuto et s’apprête à attaquer Dokku, Shiseru et les enfants, il est contré par Gaï et Rock Lee. D’autres ninjas de Konoha arrivent en renfort : Kakashi, Neji, Hinata, Tenten, Shino, Kiba, Shikamaru, Ino et Chôji. En ouvrant les portes célestes, Gaï et Lee parviennent à repousser Naruto-Kyûbi, mais ce dernier agrippe Naruto pour aspirer plus de chakra de Kyûbi, devenant un gigantesque démon à huit queues qui dévaste le village et peut tirer des « Orbes du démon ». Les villageois s’enfuient, aidés par les ninjas ; dans leur fuite, Dokku, Shiseru et les enfants voient Naruto évanoui qui a été lancé par le démon. Dokku tente de s’enfuir avec Naruto sur le dos, mais trébuche ; au moment où le démon s’apprête à les écraser, Kabuto invoque un serpent qui surgit sous eux et les avale.

Le démon, perdant rapidement de sa puissance, est récupéré par Kabuto qui arrête le combat et retire ses troupes ; bien qu’une partie du village soit détruite, il n’y a pas de victimes à déplorer, mais Naruto et Dokku sont prisonniers, et les enfants rescapés de Tonika sont traumatisés à nouveau. Dokku repense à sa conversation avec Shiseru ayant suivi la gifle qu’elle a donnée à Mina ; elle lui avait proposé de vivre en couple et d’adopter les enfants, mais il l’avait repoussée, se sentant toujours coupable de sa chute. Alors que Naruto, entravé par les serpents de Kabuto, se laisse envahir par Kyûbi, Dokku lui fait se rappeler pourquoi il a voulu devenir plus puissant et lui dit que ce désir de protéger ses amis est la source de sa force ; revoyant son père, Naruto repousse Kyûbi, et Dokku lui remet son bandeau protecteur qu’il a ramassé, lui disant qu’il croit en sa puissance et en sa bonté. Leo décide d’aller sauver Dokku en l’échange de la partie du trésor qui se trouve dans le manteau que Mina a conservé. Dokku et Naruto voient s’approcher Kabuto avec deux ninjas et le chef du village de Hachô. Ce dernier fait apparaître la partie du trésor qu’ils possèdent déjà.

Disonas est tué par le démon sorti du rayon de puissance ; Naruto engage le combat contre ce dernier mais est blessé sérieusement ; Kyûbi lui prête alors de son chakra. Dokku et Shiseru décident d’aller arrêter le rayon de puissance et font leurs adieux aux orphelins, pensant y laisser leur vie ; Shiseru se réconcilie avec Mina. En cours de route, Dokku demande à Shiseru de l’épouser s’ils s’en sortent ; arrivés devant le mécanisme générant les mélodies, Dokku se souvient d’un air que Mina fredonnait et comprend que c’est celui qui arrêtera le rayon. Blessé à nouveau, Naruto prend la forme de Kyûbi et perd le contrôle. Avant que Dokku ne puisse activer la mélodie, la terre se fissure sous l’action du combat des deux démons et il rattrape de justesse la main de Shiseru avant qu’elle ne tombe dans la lave, mais il ne peut la remonter. Ils s’avouent qu’ils s’aiment mutuellement depuis le jour de la chute de Shiseru, et elle supplie Dokku de la laisser tomber pour faire son devoir. Yamato tente de bloquer Kyûbi avec son mokuton, mais n’y parvient pas ; en suppliant Naruto de ne pas abandonner, Mina parvient à lui faire reprendre sa forme normale et le supplie de sauver ses nouveaux parents adoptifs ; tous les enfants reprennent la supplique en cœur. Shiseru donne une impulsion pour que Dokku la lâche, et tombe dans le vide ; en un éclair, Naruto la rattrape et demande à Dokku d’arrêter le rayon avant de détruire d’un « Orbe Tourbillonnant » dopé par le chakra de Kyûbi le démon qui en est issu. Dokku active la mélodie et tout redevient normal ; Kabuto s’en va, Dokku, Shiseru et les enfants se retrouvent et tout le monde remercie Naruto.

En prenant le contrôle de Mû, Kabuto explique à Madara qu’il l’a invoqué plus fort qu’il n‘était à son apogée. Ce dernier attaque la 4e division, qu’il domine facilement sans même utiliser de ninjutsu. Naruto, qui est à court de chakra, ne peut agir face à ce nouvel adversaire, qui envoie soudainement une gigantesque attaque katon sur les ninjas, qui peinent à la contenir avec leurs techniques suiton. Madara envoie ensuite une grêle de boules de feu, et utilise la fumée comme écran pour surprendre ses adversaires. Gaara réagit en protégeant les ninjas avec son sable, et avec l’aide de Naruto et Oonoki, ils parviennent à coincer Madara, qui déclenche son Susanô, pour se défendre du « Méga-orbe tourbillonnant » de Naruto. Ce dernier parvient finalement à utiliser le mode « ermite », et tandis que Gaara tire Madara hors de son Susanô, il l’attaque avec un « Orbe shuriken » ; cependant, Madara active son Rinnegan, et absorbe l’attaque. En composant un double mudrā avec les quatre bras de son Susanô, Madara invoque une météorite qui vient s’écraser sur le champ de bataille. Alors que Oonoki parvient, à force de techniques d’allègement, à l’arrêter, une seconde météorite s’écrase sur la première, semant la désolation. Seuls quelques ninjas, ont survécu, dont Gaara, Oonoki et Naruto, et Madara tente d’invoquer Kyûbi, sans succès. Voulant tester les cellules de Hashirama Senju qui lui ont été greffées, Madara utilise alors la technique de la « Naissance de la forêt ».

Kabuto a bénéficié des enseignements des Serpents Blancs ! Plus que jamais, les frères Uchiwa vont devoir laisser de côté leur rancoeur et unir leurs forces !