村で調査を進めるナルトたちの前にカブトが現れた。穢土転生の術でデイダラや木ノ葉の忍・ハヤテが襲ってくる中、カブトを捕まえようとナルトたちは奮闘するのだがからくも逃げられてしまう。一方、近くの町に逃げ延びていた小太りの男・ドックと子供たち。幼いミィナはいつも何故か不思議なメロディを口ずさんでいる。ナルトたちもその町を訪れてトニカ村の『ホール』の伝承と『力』について知るのだが、カブトの出現はその伝承と『力』が関係するのか？

村の生き残りであるドックたちを守るため、ナルトとサクラはシセルの家で寝泊りする事に。ナルトと子供たちは一緒に過ごす事で仲良くなってゆくのだが、村の襲撃で親を亡くした彼らは寂しさに絶えきれず泣きだしてしまう。ドックとシセル、二人の存在がそんな彼らを家族へと繋いでゆく中、ナルトは息が上がってしまう程に体調を崩してしまうのだった。皆は心配そうに見守るのだが、そんなナルトにミィナは何故か「出てけッ！出てけッ！」と何度も叫びだす。

アシュラとインドラの時代から、現在にいたる第四次忍界大戦勃発と無限月読（むげんつくよみ）の発動は全て黒ゼツが暗躍して描いた筋書きだった。忍の物語は全て母・カグヤが復活するための物語だと語る黒ゼツ。しかしナルトは「お前らだけが忍の歴史じゃねーんだよ！！」とそれを否定する。カグヤを封印するため協力し合うナルトとサスケだがカグヤに対抗する手段が見つからない。そんな時ナルトは“あの術”で攻める作戦をサスケに提案する。

「火影を超す！んでもって、里の奴ら全員にオレの存在を認めさせてやるんだ！」その言葉の通り自分の忍道を貫き続けたナルトは今や、誰からも認められる忍へと成長し、世界を救い英雄となった。そんなナルトがこれから歩む道とは…？　さらに忍世界の行く末はどうなるのか!?

皆の心の中を、まさに疾風のごとく駆け抜けていったうずまきナルトの物語。

ナルトとサスケが終末の谷で激突したラストバトル。その後、第四次忍界大戦は終結し、サスケは過去に犯した罪を償うため一度も木ノ葉隠れの里に帰ることなく一人旅を続けている――

そんな折、木ノ葉隠れの里では忍が行方不明になる事件が勃発。六代目火影となったカカシやナルトが危惧する中、今度は謎の忍たちが里を襲撃する。

この贖罪の旅の果てに、サスケが見る未来とは――

大蛇丸（オロチまる）の導きで闘技場（コロシアム）へとやってきたサスケは、事件の手掛かりを知るという御屋城（おやしろ）エンをおびき出す為、御屋城の手札と対決を迫られる。しかし、そこにも起爆人間が出現しサスケを襲う。試合は中断となり、御屋城に会うチャンスを失ったかに思われたが、写輪眼を持つサスケに興味を持った御屋城は自らサスケに接触してくる。そこでサスケは今回の事件に意外にも“うちは一族”が関係していることを知らされる。

第四次忍界大戦から二年。「めんどくせー」が口癖であるシカマルは今や、木ノ葉隠れの里、そして忍連合においても責任ある立場となり重要な仕事を任せられていた。仕事に忙殺される日々が続き、いつしか雲を見ることすら忘れ自分らしさを失っていくシカマル。そしてある日、忍が大量失踪する事件が勃発し、シカマルは自分らしさからは程遠い“暗殺任務”へと赴くことになる。

シカマルの絶体絶命のピンチに、いの、チョウジ、そしてテマリが援軍として駆けつける！心を奪われてしまった朧をチョウジが。鏃をテマリが。そしてサイの心を取り戻すためいのが、それぞれ激闘を繰り広げる。

一方、シカマルはゲンゴを追う。忍が生きやすい世界を作るという大儀の名のもとに、忍を集め、操り、戦争を起こす野望を持つゲンゴ。シカマルはゲンゴの野望を打ち砕き、平和を取り戻す事ができるのか!?最終決戦がついに始まる!!

シノとキバはまだ何を贈ればよいか決めていなかった。二人はヒナタと同じ第八班のメンバー。ヒナタは結婚という道を選び、キバは火影になるという目標に向かって突き進んでいる。しかしシノはまだ、これから先の事を何も決めていない。ヒナタが結婚するとなれば、これから一緒に行動することも少なくなり、この極秘任務が“第八班最後の任務”になる。前へ向かって進んで行く二人とは違い、何も決まらないままシノはこの最後の任務へと赴くが…。