어느 재빠른 자에게 당한 닌자들. 그곳에 황급히 달려온 가이가 본 정체는 예토전생의 몸인 첸 노사라는 노인이었다. 보기에는 약해 보이지만, 과거에 나뭇잎 마을의 영웅이었던 최강 체술자. 그런 상대와 싸우는 것에 가이는 감격하지만, 고전을 면치 못한다. 가이의 위기에 리가 급히 달려 오지만 첸이 죽은 것은 리가 태어나기 전임에도 불구하고 리는 그 노인과 만난 적이 있다고 말한다. 과연 두 사람의 과거에 무슨 일이 있었던 것일까?!

백제츠로 각 전장은 혼란스럽다. 시카마루의 부대는 동료끼리의 싸움을 피하기 위해 움직이지 않고, 의료부대에서는 백제츠의 침입을 막기 위해서는 부상자 치료 하기가 어려웠다. 네지가 있는 전장에서는 자기편으로 끌어들이기 위한 백제츠의 공격으로 히나타가 절체절명의 위기에 빠지지만, 그 곳에 나루토가 도착한다! 각 전장에 도착한 나루토의 감지능력으로 백제츠를 쓰러트리는 닌자 연합군. 기세 역전으로 닌자연합의 사기가 오르는 가운데, 누구도 눈치 채지 못한 예토전생으로 어느 인물이 소생한다.

대부분의 닌자가 전쟁에 동원된 나뭇잎마을에서는 사스케가 만든 소대 ‘매’의 멤버 한사람 카린이 포로가 되어 있다. 한편, 같은 ‘매’의 멤버인 스이게츠와 쥬고는 사스케를 찾기 위해 오로치마루의 아지트에 들어가는데, 그 곳에서 이 전쟁과 관련 있는 중대한 물건을 발견한다. 그리고 제4차 닌자대전이 끝나가는 가운데, 아카츠키의 아지트에서 안정을 취하던 사스케는 바깥에 나가 전쟁이 난 것을 알고 마침내 나루토에게 가기로 결심한다.

사스케와 함께 합류한 스이게츠와 쥬고. 스이게츠가 손에 넣은 두루마리를 본 사스케는 만나지 않으면 안 되는 녀석이 있다고 말하고, 오로치마루를 부활 시키려고 한다. 오로치마루는 위험하다고 스이게츠가 극구 반대하지만 사스케는 미타라시 앙코의 주인를 이용하여 오로치마루를 부활 시킨다! 마을을 지키려고 했던 이치타의 감정은 어떤지, 자신이 어떻게 해야 하는지, 어떻게 행동해야하는지 알고 싶다고 말하는 사스케에게 오로치마루는 협력을 약속하고, 마침내 ‘매’의 멤버로 오로치마루가 행동을 개시한다!!

히루젠은 바위 마을과 평화협상을 체결하고 전쟁의 책임을 들어 사퇴한다. 그리고 나미카제 미나토가 나뭇잎 마을의 4대 호카게로 취임하게 되는데... 오비토와 린 때문에 밤낮없이 괴로워하는 카카시에게 미나토로부터 새로운 명령이 내려진다.

오로치마루의 탈주로부터 3년, 아직 마을에는 그 그림자가 서려 있었다. 그러던 어느 날, 카카시는 새로 발견된 오로치마루의 비밀연구시설 조사를 맡게 되는데... 임무를 위해 시설로 향하는 카카시의 뒤를 쫓는 그림자가 있었다.