Guy pelea contra el Maestro Chen el cual solo pelea con Taijutsu lo que lo hace muy poderoso, Lee va en su ayuda y al ver a Chen este recuerda como años atrás le pidió que le enseñara el Konoha Ryuujin una técnica muy poderosa, pero este se niega y le dice que renuncie a ser shinobi, Lee sigue persistente por varios días hasta que es golpeado con esta técnica y cae inconsciente. De vuelta en la guerra el maestro Chen nuevamente utiliza el Konoha Ryuujin pero Lee sabe que los ojos del dragón es el mismo remolino por lo que utiliza el Loto Primario acabando con la técnica de Chen que queda impresionado y felicita a Lee por no rendirse.

Jūgo y Suigetsu se dirigen a la guarida favorita de Orochimaru con la esperanza de encontrar allí a Sasuke, mientras que Karin la cual esta prisionera planea su escape, Jūgo pregunta a Suigetsu porque se unió a Sasuke donde conformaron Hebi y Taka, a lo que este recuerda como fue liberado y reclutado junto con lo otros con el objetivo de asesinar a Itachi, después de eso capturar al Hachibi y más adelante la lucha contra el Raikage en la cumbre. A lo que Suigetsu termina de hablar Jūgo libera su instinto asesino donde éste lanza un ataque el cual revela un cuarto secreto de Orochimaru donde Suigetsu descubre un pergamino el cual ayudaría a controlar la guerra, una vez se hacen con el pergamino salen de la guarida y prosiguen su búsqueda hacia Sasuke. Mientras que un grupo de Zetsus Blancos alcanzan a Sasuke donde este libera el Susanō y los acaba en un instante e inmediatamente interroga a un Zetsu donde le habla la razón de la guerra, a lo que Sasuke queda maravillado por sus nuevos ojos dándole gracias a Itachi y además recuerda su último encuentro con Naruto y su objetivo de destruir Konoha.

El equipo Taka se reúne nuevamente donde Suigetsu le entrega el pergamino a Sasuke, y Jūgo carga a Anko, al leer el pergamino Sasuke decide resucitar al "Hombre que los sabe todo" por lo que toman un pedazo del cuerpo de Kabuto y lo fusionan con el sello maldito de Anko donde Sasuke realiza el Kaija Houin donde una serpiente aparece y de la boca sale Orochimaru el cual está al tanto de la guerra ya que su conciencia estaba en el sello pero no tiene la intención de participar en esta. Tras una charla donde Sasuke quiere saber que es la aldea, el clan y las demás cosas, después que Orochimaru recupera su poder al absorber el de Kabuto deciden partir al lugar que Sasuke conoce. En otra parte el Gedo Mazō sigue alborotándose después de abrir sus nueve ojos, Tobi alega que el Jūbi esta por renacer donde Kakashi deduce que el Mazō es el recipiente de este. Kurama cambia con Naruto y explica lo sucedido las armas del Rikudō Sennin, los hermanos Ginkaku y Kinkaku y el porque tenían su chakra, Naruto sin saber nada conoce acerca de el Jūbi el cual es la creación y destrucción de todo, Tobi replica que su objetivo es cumplir el Tsukuyomi Infinito cueste lo que cueste por lo que la resurrección no debe ser perfecta, donde Naruto y los demás hablan de sus sueños los cuales pueden cumplirse sin más este se lanza al ataque.

Danzo ordena a Tenzo que mate a Kakashi y se lleve su Sharingan. Reacio al principio, Tenzo decide cumplir sus órdenes después de enterarse de que Leaf Shinobi ha llegado a ser conocido como "Kakashi, el amigo asesino".

Orochimaru llega con su equipo a Konoha con el fin de. Por otro lado Naruto se prepara para brindarles Chakra a todos los shinobis, logrando dárselos a unos pocos, Obito ataca a la alianza pero es retenido por Hinata y Chōuji, mientras que Shikamaru e Ino recuerdan las últimas palabras de sus padres, se preparan para ejecutar el último plan para detener al Jūbi, el equipo Ino-Shika-Cho logra retener al Jūbi por un tiempo hasta que Naruto logra dar el Chakra de Kurama a todos, así la alianza se lanza con todo donde logran cortarle dos colas al Jūbi y separar a Obito y Madara de la bestia, alegando que la voluntad de Neji no ha muerto. En Konoha Sasuke y los demás se dirigen a las ruinas de un templo del clan Uzumaki donde Orochimaru escoge una máscara del Shinigami, y tras dirigirse al templo Nakano de los Uchiha, este invoca a Shiki Fūjin, donde Orochimaru recupera sus brazos y libera cuatro almas que lo saben todo donde usando a cuatro Zetsus como contenedores realiza el Edo Tensei y resucita a los cuatro hokages

Naruto y Sasuke unen sus fuerzas para pelear contra Obito, para lo cual el Kyubi es envuelto en el Susanō resultando en una apariencia similar a la que obtuvo Madara contra la batalla con Hashirama, Obito al ver esto moldea y crea la Nunoboko espada con la cual Rikudō Sennin construyó el mundo. Mientras que Obito alega que el mundo pronto caerá en el Tsukuyomi infinito, Naruto le habla a sus demás compañeros, pues de las colas de Kurama, Naruto crea nueve Rasengan por cada compañero, con el objetivo de lograr destruir el escudo de Obito. Seguidamente, Naruto y Sasuke logran herirlo, el plan resulta y, justo cuando la espada de Susanō parece alcanzar a Obito, este observa en Naruto como pudo haber sido su vida si hubiera vuelto a Konoha, donde junto con Kakashi y sus demás compañeros llagaban a ser los mejores, y finalmente se convertía en Hokage. Nuevamente, en la batalla, Obito se pregunta porque observa eso mientras la Nunoboko es destruida de a poco para finalmente ser cortado en el costado derecho. Inmediatamente, los bijūs intentan escapar. Gracias al chakra de los bijūs que recibió anteriormente, ahora Naruto debe halar el chakra para sacarlo de Obito, recibiendo ayuda de Gaara y Killer Bee. Mientras tanto, Shikamaru se comunica con la alianza para ayudar a Naruto. Es así como todos los shinobis comienzan a tirar del chakra. Ante esto, Obito logra ver a Naruto y toda la alianza en su interior y Naruto alega que Obito tenía el mismo sueño que él y que logrará quitarle esa máscara que lo oculta.

Tsunade pretende organizar nuevamente los exámenes Chunnin en Konoha después de dos años, pero Gaara propone realizarlos en la Aldea de la Arena y además, hacerse conocer como el nuevo Kazekage. Pero, la verdadera intención de los exámenes es saber como responderá Akatsuki, ya que Gaara es un Jinchūriki. Los dos kages, Tsunade y Gaara, llegan a un acuerdo para que una prueba del examen se haga en cada aldea. Tras tener todo preparado, Tsunade hace una invitación a las cinco grandes naciones para saber como responderán, pero las aldeas de la Nube, la Roca y la niebla no aceptan la invitación. Ahora, Kakashi deberá llevar la invitación del examen a la Aldea de la Lluvia donde, además deberá obtener información sobre dicha aldea.

Tsunade es alcanzada por el Tsukuyomi infinito, y en él recibe un relato de Jiraiya llamado Las crónicas ninja de Jiraiya, en el que relata la historia de Naruto, donde sus padres Minato y Kuchina están vivos y Minato sigue siendo el cuarto Hokage. Naruto es temido por ser el jinchuriki del Kyubi, pero a la vez, es tratado de una manera distinta por ser el hijo del Hokage. Un genin vuelve medio muerto a la aldea a causa de un ataque de desconocidos, donde todos los Jounin terminaron desaparecidos excepto el. Para que Naruto pueda controlar de una vez el poder del Kyubi, es enviado a una misión sumamente difícil para rescatar a los shinobis desaparecidos, junto con el equipo 7, 8, 9 y 10.

Sasuke emplea la policía militar con tiranía, logrando bajar los crímenes de la Aldea pero a la vez aumentando el descontento de los aldeanos. Naruto regresa a la Aldea y decide detener a Sasuke, pero Danzo interviene al ver que Naruto es mucho más fuerte que Sasuke. Frustrado, Sasuke libera a su escuadrón de órdenes, por lo que van a la casa del Hokage a arrestar a Naruto. A causa de esto, el escuadrón de Sasuke es aprisionado, por lo que Fugaku expulsa a Sasuke de la policía militar. Tras lo acontecido, Sasuke le pide consejo a Danzo, quien le asesora visitar a Orochimaru abandonando la aldea.

Obito Uchiha invoca al Kyūbi para que destruya Konoha, ante tal ataque Itachi se dirige a la zona de evacuación y en el camino salva a Izumi Uchiha, el Kyūbi finalmente es sellado en Naruto. Inician las labores de reconstrucción de la aldea y es llevada a cabo una reunión entre el Hokage y las altas autoridades de Konoha con el objeto de reubicar a los clanes en caso ocurriera otro ataque. Danzō, quien está a cargo de ello, recibe el aval del tercer Hokage y traslada al clan Uchiha a una zona apartada de la aldea, con la excusa que tendrán cerca el nuevo sitio de entrenamiento. La miembros de la policía militar se quejan con su comandante, Fugaku Uchiha, sobre la decisión de las altas autoridades de la aldea al pensarlos responsables de esa desgracia, pues los rumores son que el Kyūbi fue manipulado con el Sharingan. Fugaku insta a sus subordinados a seguir las órdenes para evitar un conflicto mayor y da por terminada la reunión. Al terminar, Itachi le pide a su padre que le enseñe una técnica, decidiéndose por el Katon Gōkakyū no Jutsu, su hijo la hace a la perfección en el primer intento. Itachi es inscrito en la academia ninja y sobresale en todas las áreas por lo que decide entrenar por su cuenta; en el campo de entrenamiento se encuentra con Shisui, quien le comparte sus conocimientos. Para aprovechar el tiempo, Itachi crea un clon de sombras para que asista a la academia mientras el entrena con Shisui, no obstante, unos bravucones de la academia lo golpean y su clon desaparece, esto llama la atención de uno de los profesores, quien se reunió con el tercer Hokage, instándolo a promover a Itachi por sus grandes habilidades a tan temprana edad, así el pequeño prodigio Uchiha se gradúa durante el primer año.

Zetsu continúa su relato a Naruto y Sasuke, en donde principalmente les cuenta sobre los hijos que tuvo Kaguya con Tenji. Una vez adultos los hijos de Kaguya, Hagoromo y Hamura terminan por convertirse en intermediarios de su madre con el pueblo de las tierras de So, mientras que Gamamura un pequeño sapo, observa a Kaguya quien a su vez, observa continuamente al cielo. Unos hombres discuten por que uno de ellos recibe toda el agua de un río importante, ya que su campo se encuentra cercano al principio del río, y el flujo del agua se ha reducido repentinamente. Hagoromo decide ver que sucede río arriba y parte junto con Hamura, al lugar se encuentran con una roca gigante en donde Gamamura revela que ha sido el quien ha puesto la roca. Como en el lugar habitan osos salvajes, Gamamura aprovecha para demostrar que ha sido él quien ha puesto la roca derribando fácilmente a un oso, diciendo que sus intenciones eran provocar toda esa situación anterior para poder conversar con ellos. Gamamura le revela a Hagoromo y a Hamura que el gran árbol del Shinjuu está absorbiendo la fuerza y recursos naturales del planeta, así como la energía vital de las personas que lo habitan, para que ellos mismos corroboren su versión, Gamamura les aconseja que ellos mismos vayan a investigar el gran árbol del Shinjuu. Hagoromo nota que una mujer a quien aprecia, llamada Haori, se dirige al gran árbol del Shinjuu junto a otras personas para realizar la tradición del Shinjuu. Molesto, le pide a su madre Kaguya que elimine la tradición del shinjuu ya que nadie vuelve luego de la tradición, pero Kaguya lo reprende justificándolo por la llegada de alguien desde los cielos y vuelve a ausentarse. Hagoromo decide investigar el gran árbol del Shinjuu junto a Hamura, y en el lugar encuentran a un centenar de personas incluida Haori quien se encuentra sin vida en un capullo del Tsukuyomi, y al verla en ese estado Hagoromo despierta un Sharingan con tres aspas. Hagoromo decide visitar junto a Hamura a Gamamura, quien los lleva al país de los sapos, en donde les explica que se puede entrenar en dicho lugar para poder usar la energía natural llamada poder sabio. También, les cuenta toda la historia pasada de Kaguya desde una esfera de cristal, por lo que Hagoromo decide hablar con su madre pero antes le pide a Gamamura que le enseñe a usar el poder del sabio. Tiempo después, Kaguya le pregunta a Hamura sobre Hagoromo, pero este le miente causando la ira de Kaguya con este.

Hagoromo explica a los Hokages la situación en la que se encuentran los demás y les pide su ayuda para elaborar un jutsu cuando el momento sea el oportuno. Mientras tanto, en otra dimensión, Óbito desfallece pues le quedan pocas energías y tiempo de vida, le preocupa incumplir otra promesa y recuerda sus momentos en Konoha con Rin, Kakashi y Minato, así, saca fuerzas de debilidad y regresa a la dimensión de hielo junto con Sakura y Sasuke. La pelea entre Naruto y Kaguya continúa, esta ha determinado que el original es aquel quien porta las Gudou Damas por lo que le ataca con su Tomogoroshi no Haikotsu, los demás clones se interponen y bloquean el ataque. Mientras, Kakashi medita en la frustración que siente al no poder ayudar a los demás; Óbito, Sakura y Sasuke regresan y ante esa distracción Kaguya atrapa a Naruto y lo atraviesa con uno de sus huesos, se convierte en ceniza y muere, sin embargo, en esta ocasión también se trataba de un clon de sombras, a quien había traspasado sus Gudou Damas. Kaguya comprende que ahora que Naruto y Sasuke están reunidos no hay otra opción y debe utilizar cuanto chakra sea necesario, por lo que les traslada a una dimensión con supergravedad, los movimientos se vuelven complicados para todos, inclusive para Kaguya, quien vuelve a utilizar su técnica mortal para convertir en ceniza a Naruto y Sasuke logrando esquivar el primer ataque, a pesar de ello, ante el segundo se encuentran indefensos. Kakashi piensa que quizá esa sea la última forma en que puede ayudar y corre junto con Óbito para servir como escudo; pareciera que ambos no llegarán a bloquear el ataque, pero el espíritu de Rin interviene, les toma de las manos y les da ese impulso que necesitaban para colocarse frente a Sasuke y Naruto. Ambos están listos para morir, pero Óbito, utilizando por última vez su Kamui, envía a otra dimensión el proyectil de hueso que se dirige hacia Kakashi, salvándole de una muerte segura.

Shino debate sobre que obsequiar a Naruto y Hinata, junto con Kiba visitan a Kurenai y Mirai, así deciden obtener hidromiel como regalo. Kiba expresa que esta será la última misión del Equipo 8 por lo que Shino piensa en que será de su futuro. Para cumplir con la misión viajan a Soroku, ahí se encuentran con Tamaki, de quien Kiba rápidamente se enamora, ella les indica que encontrarán al apicultor en el bosque de bambú. Una vez ahí, Shino y Kiba se pierden en la niebla, sin embargo Shino encuentra al apicultor, que combate a Shino en vano. A cambio, le entrega un contenedor de hidromiel pero le dice que permanecerá atrapado en la niebla mientras tenga dudas debido al jutsu del apicultor. Shino resuelve esto al decidir apoyar a sus compañeros de equipo, sin importar lo que cambien sus vidas. Los muchachos regresan a Konoha e Iruka le dice a Shino que debería ser maestro por la facilidad que muestra para con los niños rebeldes.