卡卡西知道了天藏打算取自己的性命，因而大为震惊。就在此时，大蛇丸的研究素材大蛇突然袭击了卡卡西和天藏。两人即将被大蛇吞掉而丧命之时，救了天藏的竟然是本该与他为敌的卡卡西。天藏也由此知道，“残杀同伴的卡卡西”其实比谁都重视同伴的性命。

　　但，隶属于规章严格的“根”的天藏由于犯了放弃任务的罪，其性命也被团藏盯上了——。

纲手继续读着自来也所写的小说。这本小说描写的是以鸣人为主角，水门、玖辛奈和鼬都还活着的另一个木叶村的故事。突然间，经验丰富的中忍和上忍们下落不明，遵照四代目火影·水门的命令，隶属凯班和红班等下忍们开始了下落不明者的探索任务。卡卡西带的第七班也出动了，身为主人公的漩涡鸣人与他火影之子的身份无关，被贴上了吊车尾的标签。

自来也小队向面具男报告情况。他们说道「他们曾一度以任务优先而离开了，可后来为了救孩子又折返了回来。」原以为相比任务更重视人命的木叶下忍们的行为能够令面具男感到满意，可是面具男却命令他们继续监视任务。另外一方面，动弹不得的鸣人因为自己的软弱无力而懊恼。这时候，他回想起了父亲·水门为什么要将九尾封印到自己的体内。水门是因为相信鸣人会为了守护某种重要的事物会用到那力量才会实行封印的。

常常被富岳拿来和鼬比较，进而得不到父亲关注备受苛责的佐助。之后被逼得过紧的佐助与鸣人发生了冲突，二人都用上了新学的忍术开始互相攻击。不过，在事态无法挽回前被水门制止了。通过这次打架意识到自己跟鸣人之间实力差距的佐助，抱着必须赢过他的想法加入了木叶警务部队。然后，佐助打算拜某个大人物为师。

多亏宁次、小李和天天拼上性命拦截“根”的人，鸣人才得以到达佐助目的地的那座塔。但是，为时已晚，想将佐助变为自己下一次容器的大蛇丸已经出现。大蛇丸将咒印给了佐助，由于疼痛太过猛烈佐助不由大叫出声。好像呼应那叫声一般，鸣人体内的九尾暴走，不由自主来到了佐助所待的屋顶。鸣人和佐助终于面对面了。一心想要将佐助带回去的鸣人和佐助发生了冲突！！

鼬从忍者学校毕业成为了一名下忍，和别人结成了小组。小组成员有出云天满和稻荷新香二人。负责的上忍是水无月勇气，小队接到了猫吧发出的委托然后出动了。委托内容是找到迷路的猫。不过这不是普通的猫而是忍猫。鼬他们赶到了全是猫的猫魔殿，装备上了并非忍具而是“猫具”的装备。天满他们对于鼬来说是最初的伙伴。最终，任务会怎样发展…？

由于大蛇丸发动了“摧毁木叶”，村子遭到了破坏，三代目火影·日斩殒命。按照佩恩的命令，鼬和鬼鲛来到木叶调查村子状况和九尾人柱力。这时鼬遇到了自己不惜背负骂名才得以幸存下来的佐助。至此关于鼬的全部真相大白于天下，鼬真传篇完结！舞台再次回到第四次忍界大战的战场——斑同鸣人他们对峙。已经坚信自己赢了斑却…？