危篤状態のカンクロウの治療を開始するサクラ。修業期間を経、一人前の医療忍者となったサクラは皆が目を見張る鮮やかな手並みで完璧な処置を施していく。初めこそ仇敵である木ノ葉に不信感を募らせていたチヨばあだが、砂の危機に直弟子を遣わす綱手の心遣い、またサクラの懸命な治療に心を打たれ、時代の変化を知るのだった。一命を取り留めたカンクロウは暁追跡への手掛かりを提供。早速カカシは忍犬による追跡を開始する。

遂に訪れるスパイ拘束の日。かねてよりの作戦通り、サソリに変化したヤマトが待ち受ける中、姿を見せる暁のスパイ。だがなんとその正体は薬師カブトだった。驚きを隠せないナルト達だが、更にそこにカブトを尾行してきた大蛇丸が突如参戦し、怒涛の急展開に突入する！

さすがに焦りをにじませる隊長ヤマト。想定外の窮地に陥るカカシ班の運命と任務の行方は――！？

ダンゾウの目的が「大蛇丸と組んでの第二の木ノ葉崩し」と知り戦慄するナルト達。暴走の後遺症が残るナルトの身を案じるサクラだが「大蛇丸相手にチャンスは二度ない」とのヤマトの説得を受け、早速追跡を開始する。しかしサクラの脱落により程なく追跡休止を余儀なくされるカカシ班。実は九尾化したナルトから受けた傷は思いのほかサクラを苦しめていたのだ。一方、分身ヤマトの追尾に気付いた大蛇丸一行は追っ手をまくために、同行のサイを使ったある手段に出るが――。

最後の隠し墓が暴かれたとの連絡を受け、急ぎ柩の行方を追うナルト達。しかしそれはナルト達を呼び込むための敵の罠だった。柩を強奪するのみならず、わざわざ戦闘に持ち込もうとする敵の真意を測りかねるヤマトだが、有無を言わさず戦闘が開始される。一方木ノ葉では、いまだに読めぬダンゾウの思惑や、暁や大蛇丸の動きなど…数々の不安材料に頭を痛める綱手の姿があった。

頭刻苦の猛烈な火遁攻撃をかろうじてかわすシカマル達。だが、写輪眼と雷切を連続で使ったカカシには疲労が蓄積していた。不死身である飛段と角都を倒す為には、敵を分断するしかないと判断するシカマルは自ら進んで飛段を角都から遠ざけるための陽動役を買って出る。シカマルに飛段を任せ、角都の相手を引き受けるカカシだが――その時、不意に明かされた、角都の恐るべき秘密とは…？

蝙蝠を使って、紅蓮たちを追尾する木ノ葉達。その行く先に大量のチャクラの気配を感じ取る赤丸とキバ。ただならぬ事態が起こりつつあると確信するカカシは、現れたリンジ達との交戦に入る直前にナルトを湖に向かわせることに。その頃、湖では紅蓮達による三尾捕獲作戦が展開していた。幽鬼丸の消耗により制御不能となる三尾を力づくで押さえつける紅蓮。その紅蓮に危機が迫った時、幽鬼丸が発揮するおもわぬ力とは…？　ガマ吉、ガマ竜と共に湖にたどり着いたナルトは信じられないものを目撃する。

蝦蟇のガマ五郎の腹中に隠れ、雨隠れへの潜入を果たす自来也。早速情報収集を開始する自来也だが、里内に内戦の影は見えない。里人達は前の里長・山椒魚の半蔵の影が一切払拭された街でペインを長とあがめていた。違和感を覚え、現在の半蔵の所在と更なるペインの情報を求める自来也は、下忍二人を拘束し、尋問する。結果、半蔵が一族郎党共々抹殺された事を知るが――。しかし自来也の動向は、既に雨隠れ新里長である暁の首領・ペインに察知されていた。

中忍試験で我愛羅戦に受けた傷が癒えず、ロック・リーが入院生活を余儀なくされている頃。ふとしたことから、ナルトはリーのためにガイが作成した特製青春ドリンクを飲み干してしまう。慌ててガイにドリンクの追加作成を依頼するが、そのために必要な薬『徐福草』の在庫は切れてしまっていた。次の任務の行き先が徐福草の生息地だと知ったナルトは、リーのため、徐福草の入手を決意するが…。

大名の妹が大切にしている黄金像を取り戻す為、盗賊を追う第七班。二手に分かれる必要があるため、連絡手段を残してカカシが去った所で、件の盗賊団が目の前に現れた。指示通りカカシに連絡しようとするサクラだが、功を焦ったナルトとサスケが飛び出してしまう。結果、黄金像は取り戻せたものの、連絡手段は奪われ、サクラが人質となってしまった。更にまずい事に、敵の術によってナルトとサスケの手はゴムボールに包まれ、完全に繋がってしまい…。

木ノ葉隠れの里で忍者アカデミーの生徒たちを指導するシノは、生徒の質問に答えるため、自分がまだ下忍だった頃の思い出を話し始めていた。

あるときシノたち第八班は、ターゲットの盗賊忍者を追い詰めたものの取り逃がしたことがあった。その原因のひとつは、シノが敵に弱点をつかれたことだった。気を落とすシノを心配するキバとヒナタ。そんな三人に紅は、里の温泉地に行くよう指示する。温泉地でキズを癒しながら、キバやヒナタと修業に励み、苦手だった接近戦にも対応できるようになってゆくシノ。そんなとき、シノたちが取り逃がした敵が近くにいるとの報せが入る。だが、自分のいたらなさで任務に失敗したことを気にするシノは、キバやヒナタの仲間として戦うことにまだ迷いがあった。

ナルトたちは海での長旅を終え、ついに目的の島にたどり着いた。いよいよ大ガマ仙人の予言のタコに会えると大喜びのナルトだが、島に到着して早々、現れた化け物イカにナルトが捕らえられてしまう。それを助けてくれたのは、タコならぬ八尾の人柱力・キラービーだった。キラービーが尾獣を完全にコントロールした人柱力であると聞いたナルトは、自分も九尾の力をコントロールするために修業をつけてもらおうとするが、キラービーはあっさり拒否。仕方なく島での世話役・モトイにキラービーの修業についてたずねると、モトイはナルトを「真実の滝」と呼ばれる場所に連れてゆく。

里への被害を最小限に抑えるため、自らの時空間忍術を使い、九尾ごと別の場所へと移動したミナトだったが、今の状況で使えるチャクラは残り少なくなっていた。そんなミナトに、やはり残されたチャクラの少ないクシナが力を貸す。クシナは九尾を道連れにして死ぬことで、夫や息子を救おうとしていたのだ。だがミナトにはクシナの覚悟が納得できない。生まれたばかりの息子を思う気持ちと互いを思い合うがゆえの言い争いの末に、ふたりはひとつの決断を下す。