暁の一員となり、歪んだ思想に捕らわれた弟子を倒す為、戦闘に突入する自来也。自来也は巨大蝦蟇、ガマケンを口寄せし、口寄せを使うペインに対抗しようとする。伝説の輪廻眼を持つ敵を前に、奥の手である「仙人モード」を使う事を決める自来也。しかし不穏な術を察知したペインは次々と口寄せを繰り出し、自来也の術を妨げる。果たして自来也は絶え間ない攻撃の中、無事「仙人モード」を完成させる事ができるのか…！？

自来也を失った深い悲しみの中、木ノ葉の町をさ迷い歩くナルト。深い喪失感から立ち直れずに、自来也との懐かしい思い出を辿っていく。失意の中にいるナルトを立ち直らせたものとは…。一方、綱手もまた盟友の死に衝撃を受けていた。しかしフカサクより自来也が遺したペインの情報を託され、ペイン攻略の手がかりを掴む事を誓うのだった。

火影邸の屋上にてペイン天道と対峙する綱手。九尾を渡すよう迫るペインの要求を拒否する綱手だが、ペインは遠く離れた人間道の能力を使い、ナルトの居所は妙木山であることを看破する。次々と増えてゆく木ノ葉の犠牲に歯がみする綱手。しかし大国である木ノ葉の思い上がりを責めるペインは、真の痛みを思い知らせる為――木ノ葉に壊滅的ダメージを与えることを選択する。