Канкуро б'ється із Сасорі, який, якк виявляється і є творцем ляльок Карасу, Куроарі та Саншоуо, яких в бою використовує брат Ґаари. Команда Какаші відправляється на поміч.

Чіо і Какаші розуміють, що напад був лише відволікаючим маневром, і що Акацукі вже розпочали процес викрадення Хвостатого Звіра з Ґаари.

Сакура з надлюдською силою відбиває атаку Залізного Піску Третього Кадзекаґе.

Ґаара та його рятівники тріумфально повертаються до Селища Прихованих Пісків.

Одразу після того, як Ямато подає Наруто та іншим сигнал вийти на міст, де на них чекають Орочімару та Кабуто, чакра Наруто починає закипати разом з чакрою Дев'ятихвостого Лиса. Поступово у Наруто з'являється все більше хвостів, а Орочімару глузує з нього, чим ще більше його злить. Тим часом Ямато згадує, як Джірайя розповідав про те, скільки хвостів він бачив у Наруто. Джірайя розповідає більше про те, що сталося, і про те, як поводиться Наруто, коли він у формі Дев'ятихвостого.

Ямато з командою заходять до кімнати Сая і вступають з ним у конфронтацію, поки Кабуто також прямує туди. Сай розповідає команді Какаші, що він мав не лише допомогти знищити Коноху, але й виступити шпигуном проти Орочімару. Ямато розкриває таємницю "Кореня" - його членів навчали, як і учнів Кіріґакуре, вбивати своїх друзів, щоб позбутися їхніх емоцій. Сакура повертає йому книгу Сая, зауважуючи, що у нього все ще є емоції, бо він дорожить нею. Потім Саї розповідає групі про свій зв'язок з братом. Нарешті команда вирішує, що робити зі зрадою Сая за межами лігва. При цьому Наруто розповідає групі про свій власний зв'язок і про те, як далеко він готовий зайти, щоб повернути Саске.

Наруто та його клони продовжують працювати над маніпуляціями з природою чакри, нарізаючи листя. Після деякої боротьби Наруто звертається до Асуми, який також належить до стихії вітру, за порадою, після чого Асума дає клону Наруто кілька підказок. Згодом Наруто може розрізати листок навпіл. Асума та Ямато вирушають зі своїми командами на нові місії. З'ясовується, що Асума - син Третього Хокаге, і що він має стосунки з Куренай. Тим часом на пагорбі, що височіє над спаленим селом, чотири постаті в плащах обговорюють пробудження Країни Вогню шляхом знищення селища Листя.

Дандзоу викликають на допит після того, як його спіймали на зустрічі з молодим ніндзя Дощу. Сора стикається з Асумою і Асума зізнається, що вбив Казуму. Він нападає на Асуму, його рука знову набуває демонічної форми. Згодом Наруто отримує поранення, прикриваючи Сору від нападу невідомого, ймовірно, з Коріння. Потім до Сори підходить Фурідо і каже йому вбити Асуму і Хокаге, щоб помститися за свого батька. Пізніше Наруто застає Сору, коли той йде за Цунаде. Сора відступає, коли прибувають Шізуне та кілька інших ніндзя, але Наруто переслідує його. У цей момент починається таємнича гроза, яка знеструмлює все село.

Асума просить вибачення на могилі Третього Хокаге за те, що не зрозумів його поради щодо того, хто такий "король" Країни Вогню. У лікарні Наруто і Сай одужують, незважаючи на бажання Наруто відновити тренування. Цунаде отримує повідомлення від Какаші, що Акацукі втекли. В іншому місці Юґіто Нії, двохвостий Джинчурікі, бореться проти Хідана та Какудзу і звільняє Двохвостого, але зазнає поразки і потрапляє в полон. Тоді Хідан і Какудзу звертають свою увагу на Країну Вогню як на наступну ціль.

Заклик ватажка Акацукі змушує Хідана та Какудзу відступити, але після цього не всі повертаються до Конохи живими.

Після битви Команди 7 і 10 повертаються до Конохи. Вивчивши Наруто, Цунаде офіційно класифікує нову техніку Наруто як заборонене дзюцу і попереджає Какаші, щоб він більше ніколи не дозволяв йому використовувати її. У чому ж полягає страшна таємниця расенґан-сюрікена, що приголомшила своєю силою навіть Цунаде? Тим часом Орочімару наказує Кабуто знайти жінку, яка допоможе йому досягти його мети.

Наруто успішно розбиває кристалічний лабіринт за допомогою свого нового дзюцу і він разом з рештою команди Какаші приходить до Какаші, Кіби та помічника Шино, а також рятує Хінату. Тим часом Кабуто, Ґурен, Юкімару та Ґозу вирушають до озера, до якого раніше ходили Кабуто та Юкімару. Що може бути в озері, що хоче Орочімару?

Юкімару спотикається і Трихвостий ранить Ґурен. Рінджі наказує Юкімару придушити звіра, щоб врятувати її, але він не може цього зробити. Ґурен залишає свою позицію і захищає Юкімару щитом Кришталевого стилю. Наруто вирушає на пошуки Юкімару, але потрапляє на битву з Трихвостим разом з Ґурен. Незважаючи на їхні зусилля, чудовисько перемагає їх обох, а потім ковтає їх. Тим часом Какаші, Шіно та Сай знаходять Юкімару непритомним і тікають з ним, залишаючи Кабуто розчарованим.

Орочімару виявляє справжню огидну форму, якої набуло його тіло в результаті багаторічних експериментів над собою. Чи зможе Саске перемогти цю загрозливу форму, чи Орочімару все ще має кілька козирів у рукавах?

Какаші розділяє дві команди на п'ять окремих груп, кожній з яких допомагає пара його собак-ніндзя, щоб знайти підказки про місцезнаходження Ітачі та Саске. Несподівано для всіх, знайомі вороги поклали око на групу Наруто і Саске.

Маючи підозри щодо нападу Дев'ятихвостого на Село Прихованого Листя багато років тому, Джірайя розповідає одній зі своїх жаб, що може настати час, коли Наруто знадобиться доступ до повної сили лиса. Закінчивши допити, Джирайя вирушає на пошуки Пейна, але натрапляє на Конана. Чи існує зв'язок між Джирайєю, Конаном і таємничим Пейном? В іншому місці один з тіньових клонів Наруто натрапляє на команду Хебі.

Коли Саске нарешті виконав свою мету - вбив Ітачі та помстився за свій клан, він втрачає свідомість від виснаження. Звістка про його перемогу доходить до ніндзя Листя і Тобі, які мчать до місця, де знаходиться Саске. Що Тобі планує з ним зробити і хто першим дістанеться до Саске?

Коли Наруто повертається до села клану Цучіґумо, Акабоші та його група знаходять Хотару за допомогою дядька Хотару. Хотару вдається втекти, але ніндзя-бандити оточують її в лісі. На допомогу їй приходить Утаката, якому вдається забрати її і втекти від бандитів-ніндзя. Акабоші та його група збираються переслідувати їх, аж поки не з'являється їхній бос і не розповідає їм, що Утаката є в Книзі Бінго Селища Прихованого Туману.

Прочитавши першу книгу Джирайї, Наруто стає більш рішучим, ніж будь-коли, щоб завершити своє навчання. Тим часом розлючений Райкаґе планує скликати всіх каґе на нараду.

Царство Бога Пейна нарешті вступає в бій. Коли жаби-союзники Наруто падають один за одним, ситуація починає виглядати похмурою. Чи зможе Наруто перемогти Пейна?

Вирішивши повірити в Наруто, Нагато використовує мистецтво Ґедо: Рінне Відродження дзюцу, витрачаючи останню чакру, і таким чином віддаючи своє життя, щоб оживити всіх людей в селі, які загинули під час нападу, кажучи, що це найменше, що він може зробити. Після смерті Наґато Конан залишає Акацукі, забираючи з собою Наґато та Божество Пейна (який насправді є тілом Яхіко), прощаючись з Наруто, кажучи, що оскільки Наґато повірила в нього, щоб досягти справжнього миру, то і вона повірить у нього. Коли Наруто повертається до Листка, він з подивом виявляє, що все село чекає на його повернення, вітаючи його як справжнього героя. Після всіх цих років Наруто нарешті отримав визнання, якого завжди прагнув.

Kakashi has a flashback back when he was assigned to be the sensei of Team 7. In a bid to know his students, Naruto, Sasuke & Sakura, better, Kakashi spies on them and to see how they would all get along as a group. Angered by Sakura's talk about calling Naruto a brat and that he has no family to tell him right or wrong, Sasuke tells Sakura she is annoying. Realizing Sakura's sadness, Naruto goes to battle Sasuke, but gets defeated. It then goes back to the present and Kakashi claims that it is up to him to stop Sasuke.

In the past, Naruto and Sakura joined Sasuke on a mission to collect the paw print of Nekomata, a large and powerful two-tailed ninja cat that ruled over all of the ninja cats.

Sasuke has a flashback while traveling to Konoha with his team, Taka. He once saved a girl named Naho not knowing that she's a relative of the Feudal Lord. Meanwhile, Naruto and Sakura are sent on a mission to accompany Naho and act as her bodyguards while Kakashi and Sasuke are sent to discover the reason why internationally wanted bandits have entered their border. Kakashi and Sasuke later find out that the bandits intend to abduct Naho. Naruto and Sakura are defeated by the bandits and are taken hostage. Sasuke finds them first and proceeds to defeat the leader and mercilessly punches him because of his jealousy for Naruto's growing power. A cut to the present reveals Naruto contemplating on his promise to have Sasuke return to the village.

Sakura, not wanting to cause Naruto any more pain, tells him that he can let go of his promise about bringing Sasuke back, and claims that she doesn't feel anything more for Sasuke. To top it off, Sakura confesses her feelings for Naruto, taking everyone by surprise. How will Naruto respond? Meanwhile, Kisame tracks down Killer Bee and the battle for the Eight-Tails begins.

Naruto reproaches Sasuke for attempting to kill Sakura. Then Sasuke reveals that he killed Danzo with his own hands. He goes on to declare his intent to purify the Uchiha clan’s name by annihilating the Hidden Leaf.