Цунаде оголошує про створення команди Какаші — тепер Наруто і Сакура не учні, а рівноцінні з Какаші ніндзя. Джирайя знову відправляється збирати інформацію про Акацукі. Ґаара відриває ліву руку ворогу, Дейдара, в свою чергу, виробляє потужний вибух в Селищі Піску.

Сакура поспішає до Наруто разом з бабусею Чіо, яка страждає від отрути. Члени команди Ґая поспішають на допомогу команді Какаші. Тим часом, коли всі приготування завершені, Какаші розкриває свій шаринган Мангекьо.

Асума спостерігає за тренуванням чакри вітру Наруто і Сори помічающи що Сора, як і Наруто, має дуже потужну чакру. Цунаде та Ямато дізнаються від Чіріку, що Сора ненавмисно спричинився до інциденту, внаслідок якого було зруйновано Храм Вогню. Пізніше Асума дає Сорі кіготь, зроблений з тих же матеріалів, що і його чакральні леза. З'ясовується, що Асума вбив батька Сори, Казуму, який планував вбити Хокаге. Фурідо підходить до Сори, каже йому, що Асума відповідальний за смерть його батька і передає йому дві "королівські" фігури з набору сьоґі для Асуми. Данзо таємниче зникає. На тренувальному полігоні Наруто стикається з розлюченим Сорою, який з легкістю кидає кунай, що живиться чакрою, через дерево і руйнує камінь, що стоїть за ним.

Команда Асуми добирається до станції і влаштовує засідку на Хідана. Ідзумо та Котецу нападають на Хідана, але не можуть його вбити, хоча й наносять удари по життєво важливих органах. Асума каже своїм товаришам по команді, що якщо вони відступлять, то будуть вбиті, а Коноха опиниться в небезпеці. Шикамару розуміє, що Асума хоче пожертвувати собою, щоб допомогти перемогти ворога, виходячи з того, що він знає про стратегію сьоґі Асуми. Асума починає битися з Хіданом, а Шікамару відволікає його, змушуючи ухилятися від тіньового удару. Хідан розсікає щоку Асуми і ступає в криваве коло, а Асума використовує дзюцу, щоб поглинути Хідана хмарою попелу. Асума підпалює хмару, нібито вбиваючи Хідана.

Поки Наруто одужує після поранення, Какаші готується повідомити йому сумну новину про свою нову техніку. Тим часом Саске таємно тренується і зустрічається з дивною дівчиною.

У Конохі Цунаде виявляє, що у них є ворог, який використовує Кришталевий Стиль. Під час місії з командою Какаші, Наруто знову зустрічає Юкімару і розмовляє з ним. Ґурен будує гігантську Кришталеву В'язницю над лісом, замикаючи в ній команду Куренаї. Потім Ґурен готує шість Кришталевих клонів і нападає з ними на команду Куріная. Хіната перемагає одного клона, але потрапляє до Кришталевої в'язниці через іншого. Команда Какаші досягає кордонів гігантської в'язниці і Наруто використовує своє нове дзюцу з Ґаматацу, щоб прорватися всередину.

Кабуто планує зламати Чотирикутний запечатаний бар'єр Ліфа зсередини, використовуючи силу Юкімару, і змусити Трихвостого Звіра розбушуватися.

Команда запечатувальників продовжує свої зусилля по запечатуванню Санбі, в той час як Какаші та інші протистоять монстру, якого створили Кігірі, Нурарі та Кіхоу. Кабуто розкриває плани Орочімару щодо Санбі і вони з Наруто починають боротьбу. Захищаючи Юкімару, Ґурен бореться проти справжнього Рінджі, якого воскресив Кабуто. Коли Ґурен жертвує своїм життям, щоб врятувати Юкімару, сили Юкімару вступають у повну силу. Тепер, щоб захистити Юкімару, Наруто готується виступити проти несамовитого Санбі.

Використовуючи себе як вибухівку, Дейдара створює вибух діаметром десять кілометрів, від якого не зможе втекти навіть Саске. Це кінець Саске? В іншому місці хтось підходить до лідера Акацукі і дає йому наказ зловити самого Наруто. Хто ж цей справжній організатор змови Акацукі, що ховається в тіні?

Наруто, Сай та Ямато прибувають, щоб врятувати Хотару та Утакату від нападу ніндзя, які, як вони з'ясовують, є Анбу з Села Прихованого Туману. Ямато намагається домовитися з головою Анбу Туману Цуруґі, і після їхньої розмови Цуруґі розмовляє з Утакатою наодинці. Цуруґі намагається переконати Утакату повернутися до Села Прихованого Туману, але той відмовляється, пам'ятаючи про жахливий біль, якого він зазнав від рук свого колишнього господаря.

Наруто досягає успіху в оволодінні своїм режимом мудреця, просуваючись далі, ніж навіть Джірайя. Однак для Конохи справи виглядають не так добре, оскільки Пейн готується зробити свій хід.

Наруто повертається і виявляє, що поселення спустошене внаслідок нападу Шинра Тенсей Пейна. Наруто просить усіх триматися подалі, оскільки він готується вступити на всі шість шляхів Пейна одночасно.

Наруто, Сакура, Шикамару, Іно та Чодзі продовжують пошуки Спадщини Четвертого Хокаґе, одночасно відганяючи несподіваних гостей.