הקרב בין גאי לקיסאמה מתפתח. גאי נאלץ לפתוח את ששת השערים הפנימיים שלו בכדי להביס את קיסאמה. בנתיים, נג'יו מצליח להשתרר ושלחרר את שאר קבוצת גאי מתוך כלאי המים אותם ההעתקים של קיסאמה יצרו. באותו הזמן, נארוטו קולט שהוא נמצא בתוך גנג'וטסו, ומנסה להשתחרר ממנו על ידי הזרמת צ'אקרה רבה מתוכו.

נארוטו מתחיל להבין את הסיבה להרס של הסביבה, ויאמאטו אומר לו להפסיק להסתמך על הצ'אקרה של השד שבתוכו, מכיוון שנארוטו מספיק חזק בלעדיו. בנתיים, סאי מגלה כי איבד את אלבום התמונות שלו. קבוצת קאקאשי פותחת את האלבום ומגלה כי האלבום מחולק לשני חלקים בהם מאויירים שני ילדים אשר נלחמים נגד יריב מסוים, ודף לאחר מכן הם נלחמים נגד יריב אחר אך כבר יחד עם הבגדים והנשק של הלוחם מהעמוד הקודם. בסופו של דבר, היה צריך לצאת כי שני הילדים ילחמו אחד נגד השני, אך שני העמודים האמצעיים בהם זה היה אמור להיות מתואר, היו ריקים. באותו הזמן, אורוצ'ימארו, קאבוטו וסאי מגיעים אל המחבוא של אורוצ'ימארו. שם, סאי רואה צללית של בן אדם אשר מתגלה בתור אוצ'יהא סאסקה.

בלילה, נארוטו סבל מסיוטים על השחרור של בעל תשעת הזנבות מתוכו. למחרת, קבוצת קאקאשי הלכה לבקר את קאקאשי בבית החולים, בו קאקאשי התחיל לספר לנארוטו על אימוניו החדשים, אך נקטע על ידי קבוצה 10, אשר נכנסה לתא. לאחר הביקור, שתי הקבוצות הלכו למסעדה. שם, סאי ניסה להכיר יותר אנשים על ידי השימוש בכינוים, והרגיז את סאקורה לאחר שקרא לאינו "יפה" כאשר הסיק שנשים לא אוהבות כאשר אומרים עליהן את מה שהן באמת.

פילר - אסומה חוזר ממשימתו, כאשר גילה כי הרבה כפרים הותקפו על ידי משהו הדומה לכפר אחר. קבוצת קאקאשי יחד עם סורה גם כן חוזרת לקונוהא, וסורה מיד בורח מהקבוצה. זמן מה לאחר הבריחה, סורה פוגש את קיבה ואת צ'יוג'י ומתעמת איתם. לאחר מכן, גם נארוטו ורוק לי הצטרפו לקרב. מיד לאחר מכן, אסומה ושיקאמארו עוצרים את הקרב וכולם הולכים לבארביקיו. שם, אסומה סיפר כי הכיר את אביו של סורה ואמר כי השתייך לקבוצת שניים עשר השינובי המגנים. בנוסף לכך, הוא מראה לסורה את התקפת הלהב השחור שלו. בנתיים, פורידו וגופה חטופה נוספת הולכים להתקיף את שבט הקוהאקו.

פילר - סורה ממשיך להשתגע ולמנוע מנארוטו והאחרים לעצור אותו. אסומה וקאזומה מתחילים להלחם אחד נגד השני. בנתיים, חלק מהצ'אקרה שלו סורה נדבקת אל נארוטו, ונגד רצונו, הצ'אקרה האדומה מתחילה לזרום ולהשתלט גם על נארוטו. יאמאטו מנסה לדחות את הצ'אקרה מנארוטו, אך ללא הצלחה. הצ'אקרה האדומה לא נובעת מהשד בתוך נארוטו אלא ממקור אחר שהוא כנראה הפסבדו-שד של סורה, שאותו יאמאטו לא יכול לעצור מפני שסורה לא לובש את השרשרת של ההוקאגה הראשון. סורה מתחיל לשנות את צורתו ולהוציא את הזנב הרביעי בזמן שנארוטו מתנגד לצ'אקרת קיובי העוטפת אותו ומצליח לדחות אותה.

ג'וטסו האש של אסומה מכה את היידן, אך להפתעת הצוות, גם אסומה נשרף. היידן מגלה את יכולתו: על ידי נטילת דמו של יריב ועמידה במעגל פולחן מצויר בדם, "הקללה" קושרת אותו ליריבו וכל הנזק שנגרם לו נגרם גם הוא ליריב. אסומה ממהר לעבר היידן אך מתמוטט לאחר שהיידן דוקר את עצמו ברגלו. שקאמארו מבין שהיידן צריך להיות במעגל כדי שהקללה תיכנס לתוקף, ומשתמש בג'וטסו שבידיו צל להחזיק את היידן לצאת ממנו. אסומה מאלץ את עצמו לקום ולערער את היידן המאופק.

סאקורה וסאי עוזבים בכדי לעזור לשיקאמארו. בנתיים, הידאן מנסה לתקוף את שיקאמארו, אך שיקאמארו משתמש בג'וטסו שלו, ולוכד את הידאן על ידי פתקים מתפוצצים. לאחר מכן, הוא יוצר בור עמוק מתחת להידאן, ואחרי שהוא רואה את רוחו של אסומה, אשר מעביר לו את "צוואת האש", שיקאמארו מעיף על הידאן את המצית הדלוק של אסומה, מה שגורם לו להתפוצץ. באותו הזמן, נארוטו חושף את הג'וטסו החדש שלו- פוטון: ראסנשוריקן.

פילר - ביער, הצוות של קורנאי נלחם באנשיה של גורן. הינאטה וקיבה נתקעים במסך העשן של קיגירי, והינאטה נפצעת קשה מהתקפותיו של נורארי. קאקאשי, שנלחם בגוזו, לא מצליח להביס אותו בגלל כוחו ומהירותו שמתעלים על כוחו של קאקאשי. רינג'י והאחרים עומדים לחסל את הינאטה, קיבה ואקאמארו, אך נאלצים לסגת כששינו והחרקים שלו מגיעים למקום. יוקימארו נזכר באמו.

פילר - הקרב באגם על חתימת שלושת הזנבות ממשיך. ביינתים, טובי מחליט לנסות ולמצוא את סאנבי לבדו, ומוצא את צוות החתימה מקונוהא. הקרב בין השינובים לצוותה של גורן מגיע לשיאו, כאשר גוזו מחליט לתת את חייו ולהציל את גורן ממתקפה ישירה של קאקאשי. באותו הזמן, גורן נזכרת בעובדה המרה שאותה שכחה - היא זאת שהרגה את אמא של יוקימארו. עובדה זו מערערת את גורן לחלוטין, ונותנת לקאבוטו להתל בה כרצונו.

פילר - לאחר שרינג'י נכשל בניסיונותיו לעצור את צוות החתימה, סאנבי מופיע באגם. רינג'י נעזר בגורן, אשר מגיעה במהירות למקום. סאנבי משתולל בצורה אגרסיבית, ואף תוקף את כל השינובים אשר נמצאים באגם. בדיוק לפני שהוא מצליח לפגוע בגורן, סאנבי נעצר על ידי יוקימארו, אשר מחליט להציל אותה, גם אם זה יעלה לו בחייו. מכאן מתגלה מטרת התוכנית של אורוצ'ימארו; לגרום ליוקימארו לפתח אובססיה כלפי גורן. בעוד שסאנבי ממשיך להשתולל באגם, טובי מאתר אותו, ומחליט לספר זאת לדאידרה.

פילר - בלילה, גוזו מחליט להציל את גורן, אשר כלואה בתחתית האגם ביחד עם הקריסטל. לאחר שכולם נרדמים, יוקימארו מחליט לברוח ולמצוא את גורן. בבוקר שלמחרת, הוא עוזב ביחד איתה ועם גוזו. הצוות מקונוהא מודאג לגביו, אך קאקאשי ונארוטו משכנעים אותם שהוא יצא מכלל סכנה, לאור העובדה שאין לו את היכולת לשלוט בשלושת הזנבות יותר. לבסוף, הצוות חוזר לקונוהא, וטסונאדה שולחת את האנבו, בשביל להשגיח על האגם וסאנבי. דאידרה וטובי הורגים את כל חברי האנבו במקום, ואף מתמודדים מול שלושת הזנבות. לבסוף, הם מביסים אותו.

קיסאמה מצליח להביס את רושי, הג'ינצ'וריקי של יונבי. מיד לאחר מכן, חברי האקאטסוקי מתחילים בחתימת סאנבי ויונבי. מנהיג האקאטסוקי חושף את מותם את הידאן וקאקוזו, וכן את מותו של אורוצ'ימארו, על ידי אוצ'יהא סאסוקה. אקאטסוקי מבינים שסאסוקה הפך לאיום עליהם, ודאידרה, המצוות עם טובי, מחליט לצאת ולהרוג אותו. בעוד שצוות הבי מגיע למגורם של חתולי הנינג'ה, קונוהא מארגנת קבוצה של שמונה שינובים, ביניהם נארוטו וסאקורה, לאתר את מיקומו של אוצ'יהא איטאצ'י.

לאחר קרב של שלושת השינובים מול המנהיג האדיר של אמגאקורה, האנזו, קיבלו השלושה את התואר "סאנין". מאוחר יותר, השינובים מקונוהא פוגשים בשלושה יתומים מהמלחמה באמגאקורה - יאהיקו, קונאן ונאגאטו. ג'יראייה נותן לאורוצ'ימארו וטסונאדה להמשיך בדרכם, ומחליט להשאר עם היתומים, במטרה שיוכלו להגן על עצמם. באחד מן הימים, שינובי מאיוואגאקורה תוקף את יאהיקו, ונאגאטו, שחזה בקרב, הרג אותו לנגד עיני יאהיקו. שג'יראייה מגיע למקום, הוא מוצא את נאגאטו עם עיני הדוג'וטסו האלוהי - "הרינ'נגאן" - שהיו שייכות לנזיר ששת הדרכים. ג'יראייה האמין שנאגאטו הוא הילד מהנבואה, והתחיל ללמד את השלושה נינג'וטסו. מאוחר יותר, ג'יראייה עזב את השלושה לדרכיהם, לאחר שלימד אותם להגן על עצמם. לאחר שג'יראייה חזר להלחם לצדם של טסונאדה וג'יראייה, הוא שומע על מותם של השלושה. מספר שנים לאחר הקרבות באמגאקורה, ג'יראייה נותן לנאמיקאזה מינאטו לקרוא את ספרו, "סיפור הנינג'ה האמיצה", וביחד עם אשתו, קושינה, מחליט מינאטו לקרוא לבן על שם הדמות הראשית בסיפור - נארוטו.

בשעה שזטסו צופה בהם, איטאצ'י מספר לסאסוקה את האמת מאחורי המאנגקיו שארינגאן וחושף את הסודות האפלים של הקקאי גנקאי של שבט האוצ'יהא. לבסוף, איטאצ'י דוחק את סאסוקה לפינה ומתכונן לעקור את עיניו.

פילר - קבוצת השינובי האויבת נפגשת עם המנהיג שלה, ובנתיים צוות יאמאטו מרמה את הוטארו וגורם לה לבקש מהם להשאר שומרי הראש שלה. אוטאקאטה נתקל בשינובי האויבים, ונכלא בג'וטסו המגן שלהם, שמתפוצץ מיד לאחר מכן. נארוטו והאחרים מגיעים סוף כל סוף אל כפרה של הוטארו, ומשאירים אותה שם. אולם נארוטו לא חושד בתושבים וחוזר לשם.

נארוטו מגלה כי הספרה הראשונה בקוד, היא בעצם האות טה בקאטאקאנה. האות מובילה אותם לסדרת ספרי ה-"איצ'ה איצ'ה" ומשם, נארוטו, קאקשי, שיקאמארו ושיהו מצליחים להרכיב את ההודעה:"האחד האמיתי לא ביניהם". לאחר-מכן הקבוצה מפקידה את ההודעה המפוענחת בידי טסונאדה. פוקאסאקו לוקח את נארוטו אל הר מיובוקו בכדי ללמד אותו סנג'וטסו לקראת קרב הנקמה פיין.

קבוצת קונוהאמארו נפגשת ומחליטה לפנות את תושבי קונוהא אל מקום מבטחים. בזמן שקונוהאמארו מחלץ תושבים, הוא נתקל בג'יגוקודו וצופה בו הורג צ'ונין בקלות. לרועה המזל ג'יגוקודו מגלה אותו, אך בדיוק אז אביסו מתעמת בו ומאפשר לקונוהאמארו לברוח משם. אביסו מתנגד להסגיר את נארוטו, וג'יגוקודו מתכוון להרוג אותו. אולם לפתע קונוהאמארו יוצא ממחבואו, ומתערב בקרב. ג'יגוקודו מצליח לתפוס בקונוהאמרו, אך מסתבר כי זהו כפיל צל, וכך קונוהאמארו האמיתי שמנצל זאת לטובתו, פוגע בו בראסנגאן. בינתיים נארוטו ממשיך להתאמן במרץ, ומקבל רעיון חדש מפוקאסאקו.

נאגאטו מספר לנארוטו כיצד פגש את יאהיקו וקונאן, לאחר שהוריו נרצחו בידי שינובים מקונוהא, וכיצד נאבקו יחדיו בכדי לשרוד. אפילו בזמנים קשים יאהיקו לא מאבד את התקווה, וחולם להפוך לאלוהים. בעקבות החלום שלושת היתומים שואפים להתחזק, ולאחר שהם רואים כי הסנינים מקונוהא שרדו את הקרב נגד האנזו, הם מחליטים לעקוב אחריהם בכדי ללמוד מהם נינג'וטסו. כך המסע של השלושה ממשיך עד שהם מוצאים את הסנינים.