飛段が行った不可解な術によって、全ての攻撃をわが身に受けてしまうアスマ。その術は特殊な仕掛けで飛段とアスマの体をリンクさせるというものだった。間一髪、影首縛りで飛段の動きを止めるシカマルだが、その効力は長くは持たない。増援部隊も期待できない圧倒的窮地の中、飛段の術の分析を進めるシカマルは、時間内にその秘密を暴く事ができるのか――！？

間一髪のタイミングでカカシ班の増援に駆けつけたナルト達。サクラとサイはカカシの指示で孤軍奮闘するシカマルの援護に向かうことに。その頃、飛段に追い詰められたかに見えたシカマルには、勝負の時が迫っていた。不死身の飛段を倒すべく、シカマルが周到に用立てたモノとは…そして勝負の行方は？　一方、修業の経験を活かし、影分身を使って角都の情報収集を行うナルトは、新術である『風遁・螺旋丸手裏剣』を作り上げてゆく。

カカシ班の援護に出発するヤマト班。ナルトは出発直前にガマ竜の腹に入ることで新術へのヒントを掴むのだった。一方、手がかりのない中、追跡任務を続けていたカカシ達だが、間一髪の差で気取られ、そのまま紅蓮の配下たちと予定外の戦闘へとなだれ込んでしまう。不意打ちにて二手に分断される探索班。苦戦を強いられる中で明らかになるゴズとリンジの能力、そして探索班を待つ運命とは――？

三尾封印の為の結界四方封陣を守るべく、紅蓮との死闘を繰り広げるカカシとナルト。サイは一人、ゴズとの闘いを繰り広げる。紅蓮の圧倒的な晶遁の威力に劣勢に追い込まれるカカシ班。カカシ達の奥の手は紅蓮の晶遁を切り崩す事は出来るのか？　一方、遂に三尾の居場所を探し当てる封印班達。チャクラコントロールに全神経を集中させるが、護衛班が迎撃に出払い、無防備になったその側面に敵の影が忍び寄る…

一度拠点に戻り、それぞれの治療をする木ノ葉の仲間達。しかし先の戦闘は皆に深刻なダメージを残していた。昏睡する幽鬼丸を診るシズネだが、幽鬼丸は二度と三尾を操れぬ体となっていた。全ての報告を聞いた綱手は、これ以上の任務続行は不可能と判断。これまで得た情報を元に新たな対策を練るべく、代替要員を派遣し、交代で皆に里へ戻るよう告げる。しかしその夜、幽鬼丸は一人姿をくらましてしまう。幽鬼丸を案じ、懸命に追いかけるナルトが月明かりの中で目にしたものとは――？　そしてナルト達の出立の日、湖には三尾を求めてやってきた暁のデイダラとトビの姿があった…。

時は十数年前、大陸では忍五大国の統治が揺らぎ、全土を巻き込む第三次忍界大戦が勃発していた。後の四代目火影である波風ミナトの小隊に属する少年カカシは、うちは一族のオビトと医療忍者リンと共に、任務の為、神無毘橋に赴く事になる。ことあるごとに掟を振りかざすカカシを鬱陶しがるオビトだが、カカシのこだわりにはある理由があった。ミナトに諭され、カカシを理解しようと勤めるオビトは、上忍となったカカシをリーダーに、別任務に向かうミナト抜きの三人一組で、敵地への潜入を試みるが…。

第三次忍界大戦勃発の為、弟子探しの旅を中断し、木ノ葉の忍として綱手、大蛇丸と共に雨隠れでの戦闘に参戦する自来也。渡り合った雨忍山椒魚の半蔵により、『木ノ葉の三忍』の名を与えられた自来也達が帰途に着こうとしたとき、その目前に腹をすかせた三忍の子供たち長門、弥彦、小南が現れる。成り行き上、子供たちが自立できるようになるまで雨隠れに残って面倒を見る事になる自来也が見たものとは――。過酷なる戦いの時代が、忍の定めが、自来也とその弟子達を次々と翻弄してゆく。

写輪眼による凄まじい幻術合戦の後、イタチは最強の瞳術である万華鏡写輪眼の秘密と、それにまつわるうちは一族の歴史を語り始める。それは力を求め、互いに血を流し合うさだめを負った呪われた歴史であった。うちはマダラ同様に『永遠の瞳力』を求める為、サスケの写輪眼を奪うと宣言するイタチ。そして遂に兄弟の死力を尽くした、本格戦闘が開始される。

土蜘蛛一族の役の行者の孫娘、ホタルを警護し、山中にある土蜘蛛一族の里に送り届ける事になったナルト達。しかしホタルはナルト達と交代する形で別れてしまったウタカタに未練を残していた。ウタカタの強さに憧れ、弟子入りしたいと願うホタルだが、ウタカタは拒絶するのだという。一方その頃、禁術の強奪に失敗した賞金稼ぎのマガキ衆と頭領のシラナミは次の策を練っていた。ホタルの行く手に先回りすべく動き出すが――突如、ウタカタと出くわしたことから交戦へとなだれ込む。

自来也の遺した暗号の解読に取り組むナルト達。ナルトが持っていた情報をきっかけとして、遂に自来也の遺したメッセージにたどり着くナルト達。さっそくフカサクを呼び出すが、その情報だけではペインの謎を解く事は難しかった。雨忍の尋問と持ち帰ったペインの死体の解剖を待つ事になる一同だが…。自来也の仇を討つという決意を滲ませるナルトに対し、フカサクは意外な提案を持ちかける。

故郷の惨状に衝撃を受ける木ノ葉丸とモエギとウドン。しかし下忍としての責務――人々を安全な場所に誘導する――を果たす為、それぞれ走り出してゆく。瓦礫の下から里人を救出する木ノ葉丸だが、その先でペインの一人、地獄道と鉢合わせしてしまうことに。地獄道の恐ろしい術に度肝を抜かれる木ノ葉丸。しかしその危機に駆けつけたのは、木ノ葉丸の師であるエビスだった。木ノ葉丸を逃がす為、命を賭して戦うエビス。その姿を見た木ノ葉丸の胸に、ナルトと交わしたある約束が蘇る…。