פוקאסאקו חוזר להר מיובוקו, לאחר שהוא מפקיד בידי קונוהא את ממצאיו האחרונים של ג'יראיה. נארוטו עדין מתקשה להתמודד עם מותו של ג'יראייה. שיקאמארו מחפש את המפתח לפיצוח הקוד שהשאיר אחריו ג'יראיה, ולבסוף פונה אל נארוטו. לאחר שהוא מתעודד, נארוטו מחליט לעזור.

בזמן שהשבטים אינוזוקה ואבוראמה נלחמים בגאקידו ובקונאן, טנדו נפגש עם טסונאדה ותובע ממנה להיכנע. אינואיצ'י, אינו ושיזונה חושפים את האמת על פיין, אך אז נינגנדו מגיע אליהם. נינגנדו קורא את מחשבותיה של שיזונה, ומסיר את נשמתה. כך מתגלה מקומו של נארוטו לששת הגופות, אשר לפתע נעלמות. פיין משתמש בשינרא טנסיי כאשר הוא מצהיר כי-"העולם הזה יידע כאב" ויוצר פיצוץ ענקי. באותו הרגע, שימה מזמנת את נארוטו, פוקאסאקו, גמאיצ'י, גאמאבונטה, גאמאירו וגאמאקן שמופיעים מיד אחרי הפיצוץ.

נאגאטו מספר כיצד ג'יראייה תמך בו עד שעזב את שלושת היתומים, כאשר הוא מבטיח להם שיביא את השלום. יאהיקו מקים ארגון אשר מטרתו להביא שלום באמצעות משא ומתן, ללא אלימות. מחשש למעמדו, האנזו לא יכול להתעלם מהקבוצה, ועושה איתה הסכם שמתגלה כתחבולה. הוא מאיים להרוג את קונאן אם נאגאטו לא יהרוג את יאהיקו. לאחר מותו של יאהיקו, נאגאטו מחליף אותו כמנהיג הקבוצה. זהו המקור השני לכאב של נאגאטו.

In a flashback of Naruto and Sakura's, Team 7 is on a mission to take an ostrich called Mr. Ostrich to his home. They arrive at a village where they see a swordsman named Tsukado who has a vendetta to carry on a man named Katazu who killed his distant relative Shikazo. Tsukado fails to defeat him so Naruto decides to teach him unusual revenge lessons. Katazu has then took his brother's identity and attracted Shikazo's pursuers while Kageki and his family went into hiding. Tsukado decides not to kill him and ends their years of fighting though Kanabun wants them to keep fighting. The swordsmen, Team 7 and Mr. Ostrich chase the Kanabun Gang out of town.

A female spy, Hanare, from the Hidden Lock Village (Land of Key) is caught by ANBU pretending to be a musician. She is interrogated. However, the interrogation proves unsuccessful. Slowly, her past is revealed and so is her relationship with Kakashi. Team 7 spy on the two as they go around town, under the impression that the two are dating. After The Lock Village keeps a Leaf Village ninja hostage, they exchange Hanare for the ninja. It is then revealed that Hanare has a special ability, causing a large chase to occur. In the end, Kakashi lets Hanare free. The musician seen at the beginning entertaining Konoha ninja reminds Kakashi of Hanare which prompts the flashback.

Naruto and Sakura learn that Danzo has been made Hokage and that his first order is to eliminate Sasuke. The two go to Sai and inquire about Danzo, but Sai reveals that a curse mark given to all members of the Foundation prevent him from revealing anything about the new Hokage. Soon afterward, Karui and Darui attack them, demanding information about Sasuke.

As the fight between Sasuke and Danzo comes to a close, the latter will do whatever it takes to finish off the former. Meanwhile, Sakura and her team close in on Sasuke.

כשנארוטו וסאסקה מתנגשים, הראסנגן והצ'ידורי מתפוצצים ומעיפים את שניהם. כאשר זטסו ומאדארה מתגלים, הם מחליטים לסגת. אולם לפני כן, לנארוטו יש דבר אחד אחרון לומר לסאסקה.

Tsunade sends out Naruto under the guise of a top-secret mission to keep him hidden away from the Akatsuki. Unfortunately, Naruto, Yamato, Gai, and Aoba are stuck at the pier due to a report of a monster attacking ships.

Shikamaru begins to feel the pressure of shouldering the lives of his friends in the upcoming Fourth Shinobi World War. To help ease his mind, Shikaku sends his son along with Tenten on a mission to Mokuzu Island to replenish supplies.

While talking with his students, Shino talks about how he and his team got together and became more close as friends and teammates. The story switches to Shino's flashback during the first part of Naruto. They are on a mission assigned by Kurenai in which a Jonin assassin from a neighboring village. Shino gets defeated because of weak taijutsu and descends into depression. He even reveals he was going to abandon the team that helped him because he didn't think he was useful to them. But after his friends get in trouble with the rouge Shino comes back and defeats the rouge.

במוחו, ממשיך נארוטו במאבקו נגד תשעת הזנבות כדי שיוכל להשתלט על כוחו העצום.