Après avoir ramené Yûkimaru à Rinji, les hommes de main passent à l'attaque face à l'équipe du scellage de Sanbi.

Shuradô intervient mais se fait écraser par Chôji et son père. Tendô repousse toutes les attaques de ses ennemis. Kakashi utilise son « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan » pour faire disparaître un missile de Shuradô qui visait Chôji. Ce dernier court révéler à Tsunade les capacités de Tendô, tandis que Kakashi sombre dans les ténèbres ayant utilisé tout son chakra.

Pendant ce temps, Hinata a survécu, soignée par Sakura. En utilisant les récepteurs à chakra de Tendô et le « mode ermite », Naruto se dirige vers celui qui le manipulait, Nagato. Grâce au chakra de Kyûbi combiné au « mode ermite », Naruto résiste à Nagato, mais ne trouve pas la force de le tuer. Naruto demande alors à Nagato de raconter son histoire afin de pouvoir donner sa réponse. Nagato raconte alors son passé…

Tsunade est dans le coma pour avoir utilisé trop de chakra afin de protéger les villageois, et un conseil se déroule donc pour choisir un Hokage par intérim ; Danzô est choisi par le seigneur du Pays du Feu. En regardant Naruto et Sakura, Kakashi se remémore alors l’époque où le 3e Hokage lui a demandé de prendre en charge Naruto, Sasuke et Sakura.

Kakashi donne à l'équipe 7 une mission : obtenir l'empreinte de la patte de Nekomata. Nekobaa demande à Sasuke et son équipe d'obtenir la dernière empreinte de chat nécessaire pour achever l'Encyclopédie de la patte, inachevée par Sasuke et son grand frère Itachi. Ce dernier et ses deux camarades Sakura et Naruto s’infiltrent dans la forteresse de la créature déguisés en chats et réussissent la mission au terme de combats face aux félins et à leur chef. Il s’avère que Nekomata était un ami d’Itachi et avait accepté ce « jeu » par amitié pour faire progresser Sasuke.

L'équipe Taka s'approche de Konoha… En voyant une maison, Sasuke se remémore y avoir croisé il y a quelques années une petite fille de la famille du daimyo du Pays du Feu, Naho, qu’il avait sauvé d’une chute mortelle, devenant son héros. Il était à l’époque jaloux des progrès de Naruto et sa victoire face à Gaara. Tsunade décide alors de séparer l’équipe 7 en donnant une mission à Kakashi et Sasuke consistant à enquêter sur un ninja figurant au « bingo book » qui s’était introduit au Pays du Feu, et une autre à Naruto et Sakura consistant à escorter Naho jusqu’à un autre village. Cependant, Naho réclame Sasuke pour l'escorter sans quoi elle refuse de bouger ; Naruto prend alors l'apparence de Sasuke pour que la mission puisse se dérouler correctement; mais durant le trajet, ils sont attaqués par le ninja sur lequel Sasuke et Kakashi devaient enquêter et ses hommes de main ; ils veulent enlever la petite fille pour obtenir une rançon. Le ninja renégat, utilisant une armure « doton », parvient à arrêter les attaques de Naruto (toujours sous la forme de Sasuke), dont la « Naruto Furie » et l’« Orbe Tourbillonnant », et à le vaincre, lui faisant perdre l’apparence de Sasuke, ce qui désespère Naho ; ils sont alors tous emmenés par les bandits. Pendant ce temps, Kakashi et Sasuke pénètrent dans le repaire initial des bandits et découvrent que leur cible est Naho. Aidé par un des chiens ninjas de Kakashi, Sasuke finit par arriver là où Naruto, Sakura et Naho sont prisonniers et à vaincre le chef des bandits avec les « Mille oiseaux ».

Naruto se renferme sur lui-même, et subit, sous l’émotion, une crise d’hyperventilation. Avec Susanô, Sasuke maîtrise rapidement Danzô et lui fait avouer son implication dans le meurtre du clan Uchiwa par Itachi. Il l’écrase, le coupe, le consume avec les techniques du « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan », mais Danzô semble mystérieusement survivre sans que Karin puisse détecter une illusion. Peu après, Sasuke utilise un genjutsu qui fait apparaître son frère Itachi devant Danzô.

Naruto explique aux autres jeunes ninjas de Konoha sa décision de combattre Sasuke. Neji, Kiba et Shikamaru lui reprochent de couvrir ce dernier et de ne pas avoir profité de l'occasion de son état de faiblesse pour le tuer, mais Naruto déclare que son niveau actuel ne lui permettait pas de battre Sasuke : qu'il doit encore s'entraîner pour y arriver. Alors que Kakashi allait être nommé Hokage, Tsunade se réveille de son coma.

Pendant cinq jours, le bateau est plongé dans une tempête ; Naruto utilise quatre clones pour travailler à garder le bateau en bon état. Alors que la tempête est terminée et que la mer a retrouvé son calme, Naruto ne veut toujours pas libérer ses clones ; ceux-ci se révoltent et le prennent en otage. Ils exigent auprès de Yamato, Aoba et Gaï qu’ils se dirigent vers une île non loin, où ils les débarquent avec les membres de l’équipage. Du bateau, ils font entendre leurs revendications : bon traitements, reconnaissance et nourriture. Lorsque Gaï les attaque, ils parviennent à lui faire créer une onde de choc sur la mer, et à le faire retourner sur le bateau pour que le roulis le rende malade, avant de l’emprisonner à son tour. Yamato et Aoba font une diversion avec des mouettes pour les libérer, et Naruto décide d’invoquer une centaine d’autres clones pour se débarrasser des quatre renégats. La tactique tourne au cauchemar car tous les clones se retournent contre lui et s’apprêtent à l’assassiner. Naruto se réveille soudainement et se rend compte qu’il a partagé le rêve d’un clone qui s’est dissipé après s’être interposé entre lui et une poulie tombant du mât. Il remercie les trois autres clones et les libère.

Konan explique à Madara qu’elle a étudié sa capacité et pense pouvoir le tuer avec 600 milliards de notes explosant durant dix minutes. Cependant, alors qu’elle est à court de chakra, elle est poignardée par derrière par Madara qui lui explique qu’il a survécu en utilisant « Izanagi ». Konan tente une dernière fois de le tuer mais est terrassée par le genjutsu de Madara qui découvre où est caché le corps de Nagato et le récupère. Konan mourante envoie une feuille rougie de son sang rejoindre l’esprit de ses amis dans la cabane où ils vivaient avec Jiraya. Elle se souvient de leur entraînement, du départ de leur sensei et de leur vie de résistants durant laquelle elle s’était rapprochée de Yahiko. De retour à son quartier général, Madara reçoit les informations envoyées par Kisame et décide de passer à l’offensive pour capturer Kyûbi…

Fin de la rétrospective, l’équipe de secours envoyée pour récupérer Sasuke s’est sacrifiée pour permettre à Naruto de le rattraper, Chôji face à Jirôbô, Neji face à Kidômaru, Kiba et Akamaru face à Sakon et Ukon, Shikamaru face à Tayuya et Rock Lee face à Kimimaro. Naruto rejoint Sasuke dans la Vallée de la Fin et ils combattent jusqu’au KO de Naruto ; Sasuke rejoint Orochimaru et Naruto est ramené au village par Kakashi.

La 5e division de l’Alliance Ninja s’apprête à se mettre en route. Dans le ciel, Saï, Zaji et Omoï se font attaquer par Haku ; ils se retrouvent à terre, nez à nez avec ce dernier et ses coéquipiers Zabuza, Pakura et Gari. Ils sont le point d’engager le combat, quand la division de Kakashi intervient. Après avoir laissé cours à quelques souvenirs du Pays des Vagues, Kabuto restreint les sentiments de ses invocations et les lance à l’attaque. Dans la brume de Zabuza, les pouvoirs héréditaires des invocations de la « Réincarnation des âmes » font des ravages parmi les rangs de l’Alliance. Alors que Kakashi s’apprête à lancer la contre-offensive, six nouveau cercueils apparaissent : aux côtés de Zabuza se dresse la dernière génération des « Épéistes légendaires de Kiri ».

Hayate est invoqué par Kabuto, qui lui explique que la 4e grande guerre ninja est en cours et lui raconte ce qui s'est passé avant et après sa mort ; il l’envoie ensuite avec deux autres ninjas réincarnés attaquer l’unité médicale pour récupérer les corps de ninjas d’élite morts durant les combats et scellés par précaution dans des parchemins. Parmi les préposés à cette tâche se trouve Yûgao, qui a quitté les ANBU pour rejoindre l’unité médicale, ne pouvant plus se battre après la mort de Hayate ; en venant voler les parchemins où sont scellés les corps, ce dernier se retrouve un moment face à elle et ils se reconnaissent. La responsable de l’unité médicale veut envoyer Yûgao avec l’équipe chargée de traquer les voleurs, mais cette dernière refuse, expliquant que Hayate était son petit ami…

Itachi accompagne son ami Shisui dans un exercice d'entraînement en trois parties. Les deux ninjas tombent sur une bataille entre l'ANBU du Hokage et ceux de la Racine. Itachi est confus par leurs motivations et ne peut pas discerner quel côté a raison ou tort. Mais Shisui est inébranlable dans sa détermination à arrêter les combats.

La 4ème Grande Guerre Ninja est désormais finie ; les Hokage réincarnés sont renvoyés dans l'au-delà, pendant que sur le terrain, le Sage des six chemins demande à Sasuke et Naruto d'annuler les « Arcanes lunaires infinis ». Mais Sasuke enferme les démons à queues avec la « Naissance de l'astre divin » et annonce vouloir tuer Naruto et devenir Hokage d’après sa propre vision du rôle. Ils s’apprêtent à combattre dans la Vallée de la Fin.

La mission secrète de trouver à Naruto et Hinata un cadeau de mariage s'avère difficile pour Shikamaru. Choji, lui, a trouvé le cadeau parfait, ce qui déstabilise encore plus Shikamaru. Mais grâce à son ami Choji, Shikamaru trouve une bonne idée a une idée. Pendant ce temps-là, Ino va acheter le cadeau parfait pour ses deux amis. Malheureusement pour elle, Sakura a eu la même idée qu'elle...