Shuradô intervient mais se fait écraser par Chôji et son père. Tendô repousse toutes les attaques de ses ennemis. Kakashi utilise son « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan » pour faire disparaître un missile de Shuradô qui visait Chôji. Ce dernier court révéler à Tsunade les capacités de Tendô, tandis que Kakashi sombre dans les ténèbres ayant utilisé tout son chakra.

Pendant ce temps, Hinata a survécu, soignée par Sakura. En utilisant les récepteurs à chakra de Tendô et le « mode ermite », Naruto se dirige vers celui qui le manipulait, Nagato. Grâce au chakra de Kyûbi combiné au « mode ermite », Naruto résiste à Nagato, mais ne trouve pas la force de le tuer. Naruto demande alors à Nagato de raconter son histoire afin de pouvoir donner sa réponse. Nagato raconte alors son passé…

Naruto se renferme sur lui-même, et subit, sous l’émotion, une crise d’hyperventilation. Avec Susanô, Sasuke maîtrise rapidement Danzô et lui fait avouer son implication dans le meurtre du clan Uchiwa par Itachi. Il l’écrase, le coupe, le consume avec les techniques du « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan », mais Danzô semble mystérieusement survivre sans que Karin puisse détecter une illusion. Peu après, Sasuke utilise un genjutsu qui fait apparaître son frère Itachi devant Danzô.

Naruto explique aux autres jeunes ninjas de Konoha sa décision de combattre Sasuke. Neji, Kiba et Shikamaru lui reprochent de couvrir ce dernier et de ne pas avoir profité de l'occasion de son état de faiblesse pour le tuer, mais Naruto déclare que son niveau actuel ne lui permettait pas de battre Sasuke : qu'il doit encore s'entraîner pour y arriver. Alors que Kakashi allait être nommé Hokage, Tsunade se réveille de son coma.

Le mal de mer de Gaï oblige l'équipage à faire escale sur une île inhabitée. Ils y retrouvent par coïncidence Sakura, Ino et Chôji en mission pour récupérer des plantes médicinales en vue de la guerre à venir. Naruto décide de les aider, mais ils ne trouvent pas grand chose. Ils rencontrent une équipe de genin de l’île de Benisu qui a déjà récolté toutes les plantes et souhaite leur vendre, mais les ninjas de Konoha refusent, pensant en trouver dans d’autres zones. À chaque fois doublés par les ninjas de Benisu, ils décident finalement d’aller chercher de la boue aux vertus médicinales dans une zone dangereuse et y retrouvent leurs concurrents, bloqués par des geysers de gaz toxique. Naruto tente de passer avec des clones, ce qui permet aux ninjas de Benisu de trouver un chemin, mais ceux-ci sont ensuite attaqués par un varan énorme. Naruto les aide en vainquant l’animal grâce à l’« Orbe tourbillonnant ». En remerciement, les ninjas de Benisu leur offrent ce qu’ils ont récolté, permettant à Sakura et son équipe de réussir sa mission. Les deux équipes de Konoha, repartent ensuite, chacune sur son bateau.

Pendant cinq jours, le bateau est plongé dans une tempête ; Naruto utilise quatre clones pour travailler à garder le bateau en bon état. Alors que la tempête est terminée et que la mer a retrouvé son calme, Naruto ne veut toujours pas libérer ses clones ; ceux-ci se révoltent et le prennent en otage. Ils exigent auprès de Yamato, Aoba et Gaï qu’ils se dirigent vers une île non loin, où ils les débarquent avec les membres de l’équipage. Du bateau, ils font entendre leurs revendications : bon traitements, reconnaissance et nourriture. Lorsque Gaï les attaque, ils parviennent à lui faire créer une onde de choc sur la mer, et à le faire retourner sur le bateau pour que le roulis le rende malade, avant de l’emprisonner à son tour. Yamato et Aoba font une diversion avec des mouettes pour les libérer, et Naruto décide d’invoquer une centaine d’autres clones pour se débarrasser des quatre renégats. La tactique tourne au cauchemar car tous les clones se retournent contre lui et s’apprêtent à l’assassiner. Naruto se réveille soudainement et se rend compte qu’il a partagé le rêve d’un clone qui s’est dissipé après s’être interposé entre lui et une poulie tombant du mât. Il remercie les trois autres clones et les libère.

Kyûbi donne du chakra à Naruto pour l’aider à repousser l’attaque de Madara. Bien que seul le 3e Raikage avait une constitution lui permettant de supporter la technique de transport d’objets de Mabui sur son corps, A et Tsunade décident de l’utiliser pour rejoindre la 4e division ; cette dernière prévoit d’utiliser sa technique de « La création et le renouveau » pour survivre au transport. Du côté de l’équipe de protection des daimyō, Chôjûrô finit par vaincre le Zetsu noir à l’aide de son épée Hiramekareï. Mei se fait envoyer aussi sur les lieux de la 4e division en utilisant la technique de téléportation de Minato Namikaze; que Genma, Raidô et Iwashi, anciens de la garde du 4e Hokage, peuvent exécuter à trois en transportant une quatrième personne. A et Mei engagent le combat contre Madara, tandis que Tsunade soigne Gaara et Oonoki. Les autres survivants et l’ancienne garde de Minato se lancent à la poursuite de Mû, protégés des attaques de Madara par le bouclier de sable de Gaara et le golem de Oonoki. Les kage attaquent ensemble Madara avec une stratégie : Mei crée un brouillard pour réduire sa vision, tandis que Oonoki réduit le poids de A pour augmenter sa vitesse, avant de l’augmenter au moment où il frappe Madara à travers son Susanô. Alors que Naruto insiste pour aider les kage, Tsunade lui demande de se concentrer sur Tobi et de le vaincre, avant que son clone ne se disperse. Fort de cette instruction, le vrai Naruto, accompagné par Killer Bee, entre en contact avec son ennemi, à qui il porte un coup de tête pour tenter de briser son masque.

La 4ème Grande Guerre Ninja est désormais finie ; les Hokage réincarnés sont renvoyés dans l'au-delà, pendant que sur le terrain, le Sage des six chemins demande à Sasuke et Naruto d'annuler les « Arcanes lunaires infinis ». Mais Sasuke enferme les démons à queues avec la « Naissance de l'astre divin » et annonce vouloir tuer Naruto et devenir Hokage d’après sa propre vision du rôle. Ils s’apprêtent à combattre dans la Vallée de la Fin.

La mission secrète de trouver à Naruto et Hinata un cadeau de mariage s'avère difficile pour Shikamaru. Choji, lui, a trouvé le cadeau parfait, ce qui déstabilise encore plus Shikamaru. Mais grâce à son ami Choji, Shikamaru trouve une bonne idée a une idée. Pendant ce temps-là, Ino va acheter le cadeau parfait pour ses deux amis. Malheureusement pour elle, Sakura a eu la même idée qu'elle...