Акацуки окончательно извлекают бидзю из тела Кадзэкагэ, Гаара умирает. Команды Гая и Какаси встречаются у входа в логово Акацуки.

Вернувшийся в Деревню Песка отряд Тэмари и Канкуро направляются к Логову Акацуки. Сакура и Тиё видят истинное лицо Сасори — оно ничуть не изменилось за 20 лет, что очень их удивляет. Сасори вызывает куклу, сделанную из Третьего Кадзэкагэ, чьё исчезновение до этого момента оставалось загадкой для всей Деревни Песка.

Выясняется, что Сакура приняла противоядие, которое ранее сделала для Канкуро и которое действует только в течение 3-х минут после попадания в организм. Дэйдара производит мощную атаку преследующего его Какаси с помощью глиняных взрывающихся насекомых; цель Дэйдары — сразиться с Наруто один на один. Какаси, используя теневого клона, отражает атаку. Секрет молодого лица Сасори раскрывается — он сделал куклу из самого себя.

Сакура думает, что уничтожила Сасори, однако его состоящее из множества частей кукольное тело восстанавливается. Для продолжения борьбы Тиё призывает 10 кукол, Сасори в ответ — 100.

Какаси использует мангэкё сяринган против Дэйдары, который в результате атаки лишается второй руки. Наруто уничтожает птицу, на которой летел Дэйдара, в её клюве находят тело Гаары.

Команды Гая и Какаси прибывают в Коноху. Ослабленный использованием мангэкё сярингана Какаси отправляется в больницу. Сакура сообщает Цунадэ о поведанном ей Сасори будущем расположении шпиона Оротимару. Наруто занят поиском новых членов команды из-за отсутствия Саскэ и выбывшего на некоторое время из строя Какаси, и впервые со времени своего возвращения встречает Сино, Кибу, сильно выросшего Акамару и Хинату. На Наруто нападает ниндзя, владеющий Техникой Рисованных Зверей.

Ямато преображается в Сасори в виде его куклы Хируко; Наруто, Сакура и Сай ожидают в засаде. Шпионом Сасори оказывается Кабуто. Но, как выясняется, когда-то завербованный Акацуки он был перевербован и уже давно по собственной воле служит также появившемуся Оротимару.

Разрушается мост. Сай на нарисованной им птице преследует углубившихся в лес Наруто и Оротимару. Число хвостов покрова Лиса достигает 4-х.

Высказывается предположение, что Дандзо хочет устроить переворот в Конохе с целью захвата власти. Наруто практически ничего не помнит о произошедшем. Клон Ямато обнаруживает поддельный труп Сая.

Сай, решив не выполнять миссию по убийству Утихи, хочет лишь вернуть его в Коноху, сохранив узы дружбы между Саскэ и Наруто, подбирается ко спящему Саскэ и рисует змей, чтобы связать его, не убивая. Рисованные змеи Сая нападают на Саскэ, в ответ лишь притворявшийся спящим Утиха производит мощный взрыв. До места действий добираются Сакура, Наруто и Ямато.

Саскэ пытается нанести финальный удар Кирин по оглушённым после Нагаси друзьям, однако его останавливает Оротимару под предлогом, что синоби Конохи ещё могут им послужить — убить членов Акацуки. Команда Ямато возвращается в деревню и докладывает о произошедшем Цунадэ.

Сора и Команда Ямато попадают в ловушку похитителей тел, способных с помощью земляных техник менять ландшафт. Цунадэ приказывает АНБУ следить за Дандзо.

Асума тренирует Наруто и Сору. Выясняется, что Асума когда-то убил предавшего Коноху Кадзуму, отца Соры. Цунадэ докладывают, что Дандзо куда-то исчез.

Во всей Конохе внезапно отключается электричество. Цунадэ вызывает всех капитанов Команд и объявляет в деревне 2-й уровень тревоги. Асума, как и Наруто, начинает преследовать Сору. Четвёрка похитителей тел вызывает Пять Врат, благодаря которым деревня окружается силовым барьером, после чего Цунадэ объявляет 1-ый уровень тревоги. Атакующие используют мощную воскрешающую технику Стихии Земли, после чего становится понятно зачем они раскапывали могилы — на синоби деревни нападают зомби, в числе которых и недавно убитые члены клана Кохаку. Асума делает предположение, что цель Четвёрки — полное уничтожение Конохи.

Сора, не согласный с планами Четвёрки, нападает на их предводителя, Фуридо. Сакура и Ямато побеждают своих противников из числа Четвёрки похитителей тел — Фуэн и Фудо. Силовой барьер вокруг Конохи, также как и ниндзя-мертвецы исчезает.

Асума убивает Фуридо (Кадзуму). Чакра Девятихвостого Лиса покидает тело Соры; тем самым опасность миновала. Наруто говорит Соре, что он его друг. Последние кадры серии показывают как члены Акацуки Хидан и Какудзу охотятся за Двухвостым бидзю.

Команда Асумы обнаруживает Акацуки и начинает бой. Выясняется, что Хидан бессмертен.

Соперники поочерёдно обмениваются мощными атаками. Выясняется, что сила Какудзу в использовании сердец побеждённых им синоби — именно они принимают форму неведомых существ. Сикамару, используя Теневое Подражание, уводит Хидана от места сражения в лес, где ограничивает пространство его передвижений при помощи взрывных печатей. Хидану удаётся ранить Сикамару, после чего он снова использует Связывающие техники, как и в бое с Асумой.

Первая атака Наруто проваливается. Сикамару погребает ещё живые части тела Хидана под грудой камней. Наруто повторяет технику, и ему удаётся поразить Какудзу.

Дзирайя из-за срочного вызова вынужден покинуть Наруто, который после этого возвращается в Коноху для продолжения тренировок с жабами Гамакити и Гаматацу, не умеющими при всём при этом использовать стихию Воды.

Трёххвостный бидзю начинает выходить из-под контроля, но Гурэн вовремя заключает его в кристалл. Синоби Конохи сталкиваются с подчинёнными Гурэн. Наруто на Гаматацу плывёт к центру озера и видит там, как Трёххвостый разрушает кристальный панцирь. Гурэн и Юкимару выбираются на берег.

Меж тем члены Акацуки Дэйдара и Тоби оправляются на охоту за Трёххвостым.

Какаси вызывает пса Бискэ для поисков Наруто. Гурэн нападает на Удзумаки, появляется Юкимару. Их находит Какаси; Гурэн и Юкимару исчезают. Кабуто говорит Гурэн, что Юкимару всего лишь инструмент для контроля Трёххвостого и других причин жить у него нет. Прибывает команда Сидзунэ.

Один из захватчиков Рин ранит глаз Какаси, Обито убивает нападавшего. Второй захватчик при появлении Какаси и Обито устраивает в пещере, где содержалась Рин, обвал. Рин освобождена, но Обито смертельно ранен, и он, в качестве подарка Какаси в честь получения тем звания дзёнина, отдаёт ему свой сяринган. Какаси уничтожает второго нападавшего. Миссия по взрыву моста оказывается выполненной.

Дэйдара и Саскэ продолжают упорно сражаться. Вечно вопящий Тоби участия в битве не принимает. Дэйдара вспоминает, как впервые встретился с Акацуки.

Для сражения с псами Пэйна Дзирайя вызывает гигантскую жабу Гамакэна. Псы уничтожены, однако Дзирайя и Гамакэн подвергаются атакам новых гигантских животных. Дзирайя отпускает Гамакэна обратно в Страну Жаб, после чего призывает двух других жаб и активирует т. н. Режим Отшельника. Пэйн призывает двух человек, странным образом на него похожих.

Дзирайя убивает одного из шестёрки Пэйна. Остальные пятеро смертельно ранят Дзирайю. Последняя мысль Легендарного Саннина была о том, что ученик, про которого рассказывало предсказание, это Наруто Удзумаки.

Итати и Саскэ обмениваются мощными атаками. Итати использует Аматэрасу.

Тоби рассказывает Саскэ историю о том, как Итати стал двойным агентом и затем обратился к нему, Мадаре, с просьбой помочь в выполнении своей жестокой миссии. Тоби отрицает свою причастность к нападению Девятихвостого Лиса на Деревню Листвы 16 лет назад. Саскэ заявляет о переименовании своей команды «Хэби» («Змея») в «Така» («Ястреб») и объявляет главной целью «Ястреба» полное уничтожение Конохи.

Саскэ начинает сражение против Киллера Би, который серьёзно его травмирует. Карин даёт Саскэ «выпить» часть своей чакры, и смертельные раны синоби затягиваются. Саскэ, Дзюго и Суйгэцу совместно атакуют Киллера Би, однако тот высвобождает чакру Восьмихвостого бидзю и повторно ранит Саскэ. Для спасения своего лидера, Дзюго отдаёт ему часть своей плоти и чакры. Дзинтюрики полностью преображается в Восьмихвостого Быка-Осьминога; Саскэ использует против него свой мангэкё сяринган и Аматэрасу. «Така» захватывает Киллера Би, свидетелями чего становятся двое синоби, которые решают отправиться с докладом о произошедшем к Райкагэ, старшему брату Киллера Би.

Сиранами захватывает Хотару и начинает процесс извлечения из неё запретного дзюцу. Четвёрка ниндзя безуспешно пытается схватить Наруто, и тот вместе с Утакатой отправляются в родную деревню Хотару, где на них нападают зомбированные Сиранами жители. На месте событий появляются Ямато, Сай и Сакура. Четвёрка ниндзя начинает новую атаку.

Мероприятия по вскрытию одного из тел Пэйна и расшифровке послания Дзирайи возглавляют Сидзунэ и Сикамару соответственно. Выясняется, что Курэнай Юхи беременна от ныне погибшего Асумы.

Нагато вспоминает, как он, Конан и Яхико обучались у Дзирайи. Несколько лет спустя по вине Хандзо, лидера Деревни Дождя, и Дандзо, желавшего добиться поста Хокагэ, погиб Яхико, и тогда Нагато перенимает идею о том, что люди поймут друг друга только после того, как познают боль.

Филлерная часть — Наруто находит кунай с секретным документом Конохи, из-за чего попадает в переделку. Какаси и Ирука совместными силами побеждают нападавших.

Экранизация манги — в конце серии ведётся небольшой диалог между оставшимися в живых членами Акацуки — Тоби приказывает Кисамэ отправляться за Восьмихвостым. Команда «Така» решает направиться в Коноху.

Ли хочет помочь находящейся в коме Пятой Хокагэ в благодарность за то, что та вылечила его 2,5 года назад, и юноша рекомендует Сакуре Лекарство Юности, созданное Гаем. Бо́льшая часть серии рассказывает о том, как во время болезни Рока Ли Сакура, Ино и Наруто искали у границы Страны Огня цветок Дзёфуку, ингредиент, необходимый для приготовления лекарства.

UNIQLO clothing stores throughout Japan will be offering a Naruto x UT Original DVD with all-new animation on January 1. The DVD will contain an original Naruto anime video set to an exclusive version of Mayonaka no Orchestra, the upcoming song by the Japanese rock band Aqua Timez. A limited number of the DVDs will be offered as presents to people who buy UNIQLO's Naruto graphic T-shirts online or in stores.

Наруто, Какаси и Ямато решают пока что никому не сообщать о рассказе Тоби-Мадары. Киллер Би, ранее спасшийся от Саскэ на глубине озера, решает на время покинуть своё селение. Саскэ, используя силу Сусаноо, обрушивает колонны здания, тем самым временно блокируя силы Облака и Песка. Суйгэцу и Дзюго чудом удаётся выжить. Карин находит Дандзо и показывает его местонахождение Саскэ.

Наруто заявляет о своём решении спасти Саскэ, но Утиха не оставляет мысли о мести за Итати и разрушении Конохи. Появляются Тоби и белая половина Дзэцу. Кунай, которым Сакура собиралась убить Саскэ, был ядовитым, и яд попал в Наруто через царапину. Саскэ и Тоби отступают. Саскэ просит Тоби пересадить ему глаза брата.

Ямато рассказывает Наруто легенду о корабле-призраке на котором живут мертвецы. Они сталкиваются с этим кораблём, но на борту никого нет кроме мальчика Хисяку, которого встретил Наруто. Он рассказывает что вся команда этого корабля погибла от гигантского краба. Краб нападает на корабль, но Наруто и Хисяку побеждают его. Позже выясняется что Хисяку был привидением, а корабль-призрак существует.

Серия посвящена отдыху Сая, которого настиг творческий кризис, и его воспоминаниям о дружбе с Наруто и Сакурой.

Тоби отправляется в Страну Дождя, чтобы забрать риннэган. Конан вспоминает прошлое: Нагато, Яхико, Дзирайю. Тоби довольно быстро находит её, но Конан отказывается добровольно возвращать риннэган, мотивируя свой поступок верой в Наруто, которому доверился Нагато. Тоби рассказывает, благодаря кому возникла организация Акацуки, и что именно он — Тоби, — дал риннэган Нагато. Конан не верит его словам и уводит Тоби за город на огромное озеро, где начинает бой с разрушительной атаки.

Благодаря Белому Дзэцу, Дэйдара смог сломать печать и вырваться на свободу. Его цель — убить Саскэ, использовав Супер Совершенное Оружие. Часть Пятой Дивизии, во главе с Мифунэ, пришедшие на помощь диверсионному отряду, должны снова запечатать Дэйдару.

Серия показывает события, произошедшие до войны. Наруто, Сакура, Сай и Ямато отправились на миссию в деревню, граничащую со Страной Огня. В итоге выяснилось, что за событиями, произошедшими в деревне, стоит Кабуто, который в это время осваивал Эдо Тэнсэй.

Наруто пытается противостоять симбиоту, используя Расэнсюрикэн, однако его попытка обращается провалом. Наруто получает силу от Девятихвостого и пытается контролировать её. Сначала чакра Лиса достаточно стабильна, но затем Наруто временно теряет контроль и восстанавливает снова.

Четвёрка Звука начинает атаковать. Как и в прошлом, Сикамару сражается с Таюей, Киба с Саконом и Уконом, Тёдзи с Дзиробо, а Нэдзи с Кидомару. Зная их способности, ребята побеждают Четвёрку. Но Наруто замечает поток тёмной энергии, и синоби пропадают вместе с Четвёркой Звука.

Мадара Утиха начинает сражение с союзной армией синоби и с лёгкостью побеждает множество противников даже без использования ниндзюцу. Огненные техники Мадары имеют невиданную силу. После атаки клона Наруто Мадара создаёт Сусаноо. После совместной операции Ооноки и Гаары Мадара оказывается уязвим для атак, но поглощает Расэнсюрикэн Наруто при помощи риннэгана.

Гэдо Мадзо поглощает Сон Гоку. Наруто и Курама объединяются и Удзумаки полностью перевоплощается в бидзю. Наруто находит все стержни, но бидзю создают огромную Бомбу Хвостатых, однако Наруто удаётся её отразить той же атакой. Добравшись до всех приёмников чакры, Наруто и Курама попадают в общее подсознание всех бидзю и их дзинтюрики.

Обито в убежище Мадары набирается сил под присмотром двух клонов Дзэцу, один из которых очень напоминает будущий образ Тоби в маске. Услышав известие о том, что Какаси и Рин попали в окружение воинов АНБУ Скрытого Тумана, Обито покидает убежище Мадары с помощью клонов Дзэцу. Он находит Какаси в момент, когда тот пронзает сердце Рин своим Лезвием Молнии.

Освободившись от своих обязанностей в АНБУ, Какаси становится дзёнином и тренером гэнинов. Вспомнив свои прошлые ошибки в дни его обучения у Минато Намикадзэ, он пытается создать свой путь в обучении своих кандидатов. Но никто из его потенциальных учеников не проходит тест с бубенцами: одна из групп из-за отсутствия командной работы, а другая — из-за бездумного следования правилам.

Десятихвостый демон, намного превосходящий размерами всех остальных Хвостатых, родился вновь. Обито и Мадара берут его под свой контроль. Курама и Гюки атакуют Десятихвостого бомбами, но тот уничтожает их ещё на подлёте и даже ранит Гюки его собственной бомбой.

Из-за борьбы с Десятихвостым, Нэдзи, спасая Наруто и Хинату, погибает в бою.

Разговор Какаси и Обито зашёл в тупик. Все решит последний удар.

Сира и Рок Ли начинают единоборство, в процессе которого открылось физическое превосходство Сиры над Роком Ли, а также возможности Сиры ударам в чакры и технике дыхания тайдзюцу «Семь небесных вздохов». В процессе битвы Сира не воспользовался возможностью перекрыть технику Рока Ли «Врата Лотоса» и после открытия ран не смог продолжить битву.

Нэдзи возвращается к своим друзьям и рассказывает, что всё это было экспериментом для них. Человек в маске распускает команду наёмников и просит команду Дзирайи (Нагато, Яхико и Конан) помочь эвакуировавшимся сельчанам вернуться в свои дома.

Наруто освобождает себя и Саскэ от Чёрного Дзэцу и ошеломляет Кагую, превратившись в группу обнажённых парней[6]. Саскэ телепортирует её между собой и Наруто, почти устанавливая физический контакт для запечатывания, но она перемещает всех в ледяное измерение.

Саскэ берёт в пример своего брата, Итати, которого считает истинным Хокагэ. Саскэ говорит, что решит все проблемы, сконцентрировав всю ненависть на себе и взяв под контроль каждую деревню, и что, совершив революцию, деревни больше не будут во тьме, лишь он станет тьмой. И поэтому чтобы стать Хокагэ, человеком, разорвавшим все узы, он должен устранить Наруто — его лучшего друга.

Саскэ использует чакру Хвостатых заточённых в Тибаку Тэнсэй, вливая её в своего Сусаноо подобно Гэдо Мадзо, после чего образовывается новая форма Сусаноо. Наруто в Режиме Хвостатого делает несколько теневых клонов. Разворачивается масштабная битва, что перемещается в небо.

Какаси и Сакура прибывают в то место, где находятся Наруто и Саскэ. Сакура начинает их лечить, и Саскэ просит у неё прощения. Наруто и Саскэ развеивают Бесконечное Цукуёми, затем Утиха освобождает хвостатых зверей. Проводятся похороны тех, кто погиб на войне. Какаcи выбран в качестве Шестого Хокагэ