Gracias al Susanō creado por Sasuke, el equipo siete se ha librado de los efectos del Tsukuyomi Infinito. Mientras, los shinobi afectados por el genjutsu sueñan con su vida ideal. Sasuke recuerda las últimas palabras de su hermano antes de partir, las que sirven de enlace para iniciar este nuevo arco, que narra la vida del shinobi Itachi Uchiha, quien durante la tercera guerra mundial shinobi y con tan solo cuatro años presenció la cruda realidad del campo de batalla, la que al mismo tiempo es explicada por su padre. Posteriormente, es testigo del nacimiento de su hermano; todas estas experiencias le hacen pensar acerca de la vida y la muerte. Entretanto, Obito Uchiha se prepara para atacar Konoha invocando al Kyūbi.

Itachi ya es miembro de ANBU. Danzo le nombra comandante de un cuerpo especial para la aldea que no está vinculado directamente a Raíz; Al mismo tiempo, el clan Uchiha le encomienda espiar los movimientos de Konoha convirtiéndose en un doble agente. Se investiga el suicidio de Shisui e Itachi se convierte en el principal sospechoso. Días después, Itachi es enviado junto a sus subordinados a espiar una reunión del clan Uchiha, una vez finalizada, Itachi ordena a sus subordinados esperar en las sombras mientras se reúne con su padre en el santuario Nakano, ahí le revela a Itachi que también posee el Mangekyō Sharingan pero lo mantiene oculto por temor a que el clan insista mucho más en un golpe de estado. Al mismo tiempo, usando sus habilidades oculares muestra a Itachi el golpe de estado, el cual traería una masacre a la aldea si consiguiesen extraer al Kyūbi que está dentro de Naruto, por lo que le pide que se le una y así reducir el número de bajas. Itachi comprende los riesgos del golpe de estado y lo informa a los ancianos de Konoha y al Tercer Hokage; Danzo insiste en que el clan sea aniquilado. El Uchiha decide llevar a cabo el genocidio y para ello le pide ayuda a Obito. Itachi muestra a su padre el futuro de Konoha de no llevarse a cabo el golpe de estado y comprende la importancia de Sasuke en ese futuro, por lo que le espera en casa con Mikoto para voluntariamente ser asesinados, no sin antes hacerle prometer que cuidaría de su hermano. Luego de ello, Itachi se reúne con el Tercer Hokage, quien le agradece por todo lo que hizo por la aldea y le explica que es necesario que sea tratado como un desertor y su nombre incluido en el libro Bingo. En su salida, sus subordinados ANBU tratan de asesinarle pero son víctimas del genjutsu del Uchiha. Luego, se reúne con Obito quien lo introduce con todos los miembros de Akatsuki siéndole asignado a Jūzō Biwa como compañero.

Sasuke recuerda sus encuentros con Itachi, desde el momento en que regresó a Konoha para capturar al Kyūbi hasta su vuelta a la vida por medio del Edo Tensei, encomendándole nuevamente a la aldea y recordándole lo mucho que le ama. Los efectos de Tsukuyomi Infinito desaparecen y el equipo siete se prepara para la batalla contra Madara, quien afirma que ha acabado con las guerras ninja y creado el paraíso shinobi, convirtiéndose así en el salvador. Todo parece estar a favor de Madara cuando Zetsu Negro atraviesa el corazón del Uchiha y le explica que ha estado equivocado, pues no es el salvador y tampoco ese es el fin, sino que es un simple peón encargado de cumplir la voluntad de Kaguya Ōtsutsuki; le explica el engaño del que ha sido parte al haber mal interpretado el monumento de Rikudō Sennin (modificado antes por Zetsu negro) así como la verdadera intención del Tsukuyomi Infinito, que ya había sido utilizado en una ocasión por Kaguya, el cual, lejos de ser la herramienta para soñar con la paz mundial, es la técnica para acumular una cantidad gigantesca de chakra y que eventualmente todos aquellos atrapados en él, se convertirán en soldados de Kaguya, los Zetsus blancos. Madara comprende que ha sido engañado pero ya es muy tarde. Entretanto, Naruto y Sasuke tratan en vano de detener la transformación y terminan inmovilizados por el cabello de Kaguya mientras son testigos de su renacimiento.

La batalla entre Naruto y Sasuke contra Kaguya ha iniciado. Ella percibe el chakra de ying y yang que poseen y se aleja inmediatamente, a su vez se pregunta si son las reencarnaciones de sus hijos: Hagoromo y Himura, luego, usando el Byakugan comprende que se trata de Ashura e Indra. Kaguya, para evitar la destrucción del Shinjū, traslada a Naruto, Sasuke, Sakura, Kakashi y Óbito a una dimensión compuesta principalmente por lava: Sasuke invoca a su halcón, evitando la caída libre al mismo tiempo que salva a Naruto, por su parte, Kakashi usando sus kunais y pergamino rescata a Sakura y Óbito. Kaguya ataca los puntos vitales del halcón y el pergamino de Kakashi comienza a quemarse por el excesivo calor encontrándose nuevamente en problemas, en esta ocasión son salvados por Naruto quien descubre que gracias al chakra de Rikudō Sennin puede levitar. En ese mismo instante, los Hokages, se dirigen hacia el punto de origen de un fuerte chakra que han percibido mientras se preguntan si Madara ha sido derrotado. Kaguya está decidida a reunir todo el chakra para si misma y ataca a Naruto y Sasuke, quienes a pesar de usar lo mejor de sus técnicas se encuentran en desventaja. Sin percibirlo hasta que es muy tarde, son atrapados por Kaguya quien los paraliza y comienza a absorber su chakra por medio de Zetsu Negro; Kaguya llora pues ambos le recuerdan a sus hijos con quienes compartió el chakra, a su vez, Zetsu negro revela el origen de todo.

Zetsu les relata la historia de Kaguya a Naruto y Sasuke, este se remonta a una época en la que no existía el chakra, los clanes ni las grandes aldeas. Una noche Tenji el líder de las tierras de "So" junto con sus soldados observan una misteriosa luz que se mueve en el cielo, el ordena seguir el paradero de dicha luz, al otro día traen ante el a una mujer la cual se hace llamar Kaguya y que es la guardiana del Shinjū, Kaguya se queda en la aldea de Tenji, algunos días después los líderes de las tierras de "Ka", se reúnen con Tenji para reclamar la posesión de un lago el cual el país de Ka quiere que se lo devuelvan por lo que a Tenji le dan algunos días para pensarlo. Esa noche Tenji sostiene una conversación con Kaguya la cual siempre contempla el cielo nocturno, al preguntarle si ella deseaba algo esta responde que la paz sin guerra. Durante los siguientes días personas de Ka atacan la frontera con el propósito de causar una guerra, Tenji ordena no contraatacar pues lo último que el quiere es la guerra, una noche le informan que todo el ejército de Ka está a punto de atacar por lo que Tenji parte enseguida a evitar una guerra y ordena que lleven a Kaguya a un lugar seguro, pero alguien le informa a los líderes de Ka que Kaguya esta en un templo, por lo que van en su captura, cuando los soldados de Ka llegan al templo asesinan a los soldados que protegían a Kaguya al verse acorralada masacra a algunos de los soldados de Ka, al otro día Suzaku uno de los líderes de Ka pide la cabeza de Kaguya por la muerte de sus hombres, Tenji al no creer en que Kaguya hiciera algo así va hasta el templo y observa los cuerpos, en ese momento ordena a sus hombres que maten a Kaguya pero esta rápidamente se dirige junto con Aino a donde esta el Shinjū, en el camino Aino muere por la flechas, una vez que Kaguya llega a la base del Shinjū, come del fruto e inmediatamente aparece el tercer ojo en su frente y acto seguido realiza el Mugen Tsukuyomi atrapando a todo el mundo.

Zetsu continúa su relato a Naruto y Sasuke, en donde principalmente les cuenta sobre los hijos que tuvo Kaguya con Tenji. Una vez adultos los hijos de Kaguya, Hagoromo y Hamura terminan por convertirse en intermediarios de su madre con el pueblo de las tierras de So, mientras que Gamamura un pequeño sapo, observa a Kaguya quien a su vez, observa continuamente al cielo. Unos hombres discuten por que uno de ellos recibe toda el agua de un río importante, ya que su campo se encuentra cercano al principio del río, y el flujo del agua se ha reducido repentinamente. Hagoromo decide ver que sucede río arriba y parte junto con Hamura, al lugar se encuentran con una roca gigante en donde Gamamura revela que ha sido el quien ha puesto la roca. Como en el lugar habitan osos salvajes, Gamamura aprovecha para demostrar que ha sido él quien ha puesto la roca derribando fácilmente a un oso, diciendo que sus intenciones eran provocar toda esa situación anterior para poder conversar con ellos. Gamamura le revela a Hagoromo y a Hamura que el gran árbol del Shinjuu está absorbiendo la fuerza y recursos naturales del planeta, así como la energía vital de las personas que lo habitan, para que ellos mismos corroboren su versión, Gamamura les aconseja que ellos mismos vayan a investigar el gran árbol del Shinjuu. Hagoromo nota que una mujer a quien aprecia, llamada Haori, se dirige al gran árbol del Shinjuu junto a otras personas para realizar la tradición del Shinjuu. Molesto, le pide a su madre Kaguya que elimine la tradición del shinjuu ya que nadie vuelve luego de la tradición, pero Kaguya lo reprende justificándolo por la llegada de alguien desde los cielos y vuelve a ausentarse. Hagoromo decide investigar el gran árbol del Shinjuu junto a Hamura, y en el lugar encuentran a un centenar de personas incluida Haori quien se encuentra sin vida en un capullo del Tsukuyomi, y al verla en ese estado Hagoromo despierta un Sharingan con tres aspas. Hagoromo decide visitar junto a Hamura a Gamamura, quien los lleva al país de los sapos, en donde les explica que se puede entrenar en dicho lugar para poder usar la energía natural llamada poder sabio. También, les cuenta toda la historia pasada de Kaguya desde una esfera de cristal, por lo que Hagoromo decide hablar con su madre pero antes le pide a Gamamura que le enseñe a usar el poder del sabio. Tiempo después, Kaguya le pregunta a Hamura sobre Hagoromo, pero este le miente causando la ira de Kaguya con este.

Hagoromo ha logrado dominar el poder sabio y se dirige donde Kaguya para discutir con ella sobre la tradición del Shinjuu. Kaguya lee la mente de Hagoromo y rehúsa detener la tradición del Shinjuu, enviando a Hamura poseído por la voluntad de ella para atacar a Hagoromo, pero agoniza por un ataque de Hagoromo, quien a su vez Hagoromo despierta el Mangekyo y el Rinnegan, aunque utiliza el poder sabio para curar a Hamura. Kaguya despierta el poder del árbol del Shinjuu en el Juubi, quien rápidamente ataca a Hagoromo quien utiliza el poder de Susano, varios meses después ambos logran sellar a Kaguya en el Chibaku Tensei, el cual termina por convertirse en la luna. Luego dividen el poder del Juubi en nueve bestias, las cuales Hagoromo criaría para que estas confíen y ayuden a las personas. Hamura recibió los pensamientos de Kaguya cuando era poseído por ella, por lo que decide estar cerca de ella viviendo en la luna. Sin embargo, Zetsu quien nació de la última voluntad de Kaguya, tuvo como único objetivo revivirla, al no poseer un poder significativo, decidió utilizar a las personas para obtener los elementos necesarios para revivir a Kaguya. Zetsu necesitaba al Shinjuu y el Tsukuyomi Infinito, el Shinjuu se había convertido en el Juubi el cual luego se dividió en las nueve bestias con colas, los cuales fueron dispersos por todo el mundo tras la muerte de Hagoromo. Para el Tsukuyomi necesitaba a un usuario del Rinnegan, y solo un Uchiha descendiente de Indra con las células de un descendiente de Ashura, ambos hijos de Hagoromo, conseguirían el poder del Rinnegan. Miles de años después, Zetsu conseguiría a un usuario del Rinnegan gracias a su manipulación a la tabla de la salvación de los Uchiha hecha por Hagoromo, la cual terminó por instar a los Uchiha a intentar despertar el Rinnegan y usar el poder del Tsukuyomi. Madara Uchiha consiguió el poder del Rinnegan luego de morder el brazo de Hashirama y usando el Izanagi cuando fue derrotado por este, implantó las células del brazo de Hashirama en sus heridas despertando el Rinnegan, invocando a la estatua demoníaca la cual es el esqueleto del Juubi sin fuerzas y a la vez soltando accidentalmente a los Zetsus blancos, creyendo Madara que eran su creación por una astucia de Zetsu negro. Zetsu llevó a crear a Akatsuki para crear la guerra shinobi, y guió a Kabuto a encontrar el cadáver de Madara para que Obito se viera obligado a colaborar con este y así llevar todos los sucesos de la cuarta guerra shinobi según lo planeado por Zetsu.

Naruto logra liberarse del poder de Kaguya pudiendo ayudar a Sasuke, quienes luego idean un plan de ataque. Sasuke ataca a Kaguya con el Amaterasu para que Naruto utilice su Gyaku Harem no Jutsu, logrando distraerla y asestarle el primer golpe. Ante la distracción, Sasuke y Naruto intentan sellarla, pero antes de lograrlo Kaguya los traslada a todos a otra dimensión, siendo una dimensión ambientada en rocas de hielo y montañas de nieve, quienes quedan atrapados en una de dichas rocas. Sasuke logra romper la roca con el Amaterasu y el Kagutsuchi, y para evitar ser sellada, Kaguya traslada solamente a Sasuke a una dimensión ambientada en un desierto de arena. Obito despierta de su inconsciencia gracias a un clon de Naruto, a quien lo ponen al tanto de la situación, mientras que Naruto continúa batallando solo con Kaguya. Obito al ver la forma en que Kaguya se mueve a otra dimensión, comprende que debe usarla así como usa la suya para poder traer devuelta a Sasuke. Sabiendo el gasto de chakra en un jutsu ajeno el cual sería inmenso, le pide al clon de Naruto y a Sakura que lo acompañen. Mientras que los cuatro Hokages que se encuentran en la dimensión paralela, investigan una parte del cuerpo de Madara, ya que falta la parte de arriba de su cuerpo. Como no pueden ubicar la parte de arriba del cuerpo, no pueden usar la Invocación: Resurrección del Mundo Impuro en el cuerpo de Madara para sacarle información. En ese momento, Rikudo Sennin aparece para explicarles sobre el inicio del ninshu, para que puedan saber sobre la situación y así salvar a Naruto y Sasuke.

Hagoromo le cuenta a los Hokage del inicio del Ninshu, contándoles su historia desde que sello a su madre Kaguya. Seguido de este suceso, Hagoromo se encuentra con Gamamura, a quien le informa que recorrerá el mundo pagando sus pecados, ayudando a las personas, y enseñado su poder para el beneficio de la humanidad. Antes de partir, Gamamura le revela uno de sus sueños premonitorios, en el que un niño de ojos azules dominaría al Kyubi y lo llamaría por su nombre. Hagoromo parte en su viaje donde se encuentra con un puente roto, producido aparentemente por la batalla entre el y su madre, por lo que decide repararlo sin el uso de sus poderes. A un costado del puente, habita un ladrón que vive de el para robar a las personas que no lo pueden cruzar. Hagoromo comienza a repararlo usando su ingenio, pero es reprendido por el ladrón ya que según el, arruina su fuente ingresos. Hagoromo demuestra su poder al ladrón, quien le teme y decide ayudarle a reparar el puente con la intención de destruirlo una vez que Hagoromo se haya ido. Muchas personas al ver la buena obra del ladrón, comienzan a ayudarlos a reparar el puente, y una vez terminado, el ladrón rehúsa a destruirlo ya que el agrado de ver tantas personas contentas con algo bueno que el hizo, causó en su interior el gozo de volverlo a hacer. Hagoromo continúa en su viaje, y el ladrón le sigue al no tener más que hacer. Al llegar a otro puente roto, se encuentran con otro ladrón, repitiendo el proceso anterior. Luego de repetir la misma labor en varios lugares, teniendo varias personas siguiéndolo, Hagoromo haría de estos sus discípulos, a quienes les enseñaría el Ninshu. A la vez, Hagoromo distribuyó a las bestias con cola por todo el mundo. Luego, Hagoromo tendría dos hijos, Indra y Ashura, pero un ser maligno estaría por encender el odio en uno de ellos.

Indra y Ashura crecieron con un poder oculto dentro de ellos, e Indra comenzaría de temprano a sacar a relucir dicho poder. Hagoromo era capaz de crear jutsus sin la necesidad de realizar sellos con sus manos, siendo el único en poder lograrlo. Indra comenzaría a investigar junto a su hermano los libros escritos por su padre Hagoromo, en el cual relata los secretos del Ninshu. Más tarde, Indra lograría inventar el sello de manos para crear jutsus, quien a diferencia de Ashura, no lograría leer la cantidad de su hermano al no comprender los libros escritos por su padre. Luego, Ashura saldría con sus amigos para cazar un jabalí, mientras que Indra se iría solo a entrenar el Ninshu. Mientras estaba solo, Indra fue seguido por Zetsu negro, quien le revela que está al tanto de su poder, y que para sacar al máximo su potencial, uno de sus seres queridos debiese morir. Indra comprende que Ashura está en peligro, apresurándose para encontrarlo sano, mientras que Ashura es atacado por un jabalí anormal con excesos de poder. El jabalí logra matar al perro de Indra y Ashura, quien al ver la muerte de su perro, asesina al jabalí con un jutsu de elemento rayo. Ashura le trae el cuerpo de su perro muerto a Indra, quien despierta el Sharingan con dos aspas. Al pasar el tiempo, Indra sería persuadido por Zetsu, quien comenzaría a alabar su poder por sobre los demás, naciendo cierta soberbia dentro de Indra, mientras que Ashura escucha los comentarios de los discípulos de su padre hablando del inmenso poder de Indra, en comparación al fracaso de sus poderes. Ashura intenta convencer a Indra de ser más flexible con los discípulos, pero Indra rechaza serlo, quienes son vigilados de cerca por Zetsu.

Ashura reconoce que Indra ha cambiado su forma de ser, pero antes de terminar la idea, un hombre le pide ayuda para que use el Ninshu y así derribar unos cuantos árboles para crear un camino más corto a los campos. Ashura ayuda al hombre cortando todos los árboles, aunque más tarde, Indra acusa al hombre que fue ayudado por Ashura, ya que vendió los árboles para su beneficio cuyo recurso natural es del bien de todos los aldeanos, aunque pide perdón a Ashura ya que vendió los árboles para ayudar a su madre enferma. El hombre es acusado y encarcelado en una cueva, pero Ashura no es castigado al no saber las verdaderas intenciones del hombre. Ashura va a la cueva y libera al hombre, pero Indra lo sigue y lo ataca por su desobediencia. Al día siguiente, Hagoromo debe escoger a sus sucesor, pero al ver que Indra es demasiado poderoso pero tirano, a diferencia de su hermano que es débil pero piadoso, decide ponerlos a prueba y enviarlos a dos pueblos que albergan bestias con colas, para que dirijan al pueblo y quien arroje mejores resultados será su sucesor. Ashura e Indra se dirigen a sus respectivos puntos de trabajo, al separarse, el hombre que liberó Hashura le sigue para ayudarlo. Al llegar a la aldea la cual se encuentra en medio del desierto, sienten hostilidad debido a recurrentes ladrones que saquean la ciudad, pero al curar a una mujer herida, le dejan entrar. La mujer herida le pide a Ashura que cure a su madre enferma, pero no logra curarla notando que en la aldea hay decenas de muertos a su alrededor, por lo que se dirigen junto a la mujer a un árbol en un gran monte, y al adentrarse en el encuentran rasgos del Shinju.

Ashura se da cuenta que el árbol del monte está matando a los aldeanos, ya que está reviviendo el Shinju en él, por lo que debe destruirlo. Al consultarle al líder de la aldea, este le pide que no lo haga, ya que antes de nacer ese árbol decenas de años antes, la aldea era un desierto duro sin recursos donde la gente moría constantemente. Ashura decide convencer a los aldeanos de destruir el árbol y hacerles notar el peligro de su existencia, pero todos comienzan a lanzarle piedras. Ashura recuerda que su padre no le impidió usar el Ninshu para solucionar los problemas de la aldea, pero por otra parte, Indra ya ha vuelto donde Hagoromo con resultados, pero no decidirá a un sucesor hasta que estén los dos con él. Ashura al ver que la gente dependía del Shinju para subsistir, al ver que a la vez era un cáncer para ellos, Ashura decidió cavar un pozo para sustraer agua para mantener la tierra, y así poder destruir el árbol. Los aldeanos vieron el esfuerzo de Ashura y decidieron ir en su ayuda, además le pidieron que le enseñara el Ninshu. Luego de un largo trabajo, Ashura logró sacar agua del pozo creando un gran lago y ríos que rodearon la aldea, y así pudo destruir el árbol con el permiso del líder. Luego de un año, Ashura vuelve donde Hagoromo y le cuenta los sucedido, pensando que Indra ya era el sucesor, pero Hagoromo ha tomado una decisión.

Hagoromo finalmente decide que Ashura será el sucesor del Ninshu, ante esto los presentes quedan sorprendidos, Indra exige una explicación de por qué el no fue el sucesor, Hagoromo le explica que debido a que como Indra realizó todo el trabajo solo, los aldeanos se pelearon por el agua y la aldea desapareció, mientras que Ashura decidió trabajar y aceptar la ayuda de los demás para solucionar el problema. Indra se retira junto con dos de sus seguidores los cuales quedan inconformes con la decisión de Hagoromo. Esa noche en la aldea se realiza una pequeña celebración, pero Ashura decide hablar con Hagoromo sobre su decisión, Hagoromo le explica que debido al poder del Sharingan de Indra, este ya no comprende a las personas, por lo que ya no sabe el significado del Ninshu, Hagoromo al ver que Ashura no había cambiado le confía su poder. En ese momento sucede una explosión a las afueras de la aldea, se trata de Indra el cual ha despertado el Susanō, furioso nuevamente exige saber porque no fue el sucesor del Ninshu, Hagoromo le explica que la base del Ninshu recae en el amor y de comprender los corazones de los demás mas no en el poder, sin embargo Indra cree que los débiles deben someterse ante el poder, Ashura trata de convencer a su hermano de que se detenga, pero todo es en vano ya que Indra activa el Mangekyo Sharingan y tras ello logra formar al Susanō perfecto. Ashura ataca al Susanō pero sus ataques no tienen efecto alguno, Hagoromo le pide a los aldeanos unir sus fuerzas y acatar al tiempo pero ni aun así logran hacerle daño, Indra decide acabar con todos con la espada de Susanō y en ese momento Ashura logra proteger a todos gracias a las Godou Damas, ahora Hagoromo le pide a todos ayudar a Ashura uniendo sus corazones, como resultado Ashura recibe el Chakra de todos y así realizar el Mokuton: Shin Shusenju, con el cual logra obtener la victoria. Años más tarde Hagoromo, que está a punto de morir, le confía todo a Ashura, ya que Indra no descansara hasta acabar con el Ashura y el Ninshu. Hagoromo termina su relato diciendo que las almas de sus hijos posteriormente siguieron reencarnado y luchando, el odio creció más y más. Ahora el sabio les pide a los Hokages que deben ayudar a Naruto y Sasuke.

La pelea entre Kaguya y Naruto continúa atrapado en el hielo. Mientras tanto, Óbito idea un plan para entrar a la dimensión de Kaguya utilizando su Kamui y de esta forma rescatar a Sasuke; para ello, Sakura y un clon de Naruto le acompañan. Gracias al poder del Gobi Naruto puede liberarse de su prisión helada al mismo tiempo que golpea a Kaguya con una potencia increíble, a continuación, el Kyubi le hace saber que acumuló suficiente chakra para que lo use con lo cual utiliza el jutsu multiclones de sombra y ejecutan el Uzumaki Naruto Ittai Rendan con lo que obligan a Kaguya a trasladarse de dimensión. Óbito aprovecha la oportunidad y logra entrar junto con Sakura y el clon de Naruto, una vez allí, un sorprendido Zetsu Negro se percata de la presencia de Naruto al cual confunde con ser el original, Kaguya decide acabarlo usando el Tomogoroshi no Haikotsu, por el que un proyectil de hueso impacta en el clon de Naruto convirtiéndolo instantáneamente en ceniza. Una vez que Kaguya y Zetsu regresan al mundo de hielo quedan sorprendidos al ver a Naruto vivo, por lo que la pelea entre ellos continúa. Mientras tanto Óbito y Sakura, quienes se ocultaron, inician la búsqueda de Sasuke entre las dimensiones, el esfuerzo de Óbito y Sakura es extremo ya que estas se encuentran demasiado lejos y solo pueden mantenerlas abiertas unos pocos segundos, finalmente localizan aquella en la que se encuentra Sasuke, quien tras darse cuenta del portal abierto por el Kamui se apresura a regresar antes de que Óbito y Sakura se queden sin chakra. Todo parece perdido pues la dimensión se cierra antes que Sasuke pueda alcanzar el portal, sin embargo, para sorpresa de todos este utiliza su Amenotejikara intercambiando posiciones con el chaleco táctico de Sakura por lo que logra cruzar en el último instante.

Hagoromo explica a los Hokages la situación en la que se encuentran los demás y les pide su ayuda para elaborar un jutsu cuando el momento sea el oportuno. Mientras tanto, en otra dimensión, Óbito desfallece pues le quedan pocas energías y tiempo de vida, le preocupa incumplir otra promesa y recuerda sus momentos en Konoha con Rin, Kakashi y Minato, así, saca fuerzas de debilidad y regresa a la dimensión de hielo junto con Sakura y Sasuke. La pelea entre Naruto y Kaguya continúa, esta ha determinado que el original es aquel quien porta las Gudou Damas por lo que le ataca con su Tomogoroshi no Haikotsu, los demás clones se interponen y bloquean el ataque. Mientras, Kakashi medita en la frustración que siente al no poder ayudar a los demás; Óbito, Sakura y Sasuke regresan y ante esa distracción Kaguya atrapa a Naruto y lo atraviesa con uno de sus huesos, se convierte en ceniza y muere, sin embargo, en esta ocasión también se trataba de un clon de sombras, a quien había traspasado sus Gudou Damas. Kaguya comprende que ahora que Naruto y Sasuke están reunidos no hay otra opción y debe utilizar cuanto chakra sea necesario, por lo que les traslada a una dimensión con supergravedad, los movimientos se vuelven complicados para todos, inclusive para Kaguya, quien vuelve a utilizar su técnica mortal para convertir en ceniza a Naruto y Sasuke logrando esquivar el primer ataque, a pesar de ello, ante el segundo se encuentran indefensos. Kakashi piensa que quizá esa sea la última forma en que puede ayudar y corre junto con Óbito para servir como escudo; pareciera que ambos no llegarán a bloquear el ataque, pero el espíritu de Rin interviene, les toma de las manos y les da ese impulso que necesitaban para colocarse frente a Sasuke y Naruto. Ambos están listos para morir, pero Óbito, utilizando por última vez su Kamui, envía a otra dimensión el proyectil de hueso que se dirige hacia Kakashi, salvándole de una muerte segura.

Mientras Óbito muere a causa del Tomogoroshi no Haikotsu recuerda varios de los momentos que marcaron un antes y un después en su vida. En esos instantes, Sasuke al recuperar el poder de su ojo izquierdo inicia su ataque contra Kaguya, quien inmediatamente cambia a la primera dimensión para moverse con facilidad y recuperar más rápido su chakra. Óbito insta a Naruto a mantenerse en el camino ninja que ha elegido no importando las dificultades, al mismo tiempo que le dice que esta seguro que logrará convertirse en Hokage, dicho esto, se convierte en cenizas. Zetsu negro se burla de la muerte de Óbito lo cual no agrada para nada a Naruto e incorporándose a la batalla, en un solo movimiento, corta el brazo izquierdo de Kaguya en el cual se encontraba Zetsu. Finalmente, Óbito despierta en el otro mundo y se reúne con Rin, ella le dice que le ha estado esperando mientras él se disculpa por no haber cumplido su promesa, a lo que ella responde que sabe que se esforzó mucho y que todo ese tiempo le ha estado observado.

Rin está lista para marcharse con Óbito, pero este le pide un poco más de tiempo pues desea ayudar a Kakashi quien se encuentra sin saber que hacer en el campo de batalla. Una vez reunidos, le insta a convertirse en el sexto Hokage y ante ello, como un regalo adelantado le permitirá por poco tiempo el uso de su sharingan. Naruto incorporándose a la batalla ataca con su Senpō: Chō Bijū Rasenshuriken produciendo explosiones de una tremenda magnitud que desestabilizan el chakra Kaguya y la convierten en un monstruo que es más fácil de sellar, pero al mismo tiempo, rápido e impredecible; Sakura está a punto de ser absorbida por ese ser pero Kakashi le salva utilizando el susanoo perfecto. Todos se sorprenden de las nuevas habilidades del ninja que copia; Kaguya logra estabilizarse al absorber chakra de quienes se encuentran bajo la influencia del Tsukuyomi Infinito y se prepara para atacar con una Bōchō Gudōdama. El equipo 7 está listo para su última misión, Sasuke y Naruto se apresuran a sellarla, a su vez, Kaguya ataca a Kakashi con su Tomogoroshi no Haikotsu pero gracias al sharingan de Óbito este atraviesa su cuerpo sin daño alguno, el ninja copiador contraataca con su Kamui Raikiri hiriendo el brazo derecho de Kaguya. Sasuke y Naruto avanzan, mientras Kaguya busca convertir a sus rivales en ceniza, en esta ocasión dispara a Naruto, sin embargo se trata de un clon, el verdadero se encuentra utilizando la forma de Sasuke por medio del Henge no Jutsu, Zetsu negro, en un intento desesperado por proteger a su madre, abre un portal y envía una estaca de hueso a Naruto pero tal acción es contrarrestada por Kakashi usando su Kamui; Sasuke, esperando el momento oportuno, por medio de su Amenotejikara cambia de lugar con el clon de Naruto. Kaguya, al verse acorralada, determina que la única opción es huir por arriba, pero Sakura, con un fuerte golpe impide su escape, Kakashi observa orgulloso el trabajo en equipo de sus estudiantes. Finalmente los poderes de Ying y Yang del sabio de los seis caminos han hecho contacto con Kaguya.

Kaguya junto con Zetsu negro son finalmente sellados por medio del Rikudō Chibaku Tensei. El sabio de los seis caminos invoca desde el mundo puro a algunos kages de épocas anteriores para que junto con los primeros cuatro hokages le ayuden a utilizar el Kuchiyose no Jutsu con el objeto de transportar al equipo 7 y los nueve bijuus desde la dimensión en la que se encontraban. Óbito, antes de marcharse al lado de Rin, se despide de Kakashi, quien se alegra que puedan hacerlo como amigos. Madara, agonizando al haber dejado de ser el Jinchūriki del Juubi, conversa con Hashirama hasta el momento de su muerte, mientras, Naruto y Sasuke observan a sus predecesores solventar sus diferencias. Acto seguido, Hagoromo libera a los kages y se dispone a deshacer el Edo Tensei por lo que Naruto se apresura para llegar al lugar donde se encuentra su padre quien lo felicita por su cumpleaños además de expresarle lo orgulloso que se siente de todo lo que ha logrado, posteriormente, tras un emotivo momento, ambos se despiden.

Los Hokage se dirigen al mundo puro luego de haber sido liberados del Edo Tensei. Los Bijuu hacen planes sobre volver a sus hogares, al mismo tiempo Hagoromo comenta que lo único que resta es deshacer el Tsukuyomi Infinito. Sasuke no piensa exactamente como los demás, tiene planeado iniciar una revolución y para ello en primer lugar se encargará de los cinco Kages, al mismo tiempo, de un vistazo captura a todos los Bijuu y los sella utilizando el Chibaku Tensei.

Sasuke justifica su punto de vista acerca de lo que significa ser un Hokage y su plan para llevar a cabo la revolución ninja. Naruto contraargumenta tal posición haciéndole ver al Uchiha que se encuentra equivocado al momento de interpretar ciertas situaciones, así como los ideales por los que luchó su difunto hermano; sin embargo, al no llegar a ningún acuerdo entre si, la inminente batalla da inicio y a medida transcurre, su intensidad aumenta.

Naruto y Sasuke hacen uso de sus técnicas más poderosas a tal punto que han modificado la geografía del lugar, como consecuencia, han agotado casi todo el chakra con el que cuentan, por lo que ambos no tienen más remedio que batirse a puño limpio; la batalla se prolonga hasta el atardecer, ninguno quiere darse por vencido.

Luego del impacto de sus correspondientes técnicas ambos piensan que han muerto ya que son llevados a través de recuerdos que marcaron sus vidas, sin embargo, únicamente estaban inconscientes; ya ha anochecido cuando vuelven en sí, se percatan que no deben moverse pues de lo contrario morirán desangrados.

Sakura y Kakashi encuentran a Naruto y Sasuke, ella se hace cargo de sus graves heridas mientras el Uchiha le pide perdón por todo, ella llora; Kakashi se alegra de que finalmente sus pupilos finalmente hayan regresado. Tan pronto pueden moverse, Uzumaki e Uchiha colaboran para deshacer el Tsukuyomi Infinito, mientras, Sasuke reflexiona sobre lo que ha aprendido a través de la amistad y sufrimiento de Naruto