ミナトにとどめを刺されたかのように思えたオビトであったが、十尾の巨体が全てオビトに吸収されていく。瀕死の重傷を負っていたはずのオビトは異様な姿へと変貌し、十尾の人柱力となって復活を遂げるのだった。尾獣を全て取り込んだその力は絶大で強力な結界も破り、歴代火影たちの攻撃ですらもことごとく無に帰す。死なない体を利用して人柱力となったオビトの能力の分析を試みる火影たちだが果たして、ナルトとサスケは戦う術を見出す事が出来るのか!

十尾の人柱力として完全に己を制御したオビト。そして冷静かつ冷酷に強力な攻撃を放ち、ナルトたちを絶体絶命のピンチへと追いやる。一方、過去に因縁のある柱間（ハシラマ）とマダラは壮絶な戦いを繰り広げていた。その荒唐無稽な戦いぶりに他の忍たちは何もできず、ただ立ち尽くすのみだった。しかし、そんな忍たちにシカマルは語りかける。どんな小さな力でも、使い方によっては世界を左右する力にもなり得るのだと。その言葉により忍たちは戦意を取り戻す。

人柱力のオビトと対峙し、ミナトは後悔する。仮面の男が木ノ葉隠れを襲撃してきた時、すぐにオビトだと気付いていれば止めることができたかもしれない。クシナを死なせずに済んだかもしれない。そしてナルトを九尾の人柱力にすることもなかったかもしれない、と。そして明日はミナトとクシナが死んだ日であり、ナルトの母も守れず、部下だった”オレ”すらも守れなかったと、オビトはミナトを無力な忍だと罵り、決着をつけるべく全ての忍を結界の中に閉じ込める。

ナルトからクシナの面影を感じたミナト。そしてナルトとミナトの親子は力を合わせ、仙術攻撃をオビトに仕掛ける！次第に力を強めていくナルトに対し早めに手を打つべくオビトは、無限月読のため十尾の最終形態“神樹”を出現させる。それは戦場を全て覆い尽くすほど巨大な樹で、チャクラを吸収する無数の枝を伸ばし、生きている忍から確実に命を奪っていく。果たして十尾とは何なのか？そして忍からチャクラを奪う神樹とは一体何のために存在するのか？

十尾は最終形態の姿“神樹”となり、次々と忍たちを襲って多くの命を奪ってゆく。その中で瀕死の重傷を負ってしまったシカマルの命も尽きようとしていた。この現状に「諦めるな」と柱間が忍たちに語りかけるも、忍たちの心から絶望という言葉が拭い去られることはなく、さらに追い打ちをかけるように“神樹の花が開花し全てが終わるまでのタイムリミットは約１５分”とマダラは告げる。そんな中、ただ一人サスケだけは諦めずオビトに向かっていく！

ナルトの過去の体験が、想いが、心が、全ての忍の意識に流れ込み、忍たちの心を一つにしていく。さらにかつて柱間が思い描いた夢を知り、五影もついにその場に集結し、忍たちは再び希望と闘志を取り戻すのだった。ナルトとサスケのコンビがオビトと激しい戦いを繰り広げている間、そのスキに神樹を切り倒し無限月読を阻止するべく、柱間や扉間、ヒルゼン、そして現五影、大蛇丸ら全ての忍たちが力を合わせ一斉に突撃する！！

いよいよナルト＆サスケとオビトが決着をつけるべくにらみ合う。ナルトとサスケは協力し、かつてマダラがしたように九喇嘛に須佐能乎の衣を着せ攻撃態勢に入る。一方、オビトは想いの強さを力にする六道仙人の神剣“ぬのぼこの剣”を構えて迎え撃つ。その想いに対抗するため木ノ葉の仲間たちが二人の元に集結し、ナルトとサスケと共にオビトに突っ込んでいく。ナルトはこの世界を守るために。オビトはこの世を夢の世界とするために、互いの想いが激突する！果たしてその結果は…！？

精神世界で、オビトと対峙するナルト。自分のことを第二の六道仙人だと名乗るオビトをナルトは認めず、「お前はうちはオビトだ！」と言い放つ。オビトのチャクラとリンクし、オビトの過去を垣間見たナルト。生い立ちも目指した夢も自分とそっくりなのに、忍を敵に回して世界を終わらせようとするオビトに、全てを捨てて逃げているだけだとナルトは怒りを露わにする。

ナルトの言葉により、過去を思い出すオビト。カカシとリンでチームを組み中忍試験に参加したことや、カカシと喧嘩したこと、火影を目指し火影になることをリンに約束したことなどが脳裏をよぎってゆく。そんな思い出からも逃げようとするオビトにナルトは怒りをぶつけ続けるのだが、果たしてオビトの心に、そしてオビトの考えに変化をもたらすことはできるのか？

ナルトの説得で心が揺れ動くオビト。しかし十尾の仕業なのか、精神世界でかつての自分やリンの幻影が現れてオビトの心を翻弄する。一方、現実世界では全ての忍たちが力を合わせオビトから尾獣チャクラを引き抜くための綱引きが行われていた。そしてナルトの掛け声で皆心を一つにし、全てに決着を着けるため力を込めて一気に引き抜く！！戦況はもうすでに佳境――忍連合軍は勝利を手にすることができるのか！？

全ての尾獣が引き抜かれ、ついにかつての友であるカカシとオビトが対面する。それによりオビトが出す答えとは一体何なのか？一方、復活した全ての尾獣たちと忍連合軍の忍たちは最大の敵であるうちはマダラを止めるべく行動を開始する。人柱力であった自分の身体から抜かれて以来久々に守鶴と再会する我愛羅。マダラを封印するため力を貸してくれと我愛羅は頼むのだが、守鶴は協力を拒む。かつて憎しみ合っていた我愛羅と守鶴はこのまま、協力し合う事はないのか！？

十尾の人柱力となったオビトから尾獣を引き抜く事に成功したナルトたち忍連合軍。残る敵はマダラ一人となり、決着をつけるためナルトはマダラに戦いを挑む。一方、尾獣を抜かれ動けなくなってしまったオビトは、マダラと戦うナルトの姿を見て希望の光を見出す。そして自分の今まで犯した罪を認め、その罪を償うためにオビトは動かない体で力を振り絞り、ある術の印を組む。しかしその時、突如黒ゼツが姿を現してオビトの体を押さえつける！

オビトの術で生身の体を取り戻してしまったマダラ。不死の体のときよりもその力は絶大で、九体の尾獣を相手にしても全く引けをとらない。さらにマダラは自分の輪廻眼を取り戻したことによって外道魔像を口寄せし、一瞬にして全ての尾獣たちを鎖で拘束してしまう。生身の体を実感し、狂喜乱舞するマダラ。尾獣たちが必死に抵抗するもその力は手におえず、ついに守鶴が囚われそうになる。その時――守鶴を守るため、我愛羅がマダラに立ち向かう！

必死に抵抗するナルトだが九喇嘛を体から抜かれてしまい、ついに全ての尾獣が外道魔像の中に囚われてしまう。そして尾獣を引き抜かれた人柱力は必ず死ぬ。言葉どおり九喇嘛を引き抜かれたことによりナルトは気を失い、その命の鼓動が徐々に弱まっていく――。一方、隙を狙ってマダラに攻撃をしかけるサスケ。しかしその攻撃は容易く止められてしまい、己の剣によってその体を貫かれてしまう。意識が戻らないナルト。意識を失うサスケ。二人に“死”の危機が迫る！

舞台は戻って第四次忍界大戦。尾獣を抜かれ、今にも死んでしまいそうなナルトを必死に医療忍術で助けようとするサクラだが、ついにナルトの心臓が止まってしまう。一方、マダラに刀で胸を貫かれたサスケのチャクラも消えてしまった。それを感知した香燐たちはサスケの元へ向かおうとするのだが、木遁を使うトビに阻まれる。そして全ての尾獣を手に入れたマダラは強大な力を持つ十尾の人柱力となり、もう片方の輪廻眼を取り返すため、オビトの元へ向かうのだった。

四代目火影・ミナトの九尾も黒ゼツに奪われナルトに死が迫る中、さらに十尾の人柱力と化したマダラがカカシたちの前に現れる。カカシたちは力を合わせマダラに攻撃をしかけるものの、全く歯が立たない。しかし、ナルトとぶつかり合った事で自分を取り戻したオビトがナルトを救うべく、一人マダラに挑む。そしてかつての自分を取り戻したオビトの姿を見てカカシも加勢。長い時を経て、かつて親友同士だったカカシとオビトがツーマンセルを組み、強敵・マダラに立ち向かう！

マダラと対峙しながらオビトは、カカシと出会った頃の事を思い出す。それはまだ二人が幼い頃――。「仲間は絶対に助ける。それがオレの流儀だ」と言っていたカカシはいつの頃からか冷酷に任務を優先するようになっていた。仲間の忍からも評判の悪いカカシ。父の死が影響してカカシは変わってしまったが、オビトはその理由を知らなかった。事あるごとにぶつかり合うオビトとカカシ。そんな二人はミナトの班に配属され、初めての実戦任務に赴く事になる。

「仲間を見捨てない」ことが流儀のオビトと、「任務優先」が流儀のカカシ。全く意見が合わないまま出撃した任務の先でオビトたちを敵が襲う！だがそんな状態でチームワークなど発揮できる訳もなくミナト班は窮地に立たされる。カカシの考えが理解できずにいたオビトだが、その後の神無毘橋の任務で何故カカシが任務を優先にするようになったのかをオビトは知ることになる。――そして舞台は戻りマダラと対峙するオビトとカカシ。二人の最後の作戦が今始まる!!

命が尽きかけているサスケの元に辿りついた香燐たち。しかしサスケの傍には謎の人物が佇んでいて…。一方、マダラと戦うカカシたちの元にはガイが駆けつけた。六道の力を得たマダラには仙術か体術による物理ダメージしか通用しない。仙術を使えるミナトが両腕を失い戦う事ができない今、体術を使うガイが八門遁甲を解放してマダラに突撃する！しかし、第七驚門までの体術ではマダラには効かない。そこでガイは八門遁甲最後の“死門”を開ける決意をし…。

八門遁甲“死門”を開く決意をしたガイは万年下忍で里の者たちから馬鹿にされていた父親、マイト・ダイの事を思い出す――。ある日父親を馬鹿にした中忍に怒った少年のガイはその中忍に立ち向かうのだが全く歯が立たない。強い者に勝つ事ができずに涙するガイだが、その時ダイから教わった『本当の勝利』と『自分ルール』をガイは自分の胸に刻むことになるのだった。そして――父親の教えを胸に、死を覚悟したガイの最後の闘いが始まる!!

リミッターを外し極限まで力を引き出す究極の技、八門遁甲の陣。一時、五影をも上回る何十倍もの力を出すことができる技だが、発動したものは必ず死ぬ――。その八門遁甲の陣を発動したガイは絶大な力で六道マダラに攻撃をしかける！その攻撃は大地に大穴を開ける程強力で六道の力を得たマダラですら直接攻撃を避けようとするのだった。さらにリーやカカシは死を覚悟したガイの攻撃を無駄にしないためにサポートへと回り、一致団結しマダラに挑む!!

気が付くと精神世界にいたナルト。自分は死んでしまったのか、と不安になる中ナルトは、伝説の忍と言われている六道仙人（りくどうせんにん）と出会う。そこでナルトは自分が六道仙人の息子・アシュラの、そしてサスケがその兄・インドラの転生者であることを聞かされる。かつてから争い続けてきたアシュラとインドラ。その両者の運命がナルトとサスケにもたらすものは果たして何なのか？

一方、戦場で命を賭してマダラと戦うガイの命の灯は消えようとしている。

ガイの命を懸けた八門遁甲の陣で大ダメージを負うマダラ。そこに六道の力を手に入れて復活したナルトが駆けつけてマダラと戦闘を開始。その戦いの最中ナルトは新しい螺旋丸で神樹を切り倒すのだが、マダラはその神樹をも取り込みさらなる力を得てしまう。傷も完治し不死なる身体となったマダラと対峙するナルト。そこに復活したサスケも駆けつけて、六道の力を手に入れたナルト＆サスケコンビとマダラの最後の闘いが始まる!!

オビトの異空間からサクラが戻り、マダラと戦う戦場にはカカシ率いる第七班のメンバーが揃った。子供の頃と変わらず戦闘中だというのに言い合いを始めてしまうナルトたち三人。その光景を見てカカシは第七班がはじめて集まった時の事を思い出す。そしてカカシは鈴を取り合った最初の任務をナルトたちに思い出させ、両目に輪廻眼を揃えさらなる力を手に入れた最強最悪の敵であるマダラに第七班がチームワークでぶつかる!!

無限月読。それは全人類に幻術をかけ、永遠に幸せな夢を見せ続ける最強幻術。そしてついにマダラの手で無限月読は発動され、夜空に浮かぶ満月は妖しく輝きだし不気味な写輪眼の紋様を浮かび上がらせた…。

その満月の光りを浴びた忍たちと人々は全員意識を失い、虚ろな表情でただただ満月を見上げる。一度かかれば逃れる手段はない無限月読。果たして人々はこのまま永遠に幸せな夢を見続けてしまうのか…？

無限月読が発動され眠りについてしまうテンテン。そして目が覚めてみるとそこは木ノ葉隠れの里だった。一瞬にして里まで飛ばされたのだと思い里の中を歩いてみるが、戦争中だと言うのに平和な雰囲気に包まれている。里の様子にテンテンが戸惑っているとガイとリーが現れ飛ばされたのは自分だけではなかったと喜ぶのもつかの間、ガイとリーは頭をきっちり七三に分け、見たことのないクールスタイルの服装に身を包んでいた。果たして、この世界は…？

無限月読が発動され眠りについてしまうテンテン。そして目が覚めてみるとそこは木ノ葉隠れの里だった。一瞬にして里まで飛ばされたのだと思い里の中を歩いてみるが、戦争中だと言うのに平和な雰囲気に包まれている。里の様子にテンテンが戸惑っているとガイとリーが現れ飛ばされたのは自分だけではなかったと喜ぶのもつかの間、ガイとリーは頭をきっちり七三に分け、見たことのないクールスタイルの服装に身を包んでいた。果たして、この世界は…？

無限月読にかかったキラービーが見る夢――。尾獣の力を使って世界を変えようともくろむ“暁”が暗躍する世界。その“暁”に尾獣の力を奪われナルトたち人柱力は各地で捕らわれの身となっていた。そしてその世界には“暁”に対抗する一人の姫がいる。その姫を守るため、捕らわれている人柱力を助けていつか来るであろう“暁”との戦いに備えるべくキラービーは一人立ち上がったのだ！

“暁”ＶＳキラービーの熱き戦いを描く、忍ロマンが今ここに始まる!!

“暁”が召喚した巨大兵器『十尾』。今この十尾を落風城の姫が封じているのだが、満月の夜にはその封印が解けてしまう。次の満月の夜までに人柱力全員を集めて姫を守ろうとするキラービーだが、そんなビーの目的を阻止しようとイタチ、デイダラら“暁”のメンバーを始め、大蛇丸、カブト、さらにはサスケまで現れて襲いかかってくる。人柱力たちも個性的なメンバーばかりでなかなか言う事を聞いてくれない中、果たしてビーは姫を守ることができるのか!?

無限月読にかかった香燐が見る夢――。うずまき一族として生まれ、噛んだ相手を回復させるその特殊な能力ゆえに過酷な過去を生きてきた香燐。里を追われ草隠れの里でよそ者扱いを受けている香燐が生きていくためにはただただ奴隷の様に言う事を聞くしかなかった。そんななか参加した中忍試験でサスケに香燐は命を救われた。その時見たサスケの笑顔が忘れられない香燐は夢の中で悲劇のヒロインとなり一体どんな夢を見るのか…？