Naruto informa Sasuke che Tobi gli ha confessato la verità su Itachi e, dopo averlo ripreso per avere tentato di colpire una sua compagna, gli confessa di avere intenzione di salvarlo dall'ossessione della vendetta. Sasuke, tuttavia, afferma di non sentirsi più un membro del Team 7 ed annuncia di avere intenzione di distruggere la Foglia e ripristinare il nome del suo clan. Kakashi si rende conto che Sasuke è ormai irrecuperabile e decide di occuparsi di lui personalmente. Naruto, però, ferma il suo maestro ed attacca l'Uchiha con un Rasengan al quale egli risponde con il Mille Falchi. I due si scontrano come avevano fatto nella Valle dell'Epilogo mentre Naruto ricorda l'invidia che aveva nei confronti di Sasuke da bambino e come sia riuscito a superare i momenti difficili della sua infanzia grazie all'aiuto di Iruka.

Naruto ricorda alcuni momenti del suo passato tra competizione ed amicizia con Sasuke. A seguito dello scontro, i due vengono sbalzati via e vengono salvati rispettivamente da Kakashi e da Zetsu. Naruto afferma che la sua intesa con Sasuke è la dimostrazione del fatto che tutti e due sono divenuti ninja d'elite e che, qualora quest'ultimo attaccasse la Foglia, entrambi perirebbero nello scontro, eventualità alla quale Naruto si dichiara pronto. L'Uchiha conferma le sue intenzioni e Tobi, richiamato da Zetsu, teletrasporta via il suo gruppo. Naruto ha un mancamento poiché avvelenato dal kunai di Sakura, ma viene immediatamente curato dalla ragazza mentre, presso il loro nascondiglio, Sasuke chiede a Tobi di trapiantargli gli occhi di Itachi per contravvenire alla sua progressiva cecità. Intanto, Kakashi e gli altri portano Karin al Villaggio della Foglia.

Yamato raggiunge il ponte e redarguisce Naruto per essere fuggito. Dopo avere risvegliato Sai, Kiba e Lee, i ninja della Foglia tornano al villaggio con Karin. Nel frattempo, il team del Raikage ritorna al Villaggio della Nuvola dove richiedono al Daimyo di convocare un concilio con le sue controparti degli altri villaggi in vista dell'imminente guerra. Killer Bee porta con sé Pelle di Squalo con dentro Kisame che, grazie all'aiuto di Zetsu Bianco, si è clonato per entrare nella spada con lo scopo di infiltrarsi nel villaggio dell'Ottocode per catturarlo e rubare informazioni sull'alleanza.

I Daimyo concordano di appoggiare formalmente l'alleanza ninja. Intanto, al Villaggio della Sabbia, durante una riunione indetta da Gaara per discutere dei recenti avvenimenti, tutti rimangono scioccati nell'apprendere che Danzo è morto e nel sentire i piani dell'Akatsuki. Naruto ed il suo gruppo fanno ritorno alla Foglia dove quest'ultimo chiede a Shikamaru di riunire tutti poiché vuole fare un discorso. Konohamaru incalza Naruto affinché si sottoponga ad un'intervista, ma la forza portante oltrepassa le porte del villaggio con un sorriso sulle labbra osservando che il processo di ricostruzione è iniziato.

Al Villaggio della Foglia, Naruto discute con i suoi amici ed insiste sul fatto che lui è l'unico che può fermare Sasuke, e che restino per il momento fuori dalla questione riponendo la fiducia in lui senza fornire loro alcuna informazione al riguardo,il che li lascia irritati e dubbiosi. Nel frattempo, Kakashi, pronto a divenire il prossimo Hokage, accetta la sfida dell'amico Gai, consapevole che questa potrebbe essere l'ultima, e la vince. Mentre gli anziani del villaggio, con la presenza del Daimyo, stanno per nominare Kakashi nuovo Hokage, Gai interrompe l'assemblea annunciando che Tsunade è ritornata cosciente dal coma e rimane Quinto Hokage.

Nel Monte Myoboku, Gerotora, Fukasaku e il Grande Signore Elder stanno discutendo se dare a Naruto la chiave del Sigillo del Tetragramma lasciato da Jiraiya, un atto che potrebbe scatenare il Nove Code.

Kabuto si incontra con Tobi presso il suo nascondiglio, ma l'Uchiha si rifiuta di ascoltarlo e lo attacca. Kabuto, tuttavia, usa la Resurrezione per evocare cinque bare contenenti i corpi di Itachi, Sasori, Deidara, Kakuzu e Nagato e frena l'impeto di Tobi. Il ninja in possesso delle cellule di Orochimaru si offre di potenziare l'esercito di Tobi con la Resurrezione in cambio del corpo di Sasuke. Tobi è titubante, ma, quando Kabuto evoca una sesta bara il cui contenuto spaventa l'Uchiha, i due arrivano ad un accordo la cui unica condizione prevede che Kabuto riceverà il corpo di Sasuke solo al termine della guerra. Nel frattempo, Anko ed il suo gruppo trovano indizi che li conducono al nascondiglio di Tobi, ma che sembrano essere stati lasciati di proposito.

Tsunade talks to a council and informs about the Fourth Shinobi World War and warns others not to underestimate Akatsuki. Whereas in Land of Lightning a council is held about war, as Kisame spies on them. B paying no attention was bought in writing raps in his rhyme book. Later, Shizune informs Tsunade about Naruto's disappearance for which she ordered some shinobi to search for him. Naruto returns to Ramen Ichiraku. Two Konoha shinobi ask for his autograph, but he doesn't know how to respond. Three days later the Kage meet again to discuss how they should start pooling their resources. As the first matter of business, Naruto and Killer B are to be given constant protection. Tsunade objects since they would both be invaluable in the war with Akatsuki, but is forced to agree. Tsunade meets with A alone and asks him for a favour to let B teach Naruto how to control Nine-Tails. A says that the place where he is sending B and Naruto isn't just a hideout but a training ground. Tsunade returns to the village and informs Naruto that he's going on an S-rank misson to an island located in the Land of Lightning.

After a long voyage at sea, Naruto’s ship finally arrives at the island of its destination. Before everyone can rejoice, a giant squid attacks the ship. Fortunately, the crew is saved by Killer Bee, the Eight Tails’ jinchuriki host.

Motoi confesses to Naruto and Yamato that he attempted to kill Bee during their childhood because of his father's death due to the sealing of the Eight Tails 30 years ago.

With Killer Bee as his new master, Naruto begins his training to control the power of a Tailed Beast. In order to do so, one must fight the Tailed Beast head on and absorb its chakra, converting it into one’s own power.

Inside his mind, Naruto continues his battle against Nine Tails to take control of its immense power.

Sixteen years ago, Fourth Hokage Minato Namikaze and his wife Kushina are expecting their first child, much to the delight of the young couple.

Minato is forced to use his Flying Raijin jutsu and leave his wife Kushina behind to save their newborn son, Naruto, from a masked assailant.

I ninja della Foglia riescono a respingere la Volpe nella foresta grazie al Terzo Hokage Sarutobi Nonostante Kushina sia inizialmente contraria, Minato spiega che per proteggere il villaggio, e così anche suo figlio quello è l'unico modo poiché la volpe non può restare senza un Jinchuuriki o si creerebbe uno squilibrio, convincendo cosi Kushina definitivamente. I due decidono di sigillare anche le restanti parti del loro chakra dentro il figlio per poterlo rincontrare in futuro, in particolar modo Kushina sperava di vedere il figlio cresciuto. Proteggendo Naruto un'ultima volta da un enorme artiglio del Kyuubi che trapassa entrambi, Minato prima di morire attiva il Sigillo del Diavolo, i due genitori salutano il loro bambino augurandogli una vita felice. Al termine del racconto, Kushina svanisce abbracciando suo figlio ringraziandolo.

Essendo ora in grado di utilizzare il chakra della Volpe, Naruto riesce a scoprire Kisame nascosto dentro Samehada. Il ninja di Alba riesce a fuggire con un rotolo contenente le informazioni ricavate, ma Gai si lancia all'inseguimento e attiva la settima porta del chakra. I due si scontrano sulla costa utilizzando le loro tecniche più potenti: Gai ricorre alla Tigre di mezzogiorno e Kisame allo Tecnica del mega proiettile marino. Inizialmente, il colpo di Kisame sembra avere il sopravvento, ma Gai riesce a colpire il suo avversario.

Dopo essere stato sconfitto da Gai, Kisame viene bloccato dall'Arte del legno di Yamato. Aoba entra nella mente del ninja e assiste al ricordo di un giovane Kisame facente parte della squadra d'intelligence del Villaggio della Nebbia, ma con la missione di impedire la fuga di informazioni anche a costo di eliminare i suoi compagni. Anni dopo, per ordine del Mizukage, Kisame uccide il suo maestro, spia del villaggio, prendendo la spada Pelle di Squalo. A quel punto, interviene il Quarto Mizukage Yagura che, però, è controllato da Tobi. Prima che Aoba veda Tobi in volto, Kisame si risveglia e, pur di non rivelare nulla al nemico, si uccide lasciandosi divorare dagli squali da lui stesso evocati. Il rotolo con le informazioni raccolte viene recuperato, ma si rivela una trappola ed Akatsuki ottiene la posizione del Kyuubi e dell'hachibi (novecode ed ottocode).

Tobi heads to Hidden Rain Village to retrieve Nagato's Rinnegan. Konan, now a former member of Akatsuki, recollects her past until Tobi arrives. Tobi asks Konan where is Nagato's Rinnegan and Konan replies that it is not located in the village. Their battle started and Tobi tells Konan that he encouraged Yahiko to form Akatsuki and he gave the Rinnegan to Nagato. Konan transforms into thousands of pieces of paper to self-destruct against Tobi, yet it fails and both survives. Konan unleashes a powerful paper technique that looks like a sea of paper beneath their feet.

Konan encloses Tobi in an chasm with a large amount of explosive tags that detonates in a wide area. Tobi manages to survive with his Izanagi techique, sacrificing one eye, and pierces Konan behind. Tobi explains his technique to Konan. Konan refuses to give up and continues to fight Tobi. Tobi manages to subdue her and places Konan inside a genjutsu to force her to reveal the location of the Rinnegan. Tobi travels to the location and retrieves Nagato's corpse and then takes his leave. A bloodied piece of paper is blown of Konan's body by the wind and travels to her childhood hideout. As it travels, more of the Ame Orphans past with Jiraiya is revealed, as well as some of their time as the original Akatsuki. Meanwhile, Tobi, with a new outfit, is told by Zetsu that they have received intel on the Nine-Tails wherabouts from Kisame. He declares that it's time to capture the Nine-Tails.

Zetsu reports on new intel from Kisame and Madara learns about Naruto hideout. Tsunade, Gaara, Lord Raikage, and others must figure out how to get Naruto out of the secret island of Land of Lighting and all without telling him about the war. New mission is introduced.

Kabuto and a reanimated Deidara attempt to grab hold of the jinchuriki, but are stopped by the Tsuchikage, who has come to protect Naruto.

Fourth Great Ninja War is about to begin, ninjas are going through their formations, medical supplies are being checked and restocked. The title of this Naruto Episode is "Assemble Allied Shinobi Forces". The headbands are done. Let's go! Tsuchinage saves Nine Tails and Eight Tails, but Yamato gets captured.